1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_237 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000547 (Tic55)
 -0.09 -0.24 -0.5 -0.12 -0.02 0.31 0.31 0.3 0.2 0.16 0.19 0.16 0.1 0.1 0.09 0.14 0.05 -0.69 0.04 0.22 0.1 0.06 -0.8 -0.14 -0.11 -0.21 -0.05 0.01 -0.03 -0.29 0.07
Bra000708 (LHCB5)
 0.18 0.04 0.01 0.29 -0.6 -0.25 0.43 0.39 0.37 0.11 0.25 0.21 -0.08 -0.52 -0.71 -0.06 -0.06 -1.46 -0.24 -0.04 0.12 -0.04 -2.41 0.14 0.15 0.07 0.04 0.41 0.45 0.22 -0.01
Bra000802 (ATPC1)
 -0.14 -0.32 -0.3 -0.07 -0.4 -0.21 0.13 0.18 -0.1 0.15 0.11 0.13 -0.09 -0.48 -0.54 0.2 0.23 -0.39 0.2 0.2 0.22 0.17 -1.39 0.24 0.29 0.22 0.26 0.08 0.03 0.13 0.2
0.14 0.18 0.43 0.25 0.17 0.1 0.08 0.31 -0.02 0.03 0.06 0.17 0.22 -0.15 -0.29 -0.11 -0.09 -0.42 -0.28 0.07 -0.09 -0.05 -1.04 -0.06 -0.26 -0.24 -0.08 -0.18 -0.04 0.01 0.41
Bra001809 (PSBTN)
 -0.03 -0.05 0.07 0.21 -0.57 -0.51 0.07 0.08 0.16 0.22 0.23 0.26 -0.03 -0.64 -0.96 0.09 0.16 -0.7 0.0 0.17 0.26 0.12 -2.05 0.21 0.21 0.17 0.26 0.21 0.21 0.23 0.0
-0.32 -0.77 -1.29 -0.22 0.11 0.69 0.45 -0.08 0.42 0.24 0.2 -0.38 -0.25 0.51 0.47 0.05 -0.11 -0.94 0.29 0.38 -0.04 0.17 -0.81 0.02 0.0 -0.27 -0.03 0.35 0.15 -0.67 -0.42
Bra003187 (LNK2)
 -0.18 -0.59 -0.37 -0.02 -0.83 -0.03 0.38 0.16 0.21 -0.09 0.24 0.2 -0.08 -0.13 -0.36 -0.06 0.04 -0.73 -0.01 0.27 0.03 -0.05 -1.68 0.37 0.4 0.33 0.39 0.18 0.36 -0.27 0.21
Bra003198 (LHCA1)
 0.18 -0.17 -0.11 -0.18 -0.3 -0.25 0.37 0.41 0.46 0.34 0.49 0.54 -0.27 -0.49 -0.64 -0.37 -0.08 -0.8 0.15 0.13 0.11 0.11 -2.76 0.05 0.02 -0.11 0.01 0.14 0.2 0.22 0.02
Bra003375 (GUN4)
 -0.07 -0.41 -0.3 0.01 -0.22 0.1 0.05 0.13 0.44 0.11 0.19 0.12 -0.25 0.32 0.05 0.12 -0.08 -0.61 0.05 -0.12 0.1 -0.04 -1.71 0.15 0.1 -0.04 -0.04 0.39 0.41 -0.02 -0.18
-0.21 -0.59 -0.47 -0.14 -0.21 0.24 0.35 0.03 0.41 0.13 0.2 0.17 -0.01 0.15 0.01 0.18 -0.01 -1.47 0.01 0.26 0.29 0.29 -1.07 0.22 0.16 -0.05 0.02 0.12 0.12 -0.29 -0.27
Bra003950 (TAP1)
 -0.08 -0.57 -0.97 -0.19 -0.22 0.34 0.35 0.13 0.4 0.07 0.23 0.17 -0.09 0.21 0.07 0.2 0.19 -0.76 0.08 0.32 0.18 0.16 -2.13 0.09 0.06 -0.12 -0.04 0.26 0.18 -0.43 -0.04
Bra004075 (PSBY)
 -0.49 -0.65 -0.77 -0.3 -0.61 -0.3 0.09 0.07 0.22 0.31 0.3 0.33 -0.21 -0.49 -0.48 0.14 0.23 -0.97 0.1 0.16 0.27 0.06 -2.6 0.21 0.32 0.2 0.49 0.34 0.35 0.44 0.32
Bra004252 (PSBY)
 -0.23 -0.45 -0.52 -0.17 -0.4 -0.18 0.04 -0.32 0.56 0.14 0.46 0.56 -0.32 -0.3 -0.34 -0.19 -0.08 -0.6 0.29 0.11 0.11 0.01 -2.61 0.16 0.15 0.02 0.26 0.4 0.55 0.35 0.03
Bra004504 (PSAP)
 -0.02 -0.48 -0.87 -0.22 -0.57 0.0 0.22 0.08 0.41 0.25 0.42 0.17 -0.42 -0.54 -0.48 0.05 0.03 -1.05 0.45 0.34 -0.03 0.14 -2.17 0.34 0.41 0.1 0.34 0.01 0.31 0.14 0.17
Bra006208 (CCH)
 -0.2 -0.53 -0.65 -0.06 -0.38 0.01 0.33 0.17 0.05 0.1 0.05 0.09 0.03 -0.13 -0.25 0.14 0.1 -0.37 0.14 0.08 0.02 -0.05 -1.28 0.1 0.21 0.17 0.2 0.39 0.15 0.11 0.27
Bra006525 (FBN6)
 0.33 0.26 0.33 0.3 -0.3 0.02 0.27 0.39 0.22 0.19 0.2 0.4 -0.04 -0.42 -0.55 -0.19 0.04 -0.5 0.1 0.07 0.1 0.05 -2.24 -0.31 -0.25 -0.34 -0.24 -0.4 -0.18 0.21 0.48
Bra007041 (HCEF1)
 0.15 -0.1 0.01 0.2 -0.41 0.05 0.17 0.21 0.04 0.21 0.33 0.06 -0.31 -0.49 -0.45 -0.01 -0.06 -0.94 0.06 0.08 0.06 0.04 -1.75 0.17 0.21 0.12 0.22 0.38 0.14 0.01 0.14
Bra007284 (CRD1)
 0.01 -0.12 -0.2 0.08 -0.7 -0.05 0.26 0.25 0.22 0.1 0.23 0.24 -0.09 -0.37 -0.38 -0.07 0.01 -0.5 0.31 0.11 0.18 0.02 -2.14 0.16 0.18 0.09 0.08 0.21 0.18 -0.0 0.1
Bra010350 (PSAE-1)
 -0.21 -0.13 -0.05 0.06 -0.56 -0.56 0.04 0.01 0.27 0.36 0.39 0.41 -0.08 -0.45 -0.64 -0.03 0.11 -0.77 0.06 0.2 0.2 0.12 -2.02 0.22 0.21 0.12 0.32 0.07 0.09 0.31 0.06
-0.05 -0.74 -1.02 -0.14 -0.19 -0.06 0.31 0.31 0.4 0.23 0.3 0.18 0.15 -0.42 -0.55 0.05 0.04 -0.9 -0.11 0.21 0.21 -0.14 -1.47 0.1 0.03 0.17 0.06 0.67 0.52 -0.06 -0.06
Bra010774 (PSAK)
 -0.03 -0.13 -0.1 -0.01 -0.57 -0.47 0.25 0.27 0.15 0.18 0.32 0.18 0.04 -0.73 -1.13 -0.17 0.0 -0.75 0.1 0.2 0.25 0.07 -2.02 0.37 0.36 0.19 0.26 0.35 0.28 0.1 0.02
Bra011057 (PSAE-1)
 0.02 0.05 0.24 0.2 -0.37 -0.36 0.01 0.01 0.32 0.17 0.29 0.33 -0.09 -0.32 -0.5 -0.15 -0.04 -0.59 0.05 0.06 0.06 0.07 -1.88 0.18 0.17 0.19 0.26 0.02 0.14 0.19 -0.11
Bra011329 (PDE334)
 -0.16 -0.31 -0.12 -0.04 -0.16 -0.14 0.08 -0.12 0.18 0.04 0.1 -0.01 -0.24 -0.45 -0.5 0.0 -0.03 -0.61 -0.01 0.02 0.01 -0.03 -1.14 0.34 0.29 0.33 0.32 0.55 0.38 0.19 0.14
-0.03 -0.48 -0.54 0.15 -0.14 0.32 0.6 0.32 0.17 0.27 0.28 0.27 -0.12 -0.3 -0.29 0.05 -0.01 -0.7 0.03 0.31 0.19 0.16 -1.52 -0.13 -0.15 -0.25 -0.13 0.31 0.16 -0.31 0.05
Bra011839 (PnsL4)
 -0.3 -0.57 -0.55 -0.31 -0.08 -0.12 -0.07 -0.1 0.07 0.25 0.38 0.38 -0.22 -0.66 -0.68 0.21 0.27 -1.06 -0.13 0.33 0.15 0.34 -1.69 0.23 0.16 0.2 0.27 0.21 0.18 0.26 0.59
Bra012963 (RPE)
 0.1 -0.09 0.03 0.11 -0.38 -0.33 0.15 0.24 0.21 0.36 0.32 0.45 0.02 -0.67 -0.74 0.04 0.16 0.07 0.33 0.06 0.08 -0.05 -1.22 -0.16 -0.13 -0.19 -0.02 -0.01 -0.25 0.15 0.25
Bra013741 (NdhS)
 -0.04 -0.38 -0.34 -0.2 -0.08 0.12 -0.16 -0.1 0.39 0.26 0.27 0.17 -0.5 -0.2 -0.38 -0.45 -0.41 -1.14 0.12 0.19 0.08 0.07 -2.58 0.43 0.31 0.05 0.1 0.61 0.77 0.28 -0.05
Bra014024 (CP22)
 -0.01 -0.63 -0.74 -0.15 -0.25 -0.0 0.35 0.15 0.37 0.16 0.35 0.27 -0.16 -0.1 -0.21 -0.14 -0.13 -0.35 0.13 0.15 0.01 -0.05 -1.49 0.09 0.06 0.01 0.04 0.4 0.31 -0.02 0.3
Bra014593 (PGL34)
 0.03 -0.42 -0.46 -0.1 -0.13 -0.14 -0.08 -0.09 0.18 0.15 0.14 0.24 -0.39 0.11 0.1 -0.15 -0.15 -0.71 0.05 -0.09 -0.15 0.02 -1.16 0.18 0.25 0.21 0.23 0.46 0.42 0.19 0.22
Bra015520 (OE23)
 0.04 -0.05 -0.03 0.17 -0.51 -0.27 0.03 -0.05 0.68 0.35 0.65 0.47 -0.49 -0.49 -0.49 -0.04 -0.05 -1.02 0.13 0.13 -0.02 -0.1 -2.65 -0.02 0.06 0.01 0.05 0.15 0.42 0.31 -0.06
Bra015530 (PSBW)
 -0.03 -0.36 -0.39 -0.08 -0.17 -0.07 0.19 -0.16 0.54 0.32 0.46 0.38 0.01 -0.23 -0.54 0.07 0.02 -0.98 0.03 0.24 0.19 0.38 -2.44 0.14 0.18 -0.1 0.08 0.18 0.15 -0.0 -0.19
Bra016020 (LPA3)
 0.13 -0.0 -0.0 0.15 -0.14 -0.08 -0.0 -0.1 0.07 0.11 0.27 0.33 0.02 -0.72 -0.57 -0.02 -0.0 -0.57 -0.05 0.13 -0.08 0.08 -1.29 0.12 0.12 0.14 0.2 0.35 0.05 0.11 0.24
Bra017055 (RCA)
 0.3 0.2 0.17 0.4 -0.29 -0.11 0.19 0.23 0.15 0.28 0.42 0.35 -0.31 -0.66 -0.77 -0.04 0.02 -1.4 -0.09 0.14 0.14 0.07 -2.18 0.03 0.09 0.06 0.14 0.24 0.06 -0.02 -0.1
Bra018370 (ANTR1)
 0.11 -0.32 -0.64 -0.05 0.33 0.22 0.18 0.2 0.39 -0.0 0.13 0.34 -0.41 -0.08 -0.2 -0.52 -0.57 -0.76 0.05 -0.12 -0.16 -0.22 -1.97 0.07 0.06 -0.1 0.2 0.61 0.49 0.32 0.37
Bra018503 (ATPC1)
 -0.36 -0.51 -0.57 -0.33 -0.62 -0.43 0.13 0.24 0.05 0.21 0.11 0.2 -0.33 -0.85 -0.86 0.03 0.12 -0.17 0.39 0.2 0.1 0.05 -2.36 0.32 0.4 0.31 0.4 0.34 0.32 0.48 0.34
0.23 -0.14 -0.24 0.26 -0.67 -0.45 0.14 0.1 0.33 0.38 0.45 0.52 -0.12 -1.05 -1.09 0.1 0.12 -1.52 -0.33 0.27 0.21 0.33 -2.71 0.09 0.23 0.19 0.23 0.17 0.22 0.22 0.05
Bra020448 (AtOxR)
 0.36 0.21 -0.02 0.11 -0.28 -0.2 0.28 0.24 0.2 0.08 0.11 0.32 -0.26 -0.78 -0.68 -0.45 -0.23 -0.51 0.21 0.03 -0.11 0.01 -1.26 0.14 0.06 -0.03 0.14 0.02 0.21 0.4 0.39
-0.03 -0.58 -0.76 -0.14 0.03 0.48 0.27 0.03 0.37 0.09 0.15 0.07 -0.3 0.34 0.31 -0.14 0.06 -0.68 -0.03 0.26 0.21 0.17 -1.64 0.14 0.04 -0.2 -0.09 0.37 0.26 -0.31 -0.38
Bra022019 (TPT)
 -0.2 -0.42 -0.26 -0.37 -0.22 -0.37 0.18 0.22 0.17 0.23 0.19 0.31 -0.15 -0.27 -0.55 -0.39 -0.13 -0.61 -0.16 -0.34 -0.12 -0.22 -0.93 0.29 0.3 0.3 0.3 0.53 0.46 0.44 0.41
0.29 0.24 0.25 0.21 -0.37 -0.05 0.12 0.05 0.26 0.19 0.32 0.32 -0.28 -0.39 -0.54 0.07 0.04 -1.07 -0.09 0.22 0.02 0.05 -2.26 -0.14 0.02 -0.0 0.06 0.01 0.12 0.12 0.27
Bra022976 (DEG11)
 -0.01 -0.26 -0.14 0.14 -1.38 -0.9 0.23 0.11 -0.15 -0.07 0.1 0.01 -0.51 -0.42 -0.94 -0.79 -0.43 -0.85 -0.35 -0.4 -0.3 -0.6 -1.72 0.71 0.71 0.74 0.7 0.86 0.74 0.76 0.21
Bra023235 (PRK)
 -0.19 -0.51 -0.54 -0.06 -0.81 -0.13 0.33 0.21 0.04 0.3 0.26 0.23 -0.01 -0.51 -0.56 0.4 0.41 -0.55 0.28 0.33 0.31 0.29 -2.05 0.1 0.17 0.06 0.19 -0.02 -0.07 -0.09 0.12
0.11 0.15 -0.04 -0.12 -1.13 -0.2 0.31 0.2 0.24 0.25 0.33 0.3 -0.25 -0.86 -0.7 0.0 0.01 -0.87 0.02 0.3 0.07 0.09 -1.42 0.23 0.27 0.25 0.26 0.37 0.09 -0.3 0.14
-0.01 -0.28 -0.27 -0.13 0.01 0.18 0.28 0.2 0.39 -0.01 0.33 0.25 0.13 0.08 -0.13 0.14 0.12 -0.61 0.04 0.23 0.04 -0.02 -1.34 -0.28 -0.15 -0.28 -0.1 0.08 0.03 -0.1 0.23
Bra024580 (GGT1)
 0.2 -0.25 -0.48 -0.02 -0.13 0.58 0.37 0.02 0.35 0.11 0.28 0.08 -0.36 -0.11 0.1 0.23 0.0 -1.27 0.07 0.01 0.17 0.1 -2.42 0.09 0.12 -0.16 0.04 0.13 0.34 -0.26 -0.17
Bra026099 (CP24)
 -0.02 -0.31 -0.17 0.15 -0.43 -0.29 0.01 -0.14 0.66 0.39 0.38 0.76 -0.56 -0.17 -0.7 -0.31 0.0 -1.16 0.02 0.05 0.17 -0.06 -2.91 0.11 0.04 0.0 0.08 0.32 0.5 0.42 -0.03
Bra026982 (TL20.3)
 0.12 0.24 0.16 0.3 -0.31 -0.06 0.14 0.1 -0.18 0.02 0.24 0.27 0.09 -0.49 -0.67 0.11 0.17 -1.04 -0.15 0.28 0.15 0.08 -1.58 -0.04 0.02 0.07 0.12 -0.36 -0.18 0.21 0.58
Bra027932 (SOQ1)
 0.01 -0.41 -0.31 -0.37 -0.23 0.01 0.01 0.17 -0.01 0.23 0.2 0.16 0.09 -0.38 -0.17 0.22 0.24 -0.78 0.01 0.17 0.2 0.1 -1.33 -0.02 0.07 0.08 0.14 0.13 0.17 0.18 0.35
Bra029511 (ATPC1)
 -0.43 -0.5 -0.56 -0.32 -0.43 -0.18 0.39 0.34 -0.25 0.05 -0.04 0.11 -0.19 -0.63 -0.57 0.16 0.22 -0.35 0.14 0.1 0.14 0.12 -1.33 0.37 0.45 0.24 0.37 0.28 0.24 0.24 0.29
Bra030522 (FZL)
 0.11 -0.17 -0.32 -0.12 0.1 0.25 0.33 0.25 0.51 0.32 0.24 0.36 -0.1 -0.05 -0.07 0.08 0.12 -0.6 0.16 0.15 0.02 0.01 -2.08 -0.33 -0.27 -0.46 -0.26 -0.29 -0.01 -0.05 0.44
Bra030540 (PORC)
 -0.24 -0.23 -0.15 0.01 -0.28 -0.19 0.02 0.06 0.1 0.29 0.22 0.26 0.07 -0.4 -0.58 0.07 0.13 -0.37 0.02 0.11 0.08 0.09 -1.29 0.11 0.17 0.19 0.18 0.17 0.14 0.1 0.25
-0.17 -0.28 -0.38 -0.31 0.03 -0.03 -0.05 -0.11 0.03 0.17 0.18 0.3 0.08 -0.14 -0.12 -0.08 0.01 -0.52 -0.15 -0.02 -0.09 -0.04 -0.56 0.15 0.14 0.07 0.12 0.47 0.31 0.21 0.24
Bra031534 (OE23)
 -0.25 -0.54 -0.52 -0.08 -0.57 -0.47 0.2 0.15 0.34 0.3 0.36 0.37 -0.27 -0.75 -0.89 -0.04 0.02 -0.81 0.17 0.18 0.12 0.05 -2.43 0.32 0.38 0.28 0.36 0.37 0.32 0.36 0.2
0.59 0.1 0.02 -0.63 -1.6 -1.36 -0.0 0.43 0.29 -0.01 0.42 0.75 -0.77 -3.19 -2.44 -1.01 -1.42 -2.34 -0.22 0.09 -0.08 0.37 -5.57 0.26 0.35 0.09 0.17 0.88 0.94 1.27 0.59
Bra032672 (PSAL)
 0.01 -0.03 -0.0 0.23 -0.61 -0.44 0.11 0.01 0.08 0.19 0.27 0.26 -0.33 -0.66 -0.69 -0.14 -0.08 -0.97 -0.05 0.11 0.1 -0.06 -1.76 0.39 0.44 0.39 0.47 0.28 0.18 0.33 0.02
Bra033317 (PPO1)
 0.32 0.29 0.38 0.41 -0.19 -0.25 0.24 0.27 -0.02 0.2 0.09 0.31 0.18 -0.46 -0.53 -0.11 0.02 -0.71 -0.41 -0.11 -0.09 -0.16 -1.01 -0.26 -0.19 -0.11 -0.06 -0.12 -0.23 0.32 0.69
Bra033493 (NAIP1)
 -0.07 -0.37 -0.25 -0.21 -0.04 0.03 0.09 0.23 0.37 0.06 0.23 0.26 -0.26 -0.21 -0.34 -0.12 -0.19 -0.61 -0.08 0.04 -0.0 -0.02 -1.43 0.12 0.17 0.16 0.12 0.27 0.45 0.28 0.23
Bra033642 (NDF2)
 -0.1 -0.32 -0.35 -0.03 -0.32 -0.02 0.15 -0.14 0.05 0.27 0.34 0.23 -0.11 -0.26 -0.51 0.16 0.19 -1.07 -0.03 0.35 0.23 0.16 -1.95 0.2 0.25 0.15 0.16 0.24 0.19 -0.19 0.34
Bra035916 (OR)
 0.75 0.67 0.4 0.3 -0.72 -0.46 0.01 -0.24 0.39 0.1 0.33 0.39 -0.91 -1.06 -0.81 -0.35 -0.34 -0.9 0.27 0.02 -0.17 0.05 -1.98 0.08 0.13 0.05 0.21 -0.14 0.15 0.48 0.26
Bra037531 (HBP5)
 0.15 -0.02 -0.25 0.22 -0.24 0.23 0.34 0.29 0.07 0.13 0.15 0.15 -0.1 -0.35 -0.33 0.01 -0.03 -1.03 -0.02 0.21 0.2 0.06 -0.93 0.08 0.16 -0.01 0.14 0.27 0.05 -0.43 -0.11
0.1 -0.11 -0.38 0.1 -0.07 0.37 0.19 0.01 0.23 -0.11 0.22 0.14 -0.45 -0.06 -0.1 0.0 -0.15 -0.64 -0.01 0.14 -0.12 -0.04 -1.57 0.13 0.14 0.03 0.12 0.4 0.36 -0.07 0.07
Bra039683 (MSRB1)
 -0.16 -0.09 -0.31 -0.05 -0.3 0.3 0.64 0.46 0.24 -0.04 0.22 0.18 -0.06 0.23 -0.08 -0.31 -0.2 -0.55 0.1 0.34 0.23 0.16 -1.23 -0.03 -0.04 -0.22 -0.07 0.0 0.13 -0.51 -0.14
0.19 0.0 -0.04 0.18 -0.13 -0.13 0.02 0.06 0.02 0.23 0.16 0.21 0.11 -0.6 -0.56 -0.06 0.09 -0.6 -0.27 0.06 0.03 0.04 -1.66 0.11 0.18 0.06 0.21 0.35 -0.09 0.12 0.43

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.