1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_23 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000414 (LEA27)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - 1.94 - - - - - - - 1.82 - - - - - - - - - 3.79 - 3.29
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra002572 (SMR113)
 -1.76 -1.18 -0.38 -3.05 -0.11 -1.1 -0.21 0.5 0.86 -0.88 0.6 0.8 0.7 0.11 0.13 -0.66 0.25 -0.02 0.32 -0.28 -1.12 0.22 -0.92 0.19 0.51 -0.83 0.06 0.06 0.04 -0.01 1.01
- - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.49 - - - - - - - - - - - - 3.1 - - - - - - - - -
- - - - - 0.99 - - 3.44 - - - 2.77 - - - - 2.9 - - - - 1.96 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra008328 (SINAT1)
 - - - - - -0.04 1.29 0.12 - -0.14 -0.1 0.98 - - 2.33 0.22 2.49 - 1.59 - - - 1.14 - - - - - 1.85 -0.0 0.08
Bra008546 (UMAMIT31)
 - - - - - - - - 3.6 - - - - 1.46 - 0.35 - 0.05 - - 1.17 2.58 - 0.13 - - 1.11 - - - 1.24
-1.21 -1.98 -3.12 -0.95 0.59 0.91 -0.68 -1.18 2.54 -0.32 -2.23 -0.59 -0.63 0.47 1.88 0.86 1.47 -0.64 -0.83 -0.66 -1.43 -0.45 -1.39 0.05 -1.21 -1.78 -1.12 -0.79 -1.05 -1.0 -1.56
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - 3.04 - 0.81 - 3.64 - - - 1.15 - - - 2.07 - - - - - - - - - - - - 1.1 -
- - - - - - - - 2.32 - - - - - 1.15 1.12 2.07 1.1 2.36 - - - - - - - - - - - 3.34
- - - - - - - - 4.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48
Bra013496 (DOF4.4)
 - - - - 2.29 - - - 4.08 2.2 - - - - - - - 2.2 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 0.97 - - 2.43 - 1.79 - - 2.08 2.26 2.81 - - - - - - - - - - - - - 2.06 -
- - - - - - 2.35 -0.66 2.37 - 0.81 - -3.94 -2.54 - -7.84 - -2.53 0.61 -1.5 1.98 2.34 2.57 - - - - 0.18 - -6.83 -
Bra015250 (PAKRP1)
 - - - 0.51 - - - - 3.96 - 0.14 - - - - - - - - - - - 3.57 0.09 - - - - - - -
Bra015517 (RAD17)
 - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.24 - - - - -1.69 -2.66 1.06 0.05 0.34 1.11 1.49 1.06 0.63 0.37 -1.25 -0.32 1.74 -1.26 - 0.65 -0.31 -0.79 - 0.58 -0.21 0.23 -0.42 -1.53 1.72
Bra017756 (BGAL3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra018098 (HSS)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -2.52 -
- - - - - 1.24 1.63 0.1 3.29 - - - 0.43 1.57 - 0.49 - - - - - 0.17 0.32 0.1 - - - - - - 2.47
Bra019186 (OLE1)
 - - - 2.81 - - - - - - - - - - - - 2.59 - - - - - - - - - - - 3.56 - 2.62
- - - - - - - - 3.83 - - 1.86 - - 2.43 - - - - 2.04 1.87 - - - - - - - - - -
-0.98 0.16 -0.26 -1.24 0.25 0.55 -1.23 -3.66 2.01 -0.48 -0.06 -0.47 -3.66 0.83 2.75 -1.94 0.42 -0.9 1.81 -0.69 -1.2 -0.22 -2.73 -1.28 -1.66 -3.23 -1.81 -1.34 -1.82 -1.65 -3.19
Bra020561 (ZRK11)
 - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - 2.64 - - - - 3.29 - - - - - - - -
Bra020909 (GA3OX3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra022317 (EMB1865)
 - - - - - - 0.23 -1.48 1.7 - 0.53 1.51 1.24 1.61 1.87 1.86 -0.5 2.18 0.73 -1.6 0.76 -1.76 - - - - - - - - -
Bra024878 (PAPS1)
 - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.7 - - 4.16 - 2.59 - - - - 1.96 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra026685 (RBSK)
 - - 1.82 - - - - - 3.85 - - - 2.13 - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - -
Bra027117 (SOT18)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - -0.64 0.21 - 1.93 -0.15 -1.73 - - - 3.28 1.48 0.78 1.75 - 1.04 2.08 -1.75 - - - - - - - - -
Bra027995 (WIP4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra028067 (TT1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - 3.98
- - - - 2.8 - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.76
- - - - - - - - 4.23 2.34 - - - - - - - 2.83 - - - - - - - - - - - - -
Bra029977 (WIH3)
 - - - - - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - - 2.97 - - - - - 3.37 - -
- - - - - - - - 3.81 - - - - - 2.14 - - - - - - - - - - - - - - 2.03 3.09
-0.87 -0.65 -1.45 -1.5 -0.23 -0.39 -0.49 0.18 2.11 -1.43 -1.56 -0.48 -0.25 -0.88 0.0 -3.99 -0.04 0.76 2.21 - -0.85 -1.24 1.14 -0.91 0.56 0.33 -0.92 -0.15 -0.08 -0.42 -0.76
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra031346 (JAZ13)
 - - - - 2.21 - - - 2.98 2.18 - - 2.4 - - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - -
Bra032239 (PMEI1)
 - - - - - - - - 4.34 - 2.27 - - - - - - - - 2.56 - - - - - - - - - - -
- - -1.13 0.03 0.08 -0.33 -1.08 - 2.6 -0.85 0.57 -0.65 0.39 2.22 -0.56 0.97 -1.79 2.84 -2.1 0.21 - 0.05 - - - - - - - - -
Bra033469 (AST12)
 - - - - - 1.61 - - - - - 3.53 - - 3.69 1.82 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra033937 (LBD22)
 - - - - - -4.2 - -3.25 3.31 - - -5.32 - -2.6 3.63 - -5.15 -2.82 3.04 - - - - - - - - - - - -
Bra034230 (SKIP19)
 - - - - - - - 0.56 2.99 - 2.43 - 0.29 - 2.59 1.7 - - - - - 1.09 - - - - - -0.65 0.24 0.78 -
Bra034463 (UIF1)
 - - - - - - - - 3.15 - - 3.15 - - 3.73 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.86
Bra036025 (bZIP5)
 - - - - 2.09 2.11 - - 3.0 - - - - 1.89 - - - - 2.14 - 1.6 - - - - - - 0.7 - - 0.69
Bra036455 (PEG2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
Bra037092 (PUB58)
 - - - - - - 3.26 3.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 - -
- - - 2.83 - - - - 2.97 - - - - - - - - - - - - 2.8 1.45 - 2.67 - - - - - -
Bra037708 (NLP8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.92 1.74 2.33 0.96 2.47 1.86 2.95
Bra037768 (AOX2)
 - - 1.4 - - - - - 2.98 - - - 2.02 0.85 0.9 0.79 - - -0.71 - - - 2.55 1.01 - -0.12 - - -0.29 - -0.3
Bra037958 (ESR)
 -1.96 -3.16 -3.52 -5.82 1.32 -0.08 -2.82 -1.61 2.19 -0.27 -2.23 -1.46 -1.19 1.2 1.8 -1.39 -2.05 -1.6 -0.15 -2.49 -0.47 -0.46 -1.39 0.8 0.07 -0.39 -0.36 -1.66 -0.48 0.95 1.7
Bra038006 (MINI3)
 - - 1.9 - - - 0.31 1.83 3.03 - - - - 2.34 - 0.83 1.62 - 0.72 - 0.46 0.5 - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.6 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - -13.8 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - 2.3 - - 2.37 - - - - - - 3.48 - -
Bra039191 (UGT84B2)
 - - - - - - 2.09 0.32 -0.06 -0.92 0.13 0.44 0.24 -0.61 -0.64 - 0.77 -1.01 - 1.14 1.32 2.12 1.94 0.61 - -0.57 - -0.69 - -0.82 -0.73
Bra039525 (GSO2)
 -1.91 - -1.39 -3.8 -0.72 -1.69 -0.13 0.35 1.16 0.6 0.28 1.54 1.41 - -1.41 -0.47 -0.16 -0.31 -0.5 -1.63 0.22 -0.28 0.32 -0.28 0.46 -2.17 -1.42 -0.51 0.32 0.18 1.89
Bra039572 (HSP70)
 - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra040842 (AGC1-9)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.79 - - - - - 4.78 - -
- - - - - - - - 3.38 - - 2.89 2.69 - - - - - - - - - - - - - - - 2.75 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.