1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_183 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001130 (LCR18)
 2.35 - - - 0.46 - - - - - - - - - 2.89 1.82 2.93 0.75 - - 2.09 - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.37 - - - - - - - - 2.57 1.45 - - - - 3.59 - - - - - - - -
Bra002127 (SAUR23)
 0.68 2.53 -1.38 2.47 2.12 -1.41 0.01 -2.91 0.26 1.53 -1.53 -0.82 -2.05 -3.63 - -0.2 -0.28 -0.16 -1.16 -2.83 -2.31 -1.97 -4.01 -1.2 -0.76 -2.15 - -1.35 -0.64 -1.14 -3.05
Bra002968 (TS1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra003749 (SRS5)
 - - - - 1.09 1.19 - -0.48 1.27 -0.67 - 0.8 0.16 0.24 -0.31 -0.35 0.84 0.41 0.44 - 1.26 -0.01 - -0.11 - -1.23 1.3 - 1.91 0.82 -
-1.78 2.33 2.23 2.79 1.9 -0.28 -5.37 -4.44 - - 1.59 0.77 - -1.68 0.56 - - -2.8 0.96 - - - -1.28 -2.13 -3.75 - -5.33 - - -5.11 -4.01
Bra005446 (WL2)
 - - - - - - - 2.58 - - - 2.2 0.88 - - - 2.78 2.25 - - - - 2.8 - - - - - - - -
- - 2.13 - - 2.28 - - - - - 2.64 - - - - 3.32 - - - - - - - - - - - 2.47 - -
1.75 2.45 2.78 2.19 1.52 - - - 0.61 - - 1.15 0.02 -0.11 0.25 - -0.02 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.55 - 2.81 - 1.48 - 2.43 - - - 1.73 2.6 - - - - - - - - - - - - - 1.83
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra008160 (ATY13)
 - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.21 - - - 3.66 - - - - - 3.1 - - - - 2.38 - - -
Bra009817 (CYP71B11)
 0.32 1.15 0.41 0.58 0.83 0.38 -0.76 -0.33 -0.2 -1.29 0.04 -0.28 -1.29 -0.34 -0.45 -0.47 -0.32 -1.64 -0.17 -0.81 -0.45 -1.11 0.15 -0.61 -0.37 0.05 -0.36 0.67 0.56 1.03 0.31
Bra010241 (FLA5)
 - - - - - - 2.48 - - - - - - - - - 3.69 - - 2.68 - - 2.62 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.43 - 2.85 - - - 4.2 - - - - - - - - - - - - - -
Bra012061 (PRX72)
 - - - - - - -0.14 0.1 - - 1.52 - 2.32 1.81 - - 2.49 - - - - 0.04 2.73 - 0.09 - 1.1 - - 0.22 -
Bra014122 (CIPK17)
 0.62 1.24 1.65 1.66 1.07 1.48 0.67 0.45 -2.96 -0.98 -1.06 -1.75 - -1.6 0.12 -2.51 - -21.76 -3.65 0.78 -1.15 -5.26 - -2.88 -2.28 0.32 0.05 -1.17 1.11 -1.35 1.04
Bra015286 (TOM22-I)
 - 2.08 - - 1.93 - - - - - 1.85 - 1.24 - 1.24 - 2.56 1.27 - - - - 1.15 - - - - 2.05 - - -
- - - - -0.08 1.97 - - 1.42 -1.26 -1.3 -0.19 -0.03 -0.87 1.09 0.07 2.17 - -0.16 1.85 0.43 0.69 1.16 -1.19 -1.16 - - -0.84 - 0.51 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra016339 (ZCCHC8A)
 1.65 -0.28 1.84 1.26 -0.68 0.28 1.24 -1.38 0.54 -2.27 -1.25 -0.93 -2.07 - -0.42 -0.05 1.67 1.09 0.36 0.07 -1.32 0.69 0.1 - - - - -0.07 - - -2.18
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
2.07 0.9 1.5 - 0.93 -0.18 - -1.83 -1.24 -0.03 - -0.53 -1.61 -0.56 0.08 0.13 -0.77 0.48 - -1.8 -1.14 -0.63 1.98 -0.7 -0.24 -1.21 -0.71 -0.35 0.13 0.85 -1.79
0.2 - -2.55 0.06 -0.95 - 0.28 -1.09 0.84 0.02 -0.09 -1.39 -0.02 -0.62 -1.34 -0.69 2.08 1.0 -2.39 -0.91 0.44 -2.68 -0.88 -0.31 -0.93 0.81 - -2.19 1.47 1.76 0.25
Bra017500 (GATA27)
 - - - - - - - - - - - - 3.05 - - - 3.97 - 2.81 - - - - - - - - - - - -
- - 1.88 - - 1.34 0.08 - - 1.26 - 0.71 - 1.67 2.34 - 2.4 - - - - 1.35 0.42 1.2 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.82 - - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - -
-6.19 - -3.72 -5.51 -1.07 -1.97 -0.65 1.69 -1.97 1.44 -1.03 -2.76 -0.03 -0.6 -1.71 -0.54 3.73 -2.45 -1.8 -0.88 -1.71 -1.01 -3.85 -0.59 -0.25 -1.83 -0.85 -1.07 -0.88 -0.34 -0.47
Bra020766 (MBD11)
 - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - 4.16 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.94 - - - - - - - - 1.86 1.86 - 2.15 1.99 -
Bra021052 (MSH4)
 -0.08 -1.94 -1.65 -0.85 0.67 0.68 -0.96 -1.25 -0.12 -0.0 0.36 -0.66 0.53 0.28 0.23 0.14 2.51 -0.04 0.14 0.54 0.49 -0.17 1.17 -0.71 -1.23 -2.09 -2.73 -1.44 -2.42 -3.5 -2.35
1.5 3.12 - - 1.12 - - - - - - - - - - - - 2.08 - - - - - - - - - 2.4 - 2.34 1.44
- - - - 2.1 - - - - - - - - - - - 3.36 - - - - - 4.04 - - - - - - - -
Bra022206 (RAP74)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra024629 (gsl09)
 - - - - - - 0.0 0.95 - - - - 3.24 - - - 2.59 1.8 - - - - 1.82 - - - 0.32 - - 1.09 1.13
Bra025645 (NTRA)
 1.53 1.84 0.16 0.13 -0.32 0.29 -1.32 - -3.36 -0.39 -2.08 -1.0 -1.75 -0.46 -1.55 -2.54 -3.58 -0.45 -1.91 -2.7 -3.73 -2.59 0.99 0.3 0.94 0.85 1.44 0.16 0.5 1.15 -0.18
- - 2.87 - - - 1.7 - - - - - - - - - 3.63 - - - 1.9 - - - - - - - - 2.1 -
1.99 0.98 1.95 -1.77 0.19 0.13 -2.27 - -0.51 -2.17 -0.26 -1.82 -1.03 -0.98 -0.32 0.37 -2.08 0.73 -2.05 - -2.15 -0.73 1.4 0.31 0.11 - -0.22 0.42 0.34 0.52 -1.0
Bra026661 (CSLB03)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra026934 (CYP71B28)
 0.33 1.29 2.03 2.67 -0.87 1.56 - 0.22 0.98 0.02 -1.11 0.15 0.27 -0.89 0.82 -0.77 0.65 - -1.07 - -0.02 -1.08 - - - - - - - - -
Bra027287 (RIP1)
 0.83 2.11 2.04 -0.44 1.67 - - - - - - - - - -1.58 - - - - - - - 1.73 0.69 - -1.78 -0.16 -1.65 1.67 1.44 2.07
Bra027335 (YKT61)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
Bra028071 (DEI1)
 - 3.32 - 3.04 1.77 - 0.54 - - - - - - - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - -
Bra028329 (NF-YB4)
 2.42 - - - - - 2.04 - 1.99 - - - - - - - 3.7 - - - - - - - - - - - - 2.18 -
Bra028381 (PBL41)
 - 0.62 - - - - 0.07 0.14 1.02 - - - - - - 0.33 2.52 - - - - - 3.98 - - - - - - 1.33 -
Bra028795 (PKS4)
 - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - 3.32 - - - - - - - - - - - 3.28 - -
Bra028801 (VFB3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - 3.87 - - - - - - - - - -
Bra029270 (GCD1)
 - - - - - - 0.77 - - - - - - - - - 2.66 - - - - - 4.22 - - - - - - 2.11 -
- 2.42 - - - 2.02 2.0 - - - - - - - - - 4.14 - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.4 2.83 1.15 - - 2.43 - - - - - 1.33 - - 2.64 - - - - - - - - - - - 1.16 - -
Bra031680 (ARL8a)
 2.45 1.62 -0.44 2.12 0.39 0.3 - - - 0.3 - - - - - - -0.46 - - -0.56 -0.6 - 2.98 - 0.66 - - 0.53 -0.59 - -
Bra033139 (SRO1)
 1.76 - -0.82 - - 0.35 - -0.78 -0.77 1.66 - 0.31 1.03 -0.14 2.75 -0.3 1.28 1.87 - - 1.14 0.54 - - - - - - - - -
Bra034117 (TPK1)
 - - - - - - - 2.44 - - 2.64 - - - - - 4.27 - - - - - - - - - - - - - -
Bra035340 (CLE40)
 - 2.9 - - - - - - - - - - - - - - 3.6 - - - 2.41 - - - - - - - - 2.61 -
- - - - - - - - - - 1.3 - - 2.86 - 1.71 3.6 - - - - 1.56 - - 1.56 - - - - - -
Bra035532 (TT2)
 - - - - 0.47 0.51 2.02 - 1.61 - - - 0.75 - 0.98 - 3.18 - 0.67 - - - - - - - - 1.74 - - 1.77
Bra035538 (PRK1)
 - - - - - - - - - 2.27 - - 2.53 - - - 3.96 2.26 - - - - - - - - - - - - -
Bra036086 (HR3)
 - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - - 2.21 - - - - - - - -
Bra036880 (REM1)
 - - - - - - 2.11 1.3 - - - 1.69 - - 1.52 - 3.39 - 1.24 2.4 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - 2.37 - - - - - - - - - - -
- 2.73 2.08 1.19 1.49 0.77 - - - 0.78 - - - - - - 2.14 - - -0.14 - - -0.24 - 1.33 - - -0.02 0.02 - -0.09
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.79 3.04 - - - 3.17 - - - - - - - - -
Bra040012 (RTNLB8)
 0.1 2.28 -0.95 -0.2 0.56 0.79 -1.51 -4.15 - -4.06 -2.93 - -2.7 -3.59 -0.88 -1.85 -1.9 -2.4 -1.34 -3.85 -0.14 -3.87 1.21 1.15 0.09 1.05 0.74 1.25 1.25 0.86 0.03
Bra040400 (RALFL28)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.