1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_43 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000491 (LBD11)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.08 0.02 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001475 (ASML2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.2 0.04 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001947 (BKN3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra002242 (MSL9)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra002560 (DVL18)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.82 0.0 0.0 0.0 0.0 3.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.02 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra004042 (AE7)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.06 0.94 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006417 (TFL2)
 0.0 0.0 0.07 0.0 0.03 0.02 0.01 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.11 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.03 0.0 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.01 0.03 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.02 0.02
Bra010276 (HTT1)
 0.0 0.15 0.61 0.52 0.14 0.52 0.05 0.17 0.12 0.0 0.3 0.13 1.09 0.58 1.41 0.41 0.45 1.84 0.27 0.58 0.28 0.25 10.77 0.39 1.17 0.0 0.56 0.36 0.68 0.2 0.48
Bra011464 (AtCAPE3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.34 0.0 0.0 0.1 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.26 4.69 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra015479 (TCH2)
 0.0 0.25 0.09 0.0 0.35 0.38 0.0 0.06 0.0 0.0 0.09 0.0 0.2 0.0 0.43 0.0 0.0 0.05 0.14 0.0 0.0 0.0 4.49 0.1 0.06 0.0 0.0 0.48 0.11 0.06 0.34
0.0 0.11 0.1 0.0 0.31 0.34 0.0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.05 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.2 0.14 0.13 0.04 1.87 0.12 0.31 0.0 0.13 0.2 0.04 0.04 0.09
Bra015898 (MIF1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 1.42 0.0 0.0 0.0 0.0 3.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra017849 (VQ29)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0
0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.3 0.0 0.03 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.02
Bra020228 (RAX1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.01 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra020937 (GTB1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.61 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021179 (JAL34)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 1.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021775 (AthCYSTM6)
 0.0 0.68 0.0 2.01 0.26 0.71 0.6 0.83 0.0 0.24 0.0 0.0 3.27 0.34 0.0 0.0 0.0 3.57 0.0 0.0 0.0 0.0 17.04 0.54 0.0 0.0 0.81 0.0 0.0 0.6 0.92
Bra021824 (RLP23)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.24 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra022705 (AtDOB11)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02
Bra023505 (WRKY72)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra023586 (NDB4)
 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.03 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.25 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra023748 (TDR1)
 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.98 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra025795 (SK3)
 1.92 0.0 0.33 0.96 7.66 0.59 0.82 0.71 1.39 2.67 1.18 0.87 3.43 1.6 2.51 1.01 0.81 10.3 1.6 0.35 0.87 0.78 32.76 2.29 1.91 1.42 1.5 1.24 2.67 2.96 4.5
Bra025962 (TN2)
 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.01 0.1 0.0 0.0 0.0 0.02 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
0.81 0.71 0.66 0.45 1.0 1.09 0.43 0.31 0.55 0.31 0.38 0.43 0.33 0.84 0.83 0.36 0.31 1.52 0.66 0.39 0.34 0.37 7.53 0.65 0.6 0.51 0.57 0.67 0.79 0.67 0.96
Bra026805 (KNATM)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.19 0.09 0.0 0.1 0.0 0.05 0.23 2.49 0.99 0.33 0.12 0.0 1.87 0.19 0.0 0.0 0.0 7.65 0.04 0.0 0.0 0.05 0.27 0.21 0.09 0.0
0.0 1.24 0.88 0.33 1.53 0.7 0.13 0.18 0.88 0.96 0.81 1.14 3.47 1.12 0.5 0.84 0.95 5.25 0.0 1.74 0.57 1.28 28.77 0.07 0.08 2.48 0.0 0.18 0.49 0.08 0.72
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.01 0.01 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.03 0.0 0.0
Bra031715 (ZFP5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.06 0.0 0.0 0.06 0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.06 0.02 0.02 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.86 0.07 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01
0.0 0.0 0.02 0.0 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.0 0.02 0.0 0.21 0.02 0.01 0.05 0.04 0.15 0.01 0.0 0.07 0.0 0.94 0.08 0.1 0.04 0.08 0.06 0.0 0.09 0.16
0.18 0.0 0.08 0.11 0.21 0.66 0.27 0.02 0.86 0.97 0.59 0.53 3.34 0.9 1.16 0.45 0.4 3.47 1.13 0.43 0.68 0.48 11.76 0.68 0.71 0.37 0.54 0.53 0.56 0.09 0.18
Bra035948 (COBL5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra036939 (AAP5)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.05 0.0 0.01 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.01 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0
Bra037568 (PUB29)
 0.04 0.11 0.06 0.03 0.4 0.4 0.5 0.36 0.15 0.25 0.25 0.46 0.92 0.25 0.76 0.58 0.34 0.4 0.57 0.33 0.23 0.45 4.92 0.43 0.23 0.3 0.36 0.41 0.47 0.17 0.27
0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 10.92 0.38 0.0 0.85 0.0 0.0 0.0 0.73 1.14
Bra038474 (CYS4)
 0.0 0.28 1.66 0.0 0.53 0.0 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.54 2.49 0.92 0.17 0.48 0.26 3.49 0.0 0.0 0.27 0.0 49.16 0.0 0.0 0.26 0.0 0.12 0.0 0.36 0.12
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040831 (PBD1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040856 (bHLH94)
 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 0.11 0.05 0.03 0.0 0.0 0.37 0.04 0.0 0.0 0.0 1.18 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)