1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_129 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000719 (SPT16)
 13.27 15.0 14.41 12.95 18.06 18.26 10.46 10.69 12.58 11.36 11.73 10.83 13.2 18.25 21.38 14.07 12.45 13.45 12.34 11.18 11.56 11.35 21.48 11.27 11.06 11.54 11.21 12.78 13.29 11.8 13.12
Bra001426 (UBP13)
 4.81 6.11 5.14 4.27 8.65 7.48 3.53 4.28 5.21 4.36 4.47 4.77 5.13 7.85 8.69 6.02 4.95 7.14 6.0 4.82 3.93 4.6 9.93 5.35 5.45 4.33 5.28 5.92 6.04 5.61 6.26
6.06 6.18 6.68 5.62 13.0 12.4 6.54 6.88 6.19 7.58 6.5 5.54 9.61 12.31 13.2 6.96 9.2 12.99 5.95 5.66 6.49 7.15 23.29 7.55 7.82 7.76 7.08 6.1 8.03 7.44 9.27
Bra002667 (MSI1)
 6.34 7.72 5.46 4.37 9.56 7.99 4.64 5.63 7.6 5.5 5.46 4.8 7.79 12.48 12.06 7.51 4.41 7.72 6.36 6.14 7.07 6.32 21.79 7.85 6.28 7.06 7.58 6.82 7.31 6.37 7.09
Bra002672 (IEF)
 7.69 7.29 6.88 5.64 11.64 11.23 5.52 5.5 7.55 7.6 7.03 7.21 6.82 11.43 12.04 7.95 6.7 8.92 7.68 6.82 6.01 7.27 14.95 7.51 7.81 6.79 7.49 7.71 8.2 7.67 7.72
1.01 1.07 0.88 0.9 1.95 1.91 0.73 0.89 1.26 0.72 0.97 0.92 1.4 1.76 2.22 1.03 0.88 2.36 1.13 1.18 1.04 0.69 3.53 1.48 0.92 1.0 1.18 1.12 1.14 0.71 1.0
8.46 9.46 9.81 7.92 20.22 16.64 7.59 8.46 10.26 10.11 10.24 8.34 11.31 17.15 20.16 11.4 10.21 15.36 9.99 10.66 9.37 9.98 26.5 10.52 11.74 9.4 10.09 9.28 9.93 10.49 12.61
3.58 3.53 2.87 2.86 5.37 4.97 3.04 3.41 3.06 3.07 3.07 3.72 3.52 5.0 5.28 3.28 3.32 4.31 3.29 3.25 2.82 3.1 5.42 3.37 3.44 3.21 3.57 3.71 3.83 3.55 4.38
Bra002845 (TEX1)
 9.34 9.28 8.0 8.29 17.57 16.16 10.75 10.37 13.04 10.21 10.13 10.26 12.72 16.16 18.57 12.91 9.69 12.31 11.03 11.45 10.4 10.91 28.38 10.57 10.4 9.18 9.79 12.18 11.19 8.62 9.76
Bra002928 (SUM1)
 176.07 148.4 122.39 126.3 273.8 226.71 148.1 156.63 146.43 151.68 140.08 148.82 186.17 234.37 239.54 173.09 171.8 151.49 158.11 152.96 158.33 188.33 317.17 186.93 170.47 170.16 167.92 165.49 165.36 157.73 181.44
Bra003342 (AtCCR4a)
 4.71 3.47 4.22 3.13 6.89 6.65 2.66 3.27 3.37 3.36 3.63 3.33 4.61 7.79 7.79 5.49 4.57 5.11 4.59 3.79 3.61 4.11 9.71 4.19 3.37 3.63 4.04 4.41 3.72 4.22 4.27
6.12 6.76 5.69 5.51 8.84 7.93 4.91 5.39 4.63 4.6 4.95 4.64 6.3 9.58 10.24 6.72 5.89 5.93 4.38 4.55 4.33 5.31 11.48 5.01 5.12 5.01 5.03 4.86 5.24 5.48 6.01
Bra003369 (TXR1)
 9.83 10.63 10.99 7.74 20.73 18.03 7.73 7.57 9.81 8.6 8.05 8.97 9.67 18.78 19.63 10.73 9.27 11.08 10.07 8.64 7.6 10.58 25.62 12.71 11.31 11.7 12.29 12.56 13.09 10.32 10.73
Bra003429 (ARP7)
 9.06 10.7 11.28 9.14 14.42 11.68 8.25 7.67 9.42 8.66 8.6 8.04 10.38 13.78 13.0 10.71 8.83 9.31 9.37 8.28 8.38 8.38 13.97 9.42 8.26 8.65 8.98 10.5 10.24 8.92 8.88
Bra003464 (NTP8)
 5.88 5.24 4.67 4.79 6.94 7.12 4.34 4.22 5.05 4.64 4.55 4.27 4.47 6.75 7.56 5.62 4.89 5.06 4.66 4.91 4.41 4.51 8.23 4.42 4.48 4.14 4.73 4.82 5.01 4.73 4.98
Bra004123 (UCH2)
 17.42 18.29 13.61 12.06 19.94 19.53 13.24 12.37 13.93 12.52 12.93 12.82 13.37 18.42 22.08 14.66 12.4 16.83 12.64 13.82 13.07 13.66 25.82 16.77 13.05 12.09 13.78 14.45 15.14 13.7 13.39
Bra004279 (MAP70-1)
 4.72 6.4 6.7 5.26 8.3 6.09 3.87 4.25 4.22 5.01 4.74 3.82 5.97 9.78 9.5 7.12 4.91 6.66 4.82 4.84 4.2 5.07 8.39 5.33 5.19 5.27 4.91 5.06 5.44 4.5 4.83
455.86 486.96 483.57 514.67 699.35 564.7 552.62 493.25 418.12 479.33 433.13 416.84 607.54 693.64 627.84 517.21 572.11 692.23 515.6 533.87 547.66 522.66 744.43 536.04 507.1 469.25 488.39 508.75 517.81 492.95 551.92
Bra005523 (SAR1)
 55.73 78.81 64.3 61.0 71.39 72.55 49.01 45.77 34.09 43.76 41.92 43.02 68.31 77.58 70.53 57.93 57.7 54.58 39.73 46.38 40.25 44.1 109.93 46.27 45.43 55.33 43.34 45.74 54.49 42.97 41.11
Bra005812 (EPCR2)
 7.21 6.5 5.92 5.4 9.87 11.94 4.08 4.38 4.95 3.97 4.02 4.5 4.31 11.21 13.82 5.19 5.01 8.53 5.16 5.65 4.58 4.7 11.87 5.1 4.25 3.7 4.73 5.39 5.86 5.16 6.12
Bra007478 (LSM6A)
 62.47 72.41 73.5 64.3 155.13 144.79 49.15 38.63 46.8 55.23 57.78 47.91 71.14 112.69 147.98 72.91 55.13 97.57 71.11 47.32 58.88 67.39 164.9 82.38 86.34 69.07 77.8 78.35 81.02 70.16 70.64
224.0 249.01 254.5 194.79 276.99 241.39 229.2 219.17 179.37 230.73 176.08 195.56 252.84 296.6 306.0 224.5 198.9 272.75 230.4 195.66 238.07 234.83 391.31 205.14 202.35 181.15 209.67 201.22 183.61 191.37 203.98
Bra007752 (SMU2)
 9.61 8.94 7.79 8.0 11.64 11.31 6.71 6.74 9.01 6.9 7.58 8.24 7.42 13.8 13.53 8.96 7.27 9.03 7.06 8.09 7.29 6.96 14.38 7.92 7.4 7.12 7.34 9.15 8.58 7.6 8.27
8.55 8.72 8.48 6.86 13.9 12.79 8.37 7.56 9.23 7.84 7.79 7.84 8.03 13.3 14.62 9.8 7.74 9.99 9.44 8.47 7.53 8.19 18.18 8.51 8.32 7.16 7.71 9.85 9.58 8.01 8.4
663.19 728.51 599.06 675.12 1091.13 867.74 757.15 927.18 486.81 549.61 571.84 552.24 813.46 1175.2 997.67 665.78 725.89 1171.68 737.36 703.22 761.16 749.24 1504.83 665.34 679.95 651.63 663.29 669.01 681.36 628.63 754.41
Bra010101 (MOS14)
 2.56 2.71 2.42 2.04 4.26 3.92 2.56 2.8 2.34 2.51 2.55 2.39 3.35 4.11 4.69 3.53 3.34 3.35 2.67 2.59 2.62 2.28 5.75 2.52 2.95 2.51 3.05 2.4 2.68 2.86 3.47
Bra010243 (PBA1)
 22.03 26.14 25.77 21.4 42.63 34.38 19.11 15.23 22.84 22.33 19.06 19.72 23.84 32.96 41.1 22.8 20.11 28.24 16.18 17.7 18.19 22.29 42.06 20.23 19.47 19.59 21.75 21.12 22.46 18.68 20.4
Bra011348 (MEF8S)
 3.08 2.32 2.18 1.97 3.29 3.38 1.64 1.43 2.73 2.09 2.13 1.95 1.9 4.95 4.92 2.07 1.77 3.39 2.2 2.36 1.64 2.14 3.48 1.57 1.6 1.43 1.86 2.0 2.37 2.29 2.39
Bra012260 (BRR2)
 6.43 7.0 6.24 5.23 7.6 7.8 4.67 4.81 4.75 5.02 4.89 4.64 5.85 8.44 9.55 6.7 5.92 7.04 5.5 5.3 5.15 4.92 9.58 4.02 4.52 4.26 4.82 5.43 5.43 5.4 6.68
Bra013349 (RABA1d)
 5.26 7.31 5.74 3.9 14.76 9.86 5.18 8.09 5.56 5.54 4.63 4.57 13.17 15.47 12.61 10.31 7.13 9.5 6.83 5.36 7.14 6.01 24.17 6.75 6.14 7.09 7.12 6.34 7.46 7.53 8.03
8.84 8.1 8.18 7.11 10.19 11.21 7.1 7.36 6.86 6.15 6.11 6.34 7.61 11.74 12.97 8.16 7.25 6.99 7.44 6.92 6.32 7.11 9.58 6.32 6.98 6.02 6.9 7.12 7.24 6.3 7.86
3.4 3.33 4.57 3.98 6.61 6.29 3.44 3.26 4.03 3.39 3.9 3.55 6.93 8.32 8.47 5.17 3.92 4.79 4.0 4.37 3.67 4.04 10.73 4.19 3.94 3.1 3.52 4.6 4.68 3.17 5.25
Bra013848 (SAE1A)
 12.91 13.4 10.57 10.08 23.3 20.62 12.01 13.08 13.32 11.02 11.89 9.54 20.01 22.68 23.31 15.92 14.14 14.84 14.88 13.25 12.79 13.31 27.73 11.97 13.05 11.55 12.06 11.62 13.17 13.41 16.52
Bra015039 (VIL1)
 3.64 3.97 4.05 3.58 6.01 5.16 2.99 3.76 3.2 3.09 3.22 2.67 5.82 6.37 5.47 4.17 4.34 5.62 2.99 2.88 2.8 2.86 10.18 3.36 3.09 3.94 2.96 3.6 3.59 4.22 4.69
Bra015396 (AXR1)
 7.94 7.23 8.54 7.83 11.48 11.58 8.94 8.06 7.97 8.39 8.04 7.24 10.01 9.33 11.46 9.15 9.54 9.62 8.44 7.6 8.06 8.59 15.7 7.87 7.71 6.78 8.38 8.24 8.47 8.06 9.74
Bra015485 (GTE4)
 5.3 4.64 4.23 4.03 5.78 6.08 3.02 3.27 4.08 3.41 3.3 3.65 3.46 7.06 8.06 4.42 3.69 5.63 3.88 4.07 3.43 3.52 6.61 3.35 3.51 3.56 3.64 4.03 4.48 4.1 4.05
Bra016961 (UBP5)
 5.09 4.98 5.14 4.25 6.9 6.77 3.4 3.57 4.11 3.54 3.54 3.6 4.04 7.8 9.21 4.49 3.76 5.44 3.9 3.85 3.74 3.68 7.31 3.82 3.28 3.66 3.06 4.02 4.36 3.86 4.58
Bra017400 (RSA1)
 7.63 8.55 7.81 7.13 11.12 10.29 6.52 6.86 6.94 7.81 7.0 6.59 8.05 11.68 11.31 8.6 8.14 8.23 7.08 7.83 6.85 6.8 13.19 7.15 7.79 7.53 6.84 8.72 7.97 8.08 8.6
Bra017422 (ETL1)
 5.84 5.76 5.54 3.88 7.58 8.3 4.42 4.64 4.4 3.96 4.04 3.61 4.85 7.97 8.47 5.45 4.72 5.12 4.88 4.87 3.93 4.81 7.79 4.75 4.72 4.58 5.13 4.98 5.6 4.55 6.14
27.84 37.12 22.49 24.3 65.02 45.14 27.73 32.01 21.48 30.18 36.0 29.78 47.56 49.05 47.96 32.94 36.58 60.9 41.84 38.9 35.61 39.04 76.24 42.44 44.62 28.98 31.92 43.95 38.96 39.84 41.07
Bra019137 (PUM6)
 5.16 5.14 6.13 3.65 11.24 10.89 2.57 2.89 4.99 3.97 3.81 3.79 3.82 10.66 12.39 5.95 4.52 5.98 5.08 4.41 4.08 4.51 16.32 3.1 3.36 2.68 3.55 5.07 5.01 5.11 4.96
Bra019432 (HIRA)
 3.19 3.13 3.62 2.48 4.61 4.58 2.3 2.42 2.96 2.6 2.79 2.81 2.9 4.7 5.79 3.48 3.11 3.57 2.87 2.59 2.44 2.57 5.91 2.36 2.48 2.56 2.67 2.74 2.96 2.98 3.58
Bra019452 (MAK10)
 7.9 6.77 6.73 5.54 9.3 9.65 5.25 6.12 6.0 5.47 5.91 5.43 6.71 11.41 11.74 7.03 6.44 7.01 6.55 6.05 6.29 5.21 10.99 6.04 5.85 6.0 6.16 6.27 6.07 5.38 7.28
Bra021701 (SUS2)
 12.29 13.76 11.21 9.77 16.67 16.57 8.45 10.13 10.92 9.91 9.52 9.94 11.79 21.08 23.61 14.01 10.82 14.45 10.87 10.45 9.03 9.24 19.65 7.49 8.32 9.17 9.11 9.14 10.6 9.94 13.8
Bra022762 (MORC4)
 3.99 3.64 3.5 2.44 6.67 5.95 2.64 2.7 3.62 2.72 2.8 3.48 3.41 6.56 6.67 3.51 3.12 4.29 3.29 3.74 2.98 3.41 6.81 3.16 2.85 2.77 3.08 3.47 3.8 3.34 4.38
Bra022873 (RAD50)
 3.54 4.01 2.9 2.44 5.19 4.75 1.94 2.09 1.98 1.75 1.92 1.68 2.36 4.79 6.2 2.83 2.58 3.95 3.01 2.34 2.44 2.27 5.28 1.89 1.95 1.69 1.91 1.82 1.91 1.78 3.16
5.62 5.59 5.76 4.28 7.87 7.92 3.92 4.41 3.83 3.71 3.62 3.47 5.22 7.83 9.18 5.73 4.92 6.42 5.03 4.12 4.09 4.21 8.46 5.3 5.02 5.16 4.85 5.32 5.43 4.21 6.38
Bra023851 (PAC1)
 28.27 31.99 27.94 27.88 45.22 38.21 25.92 26.96 28.4 28.7 25.78 28.39 34.3 44.48 41.35 28.44 25.71 36.01 27.64 25.58 28.57 28.48 48.45 27.93 28.15 27.14 27.96 31.76 29.92 27.08 26.02
7.32 7.83 7.17 5.98 9.52 8.82 5.02 5.33 6.57 4.75 4.99 5.75 5.81 12.03 11.62 6.91 5.9 7.97 6.8 6.19 4.99 5.76 9.72 5.57 5.8 5.36 5.57 6.51 6.86 5.17 6.52
19.28 17.25 15.67 14.63 31.06 30.03 14.86 11.93 14.14 15.0 14.32 13.27 16.1 26.5 34.44 18.45 14.76 23.61 19.84 16.67 14.53 15.73 40.47 20.12 20.3 16.76 18.13 19.85 18.05 18.26 17.91
4.66 6.32 4.84 4.33 5.78 5.93 3.89 3.71 3.19 3.19 3.89 2.84 3.85 7.76 7.97 4.21 3.77 5.5 4.01 3.54 3.67 3.03 6.87 3.68 3.7 3.66 4.0 3.87 4.01 2.71 4.8
Bra028579 (TOP2)
 6.71 7.2 5.02 3.34 12.38 9.59 4.39 4.23 6.03 5.61 5.28 5.5 7.91 12.02 14.47 6.82 5.36 10.03 6.39 5.0 5.28 5.53 15.61 6.81 6.43 5.4 6.15 7.22 6.43 5.04 7.04
13.18 13.57 12.42 10.99 16.19 17.28 13.09 12.51 12.95 9.55 9.89 9.01 13.07 16.98 18.8 12.11 12.12 13.53 11.1 11.89 10.36 10.18 17.08 11.34 12.52 11.31 11.68 13.3 13.39 12.31 15.2
6.94 6.85 6.86 5.95 9.05 8.93 5.33 5.56 6.02 5.63 5.48 5.01 5.8 8.72 9.71 6.86 5.97 6.72 5.75 5.48 5.27 5.86 11.04 5.39 5.52 5.57 5.35 6.07 6.52 5.99 5.86
Bra029530 (IEN1)
 3.99 3.73 3.64 3.1 6.6 6.67 3.06 3.11 4.04 3.52 3.37 3.32 3.69 6.84 8.27 4.62 3.8 4.84 4.13 3.86 3.42 3.78 8.33 3.44 3.25 3.4 3.47 3.89 4.12 3.74 4.3
Bra030524 (UVH6)
 3.78 2.95 3.31 2.62 4.97 4.98 2.81 2.76 2.79 2.6 2.93 3.06 3.28 5.09 6.25 3.97 3.27 3.23 3.21 2.95 2.95 2.81 4.58 2.95 2.73 2.73 2.96 3.24 3.15 3.05 3.4
Bra030662 (NRPC7)
 1.73 1.53 1.74 0.96 3.82 3.51 1.91 2.29 1.62 1.26 1.39 1.51 3.37 3.05 4.27 1.62 2.76 1.96 1.64 1.16 1.68 1.2 8.1 1.75 1.51 1.18 1.89 1.94 1.85 1.9 2.6
12.5 11.69 11.42 11.11 16.29 13.76 10.7 9.28 11.36 11.64 10.07 10.65 13.42 19.42 18.08 12.74 11.41 14.05 11.42 10.98 10.15 10.35 17.97 11.31 11.21 9.76 9.27 12.52 11.66 10.62 10.04
Bra032014 (PWO1)
 3.05 2.43 2.33 2.07 4.17 4.1 2.1 2.35 2.6 2.25 2.35 2.48 2.52 4.09 4.6 2.91 2.55 3.12 2.85 2.48 2.33 2.46 4.7 2.47 2.79 2.75 2.76 2.83 3.12 3.04 3.37
17.83 23.13 24.59 17.7 65.99 47.63 23.19 18.08 27.56 20.24 28.14 27.26 29.32 48.13 68.4 29.48 26.39 60.77 29.57 31.31 22.98 34.58 68.11 30.72 30.51 21.57 29.85 28.77 20.99 22.0 25.48
Bra032664 (NOT1)
 8.98 9.69 8.21 7.24 10.87 10.25 6.01 6.86 6.74 6.57 6.16 6.27 6.35 11.79 13.33 8.28 7.06 9.64 7.92 6.81 6.27 6.38 12.09 6.76 7.03 6.74 7.59 7.18 7.74 7.38 9.72
Bra034627 (gamma2-COP)
 6.83 7.86 6.28 6.03 12.24 9.15 5.13 5.26 6.02 6.09 5.72 5.54 6.61 11.45 11.0 7.24 6.2 7.68 6.71 6.44 4.9 5.57 10.46 6.25 6.37 6.4 6.05 7.31 6.56 5.83 6.66
5.23 5.97 5.93 5.03 9.45 9.49 4.62 5.27 6.04 5.58 5.23 4.78 11.24 10.28 10.82 7.09 6.95 9.34 6.23 5.26 5.78 6.27 14.59 6.23 6.11 5.43 5.51 6.69 7.11 5.99 7.06
Bra035938 (PIA2)
 4.26 3.94 4.61 2.79 8.16 6.05 3.4 2.75 4.27 4.53 3.65 3.36 5.37 8.31 7.76 5.22 4.76 4.67 4.32 4.42 3.29 4.02 10.14 4.7 4.59 3.15 4.23 4.35 4.7 4.09 4.28
Bra036970 (ADA1B)
 3.37 3.07 4.15 3.88 6.09 5.64 2.69 3.07 3.09 2.68 2.13 2.21 4.59 5.77 5.93 3.42 3.28 4.49 2.8 2.85 3.15 3.22 8.21 3.18 3.36 2.3 2.73 2.86 3.44 3.08 3.57
Bra037299 (NERD)
 7.63 7.85 7.48 6.33 11.1 10.37 6.04 6.68 7.21 6.59 6.56 6.88 7.12 11.81 12.92 7.63 7.0 9.01 7.07 7.06 6.35 6.29 12.35 6.17 6.56 5.87 6.94 6.73 7.69 7.68 8.87
5.03 6.09 5.85 4.59 7.34 7.5 4.48 5.01 4.49 4.99 4.56 4.26 5.69 7.64 7.83 6.32 5.41 5.73 5.32 5.39 4.73 4.63 9.11 5.03 5.56 5.46 5.7 4.85 5.86 5.74 6.08
Bra037810 (RABA4a)
 12.71 19.29 16.5 15.69 21.6 19.67 10.86 11.34 11.81 11.53 10.45 10.27 17.27 25.5 19.47 11.6 10.47 16.42 9.03 8.42 8.76 10.67 32.06 13.0 11.4 10.07 10.2 12.04 11.55 12.54 11.72
32.79 36.83 37.79 34.6 55.85 44.34 29.54 31.38 31.12 31.89 29.36 30.78 44.03 54.17 55.81 39.62 36.15 51.76 36.16 37.64 35.78 37.14 62.66 37.59 35.87 35.96 36.13 35.46 37.21 34.98 34.41
2.74 2.41 2.79 1.83 4.35 4.47 2.0 2.3 2.1 1.84 1.87 2.01 2.45 4.06 5.32 2.59 2.05 2.84 2.05 2.02 1.87 1.85 4.86 2.04 1.99 1.74 1.98 2.07 2.25 2.11 2.26

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)