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Heatmap: Cluster_250 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001233 (PBL26)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - - 3.9 - - - - -
-1.08 -1.52 -1.7 -2.06 0.1 -0.22 -0.64 -0.45 0.13 -0.43 -0.68 0.06 -0.04 0.28 0.47 -0.53 -0.68 0.6 0.09 -0.44 -0.81 -0.83 2.16 0.13 0.04 0.04 -0.01 0.27 0.28 0.26 0.32
-1.77 -1.73 -2.09 -1.41 -0.05 0.48 0.43 0.57 0.07 0.02 -0.25 0.27 0.33 0.38 0.21 0.22 0.46 -0.24 -0.17 0.19 -0.09 0.08 0.56 0.14 -0.0 -0.67 -0.26 0.58 0.42 -0.55 -0.27
-0.52 -0.82 -0.43 -0.78 0.1 0.68 -0.39 -0.58 -0.05 -0.32 0.03 -0.21 -0.24 0.71 0.71 0.28 0.04 -0.24 -0.07 0.11 -0.09 -0.14 1.1 0.21 -0.08 -0.68 -0.16 -0.24 0.22 -0.16 -0.18
Bra005541 (COP1)
 -0.57 -0.83 -0.89 -0.75 0.0 0.34 0.25 0.21 -0.06 -0.25 -0.02 -0.06 -0.03 0.36 0.33 0.15 -0.09 0.15 0.21 0.11 -0.11 -0.1 0.51 0.05 0.1 -0.48 0.07 0.22 -0.01 -0.12 0.17
Bra006186 (VNI2)
 -1.01 -2.66 -1.62 -1.33 0.31 0.76 0.01 -0.15 -0.13 -0.39 -0.04 -0.49 -0.66 0.62 0.69 0.45 0.19 -0.37 0.4 0.22 0.03 -0.17 1.37 0.24 0.03 -0.44 -0.27 -0.27 0.08 -0.35 -0.1
-0.4 -0.86 -1.19 -0.71 0.11 0.34 0.55 0.45 -0.24 -0.02 -0.04 -0.06 0.24 0.15 0.25 0.05 0.24 -0.3 -0.04 0.06 -0.28 -0.13 0.3 -0.04 0.07 0.07 -0.06 -0.06 0.26 -0.08 0.15
Bra007998 (SPI-1)
 -0.67 -0.59 -1.22 -1.77 0.68 0.63 -1.2 -2.0 -0.03 -0.06 -0.45 -0.28 -0.82 0.23 0.73 -0.11 -0.13 0.56 0.6 -0.1 -0.28 0.33 1.47 0.09 -0.06 -0.47 -0.03 -0.14 -0.4 0.19 0.14
-0.42 -0.36 -0.2 -0.36 -0.09 0.5 -0.39 -0.38 0.02 -0.15 -0.04 -0.13 -0.09 0.47 0.32 0.24 0.16 0.18 0.21 0.03 0.12 0.11 0.69 -0.04 -0.08 -0.95 -0.22 -0.3 0.13 -0.21 0.14
Bra010376 (FLOE1)
 -0.48 -0.46 -0.49 -0.65 -0.2 0.19 -0.29 -0.86 0.01 -0.19 -0.09 -0.05 -0.79 0.05 0.35 0.04 -0.38 -0.0 0.04 -0.12 -0.21 0.07 0.97 0.52 0.43 -0.4 0.32 0.29 0.4 -0.0 0.27
-0.43 -0.29 -0.14 -0.64 0.33 0.56 -0.11 -0.1 -0.12 -0.03 -0.08 -0.07 -0.26 0.42 0.29 0.2 0.21 -0.21 0.07 0.11 0.08 0.04 0.59 -0.22 -0.15 -0.75 -0.2 -0.18 0.18 -0.06 0.04
Bra010788 (INT2)
 -3.32 -4.02 -4.41 -4.16 0.32 0.65 -0.29 -0.59 0.29 0.2 -0.29 -0.18 -0.18 0.66 0.8 0.17 -0.1 0.33 0.01 -0.27 -0.48 -0.03 1.69 0.2 -0.03 -0.78 -0.06 -0.11 0.22 0.04 0.37
Bra011201 (GGP1)
 -1.19 -1.9 -2.21 -1.53 -0.01 0.34 0.48 -0.43 -0.06 -0.18 -0.48 -0.74 0.18 0.73 0.29 0.46 0.2 0.44 0.02 -0.17 0.08 -0.03 0.25 0.54 0.4 0.04 0.15 0.35 0.43 -0.57 -0.11
Bra011412 (APM1)
 -0.49 -0.54 -0.92 -0.56 0.38 0.26 0.08 -0.72 -0.1 -0.07 -0.07 -0.23 -0.38 0.03 0.28 0.24 -0.49 -0.08 -0.18 -0.56 -0.21 -0.11 1.5 0.12 0.09 -0.09 0.03 0.27 0.24 0.0 0.04
Bra012157 (ARA12)
 -0.58 -0.82 -0.7 -1.14 0.22 0.4 -0.14 -0.49 0.05 0.04 -0.19 0.15 0.02 0.37 0.47 -0.21 0.27 0.11 -0.11 -0.19 -0.24 -0.11 1.26 -0.04 -0.01 -0.53 -0.1 0.02 0.23 -0.06 -0.01
Bra013119 (RLP33)
 -0.54 -0.53 - - 0.95 2.29 -2.12 -1.98 -0.56 -0.45 - 0.01 -1.83 -0.86 0.23 0.61 1.02 0.71 -1.06 -0.9 - -0.12 3.33 -1.07 - - -2.0 - - - -
Bra013656 (SGR)
 -1.38 -1.95 -2.54 -0.74 -0.18 0.71 -0.13 -0.94 -0.77 -0.76 -1.06 -1.18 -0.42 0.67 0.9 -0.16 -0.54 -0.39 -0.44 -0.44 -0.57 -0.85 1.63 0.53 0.44 0.68 0.29 0.69 0.97 -0.25 0.2
-0.87 -1.12 -1.41 -0.99 0.12 0.48 0.41 0.15 0.04 -0.15 -0.17 -0.33 0.29 0.46 0.3 0.2 0.03 -0.27 -0.31 -0.03 0.08 -0.09 0.76 0.08 0.12 -0.03 -0.14 0.24 0.34 -0.28 -0.04
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 1.58 0.45 1.41 1.68 -1.55 1.27 2.29 2.81
0.21 0.13 0.78 0.1 1.13 0.42 -2.07 -1.73 -1.16 -0.72 -1.04 -3.59 -3.2 -0.05 0.61 -1.72 -1.9 -0.54 -1.54 -1.09 -2.86 -2.19 2.7 0.23 0.02 -0.97 -0.33 0.57 0.4 0.6 -0.11
Bra016422 (SKP2A)
 -1.34 -1.65 -1.83 -0.9 -0.4 0.44 0.17 -0.83 -0.58 -0.01 -0.41 -0.26 -0.08 0.2 0.37 0.3 0.34 -0.19 0.18 -0.18 -0.12 -0.03 1.36 0.54 0.6 0.02 0.47 -0.95 -0.51 -0.36 0.86
Bra016602 (LOX3)
 -2.78 -3.58 -2.8 -4.74 -0.62 0.46 -0.09 -0.49 0.12 -0.96 -1.47 -0.3 -1.31 -0.2 0.15 0.12 -0.33 0.43 0.11 0.26 -0.28 -1.7 1.81 0.48 0.45 0.5 0.17 -0.11 0.68 0.78 1.04
Bra017527 (MYC3)
 -0.84 -0.74 0.04 -1.07 0.24 0.15 -0.51 -0.54 -0.17 -0.26 0.06 -0.16 -0.74 0.39 0.47 -0.1 -0.3 0.1 0.12 -0.04 0.1 0.02 0.85 0.19 0.06 -0.62 0.04 0.39 0.56 0.31 0.06
Bra017818 (CYP81D4)
 -1.6 -1.9 -1.51 -1.4 -0.32 -0.16 -0.12 -0.73 0.05 -0.2 -0.07 0.05 0.32 -0.0 -0.14 0.18 0.01 -0.93 -0.67 -0.49 -0.18 -0.42 1.36 0.16 0.22 0.04 0.2 -0.31 0.72 0.53 1.51
Bra017915 (SCL1)
 -0.57 -0.09 -0.06 -1.6 0.23 0.15 -0.56 -0.6 -0.03 -0.44 -0.32 -0.07 -0.62 -0.13 -0.04 -0.36 -0.52 0.1 -0.29 -0.23 -0.41 -0.16 1.91 -0.05 0.02 -0.64 -0.12 0.09 0.44 0.47 0.58
0.09 0.86 0.1 -1.49 0.52 1.6 -0.72 -2.41 -1.91 -1.1 -1.59 -1.63 -1.14 -0.22 0.58 -3.63 -0.43 1.71 -1.15 -0.9 -1.05 0.02 2.57 -1.15 -0.33 -1.04 -0.45 -1.87 -0.62 -1.03 -0.21
-1.02 -1.04 -1.41 -1.0 0.18 0.38 0.2 -0.28 -0.05 -0.04 0.04 -0.18 -0.05 0.63 0.67 0.2 0.11 0.16 0.02 0.09 -0.03 0.08 0.32 0.1 0.16 -0.69 -0.09 -0.07 0.05 -0.01 0.44
Bra018722 (MRP4)
 -1.24 -1.54 -0.98 -0.84 -0.23 0.47 0.28 -0.25 -0.25 -0.25 -0.41 -0.48 0.28 0.36 0.6 0.56 0.19 0.36 -0.03 0.03 -0.1 -0.04 0.85 -0.06 0.05 -0.04 -0.07 0.21 0.18 -0.43 0.2
-0.16 -0.69 -0.73 -1.42 0.26 0.54 -0.33 -0.76 0.12 -0.14 -0.36 -0.18 -0.59 0.11 0.52 -0.04 0.27 0.15 -0.44 -0.66 -0.56 -0.84 1.48 0.2 0.15 0.19 -0.21 0.36 0.17 0.14 0.21
Bra020855 (ISU1)
 -0.87 -0.79 -1.2 -0.92 0.22 0.29 -0.52 -0.6 0.03 -0.01 -0.32 0.13 -0.38 0.41 0.59 0.1 -0.19 -0.0 0.13 0.07 0.04 0.02 1.3 0.14 0.02 -0.19 0.13 -0.02 -0.21 0.05 0.11
Bra023598 (NIT2)
 -1.68 -1.96 -1.45 -1.0 -0.7 0.27 0.37 -0.01 0.11 -0.22 -0.11 -0.3 -0.01 0.97 0.51 0.0 -0.47 0.4 0.11 -0.37 -0.16 -0.49 1.44 0.27 0.44 -0.0 0.11 0.07 -0.17 -0.67 -0.02
Bra023868 (NPF6.4)
 -2.27 -2.37 -2.32 -2.15 -0.55 0.73 0.34 -0.22 -0.11 -0.34 -0.23 -0.4 -0.07 0.28 0.51 0.54 0.31 -0.13 -0.05 0.3 0.19 0.11 1.63 0.16 0.19 -0.69 0.05 -0.29 0.18 -0.74 0.28
-2.02 -2.2 -1.35 -1.3 0.09 0.33 -0.12 0.02 -0.3 0.12 0.13 -0.25 -0.05 0.2 0.19 0.32 0.24 0.44 0.01 0.19 -0.16 0.03 1.48 0.26 0.36 -1.26 0.2 -0.34 -0.06 -0.41 0.26
-0.9 -1.18 -1.77 -1.95 0.59 0.69 -0.14 -0.85 -0.22 -0.18 -0.22 -0.4 -0.73 0.3 1.0 -0.07 -0.22 0.53 -0.03 -0.35 -0.39 -0.59 1.7 0.21 0.03 0.29 -0.18 -0.02 0.1 -0.44 -0.12
Bra026067 (MTP10)
 -0.86 -1.07 -1.32 -2.26 0.22 0.26 -0.25 -0.73 -0.4 -0.27 -0.28 -0.2 -1.22 0.28 0.63 0.17 0.03 -0.59 0.12 -0.25 -0.62 -0.39 1.27 0.64 0.53 -0.33 0.22 0.32 0.5 0.64 0.41
Bra026207 (PRX4)
 - - - - - - - - - - - - -0.48 - - - - - - - - - 3.95 - - 3.65 - - 1.13 - -
Bra026268 (FLOE1)
 -1.38 -0.76 -1.01 -0.74 -0.2 0.29 -0.4 -1.29 0.03 -0.27 -0.3 -0.44 -0.16 0.99 0.83 0.39 -0.27 0.83 0.08 -0.06 -0.08 0.06 1.44 0.27 0.17 -0.63 0.08 -0.43 -0.45 -0.79 -0.18
Bra026481 (AAP7)
 -0.7 -1.34 -1.96 -2.06 0.46 1.24 -0.06 -0.95 -0.09 -0.6 -0.84 -0.36 -0.62 -0.01 0.66 -0.96 -0.33 0.04 0.2 0.0 -0.43 0.06 1.84 0.3 0.21 -0.63 -0.09 -0.03 0.36 -0.14 0.13
Bra027319 (CYP72A11)
 -1.05 -1.33 -1.12 -1.52 0.56 0.44 -1.62 -0.75 0.03 -0.85 -0.86 -0.26 -2.38 0.19 0.74 -1.58 -2.61 0.43 -0.26 -1.48 -1.62 -1.55 2.66 -0.97 -0.92 -2.0 -1.25 1.13 1.13 0.8 0.81
Bra028474 (G6PD6)
 -0.95 -1.13 -1.2 -0.93 0.58 0.62 -0.3 -1.18 -0.19 -0.6 -0.49 -0.61 -0.71 0.64 1.09 -0.18 -0.48 0.77 -1.11 0.06 -0.27 0.08 1.65 0.25 0.16 -0.19 0.05 0.11 -0.03 -0.56 -0.37
Bra028907 (LECRKA4.2)
 0.05 -0.29 0.19 -0.42 0.69 0.48 -1.31 -4.04 0.04 -0.4 -1.13 -0.75 -1.38 -0.16 -0.6 -1.56 -1.61 0.02 -0.74 -1.47 -1.04 -0.61 2.47 -0.09 -0.23 -1.24 -0.02 0.78 0.86 0.85 0.23
-1.28 -0.94 -0.86 -1.15 -0.35 0.43 0.46 -0.49 -0.06 -0.25 -0.12 -0.33 -0.19 0.21 0.5 -0.04 0.14 -0.15 0.21 0.13 0.04 0.01 1.08 0.23 0.21 -0.09 0.24 -0.1 0.08 -0.24 0.28
Bra029440 (COG0354)
 -2.13 -2.63 -2.91 -2.19 -0.38 -0.2 0.23 0.34 -0.31 -0.78 -0.3 -0.63 0.38 0.99 0.94 0.34 0.29 0.48 0.48 -0.21 -0.03 -0.16 1.39 0.2 0.26 -0.51 0.14 -0.03 -0.33 -0.83 0.01
Bra029728 (RGP)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.07 - - - - 3.36 - - 2.69 0.3 0.38 1.34 2.23 1.28
Bra029779 (RCF1)
 - - - - -1.85 - -2.07 - - -0.9 0.59 -2.05 - - - - 0.44 1.36 - - -1.04 -1.0 3.07 -2.07 - -1.56 -0.23 0.44 1.07 -0.14 3.18
Bra030994 (SOC3)
 - - 1.89 - - - -0.06 0.27 - - - - - - - - - 2.73 - - - - 3.06 - 0.04 2.78 0.17 - - - 0.16
-0.46 -1.05 -1.17 -1.84 0.07 0.79 0.27 -0.05 0.17 -0.35 0.18 -0.3 -0.03 0.69 0.8 0.41 0.01 0.26 0.38 0.14 -0.12 -0.1 0.72 -0.15 -0.01 -1.85 -0.31 -0.15 0.03 -0.78 0.02
Bra031307 (HYR1)
 -1.02 -1.48 -2.06 -1.81 0.29 0.77 0.32 0.22 0.09 -0.43 -0.47 -0.28 -0.58 0.52 0.52 0.05 -0.36 0.78 0.71 0.12 0.03 -0.06 0.04 0.16 -0.09 -0.71 0.02 0.59 0.36 -0.25 -0.28
Bra031351 (HSR3)
 -0.97 -1.58 -2.15 -1.58 0.17 0.55 0.18 -0.17 -0.17 -0.67 -0.57 -0.58 -0.85 0.14 0.46 -0.16 -0.44 0.07 -0.27 -0.18 -0.34 -0.34 2.05 0.09 -0.17 -0.55 -0.18 0.63 0.8 0.3 -0.07
Bra031444 (BRD4)
 -1.13 -1.55 -0.86 -1.77 -0.03 0.56 0.22 -0.08 -0.48 -0.54 -0.47 -0.27 -0.09 0.64 0.23 0.07 -0.21 0.57 0.13 0.21 -0.19 -0.16 0.87 0.32 -0.02 -1.01 0.35 0.3 0.44 0.18 0.24
Bra031513 (NRX1)
 -0.38 -0.48 -0.83 -0.84 0.12 0.57 0.22 -0.05 -0.15 0.03 -0.18 -0.01 0.07 0.25 0.6 0.29 0.07 -0.03 0.04 -0.04 0.06 0.28 1.21 -0.32 -0.24 -0.66 -0.33 -0.24 -0.3 -0.23 -0.45
Bra031950 (NAC046)
 -2.29 -5.04 -4.41 -3.28 0.95 1.67 -0.63 -3.44 -0.59 -0.83 -1.64 -1.42 -1.19 0.43 0.15 -1.22 -0.83 0.63 0.27 -1.24 -0.85 -0.4 2.78 0.74 0.46 -2.36 -0.57 0.36 0.44 -0.56 -1.55
-0.91 -1.37 -1.92 -1.35 0.24 0.21 -0.48 -0.51 -0.28 -0.4 -0.46 -0.68 -0.66 0.43 0.5 -0.13 -0.46 0.23 0.03 -0.45 -0.38 -0.42 1.93 0.08 0.05 -0.38 -0.05 0.13 0.49 0.24 0.95
Bra032849 (SAT32)
 -0.68 -0.91 -1.21 -0.78 -0.26 0.53 0.27 -0.2 -0.2 -0.26 -0.4 -0.52 -0.08 0.41 0.5 0.17 -0.05 0.73 0.5 0.04 -0.21 -0.18 0.66 0.3 0.31 -0.17 0.21 0.31 0.02 -0.69 -0.49
Bra034152 (DAFL1)
 -2.0 -1.97 -2.57 -2.97 -1.19 0.84 -0.6 -0.49 -0.38 -0.6 -0.1 -0.88 -0.54 0.44 0.36 0.05 -0.16 -0.03 -0.44 -0.09 -0.28 -0.13 1.7 0.8 0.62 -0.23 0.15 0.41 1.15 -0.0 -0.01
Bra034215 (CASPL1C1)
 - - - - -2.87 - - - - - - - 0.58 - - -2.6 - 1.82 - -1.75 - - 2.46 0.54 -0.01 -0.49 -1.13 0.38 1.83 1.86 2.96
Bra034706 (MRP7)
 -1.53 -1.04 -0.9 -1.29 -0.28 0.07 -1.16 -1.24 0.07 -0.34 -0.06 -0.06 -1.72 0.68 0.4 0.34 -0.08 -1.43 -0.19 -0.56 -0.61 0.16 1.7 0.1 0.01 0.07 0.19 -0.03 0.02 0.78 1.23
Bra036635 (VPT1)
 -0.52 -0.55 -0.48 -0.41 -0.46 -0.27 -0.18 0.05 0.2 0.12 -0.02 -0.02 -0.02 0.2 0.29 0.05 0.16 -0.71 -0.57 -0.15 -0.35 -0.09 0.95 -0.02 0.1 0.1 0.29 -0.01 0.2 0.33 0.46
Bra036876 (MDA1)
 -0.59 -1.06 -0.91 -1.19 0.06 0.21 0.2 0.09 -0.09 -0.34 -0.16 -0.19 -0.21 0.37 0.45 0.35 0.11 0.44 0.42 0.22 -0.01 0.06 0.34 0.21 0.05 -0.7 0.06 -0.01 0.01 -0.07 0.19
Bra037555 (PMT5)
 -3.04 -3.99 -3.69 -3.91 0.14 1.18 -0.47 -1.81 -0.11 -0.22 -0.49 -0.27 -0.81 0.61 1.04 0.54 0.09 0.56 0.29 -0.1 0.17 0.1 1.79 0.02 -0.03 -0.74 -0.1 0.21 0.17 -0.8 -0.72
-1.76 -2.36 -1.97 -1.96 -0.12 1.04 -0.57 -0.72 -0.47 -0.75 -0.43 -0.59 -0.5 0.88 1.06 -0.12 -0.37 0.79 0.42 -0.19 -0.29 0.03 1.58 0.38 -0.06 -0.42 -0.18 0.91 0.28 -1.3 -0.88
Bra038499 (MES16)
 -0.17 -0.73 -1.44 -0.93 0.09 1.49 -0.19 -2.8 -0.45 -1.11 -0.28 -0.48 -0.13 0.3 -0.54 -0.29 -0.23 0.13 -0.28 0.47 -0.42 0.19 2.27 -0.06 -0.12 -0.61 -0.17 -0.55 0.18 -1.21 -0.35
Bra039658 (ERF8)
 -2.02 -2.01 -2.09 0.12 -0.48 0.87 -0.13 -3.04 -0.69 -3.32 -0.19 -1.05 -0.82 1.44 1.63 -0.02 -1.07 1.17 0.7 -0.43 -0.07 -0.83 2.26 0.31 -0.75 -0.53 -0.8 -1.28 -0.9 -1.72 -1.25
-0.84 -0.6 -0.91 -1.09 0.26 0.25 -0.48 -0.76 -0.86 -0.36 -0.33 -0.88 -0.69 0.12 0.83 -0.46 -0.49 -0.48 -0.47 -0.48 -0.39 -0.51 1.05 0.47 0.53 0.22 0.4 0.66 0.55 0.7 0.85
Bra040998 (CRK7)
 -2.43 -2.77 -1.89 -3.84 -0.45 1.39 -0.15 -1.42 -0.37 -0.58 -0.86 -0.53 -0.34 0.32 0.9 -0.42 -0.41 0.08 -0.89 -0.87 -0.75 -0.04 2.49 -0.01 -0.07 -1.44 0.28 -1.11 0.17 0.43 0.85

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.