1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_125 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000060 (AGT3)
 9.05 4.57 9.31 6.16 59.92 25.3 3.93 2.12 27.73 5.93 8.6 7.93 2.92 22.75 22.34 6.83 6.68 5.28 6.08 10.62 6.7 6.04 13.38 7.22 7.33 9.1 6.78 27.72 60.27 9.23 6.01
9.37 8.17 10.31 6.03 21.89 15.11 6.96 6.8 10.98 9.65 9.8 9.66 6.82 11.11 11.69 8.48 7.1 12.16 10.34 8.31 7.79 8.53 6.26 7.79 7.53 7.4 8.16 12.1 13.94 8.47 6.87
Bra000416 (ABIL1)
 5.51 4.49 4.88 4.54 11.29 8.95 5.28 3.36 7.27 6.77 6.49 6.39 5.22 11.88 9.27 6.75 4.66 5.41 9.08 6.19 6.05 5.12 1.66 5.47 5.52 5.54 4.48 5.64 5.43 5.69 5.27
Bra000456 (CHB1)
 3.84 3.37 3.91 3.5 6.14 4.79 2.62 2.47 3.76 3.18 3.4 3.74 3.81 4.64 4.12 3.51 3.43 4.23 2.96 3.69 3.17 2.96 3.1 3.19 3.27 2.76 2.94 3.74 4.11 3.29 3.29
6.23 5.24 4.03 3.38 9.28 4.57 3.22 3.71 5.12 3.9 3.91 4.28 3.81 5.93 5.09 4.11 2.89 8.48 5.27 3.49 3.12 3.28 2.98 2.85 2.73 1.51 2.22 4.18 3.28 3.03 2.3
Bra004456 (PFG1)
 0.06 0.08 0.04 0.13 2.54 1.39 0.19 0.09 0.3 0.14 0.28 0.2 0.71 1.57 2.5 0.45 0.38 2.12 1.14 0.31 0.32 0.17 0.28 0.21 0.22 0.25 0.38 1.09 0.82 0.79 0.69
Bra006085 (KNAT4)
 11.49 12.55 12.58 7.83 32.25 14.56 5.05 4.81 11.45 10.86 8.53 7.79 5.22 13.14 21.48 7.79 6.93 5.89 6.87 8.24 6.5 7.17 10.16 7.0 6.01 4.65 6.97 10.9 13.48 12.32 7.15
0.19 0.08 0.13 0.01 13.05 3.92 0.25 0.12 0.33 0.23 0.11 0.08 0.27 1.71 2.5 0.28 0.16 0.83 0.59 0.21 0.07 0.06 0.47 0.71 0.32 0.18 0.11 3.0 2.24 0.9 1.0
4.34 0.96 0.78 2.13 30.91 14.29 4.62 4.68 10.47 4.76 5.08 4.71 3.17 14.3 13.0 4.21 4.21 2.29 3.49 4.12 3.74 3.39 3.45 5.02 4.51 5.7 3.25 17.64 15.31 5.31 2.32
Bra006908 (SEX4)
 11.33 8.85 5.79 4.85 63.9 28.39 5.71 6.55 7.73 8.91 7.49 6.45 4.09 28.69 28.81 8.49 5.41 26.05 21.53 11.05 6.45 6.04 7.97 11.62 9.42 7.72 9.12 24.85 22.42 30.38 17.46
Bra007343 (ExAD)
 1.61 1.09 1.63 1.04 6.0 2.67 0.62 0.82 1.12 0.99 0.9 0.82 1.01 2.38 2.07 0.94 0.71 1.5 1.06 0.77 0.78 0.83 1.98 1.31 1.37 1.33 1.18 2.09 2.41 1.26 0.94
Bra007646 (NGA2)
 5.58 3.38 3.14 3.38 14.17 11.84 5.36 5.94 8.42 5.54 5.04 5.72 4.2 11.21 9.62 4.29 5.55 7.17 4.57 4.76 5.34 4.85 4.4 4.49 5.17 4.27 4.65 10.32 9.42 6.31 5.77
Bra008557 (CTPS3)
 38.29 33.88 27.46 28.44 39.59 32.4 22.04 22.6 35.36 24.93 27.16 29.48 19.51 41.87 37.17 23.8 18.34 31.79 27.06 24.51 23.66 23.1 12.74 22.72 23.62 21.16 21.45 29.58 35.02 26.72 29.7
Bra008612 (GLN1;4)
 51.56 19.61 21.48 27.9 169.21 111.55 8.77 20.01 54.08 20.92 31.01 20.07 3.37 20.31 56.79 19.66 8.48 0.69 14.03 25.11 16.51 17.37 21.95 28.11 23.74 25.42 21.81 136.43 109.19 35.8 12.28
Bra008705 (MYB16)
 4.82 3.05 4.78 3.0 17.41 13.48 8.64 7.51 11.0 8.47 9.92 9.57 7.75 15.62 11.89 11.07 9.68 7.98 10.48 11.37 8.63 10.34 4.95 7.73 6.81 1.86 6.66 6.68 6.97 4.68 6.86
Bra009326 (ATAIH)
 15.26 13.74 13.28 15.62 52.41 28.09 7.35 9.03 18.11 17.27 13.41 15.26 4.22 21.59 25.89 9.71 6.39 2.89 6.99 7.16 8.87 11.14 8.43 15.15 14.32 11.63 13.5 32.15 39.07 30.23 12.72
Bra010738 (FP6)
 46.38 39.93 36.72 26.2 100.9 41.13 14.7 18.13 39.5 24.73 25.65 23.65 29.49 47.56 55.86 20.13 19.12 52.12 26.64 17.39 14.72 20.27 17.71 27.31 25.52 25.09 25.26 38.48 35.6 32.92 34.53
Bra011489 (LEJ1)
 3.51 2.49 0.21 0.38 20.9 7.4 0.77 0.99 1.32 1.25 0.97 1.48 0.67 6.84 10.15 1.15 0.48 2.06 2.51 0.87 0.84 1.09 0.63 0.8 0.49 0.39 0.59 6.71 3.59 1.82 2.33
3.59 2.91 2.17 1.11 12.43 6.03 1.8 0.85 3.78 1.73 0.88 3.06 0.53 4.45 4.27 1.12 1.31 0.57 3.26 1.13 1.19 0.79 1.94 3.61 2.17 0.43 1.3 4.16 3.78 3.12 2.07
2.61 1.17 0.12 0.26 13.54 5.24 0.37 0.3 1.52 0.37 0.66 1.13 0.74 2.94 2.92 0.33 0.3 4.66 2.37 1.46 0.25 1.33 1.84 0.22 0.23 0.27 0.24 0.97 0.59 0.48 1.19
Bra014307 (MBP2)
 4.61 3.82 5.66 2.81 8.92 6.33 3.58 3.46 2.9 3.72 3.11 5.72 2.13 2.9 7.66 4.14 4.07 6.49 4.16 3.62 2.92 3.26 0.89 2.61 2.76 2.0 2.48 2.43 3.54 5.39 5.61
Bra014309 (MBP2)
 13.75 8.48 17.23 7.1 28.95 18.91 7.94 5.95 5.7 8.03 6.77 11.73 1.69 5.71 16.56 10.19 9.42 10.07 8.49 4.85 6.82 5.96 0.43 1.92 3.25 2.41 2.63 2.33 3.61 4.0 5.13
Bra016246 (CLE26)
 39.86 23.81 23.01 22.76 71.96 36.6 14.03 14.88 26.97 24.55 25.8 21.64 10.94 47.22 43.98 27.76 22.98 27.94 23.56 22.02 19.44 14.21 9.34 21.17 24.11 23.62 20.02 26.25 28.6 23.3 16.5
Bra016747 (NRT2.5)
 0.03 0.0 0.04 0.0 1.09 0.47 0.02 0.01 0.09 0.06 0.07 0.02 0.06 0.16 0.55 0.03 0.01 0.01 0.0 0.06 0.0 0.1 0.04 0.02 0.0 0.03 0.02 0.11 0.07 0.06 0.03
Bra016871 (CuAO-zeta)
 4.63 3.63 2.91 2.15 9.48 3.71 1.41 1.31 3.73 2.75 2.52 2.04 1.98 5.89 6.27 2.19 2.16 3.37 2.19 2.13 1.56 1.82 2.56 1.73 1.8 1.99 2.24 3.31 4.46 3.84 2.84
17.68 6.57 6.71 2.8 40.85 23.91 6.9 6.83 14.49 12.03 11.44 8.39 6.71 17.59 29.27 12.28 8.77 4.7 13.94 11.96 7.77 9.03 11.32 5.16 6.29 6.69 7.9 8.27 17.84 9.14 8.53
Bra018643 (AXS2)
 26.09 26.14 22.02 21.32 35.93 27.7 19.42 19.36 25.01 25.25 26.69 26.05 21.39 26.6 33.3 27.08 21.33 37.17 27.04 24.23 18.57 21.04 15.51 21.41 21.52 20.31 20.78 23.2 22.57 23.84 20.29
9.9 7.5 6.33 3.76 15.68 9.24 4.96 3.87 7.28 7.21 8.0 6.24 5.37 7.59 11.06 8.31 6.44 8.5 8.17 5.77 6.39 6.17 5.31 4.89 5.67 4.53 5.06 4.75 5.89 5.03 4.7
Bra021829 (PKT3)
 1.98 1.62 1.67 1.2 7.37 3.59 0.87 0.49 1.61 0.51 0.22 1.17 0.83 3.77 2.45 0.41 0.5 1.15 0.54 0.56 0.62 0.46 1.79 1.91 1.13 0.85 1.36 1.87 1.33 0.82 0.9
8.08 7.0 9.69 6.21 15.84 14.19 3.75 5.61 5.85 5.53 5.11 4.84 4.8 13.64 11.57 5.08 4.56 9.1 7.06 4.62 6.88 5.22 12.78 7.55 8.04 6.97 8.86 8.28 8.33 7.08 6.67
Bra022648 (PMEPCRF)
 2.12 2.1 2.29 1.9 6.96 4.03 2.08 1.89 3.03 3.31 2.83 2.42 1.4 5.02 4.54 2.56 3.01 3.61 3.57 1.97 2.15 2.22 1.99 2.4 2.75 3.04 2.01 3.31 3.08 3.35 2.08
Bra022882 (VCC)
 3.22 0.66 3.19 1.06 19.93 8.19 0.75 1.27 3.58 3.39 3.61 2.05 6.06 7.58 9.47 3.48 2.65 4.74 5.32 4.41 3.36 3.34 7.58 3.56 3.43 1.41 2.6 5.31 4.03 8.48 3.67
84.65 54.05 81.14 52.23 143.39 84.57 35.48 35.07 85.9 66.15 74.05 75.88 48.16 106.01 94.13 53.39 49.23 64.09 78.56 49.23 52.75 54.69 22.81 48.21 46.63 48.09 49.27 87.41 104.98 79.67 65.07
38.93 84.26 40.21 27.54 153.04 95.61 9.23 9.7 92.38 33.76 46.18 36.01 11.35 196.34 141.61 19.47 29.63 34.04 21.08 23.59 27.46 29.12 51.83 37.28 42.05 41.95 55.39 108.41 173.01 90.23 39.7
Bra024716 (UPS5)
 13.37 4.92 4.28 3.51 30.99 17.66 2.27 2.97 13.44 6.45 9.76 6.61 1.48 19.78 21.43 3.21 2.55 0.47 2.11 5.38 6.32 6.76 3.65 8.38 7.84 4.68 5.86 34.64 34.76 9.05 3.44
Bra024901 (GABP)
 0.13 0.21 0.1 0.13 0.72 0.22 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.0 0.09 0.17 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.03 0.03 0.28 0.02 0.01 0.07 0.01 0.16 0.09 0.05 0.04
Bra028335 (CIL2)
 11.56 12.27 11.36 9.86 29.2 19.08 11.09 8.71 19.31 16.93 18.33 17.2 13.25 25.25 21.11 16.13 12.08 12.09 16.38 17.22 16.16 15.15 10.93 13.64 13.89 13.7 12.33 14.4 15.47 12.36 12.6
3.56 2.76 3.74 1.32 18.91 8.09 2.95 2.34 7.09 2.87 4.83 3.1 2.67 13.26 10.72 4.83 5.18 12.93 5.91 6.5 4.38 3.93 2.95 4.75 3.15 2.61 3.67 5.1 5.47 4.4 3.49
7.95 6.05 12.21 6.6 33.34 16.63 5.68 2.71 7.72 6.85 7.75 6.29 6.03 11.61 11.82 9.97 7.53 8.26 7.84 5.74 4.8 5.27 12.29 7.11 6.33 5.08 5.72 9.4 9.62 8.98 5.47
Bra031017 (MPK8)
 7.94 7.52 8.4 5.42 14.68 11.33 6.71 7.73 10.78 10.56 9.36 7.99 8.61 15.18 14.06 9.38 9.65 8.93 8.9 9.02 9.14 9.19 8.74 8.53 8.62 7.17 7.55 9.46 9.57 8.25 6.96
Bra031961 (MLK2)
 19.3 12.33 15.24 15.56 26.35 16.97 8.08 10.05 17.17 12.37 11.6 11.91 6.34 22.59 18.95 11.17 10.3 17.36 13.4 9.88 11.0 11.35 4.55 10.04 9.36 9.33 11.94 14.52 17.74 12.69 13.52
Bra032763 (ARPC4)
 19.62 18.61 17.78 16.44 32.58 25.36 11.54 8.56 15.53 12.78 12.75 14.42 14.02 22.42 23.4 13.47 12.3 15.03 14.82 13.7 13.66 16.21 20.32 15.4 16.03 16.91 15.1 14.65 17.23 16.31 12.88
Bra033088 (KIN11)
 1.48 0.83 0.77 0.5 6.07 3.33 1.43 1.01 1.88 1.29 1.83 1.65 1.07 2.91 3.99 1.12 0.6 3.36 2.54 1.1 0.86 0.87 1.8 1.51 1.56 0.92 1.01 1.74 2.22 1.83 1.83
Bra033241 (PRD3)
 1.73 2.23 1.49 1.32 5.48 2.43 0.56 0.7 1.8 0.94 1.13 0.94 1.02 1.92 2.53 0.64 0.88 0.81 0.9 0.74 0.74 0.89 2.15 0.55 0.4 0.51 0.59 1.28 0.93 1.36 0.44
Bra033567 (PLC1)
 6.62 3.1 2.56 2.45 10.95 6.13 3.71 2.25 5.98 4.53 5.16 4.32 1.14 10.47 8.41 5.97 4.87 4.49 7.51 5.47 5.1 4.29 0.73 4.5 4.57 4.51 4.13 3.91 4.36 4.11 2.65
5.33 4.68 5.0 4.48 11.51 9.95 4.72 4.8 5.72 4.3 5.96 4.72 4.49 7.23 9.98 6.04 5.32 5.04 4.9 4.71 4.68 4.44 4.87 5.59 6.04 4.6 5.56 6.91 6.65 5.23 5.15
Bra038348 (PPRT1)
 1.09 1.31 1.74 0.76 5.81 2.58 0.64 0.57 1.95 1.54 1.27 0.69 1.36 2.05 1.92 1.01 1.32 1.52 1.92 1.44 1.01 1.09 1.95 0.72 0.43 0.33 0.69 0.88 0.97 0.98 0.54

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)