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Heatmap: Cluster_220 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000197 (PUB62)
 0.44 0.56 0.89 0.03 0.36 -0.13 -0.54 -0.63 0.4 -0.14 0.12 -0.0 0.02 0.2 0.32 -0.07 -0.35 -0.09 -0.45 -0.0 -0.2 -0.04 -1.28 -0.32 -0.28 -0.44 -0.29 -0.05 0.16 -0.14 0.27
Bra000656 (SUB1)
 0.04 0.36 0.29 0.15 0.07 0.15 -0.2 -0.06 -0.23 -0.03 0.07 -0.1 -0.16 0.55 0.35 0.02 0.03 0.39 -0.01 -0.04 -0.19 -0.17 -0.31 -0.33 -0.27 -0.22 -0.35 -0.27 -0.08 -0.08 0.06
0.22 0.4 0.33 0.25 0.27 0.31 -0.18 0.05 0.06 -0.01 0.07 -0.09 -0.14 0.51 0.37 -0.1 -0.19 0.44 -0.02 -0.09 -0.08 -0.06 -0.82 -0.45 -0.32 -0.34 -0.37 -0.24 -0.17 -0.24 -0.27
0.5 0.52 0.95 0.33 1.23 0.59 -0.88 -1.13 -0.49 -0.39 -0.63 -0.38 -0.71 0.41 0.51 0.1 -0.31 0.42 -0.26 -0.32 -0.37 -0.2 -0.38 -0.51 -0.62 -0.66 -0.45 0.15 0.21 -0.11 -0.53
Bra001147 (ACBP4)
 0.46 0.64 1.21 0.84 0.6 0.31 -0.23 -0.61 -0.02 0.02 0.65 -0.0 -0.97 0.7 0.77 -0.25 0.16 0.37 -0.01 0.1 -1.29 -0.61 -1.02 -0.92 -1.22 -1.43 -0.68 -0.93 -0.93 -0.62 -0.4
Bra001896 (PKP1)
 -0.06 0.01 0.42 -0.3 0.11 -0.16 -0.8 -0.51 -0.31 -0.25 -0.3 -0.42 0.3 0.57 0.72 0.08 -0.02 0.64 0.18 -0.1 -0.3 -0.14 0.05 -0.24 -0.1 -0.17 -0.1 -0.07 -0.1 -0.06 0.26
Bra002172 (PBL27)
 0.15 0.43 0.46 0.22 0.52 0.51 -0.19 -0.52 -0.29 -0.01 -0.2 -0.35 -0.47 0.44 0.59 0.15 -0.04 0.57 -0.08 -0.05 -0.2 -0.27 -0.35 -0.35 -0.26 -0.29 -0.26 -0.5 -0.17 -0.27 -0.19
0.6 0.46 -0.01 -0.58 1.55 1.17 -0.84 -0.71 -0.47 -1.0 0.06 -0.96 0.21 1.0 0.97 0.13 0.5 1.42 1.08 -0.21 0.51 -0.27 -2.27 -2.32 -2.92 -2.25 -2.23 -2.51 -2.46 -2.11 -1.99
Bra003254 (PAT4)
 0.37 0.47 0.72 0.4 0.33 0.04 -0.58 -0.24 0.11 0.21 -0.06 -0.05 -0.06 0.14 -0.04 0.11 -0.02 0.13 -0.03 -0.42 -0.41 -0.2 -0.51 -0.42 -0.26 0.07 -0.21 -0.3 -0.11 -0.04 -0.09
Bra003501 (ERDJ3B)
 0.54 0.43 0.47 -0.15 1.15 0.94 0.46 0.18 0.71 0.53 0.58 0.49 0.74 0.77 -0.07 0.63 0.32 -0.33 0.3 0.3 -0.21 0.63 -4.07 -6.48 -5.38 -3.9 -4.09 -3.16 -2.87 -4.72 -
Bra003610 (ALIS5)
 0.06 -0.93 0.55 -1.4 1.39 0.62 1.21 -0.44 0.89 0.1 -0.78 -0.4 -0.53 0.45 0.21 0.39 0.37 1.1 0.09 0.67 -0.56 0.32 -1.55 -1.58 -1.24 -1.24 -1.37 -0.84 -1.89 -1.6 -0.97
Bra004076 (ARR11)
 0.58 0.44 0.81 0.5 0.65 0.25 -0.68 -0.8 0.06 -0.01 0.11 -0.13 -0.13 0.48 0.41 0.1 -0.01 0.02 -0.29 -0.28 -0.56 -0.55 -0.99 -0.52 -0.39 0.12 -0.44 -0.56 -0.04 -0.07 -0.15
Bra004431 (ALG3)
 0.37 0.41 0.6 0.33 0.29 -0.14 -0.5 -0.32 0.06 0.13 0.09 0.19 0.07 0.07 0.2 0.02 0.02 0.3 -0.21 -0.05 -0.08 -0.03 -0.7 -0.39 -0.53 -0.28 -0.29 -0.39 -0.18 -0.1 0.12
Bra005551 (BGLU33)
 0.49 0.32 0.55 -0.24 0.97 0.42 -0.18 0.26 0.05 -0.02 -0.16 -0.32 -1.02 0.04 0.83 -0.01 0.21 0.73 0.51 -0.66 -0.02 0.05 -1.12 -0.71 -0.6 -0.77 -0.87 -0.61 -0.36 -0.57 -0.31
-0.87 -1.02 -0.75 0.3 0.15 -0.98 0.29 -0.02 -0.13 0.44 0.15 -0.26 0.88 0.19 -0.78 0.62 -0.17 0.21 -0.37 -0.22 0.24 0.5 -3.59 0.64 -0.11 -0.44 0.14 -0.24 0.18 0.02 0.4
0.36 0.44 0.45 0.35 0.87 0.47 -0.28 -0.15 -0.5 0.26 0.17 0.2 0.32 0.35 0.65 0.2 0.21 0.34 0.33 -0.02 -0.17 -0.4 -0.33 -1.05 -1.06 -0.79 -1.0 -0.93 -0.78 -0.75 -0.94
Bra007398 (PP2A-4)
 0.07 0.22 0.53 0.24 0.17 -0.17 -0.46 -0.33 -0.03 -0.1 0.04 -0.19 0.08 0.31 0.38 -0.01 0.0 0.34 -0.23 -0.22 -0.2 -0.05 -0.28 -0.07 -0.31 -0.0 -0.18 -0.24 0.05 -0.01 0.09
Bra007741 (GG1)
 0.11 0.37 0.64 -0.06 0.58 0.29 -0.47 -0.42 -0.32 -0.13 -0.24 -0.07 -0.54 0.55 0.62 -0.27 -0.34 0.5 0.14 0.23 -0.14 0.11 -0.2 -0.24 -0.13 -0.62 -0.22 -0.44 -0.29 -0.13 -0.26
Bra007833 (ARF3)
 0.18 0.29 0.21 0.04 0.32 0.33 -0.01 -0.17 -0.1 0.14 0.0 0.06 0.08 0.32 0.23 0.26 -0.02 0.04 -0.12 -0.09 0.15 0.2 -0.25 -0.39 -0.29 -0.38 -0.35 -0.23 -0.31 -0.38 -0.31
-0.14 0.02 0.19 -0.29 0.28 0.29 -0.08 0.07 -0.39 -0.18 -0.23 -0.38 0.16 0.24 0.45 0.05 0.05 0.48 0.04 -0.01 -0.32 -0.07 -0.19 -0.02 -0.03 -0.43 -0.1 -0.2 -0.19 -0.04 0.37
0.71 0.63 1.17 0.85 1.25 0.72 0.42 0.02 0.21 -0.14 0.65 0.02 0.29 0.33 0.64 -0.16 0.23 -0.01 -0.26 -0.09 0.03 -0.04 -1.76 -2.34 -2.38 -2.9 -2.13 -2.49 -2.47 -2.44 -1.88
Bra008288 (HA8)
 -0.77 -1.07 0.46 0.11 1.88 -0.61 0.64 -0.82 -0.11 0.33 0.32 -0.14 -0.06 0.44 0.69 1.24 0.48 0.74 -0.09 -0.22 0.24 0.1 -0.93 -1.88 -0.71 -1.82 -1.13 -1.79 -1.34 -2.29 -2.07
0.53 0.82 1.09 0.18 0.73 0.62 -1.21 -0.83 0.42 0.34 0.39 0.49 -0.36 0.85 0.68 -0.57 -0.72 0.21 0.2 -0.18 -0.1 0.18 -1.21 -1.44 -1.68 -1.8 -1.17 -1.12 -0.54 -0.67 -0.58
0.72 0.53 0.85 0.72 0.68 0.37 -0.42 0.03 0.08 0.06 -0.45 -0.29 0.1 0.53 0.66 0.12 -0.3 -0.36 -0.25 -0.4 -0.41 -0.49 -1.84 -0.85 -0.81 -0.13 -0.76 -0.72 -0.19 -0.09 -0.04
0.21 0.75 1.07 0.36 0.38 -0.17 -0.31 -0.05 0.21 0.11 0.16 0.1 -0.4 0.41 0.26 0.07 -0.18 0.2 -0.04 0.12 -0.17 -0.08 -0.45 -0.77 -0.51 -0.42 -0.46 -0.78 -0.67 -0.55 -0.4
0.26 0.01 0.4 0.05 1.02 0.2 0.37 0.22 0.47 0.25 0.04 0.25 -0.5 0.08 0.5 0.59 0.07 0.75 0.21 -0.12 -0.23 -0.19 -1.6 -0.98 -0.8 -1.0 -1.41 -0.75 -0.68 -0.57 -0.74
Bra013776 (GAR2)
 0.08 0.34 0.52 0.17 0.03 -0.32 -1.06 -0.62 -0.36 -0.44 -0.15 -0.18 -0.02 0.66 0.56 0.01 -0.5 0.99 0.38 -0.31 -0.16 -0.53 0.12 -0.46 -0.53 0.2 -0.19 -0.42 -0.08 0.26 -0.01
Bra014620 (ADPG1)
 0.92 0.72 0.84 0.75 1.54 0.85 -0.13 -0.45 -0.55 0.08 -0.43 -0.28 -1.08 -0.34 1.63 0.07 0.63 0.49 0.08 -0.08 -0.1 0.03 -2.59 -1.94 -2.28 -1.71 -2.28 -2.25 -2.07 -2.42 -2.24
Bra015345 (VAMP7B)
 0.02 0.23 0.22 0.05 0.57 0.06 -0.26 0.08 -0.15 -0.12 -0.03 0.02 0.18 0.55 0.53 0.03 0.03 0.54 -0.2 -0.02 -0.22 -0.13 0.15 -0.42 -0.38 -0.43 -0.56 -0.37 -0.54 -0.25 -0.21
0.21 -2.99 0.72 -3.92 0.93 0.12 -0.42 0.68 0.99 -1.17 0.02 -0.45 1.09 -0.07 0.91 0.65 -0.92 0.96 0.96 0.2 0.28 -0.46 0.54 - -1.7 -0.25 -0.7 -3.13 -1.6 -1.68 -1.01
Bra016129 (XAL1)
 - 0.09 - - - -0.13 0.67 - - - - - 2.76 - 2.66 1.86 2.13 - 1.21 - 1.05 0.95 - - - - - - - - -
Bra016968 (ATG18C)
 0.56 0.66 0.27 0.13 0.34 0.15 -0.27 -0.65 -0.01 0.11 0.14 0.15 -0.07 0.15 0.28 0.02 0.01 0.56 -0.05 -0.04 -0.3 -0.2 -0.72 -0.38 -0.72 -0.28 -0.42 -0.28 0.06 -0.33 -0.13
Bra017658 (ELK4)
 -0.06 0.01 0.48 -0.21 0.36 0.08 -0.36 -0.23 -0.17 -0.07 -0.3 -0.16 0.25 0.53 0.72 0.15 0.06 0.67 -0.11 -0.1 -0.39 -0.34 -0.35 -0.21 -0.29 -0.39 -0.16 -0.67 -0.32 -0.05 0.35
-0.37 -0.09 -0.34 -0.33 0.3 -1.09 -0.06 0.13 -0.05 0.48 0.17 -0.59 0.61 -0.05 -0.63 -0.03 0.1 0.11 0.01 0.03 0.14 -0.22 -0.32 0.22 0.06 0.28 0.25 -0.17 0.11 -0.04 0.25
Bra020830 (TPXL3)
 -2.42 -2.86 -1.08 -2.53 1.6 0.44 -0.1 -0.1 -0.25 -1.7 1.2 -1.08 1.63 0.39 1.08 1.36 0.96 0.35 -0.08 0.14 0.61 -1.34 -0.46 -1.07 -2.23 -1.64 -1.29 -1.59 -1.49 -1.6 -1.27
0.55 0.57 0.91 0.58 0.44 0.29 -0.05 -0.05 -0.23 -0.14 0.18 -0.17 -0.63 0.54 0.15 0.45 0.37 -0.13 -0.33 0.28 0.01 -0.15 -1.54 -0.93 -0.86 -1.08 -0.57 -1.22 -0.4 -0.29 0.18
Bra021387 (BEX1)
 0.37 0.51 0.41 0.13 0.62 0.17 -0.32 -0.21 0.27 0.09 0.2 0.22 0.13 0.3 0.57 0.29 0.15 0.14 0.08 -0.24 0.1 0.03 -0.83 -0.78 -0.63 -0.94 -0.63 -0.24 -0.55 -0.68 -0.75
Bra021666 (ROC5)
 0.15 -0.67 0.74 -0.42 1.27 -0.24 -0.42 0.32 0.72 0.21 0.2 0.4 0.3 0.14 0.33 0.3 -0.03 0.67 0.05 -0.18 -0.04 -0.56 -0.03 -0.74 -0.86 -1.09 -0.78 -0.73 -1.02 -0.72 -1.01
Bra021935 (epsilon2-COP)
 0.23 0.51 0.47 0.18 0.35 -0.15 -0.43 -0.08 0.1 0.14 0.07 -0.09 0.42 0.42 0.51 0.24 0.14 0.33 -0.12 -0.09 -0.11 0.03 -0.3 -0.36 -0.66 -0.61 -0.35 -0.45 -0.66 -0.5 -0.6
-0.12 0.26 0.16 -0.2 0.51 0.13 -0.21 0.15 -0.12 0.02 -0.17 -0.08 0.33 0.5 0.37 -0.01 0.02 0.31 -0.19 -0.16 -0.1 0.02 0.61 -0.32 -0.38 -0.2 -0.22 -0.62 -0.58 -0.44 -0.27
Bra023900 (ZML1)
 0.18 0.23 0.45 -0.19 0.54 0.4 -0.46 -0.31 0.39 -0.1 -0.27 -0.22 -0.21 0.26 0.66 -0.08 -0.28 0.41 -0.13 -0.22 -0.0 -0.22 0.42 -0.34 -0.5 -0.65 -0.48 -0.15 -0.26 -0.24 0.08
Bra025309 (NQR)
 0.37 0.19 0.32 0.2 0.45 0.29 -0.18 -0.39 0.22 0.33 0.13 0.16 -0.02 0.35 0.19 -0.14 -0.03 -0.06 0.05 -0.09 0.13 0.17 -0.71 -0.4 -0.47 -0.24 -0.32 -0.23 -0.29 -0.48 -0.44
Bra025348 (VHA-d2)
 0.3 0.69 0.88 0.5 0.52 -0.16 -0.3 -0.1 0.21 0.24 0.25 0.27 0.09 0.44 0.14 -0.19 -0.18 0.19 0.01 -0.24 -0.26 -0.12 -0.59 -0.73 -0.62 -0.6 -0.55 -0.58 -0.56 -0.44 -0.49
Bra025756 (CLH1)
 -2.04 -3.61 -1.4 -3.38 2.22 -1.46 -1.93 -1.34 1.82 0.13 -1.45 0.11 0.76 -1.39 0.91 1.32 0.84 0.46 0.23 -1.76 0.37 -0.17 0.03 -1.15 -1.53 -1.89 -1.3 -0.42 0.21 -1.25 -1.53
Bra025891 (IRP5)
 0.57 1.04 1.5 -0.15 1.06 1.23 -1.1 -0.78 0.99 -0.39 0.51 0.52 -0.39 0.84 1.05 -0.45 -0.15 0.47 -0.14 -0.14 0.2 0.55 -1.63 - -4.76 -4.45 -5.82 - -4.5 -4.59 -4.16
Bra025934 (RLP30)
 0.52 0.62 0.6 0.03 0.7 0.71 -0.16 -0.84 0.62 0.51 0.59 0.52 -0.45 0.52 0.2 0.31 0.48 -0.8 0.37 0.83 0.46 0.57 -0.66 -2.28 -2.69 -2.72 -2.5 -1.74 -1.38 -1.93 -2.73
Bra026383 (VPS22)
 0.39 0.6 0.44 0.41 0.71 0.32 -0.12 -0.32 0.14 0.19 0.19 -0.05 0.06 0.45 0.29 0.01 -0.02 0.52 -0.14 -0.16 0.01 0.12 -1.52 -0.66 -0.39 -1.14 -0.84 -0.24 -0.16 -0.74 -1.0
1.12 0.89 1.48 0.77 1.66 0.99 -0.4 -0.34 -6.09 -0.43 0.07 -0.22 -1.54 1.28 1.66 0.35 -0.04 1.43 -0.55 -0.96 -2.19 -0.52 -3.54 -7.89 -7.74 - -6.82 - - -6.63 -7.58
Bra028192 (PERK8)
 0.2 0.09 0.58 0.17 0.82 0.48 -0.47 -0.58 0.05 -0.24 -0.15 -0.09 -0.29 0.39 0.52 -0.2 -0.31 0.12 -0.08 -0.24 -0.32 -0.16 -0.4 -0.37 -0.18 -0.16 -0.31 -0.1 0.06 0.11 -0.15
0.34 0.44 0.62 0.18 0.79 0.18 -0.29 0.33 0.33 -0.07 0.08 0.18 0.19 0.35 0.52 -0.01 -0.11 0.58 -0.13 -0.19 -0.41 -0.35 -0.4 -1.15 -0.95 -0.76 -1.04 -0.58 -0.59 -0.12 -0.42
Bra029146 (RS41)
 0.13 0.22 0.54 -0.38 0.91 0.59 -0.25 0.1 0.51 0.04 0.06 0.06 0.04 0.46 0.88 0.18 -0.31 0.55 -0.01 -0.1 -0.26 -0.14 0.09 -1.05 -1.73 -1.29 -0.94 -1.53 -0.89 -0.76 0.15
Bra029596 (ALDH22A1)
 0.34 0.09 0.35 -0.07 0.24 -0.09 -0.22 -0.29 -0.06 0.06 -0.22 -0.12 0.42 0.41 0.4 0.09 -0.02 0.13 -0.04 -0.12 -0.1 -0.09 0.04 -0.45 -0.38 -0.21 -0.27 -0.32 -0.17 -0.06 0.13
0.06 0.16 0.26 -0.05 0.02 0.16 -0.11 -0.02 -0.22 0.05 -0.01 -0.16 0.38 0.37 0.2 0.01 0.11 0.33 0.04 -0.02 -0.1 -0.02 0.72 -0.39 -0.25 -0.27 -0.27 -0.42 -0.63 -0.44 -0.32
0.03 0.15 -0.03 -0.34 0.44 0.23 -0.2 0.02 -0.26 -0.07 -0.18 -0.27 0.21 0.32 0.38 0.23 -0.07 0.3 -0.08 -0.21 -0.09 -0.16 0.51 -0.33 -0.08 -0.3 -0.09 -0.43 -0.36 -0.05 0.1
Bra031187 (VHA-A2)
 0.52 0.56 0.88 0.41 0.64 0.06 -0.31 -0.53 0.36 0.26 0.18 0.34 -0.64 0.57 0.39 0.05 0.1 0.86 0.09 -0.08 -0.14 -0.16 -1.28 -0.92 -0.94 -0.99 -0.95 -1.16 -1.01 -0.71 -0.46
0.55 0.54 0.91 -0.25 1.15 0.7 -1.02 -0.69 0.28 0.12 0.0 0.11 -0.17 0.66 0.87 -0.47 -0.14 0.85 -0.06 -0.11 -0.19 -0.37 -1.1 -1.12 -1.11 -1.94 -1.29 -0.86 -1.05 -0.15 -0.38
0.69 0.64 1.0 0.22 1.49 0.56 -0.74 -0.8 0.51 -0.19 -0.09 0.19 -0.97 0.5 0.66 -0.41 -0.68 0.07 -0.34 -0.26 -0.58 -0.45 -0.94 -0.68 -0.66 -1.16 -0.94 -0.43 -0.46 -0.22 -0.34
Bra033141 (SR)
 0.66 0.36 0.38 0.08 1.0 0.3 -0.8 0.12 0.36 0.11 0.2 0.31 -0.07 0.56 0.54 -0.72 -0.59 0.69 0.24 -0.23 -0.29 -0.32 -0.6 -0.64 -1.05 -0.73 -1.53 -0.22 -0.67 -0.62 -0.25
Bra034348 (OTLD1)
 -0.07 -0.12 0.17 -0.0 0.25 0.2 -0.31 -0.4 0.06 -0.16 -0.3 -0.11 0.12 0.41 0.51 0.13 0.06 0.23 -0.16 -0.09 -0.34 -0.2 -0.1 0.01 -0.23 -0.29 -0.04 0.04 -0.03 0.01 0.23
Bra036246 (MAS2)
 -0.15 -0.25 0.6 -0.1 0.48 0.61 -0.12 0.35 -0.43 -0.29 -0.5 -0.93 0.25 0.39 0.62 0.02 -0.2 0.33 -0.48 -0.16 -0.64 -0.29 -0.19 -0.13 -0.03 -0.31 -0.08 -0.06 -0.12 -0.1 0.38
0.01 0.32 0.27 0.06 0.35 -0.27 -0.02 0.06 -0.4 0.01 -0.08 -0.13 0.72 0.25 0.37 0.2 0.2 0.24 0.01 -0.01 0.04 0.1 0.7 -0.59 -0.53 -0.73 -0.44 -0.26 -0.84 -0.59 -0.69
-0.38 -2.41 0.13 -0.23 1.01 -1.06 0.35 -0.15 0.09 -0.11 -0.14 -1.3 0.74 0.71 0.62 0.86 0.76 0.0 0.08 0.21 -0.2 0.23 -3.04 -0.25 -0.82 -1.11 -0.67 -0.11 -0.48 -0.27 0.5

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.