1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_220 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000197 (PUB62)
 6.72 7.35 9.24 5.08 6.39 4.53 3.42 3.22 6.54 4.5 5.4 4.97 5.05 5.71 6.2 4.72 3.89 4.68 3.63 4.96 4.32 4.85 2.04 3.98 4.09 3.67 4.07 4.82 5.55 4.52 5.98
Bra000656 (SUB1)
 18.45 23.09 22.06 19.99 18.91 20.05 15.64 17.26 15.4 17.61 18.84 16.75 16.14 26.43 22.95 18.22 18.41 23.58 17.93 17.51 15.83 16.01 14.51 14.32 14.89 15.51 14.1 14.92 17.07 17.04 18.76
16.06 18.18 17.36 16.42 16.7 17.12 12.18 14.26 14.39 13.71 14.46 13.0 12.54 19.66 17.85 12.9 12.11 18.73 13.59 12.94 13.02 13.24 7.82 10.07 11.05 10.91 10.69 11.65 12.26 11.66 11.43
10.57 10.78 14.47 9.44 17.59 11.27 4.06 3.41 5.33 5.72 4.85 5.75 4.59 9.96 10.65 8.03 6.07 10.03 6.25 5.99 5.82 6.53 5.75 5.25 4.88 4.73 5.47 8.29 8.67 6.96 5.2
Bra001147 (ACBP4)
 0.84 0.95 1.41 1.09 0.92 0.75 0.52 0.4 0.6 0.62 0.95 0.61 0.31 0.99 1.04 0.51 0.68 0.79 0.61 0.65 0.25 0.4 0.3 0.32 0.26 0.23 0.38 0.32 0.32 0.4 0.46
Bra001896 (PKP1)
 13.88 14.6 19.36 11.8 15.63 12.98 8.36 10.19 11.75 12.22 11.76 10.87 17.82 21.54 23.94 15.4 14.34 22.68 16.49 13.52 11.76 13.22 15.0 12.29 13.58 12.87 13.53 13.81 13.59 13.96 17.42
Bra002172 (PBL27)
 7.65 9.28 9.49 8.02 9.92 9.84 6.06 4.83 5.65 6.86 6.01 5.44 4.99 9.39 10.37 7.67 6.7 10.23 6.52 6.65 5.99 5.72 5.43 5.4 5.76 5.65 5.77 4.88 6.15 5.73 6.04
1.42 1.29 0.93 0.63 2.74 2.11 0.53 0.57 0.68 0.47 0.98 0.48 1.09 1.87 1.83 1.03 1.32 2.51 1.99 0.81 1.34 0.78 0.19 0.19 0.12 0.2 0.2 0.16 0.17 0.22 0.24
Bra003254 (PAT4)
 12.46 13.32 15.92 12.73 12.15 9.89 6.45 8.14 10.39 11.13 9.28 9.34 9.25 10.62 9.36 10.43 9.54 10.52 9.44 7.23 7.28 8.39 6.76 7.21 8.05 10.13 8.32 7.85 8.96 9.35 9.09
Bra003501 (ERDJ3B)
 1.09 1.01 1.04 0.68 1.66 1.45 1.03 0.85 1.23 1.09 1.13 1.06 1.25 1.28 0.72 1.16 0.94 0.6 0.93 0.93 0.65 1.17 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.1 0.03 0.0
Bra003610 (ALIS5)
 1.37 0.69 1.92 0.5 3.45 2.02 3.03 0.97 2.43 1.4 0.77 1.0 0.91 1.8 1.51 1.73 1.7 2.81 1.4 2.09 0.89 1.64 0.45 0.44 0.56 0.56 0.51 0.73 0.35 0.43 0.67
Bra004076 (ARR11)
 3.49 3.17 4.08 3.29 3.66 2.76 1.46 1.34 2.43 2.31 2.52 2.13 2.13 3.24 3.1 2.5 2.31 2.36 1.91 1.92 1.58 1.6 1.17 1.63 1.78 2.53 1.72 1.58 2.26 2.23 2.1
Bra004431 (ALG3)
 12.09 12.42 14.2 11.75 11.46 8.49 6.61 7.5 9.8 10.27 9.96 10.71 9.84 9.85 10.75 9.48 9.49 11.57 8.09 9.06 8.86 9.15 5.76 7.14 6.5 7.7 7.68 7.14 8.26 8.71 10.19
Bra005551 (BGLU33)
 23.6 20.98 24.69 14.29 32.95 22.48 14.87 20.22 17.43 16.65 15.11 13.49 8.31 17.29 29.87 16.74 19.46 28.03 23.93 10.7 16.62 17.42 7.78 10.34 11.13 9.87 9.25 11.05 13.16 11.37 13.57
0.42 0.38 0.46 0.94 0.85 0.39 0.94 0.76 0.7 1.04 0.85 0.64 1.42 0.88 0.45 1.18 0.68 0.89 0.6 0.66 0.91 1.09 0.06 1.2 0.71 0.57 0.85 0.65 0.87 0.78 1.01
5.18 5.48 5.54 5.15 7.38 5.61 3.34 3.64 2.86 4.86 4.55 4.64 5.06 5.14 6.37 4.65 4.67 5.11 5.09 3.98 3.6 3.07 3.22 1.95 1.94 2.34 2.02 2.12 2.36 2.4 2.11
Bra007398 (PP2A-4)
 28.01 31.2 38.78 31.53 30.14 23.86 19.49 21.28 26.23 25.01 27.47 23.53 28.3 33.18 34.84 26.63 26.78 33.84 22.89 23.03 23.25 25.79 22.03 25.48 21.63 26.68 23.63 22.59 27.79 26.51 28.43
Bra007741 (GG1)
 143.72 172.14 207.46 127.59 198.97 163.45 96.35 99.42 107.08 121.81 113.0 127.06 91.43 194.8 204.91 110.71 105.18 188.55 146.88 156.49 121.0 143.6 115.85 112.81 122.1 86.68 114.66 98.63 109.36 121.87 111.01
Bra007833 (ARF3)
 35.4 38.08 36.22 32.06 39.1 39.15 30.93 27.74 29.07 34.36 31.29 32.48 32.88 38.89 36.55 37.28 30.72 32.2 28.64 29.26 34.58 35.96 26.24 23.74 25.47 24.04 24.42 26.59 25.13 24.01 25.17
14.46 16.14 18.13 13.01 19.36 19.41 15.01 16.74 12.17 14.02 13.57 12.22 17.72 18.75 21.74 16.47 16.47 22.12 16.33 15.79 12.75 15.18 13.9 15.66 15.56 11.84 14.84 13.89 13.92 15.43 20.49
8.18 7.76 11.3 9.01 11.91 8.25 6.71 5.07 5.79 4.55 7.87 5.08 6.11 6.31 7.82 4.47 5.89 4.97 4.17 4.7 5.12 4.89 1.48 0.99 0.96 0.67 1.14 0.89 0.9 0.92 1.36
Bra008288 (HA8)
 0.1 0.08 0.24 0.19 0.65 0.12 0.28 0.1 0.16 0.22 0.22 0.16 0.17 0.24 0.29 0.42 0.25 0.3 0.17 0.15 0.21 0.19 0.09 0.05 0.11 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04
4.37 5.36 6.48 3.43 5.03 4.68 1.31 1.71 4.05 3.84 3.97 4.26 2.37 5.45 4.85 2.04 1.84 3.5 3.49 2.68 2.84 3.44 1.31 1.12 0.95 0.87 1.35 1.4 2.09 1.91 2.02
13.18 11.61 14.49 13.27 12.89 10.37 6.01 8.22 8.49 8.35 5.89 6.59 8.58 11.58 12.65 8.72 6.53 6.26 6.76 6.08 6.06 5.72 2.25 4.45 4.6 7.35 4.75 4.87 7.02 7.53 7.82
1.09 1.6 1.99 1.22 1.24 0.84 0.76 0.91 1.1 1.02 1.06 1.02 0.72 1.26 1.14 0.99 0.84 1.09 0.92 1.03 0.85 0.9 0.69 0.56 0.67 0.71 0.69 0.55 0.6 0.65 0.72
4.6 3.87 5.04 3.97 7.81 4.4 4.97 4.46 5.3 4.56 3.95 4.55 2.72 4.06 5.44 5.79 4.02 6.44 4.45 3.53 3.28 3.36 1.27 1.94 2.2 1.92 1.44 2.28 2.39 2.59 2.29
Bra013776 (GAR2)
 30.96 36.91 41.96 32.8 29.73 23.34 14.0 19.01 22.78 21.54 26.32 25.78 28.8 46.22 43.14 29.3 20.68 57.88 37.9 23.59 26.11 20.28 31.7 21.29 20.26 33.53 25.51 21.87 27.54 35.04 28.92
Bra014620 (ADPG1)
 8.39 7.28 7.92 7.46 12.82 7.95 4.04 3.25 3.02 4.67 3.28 3.64 2.09 3.5 13.72 4.64 6.86 6.21 4.68 4.19 4.14 4.5 0.74 1.15 0.91 1.35 0.91 0.93 1.05 0.83 0.94
Bra015345 (VAMP7B)
 39.24 45.31 45.12 40.12 57.6 40.42 32.24 40.81 34.91 35.51 38.03 39.22 43.94 56.72 55.96 39.5 39.41 56.21 33.78 38.31 33.26 35.38 43.01 28.99 29.83 28.73 26.3 30.03 26.59 32.51 33.38
0.41 0.04 0.59 0.02 0.68 0.39 0.27 0.57 0.7 0.16 0.36 0.26 0.76 0.34 0.67 0.56 0.19 0.69 0.69 0.41 0.43 0.26 0.52 0.0 0.11 0.3 0.22 0.04 0.12 0.11 0.18
Bra016129 (XAL1)
 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.13 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.0 0.91 0.52 0.63 0.0 0.33 0.0 0.3 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra016968 (ATG18C)
 5.46 5.88 4.49 4.07 4.69 4.12 3.07 2.37 3.68 4.0 4.08 4.12 3.54 4.11 4.5 3.77 3.75 5.47 3.58 3.61 3.01 3.24 2.26 2.85 2.26 3.06 2.78 3.06 3.86 2.95 3.39
Bra017658 (ELK4)
 8.5 8.94 12.38 7.65 11.35 9.38 6.88 7.57 7.86 8.45 7.17 7.94 10.56 12.78 14.62 9.83 9.25 14.04 8.19 8.25 6.75 7.01 6.95 7.68 7.26 6.75 7.93 5.57 7.11 8.52 11.31
20.68 25.17 21.13 21.29 32.89 12.6 25.72 29.26 25.83 37.35 30.23 17.74 40.89 25.87 17.32 26.18 28.78 28.93 26.95 27.43 29.51 22.98 21.51 31.29 27.93 32.6 31.82 23.75 28.85 26.09 31.78
Bra020830 (TPXL3)
 0.08 0.06 0.21 0.08 1.32 0.59 0.41 0.41 0.37 0.13 1.01 0.21 1.36 0.57 0.92 1.12 0.85 0.56 0.41 0.48 0.67 0.17 0.32 0.21 0.09 0.14 0.18 0.14 0.16 0.14 0.18
3.24 3.29 4.16 3.32 3.01 2.71 2.14 2.14 1.89 2.02 2.52 1.97 1.44 3.23 2.46 3.04 2.86 2.03 1.76 2.7 2.23 2.01 0.76 1.16 1.22 1.05 1.5 0.96 1.68 1.82 2.51
Bra021387 (BEX1)
 63.69 70.48 65.45 54.21 76.01 55.65 39.58 42.57 59.63 52.73 56.94 57.5 54.03 60.86 73.23 60.33 54.83 54.27 52.2 41.8 52.82 50.47 27.77 28.82 32.0 25.77 31.94 41.82 33.73 30.94 29.27
Bra021666 (ROC5)
 2.13 1.21 3.22 1.44 4.63 1.63 1.44 2.4 3.16 2.23 2.2 2.54 2.36 2.11 2.41 2.38 1.89 3.07 2.0 1.7 1.87 1.3 1.89 1.15 1.06 0.9 1.12 1.16 0.95 1.17 0.96
Bra021935 (epsilon2-COP)
 10.73 13.06 12.73 10.39 11.66 8.25 6.8 8.64 9.83 10.12 9.63 8.59 12.25 12.27 13.04 10.84 10.1 11.54 8.41 8.63 8.51 9.36 7.46 7.12 5.8 5.99 7.21 6.69 5.8 6.48 6.03
52.17 67.87 63.33 49.2 80.65 62.08 48.94 62.72 51.98 57.32 50.21 53.47 70.89 79.92 73.11 56.06 57.29 70.26 49.69 50.49 52.83 57.45 86.18 45.16 43.51 49.24 48.47 36.79 37.74 41.78 46.92
Bra023900 (ZML1)
 7.73 8.04 9.37 6.02 9.95 9.06 4.99 5.53 8.96 6.39 5.68 5.87 5.91 8.17 10.8 6.48 5.62 9.12 6.27 5.89 6.83 5.9 9.18 5.41 4.84 4.36 4.91 6.16 5.72 5.78 7.25
Bra025309 (NQR)
 34.53 30.52 33.29 30.76 36.59 32.62 23.65 20.34 31.02 33.67 29.32 29.9 26.31 34.0 30.42 24.23 26.22 25.59 27.7 25.04 29.23 30.02 16.33 20.28 19.27 22.61 21.42 22.83 21.82 19.19 19.68
Bra025348 (VHA-d2)
 18.41 24.09 27.52 21.14 21.31 13.35 12.15 13.9 17.2 17.56 17.69 17.96 15.92 20.17 16.46 13.07 13.19 16.96 15.04 12.59 12.43 13.7 9.91 8.98 9.72 9.85 10.16 9.98 10.13 10.97 10.6
Bra025756 (CLH1)
 0.84 0.28 1.31 0.33 16.15 1.26 0.91 1.36 12.22 3.79 1.26 3.72 5.83 1.32 6.49 8.65 6.19 4.76 4.04 1.02 4.46 3.06 3.53 1.56 1.2 0.93 1.4 2.58 3.99 1.45 1.2
Bra025891 (IRP5)
 11.24 15.56 21.41 6.8 15.73 17.68 3.52 4.41 15.02 5.77 10.71 10.86 5.75 13.48 15.65 5.52 6.81 10.44 6.85 6.87 8.68 11.02 2.43 0.0 0.28 0.35 0.13 0.0 0.33 0.31 0.42
Bra025934 (RLP30)
 3.36 3.6 3.54 2.39 3.79 3.82 2.09 1.3 3.57 3.31 3.5 3.35 1.7 3.33 2.68 2.9 3.24 1.34 3.01 4.15 3.21 3.47 1.48 0.48 0.36 0.35 0.41 0.7 0.9 0.61 0.35
Bra026383 (VPS22)
 6.64 7.67 6.88 6.71 8.26 6.31 4.65 4.05 5.58 5.77 5.76 4.9 5.28 6.94 6.2 5.1 5.0 7.25 4.58 4.53 5.11 5.5 1.77 3.21 3.87 2.3 2.82 4.28 4.52 3.04 2.53
10.41 8.86 13.34 8.15 15.16 9.52 3.61 3.78 0.07 3.54 5.02 4.1 1.65 11.59 15.08 6.07 4.67 12.91 3.26 2.46 1.05 3.34 0.41 0.02 0.02 0.0 0.04 0.0 0.0 0.05 0.02
Bra028192 (PERK8)
 7.87 7.33 10.24 7.75 12.13 9.6 4.96 4.59 7.11 5.81 6.21 6.43 5.63 8.97 9.82 6.0 5.52 7.48 6.52 5.8 5.5 6.15 5.19 5.31 6.05 6.13 5.54 6.43 7.18 7.44 6.19
4.16 4.46 5.06 3.74 5.68 3.74 2.7 4.14 4.15 3.13 3.47 3.73 3.75 4.2 4.72 3.27 3.05 4.94 3.01 2.9 2.48 2.58 2.49 1.48 1.7 1.95 1.6 2.2 2.19 3.04 2.46
Bra029146 (RS41)
 10.34 11.01 13.73 7.27 17.73 14.26 7.98 10.14 13.52 9.74 9.89 9.86 9.74 13.05 17.44 10.73 7.64 13.83 9.41 8.83 7.88 8.6 10.1 4.58 2.85 3.88 4.95 3.27 5.12 5.59 10.52
Bra029596 (ALDH22A1)
 6.54 5.51 6.61 4.95 6.11 4.87 4.46 4.24 4.96 5.4 4.45 4.77 6.95 6.9 6.84 5.51 5.11 5.68 5.05 4.79 4.84 4.86 5.34 3.81 3.99 4.47 4.29 4.16 4.62 4.97 5.68
6.68 7.15 7.65 6.2 6.51 7.18 5.93 6.31 5.51 6.64 6.36 5.72 8.34 8.28 7.38 6.44 6.93 8.05 6.59 6.31 5.98 6.31 10.54 4.88 5.39 5.31 5.32 4.78 4.13 4.74 5.13
11.84 12.81 11.34 9.15 15.72 13.53 10.1 11.73 9.64 11.05 10.25 9.62 13.4 14.41 15.04 13.57 11.04 14.25 10.98 10.02 10.88 10.34 16.53 9.2 10.96 9.38 10.89 8.56 9.05 11.19 12.38
Bra031187 (VHA-A2)
 15.98 16.5 20.61 14.87 17.44 11.65 9.0 7.74 14.3 13.36 12.63 14.15 7.17 16.57 14.64 11.56 11.94 20.24 11.92 10.58 10.12 10.0 4.61 5.9 5.84 5.61 5.76 5.0 5.55 6.82 8.14
22.8 22.55 29.1 13.02 34.36 25.14 7.67 9.6 18.78 16.88 15.56 16.69 13.79 24.55 28.45 11.21 14.06 28.04 14.88 14.36 13.62 11.97 7.23 7.15 7.17 4.04 6.37 8.54 7.51 14.03 11.94
2.83 2.74 3.5 2.04 4.94 2.58 1.05 1.01 2.5 1.53 1.65 2.0 0.9 2.49 2.77 1.32 1.1 1.84 1.39 1.46 1.17 1.29 0.92 1.1 1.11 0.78 0.91 1.3 1.28 1.5 1.38
Bra033141 (SR)
 9.53 7.75 7.82 6.35 12.02 7.43 3.46 6.54 7.73 6.48 6.91 7.46 5.75 8.88 8.76 3.66 4.01 9.71 7.1 5.14 4.91 4.83 3.98 3.87 2.91 3.63 2.09 5.16 3.79 3.91 5.04
Bra034348 (OTLD1)
 9.02 8.69 10.63 9.42 11.25 10.83 7.6 7.14 9.85 8.46 7.65 8.74 10.26 12.55 13.46 10.31 9.87 11.07 8.43 8.88 7.46 8.2 8.81 9.53 8.06 7.72 9.21 9.7 9.22 9.52 11.07
Bra036246 (MAS2)
 12.4 11.62 20.93 12.88 19.22 21.06 12.64 17.56 10.26 11.28 9.72 7.23 16.37 17.99 21.2 13.96 12.03 17.37 9.84 12.32 8.86 11.28 12.06 12.56 13.5 11.12 13.01 13.24 12.72 12.88 17.92
18.94 23.42 22.66 19.6 23.99 15.56 18.51 19.59 14.25 18.9 17.76 17.17 31.01 22.32 24.28 21.58 21.59 22.21 18.94 18.6 19.32 20.17 30.56 12.44 13.03 11.29 13.79 15.63 10.46 12.48 11.62
3.32 0.82 4.72 3.7 8.72 2.08 5.52 3.9 4.6 4.02 3.92 1.76 7.24 7.1 6.68 7.84 7.35 4.34 4.58 5.02 3.76 5.08 0.53 3.64 2.46 2.01 2.72 4.02 3.11 3.59 6.13

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)