1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_203 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra002495 (SUMM2)
 0.19 0.15 0.21 0.27 0.31 0.58 0.18 0.06 0.44 0.28 0.44 0.11 0.68 0.58 1.0 0.72 0.61 0.89 0.41 0.47 0.42 0.2 0.29 0.27 0.14 0.09 0.09 0.19 0.07 0.13 0.62
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 1.0 0.68 0.26 0.0 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.24 0.0 0.0 0.0 0.16 0.05 0.11 0.05 0.46 0.0 0.14 0.0 1.0 0.09 0.39 0.39 0.4 0.05 0.26 0.22 0.32 0.0 0.04 0.12 0.21 0.03 0.05 0.13 0.38 0.11 0.38
Bra005474 (PUP2)
 0.08 0.03 0.0 0.27 0.41 0.6 0.21 0.08 0.44 0.2 0.27 0.43 0.36 0.27 0.7 1.0 0.54 0.08 0.24 0.28 0.54 0.13 0.52 0.13 0.15 0.13 0.24 0.22 0.23 0.35 0.27
Bra006704 (PUM19)
 0.33 0.98 0.12 0.37 0.23 0.5 0.31 0.31 0.58 0.54 0.37 0.61 0.54 0.75 0.98 0.46 0.56 0.05 0.32 0.45 0.92 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006780 (ECT10)
 0.09 0.03 0.12 0.11 0.59 0.4 0.19 0.13 0.24 0.28 0.31 0.14 0.44 0.63 0.36 1.0 0.29 0.61 0.28 0.46 0.21 0.31 0.71 0.5 0.36 0.18 0.29 0.22 0.12 0.16 0.31
Bra007021 (CHX20)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 0.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.08 0.42 0.12 0.04 0.1 0.46 0.21 0.55 0.31 0.4 0.26 0.07 0.45 0.27 0.84 0.55 0.16 0.04 0.06 0.52 1.0 0.66 0.08 0.06 0.03 0.05 0.1 0.01 0.11 0.09 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.82 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008225 (PDF1.2c)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.96 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008504 (RGI1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.86 0.0 0.0 0.0 0.89 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.76 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra010576 (LSU)
 0.0 0.58 0.0 0.0 0.21 0.21 0.2 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.75 1.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.42 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.29 0.06 0.32 0.29 0.75 0.19 0.41 0.4 0.16 0.45 0.43 0.0 0.0 0.75 0.17 0.91 0.22 0.2 0.14 0.0 0.38 0.0 0.1 0.47 0.31 1.0 0.15 0.15 0.51 0.69 0.1
0.35 0.39 0.34 0.43 0.54 0.46 0.45 0.55 0.4 0.51 0.48 0.68 0.62 0.69 0.61 0.95 0.55 0.61 0.45 0.42 0.47 0.53 1.0 0.66 0.61 0.51 0.58 0.46 0.37 0.46 0.57
Bra017548 (uL18-L7)
 0.09 0.08 0.19 0.0 0.08 0.0 0.13 0.13 0.33 0.07 0.0 0.24 0.42 1.0 0.34 0.08 0.16 0.94 0.0 0.0 0.28 0.2 0.07 0.07 0.6 0.09 0.15 0.17 0.08 0.22 0.08
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.49 0.18
Bra019481 (SRF3)
 0.15 0.02 0.04 0.01 0.1 0.62 0.01 0.53 0.0 0.3 0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.27 0.4 0.66 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.25 0.05 1.0 0.11 0.06 0.27 0.67 0.51 0.2 0.54 0.0 0.19 0.26 0.85 0.11 0.45 0.0 0.05 0.71 0.23 0.06 0.07 0.27 0.19 0.14
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021279 (GORK)
 0.18 0.19 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.09 1.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 0.06 0.0 0.07 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08
Bra022120 (ftsh7)
 0.19 0.05 0.07 0.17 0.41 0.56 0.21 0.02 0.33 0.19 0.21 0.02 0.19 0.85 1.0 0.28 0.24 0.46 0.32 0.09 0.08 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022121 (TPLATE)
 0.35 0.08 0.52 0.07 0.41 0.53 0.19 0.19 0.08 0.14 0.19 0.15 0.23 0.8 1.0 0.16 0.25 0.43 0.47 0.18 0.42 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
0.27 0.25 0.46 0.13 0.43 0.24 0.28 0.27 0.34 0.21 0.18 0.56 0.63 0.77 1.0 0.11 0.17 0.8 0.37 0.15 0.23 0.43 0.07 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.12
Bra023076 (RPL12-B)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.13 0.0 0.24 0.26 0.22 0.2 0.08 0.21 0.0 0.41 0.0 0.0 0.34 0.13 0.24 0.68 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 1.0 0.47 0.0 0.86 0.33 0.0 0.0 0.33 0.23
Bra024517 (GSTF4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 0.0 0.06 0.0 0.0 0.91 0.38 0.0 0.12 0.82 0.21 1.0 0.0 0.14 0.24 0.38 0.18 0.25 0.3 0.36 0.27 0.26 0.34 0.42 0.32 0.51 0.21
Bra025274 (PLL18)
 0.0 0.42 0.08 0.0 0.17 0.39 0.0 0.4 0.55 0.0 0.21 0.4 0.27 0.0 1.0 0.09 0.08 0.3 0.13 0.0 0.96 0.15 0.31 0.0 0.08 0.0 0.0 0.18 0.09 0.0 0.17
Bra025712 (TRM8a)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.1 0.28 0.0 1.0 0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra026454 (CCoAOMT7)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.83 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.96 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra026922 (RPS5)
 0.09 0.05 0.06 0.05 0.01 0.1 0.11 0.02 0.57 0.27 0.29 0.0 1.0 0.32 0.47 0.77 0.84 0.73 0.38 0.37 0.59 0.15 0.08 0.04 0.18 0.0 0.04 0.06 0.07 0.1 0.42
Bra028178 (ALBA1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.44 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028324 (TA1)
 0.99 0.25 0.0 0.45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.0 0.41 0.26 0.22 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.76 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0
Bra028428 (DDR1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.46 0.0 0.48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.28 0.33 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.07 0.09 1.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030927 (PPK1)
 0.23 0.25 0.18 0.22 1.0 0.62 0.57 0.65 0.34 0.27 0.44 0.33 0.31 0.91 0.61 0.51 0.65 0.22 0.58 0.45 0.39 0.38 0.62 0.49 0.49 0.22 0.32 0.27 0.44 0.33 0.33
0.0 0.0 0.02 0.0 1.0 0.57 0.02 0.18 0.09 0.34 0.25 0.22 0.02 0.84 0.15 0.52 0.06 0.18 0.15 0.46 0.07 0.02 0.14 0.09 0.2 0.13 0.04 0.07 0.24 0.02 0.06
0.26 0.29 0.19 0.14 0.37 0.36 0.08 0.6 0.59 0.31 0.08 0.23 0.82 0.51 1.0 0.11 0.01 0.79 0.38 0.1 0.38 0.41 0.15 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.36 1.0 0.07 0.15 0.0 0.6 0.1 0.37 0.27 0.0 0.65 0.26 0.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.09
Bra032353 (BRF2)
 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.89 0.09 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.51 0.48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra032685 (RDP)
 0.36 0.02 0.21 0.05 0.29 0.59 0.32 0.12 0.36 0.39 0.27 0.09 0.31 1.0 0.88 0.44 0.49 0.85 0.87 0.33 0.76 0.28 0.0 0.0 0.18 0.0 0.05 0.0 0.13 0.07 0.16
Bra033159 (LACS5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.63 0.06 0.0 0.26 0.26 0.33 0.07 0.0 0.07 0.17 0.17 1.0 0.27 0.35 0.49 0.35 0.0 0.7 0.33 0.0 0.21 0.2 0.0 0.08 0.31 0.0 0.08
0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 0.25 0.0 0.0 0.0
Bra035751 (FIE)
 0.27 0.18 0.33 0.17 0.11 0.14 0.13 0.59 1.0 0.52 0.45 0.39 0.32 0.37 0.51 0.38 0.04 0.89 0.64 0.11 0.58 0.83 0.91 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.02
Bra036543 (SHN3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.0 0.28 0.0 0.0 1.0 0.29 0.23 0.0 0.05 0.19 0.42 0.19 0.0 0.0 0.19 0.64 0.24 0.29 0.23 0.11 0.0 0.05
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.22 0.19 0.22 0.0 0.24 0.25 0.5 0.24 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.69 0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.04 0.17 0.03 0.45 0.64 0.4 0.1 0.31 0.17 0.11 0.15 0.35 0.13 0.6 0.3 1.0 0.49 0.22 0.1 0.2 0.33 0.45 0.38 0.21 0.23 0.61 0.31 0.41 0.51 0.3 0.07
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.38 0.0 0.0 0.0 0.54 1.0 0.0 0.0 0.75 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.56 0.0 0.0 0.0 0.45 0.0
Bra038812 (SEC1B)
 0.15 0.0 0.0 0.0 0.28 0.85 0.27 0.88 0.3 0.7 0.0 0.21 0.08 0.69 0.62 1.0 0.15 0.16 0.5 0.0 0.94 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039015 (TMK3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040231 (GolS9)
 0.0 0.0 0.0 0.78 0.0 0.77 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.88 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.11 0.11 0.0 0.26 0.36 0.08 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 1.0 0.1 0.82 0.58 0.1 0.18 0.47 0.09 0.0 0.0 0.08 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)