1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_203 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra002495 (SUMM2)
 0.18 0.14 0.21 0.26 0.3 0.57 0.18 0.06 0.43 0.27 0.43 0.11 0.67 0.57 0.98 0.7 0.6 0.88 0.4 0.46 0.41 0.19 0.29 0.27 0.14 0.09 0.08 0.19 0.07 0.12 0.61
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.11 0.07 0.03 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.07 0.0 0.0 0.0 0.04 0.01 0.03 0.01 0.13 0.0 0.04 0.0 0.28 0.02 0.11 0.11 0.11 0.01 0.07 0.06 0.09 0.0 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.11
Bra005474 (PUP2)
 0.04 0.01 0.0 0.13 0.19 0.29 0.1 0.04 0.21 0.09 0.13 0.2 0.17 0.13 0.34 0.48 0.26 0.04 0.11 0.13 0.26 0.06 0.25 0.06 0.07 0.06 0.11 0.11 0.11 0.17 0.13
Bra006704 (PUM19)
 0.3 0.88 0.11 0.33 0.2 0.45 0.28 0.28 0.52 0.49 0.33 0.55 0.49 0.67 0.88 0.41 0.51 0.05 0.29 0.4 0.83 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006780 (ECT10)
 0.08 0.02 0.11 0.1 0.53 0.36 0.17 0.11 0.21 0.25 0.28 0.13 0.4 0.56 0.33 0.9 0.26 0.55 0.26 0.41 0.19 0.28 0.64 0.45 0.33 0.16 0.26 0.2 0.11 0.14 0.28
Bra007021 (CHX20)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.12 0.61 0.18 0.06 0.14 0.67 0.3 0.8 0.45 0.59 0.38 0.1 0.65 0.39 1.22 0.8 0.24 0.06 0.09 0.75 1.45 0.97 0.12 0.09 0.04 0.08 0.14 0.02 0.16 0.13 0.16
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008225 (PDF1.2c)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008504 (RGI1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.18 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.16 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra010576 (LSU)
 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.03 0.04 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.28 0.06 0.32 0.29 0.74 0.19 0.41 0.39 0.15 0.45 0.43 0.0 0.0 0.74 0.17 0.9 0.22 0.2 0.14 0.0 0.38 0.0 0.1 0.46 0.31 0.99 0.15 0.15 0.5 0.68 0.1
2.39 2.7 2.38 2.95 3.71 3.15 3.08 3.82 2.76 3.53 3.32 4.73 4.28 4.78 4.21 6.54 3.81 4.21 3.14 2.92 3.23 3.69 6.91 4.56 4.23 3.52 3.98 3.18 2.55 3.18 3.96
Bra017548 (uL18-L7)
 0.05 0.05 0.1 0.0 0.04 0.0 0.07 0.07 0.17 0.04 0.0 0.13 0.23 0.53 0.18 0.04 0.09 0.5 0.0 0.0 0.15 0.11 0.04 0.04 0.32 0.05 0.08 0.09 0.04 0.12 0.04
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.19 0.07
Bra019481 (SRF3)
 0.72 0.1 0.19 0.03 0.46 2.98 0.03 2.52 0.0 1.45 1.23 0.0 0.01 0.01 0.0 1.72 1.31 1.91 3.17 0.0 4.81 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.03 0.07 0.0 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.0 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021279 (GORK)
 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.08 0.0 0.01 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra022120 (ftsh7)
 0.16 0.05 0.06 0.15 0.35 0.47 0.18 0.02 0.27 0.16 0.18 0.02 0.16 0.71 0.84 0.23 0.2 0.38 0.27 0.07 0.07 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022121 (TPLATE)
 0.7 0.16 1.04 0.15 0.84 1.08 0.38 0.39 0.17 0.28 0.38 0.31 0.47 1.63 2.02 0.32 0.51 0.86 0.95 0.36 0.85 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0
0.46 0.43 0.77 0.22 0.72 0.41 0.47 0.46 0.57 0.35 0.31 0.93 1.05 1.3 1.68 0.19 0.29 1.34 0.62 0.25 0.38 0.73 0.11 0.04 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.2
Bra023076 (RPL12-B)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.02 0.0 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.0 0.06 0.0 0.0 0.05 0.02 0.04 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.16 0.07 0.0 0.13 0.05 0.0 0.0 0.05 0.04
Bra024517 (GSTF4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.12 0.0 0.0 1.71 0.72 0.0 0.22 1.54 0.4 1.87 0.0 0.26 0.46 0.71 0.33 0.47 0.56 0.68 0.5 0.49 0.63 0.79 0.59 0.95 0.39
Bra025274 (PLL18)
 0.0 0.04 0.01 0.0 0.02 0.04 0.0 0.04 0.06 0.0 0.02 0.04 0.03 0.0 0.1 0.01 0.01 0.03 0.01 0.0 0.1 0.01 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.02
Bra025712 (TRM8a)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.03 0.08 0.0 0.28 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra026454 (CCoAOMT7)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra026922 (RPS5)
 1.12 0.64 0.71 0.57 0.16 1.26 1.27 0.29 6.86 3.3 3.53 0.0 12.04 3.82 5.62 9.27 10.12 8.75 4.52 4.51 7.06 1.8 0.97 0.46 2.22 0.0 0.51 0.73 0.88 1.26 5.03
Bra028178 (ALBA1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028324 (TA1)
 0.09 0.02 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.04 0.02 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0
Bra028428 (DDR1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.87 1.02 0.94 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.0 0.21 0.28 3.13 0.0 0.0 0.36 0.0 0.0 0.0 0.64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030927 (PPK1)
 8.31 9.02 6.64 8.0 36.48 22.47 20.82 23.84 12.38 9.82 15.9 12.11 11.15 33.33 22.24 18.53 23.53 7.97 21.31 16.56 14.39 14.03 22.53 17.7 17.78 7.93 11.74 9.98 15.94 12.12 11.96
0.0 0.0 0.01 0.0 0.43 0.24 0.01 0.08 0.04 0.15 0.11 0.09 0.01 0.36 0.06 0.22 0.03 0.08 0.07 0.2 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.06 0.02 0.03 0.1 0.01 0.03
0.52 0.59 0.39 0.27 0.74 0.71 0.16 1.2 1.17 0.62 0.17 0.45 1.65 1.01 2.0 0.23 0.02 1.59 0.75 0.2 0.77 0.82 0.3 0.03 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01
0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.23 0.65 0.05 0.09 0.0 0.39 0.06 0.24 0.18 0.0 0.42 0.17 0.0 0.0 0.45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.06
Bra032353 (BRF2)
 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.28 0.03 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 0.0 0.16 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra032685 (RDP)
 5.29 0.24 3.04 0.69 4.23 8.55 4.58 1.72 5.23 5.67 3.92 1.27 4.42 14.5 12.81 6.43 7.14 12.3 12.63 4.83 11.07 4.04 0.0 0.0 2.68 0.0 0.66 0.0 1.9 0.96 2.33
Bra033159 (LACS5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.02 0.02 0.02 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.0 0.05 0.02 0.0 0.02 0.01 0.0 0.01 0.02 0.0 0.01
0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.25 0.0 0.0 0.0
Bra035751 (FIE)
 0.6 0.4 0.72 0.38 0.25 0.31 0.28 1.3 2.21 1.15 0.99 0.87 0.72 0.81 1.13 0.83 0.08 1.97 1.41 0.24 1.29 1.82 2.01 0.09 0.18 0.08 0.11 0.1 0.2 0.11 0.05
Bra036543 (SHN3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.14 0.0 0.0 0.52 0.15 0.12 0.0 0.02 0.1 0.22 0.1 0.0 0.0 0.1 0.33 0.12 0.15 0.12 0.06 0.0 0.03
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.05 0.21 0.04 0.55 0.79 0.49 0.12 0.38 0.21 0.13 0.18 0.43 0.16 0.73 0.36 1.23 0.6 0.27 0.13 0.24 0.4 0.55 0.47 0.25 0.28 0.74 0.39 0.5 0.63 0.36 0.09
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.04 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0
Bra038812 (SEC1B)
 0.13 0.0 0.0 0.0 0.24 0.72 0.23 0.74 0.26 0.59 0.0 0.18 0.07 0.58 0.52 0.84 0.13 0.13 0.42 0.0 0.79 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039015 (TMK3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040231 (GolS9)
 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.02 0.02 0.0 0.04 0.05 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.15 0.02 0.12 0.09 0.02 0.03 0.07 0.01 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)