1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_177 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000562 (UNE11)
 0.0 0.0 0.12 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001424 (PUB24)
 0.0 0.21 0.27 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.02 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.09 0.05 0.03 0.0 0.0 0.0 0.12 0.62 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0
Bra001890 (DMC1)
 0.0 0.0 0.61 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001998 (PUB16)
 0.06 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.11 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08
Bra002408 (NAC090)
 0.13 0.62 0.74 0.08 0.04 0.09 0.02 0.0 0.0 0.1 0.02 0.07 0.02 0.02 0.0 0.06 0.12 0.08 0.04 0.0 0.09 0.09 3.58 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.11 0.0
0.03 0.01 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra002905 (NHX3)
 0.0 0.0 0.04 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.72 2.16 4.34 0.58 0.0 0.0 0.0 0.81 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.33 0.0 0.0 0.0 0.19 0.18 0.18 0.73 0.0 0.0 0.74 0.0 1.24 0.85 0.0
Bra003613 (MC7)
 2.55 0.7 6.55 1.04 1.13 0.46 0.22 0.11 0.54 0.51 0.3 0.64 0.23 0.09 0.16 0.07 0.29 0.12 0.11 0.13 0.05 0.36 0.73 0.15 0.67 1.97 1.06 0.07 0.47 1.16 1.11
Bra003635 (MBL1)
 3.34 4.89 17.74 3.37 0.43 0.08 0.8 1.33 0.47 2.29 2.71 0.83 1.73 0.08 0.2 0.89 1.72 3.22 0.56 1.29 0.7 1.0 1.57 0.85 0.74 5.81 0.92 0.37 0.64 2.92 1.94
0.43 0.56 1.65 0.24 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.05 0.03
Bra005355 (GIK)
 0.0 0.0 0.13 0.0 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.05 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.04 0.0 0.09 0.01 0.35 0.0 0.03 0.06 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0
Bra005429 (RLP54)
 0.04 0.23 1.83 0.16 0.04 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.12 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.08 0.0
0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra005852 (DREB2)
 0.09 0.25 0.54 0.2 0.0 0.01 0.03 0.02 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.04 0.0 0.0 0.01 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.01 0.0
Bra006657 (HB26)
 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006735 (OSCA1.8)
 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra007828 (TAT)
 0.1 0.45 1.06 0.04 1.01 2.7 0.29 0.28 0.18 0.36 0.1 0.15 0.05 0.22 1.53 0.96 0.79 0.43 0.39 0.3 0.15 0.69 9.03 0.37 0.22 0.14 0.06 0.17 0.08 0.18 0.01
Bra009054 (MIPS3)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011924 (ALB3)
 0.0 0.0 1.63 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.29 1.71 6.75 0.28 0.37 0.65 0.04 0.09 0.07 0.65 0.03 0.16 0.02 0.66 0.08 0.47 0.23 0.06 0.17 0.02 0.04 0.51 1.89 0.79 0.75 3.56 0.76 1.69 1.33 0.53 0.47
0.01 0.43 0.16 0.06 0.18 0.71 0.04 0.01 0.04 0.11 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.32 0.15 0.06 0.11 0.06 0.07 0.32 2.49 0.17 0.03 0.02 0.12 0.05 0.13 0.14 0.0
0.0 0.02 0.4 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra020652 (PRR4)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 1.53 0.0 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020979 (RLP30)
 0.15 0.27 0.76 0.1 0.29 0.19 0.04 0.01 0.09 0.08 0.06 0.13 0.02 0.1 0.07 0.18 0.15 0.01 0.1 0.03 0.11 0.07 0.12 0.01 0.04 0.11 0.06 0.03 0.05 0.19 0.0
0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021786 (DOR)
 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022379 (MES16)
 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra025875 (IGMT4)
 0.94 3.31 5.43 0.51 1.0 1.39 0.89 1.78 0.21 1.71 0.97 0.71 0.54 0.87 0.42 1.77 1.25 0.63 0.83 0.93 0.6 0.55 2.19 1.73 1.72 2.59 1.73 2.67 3.36 3.03 0.95
Bra029015 (ANK)
 0.0 0.0 0.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030839 (RS1)
 1.69 1.62 5.63 1.24 0.0 0.23 0.01 0.59 0.32 0.49 0.36 0.58 0.93 0.22 0.24 0.43 0.39 0.27 0.0 0.0 0.26 0.16 0.49 0.01 0.02 0.22 0.06 0.07 0.09 0.04 0.11
Bra031304 (UGT71B1)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.06 0.36 0.0 0.05 0.05 0.01 0.0 0.0 0.11 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.07 0.05 0.0 0.03 0.07 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra032180 (PUB4)
 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.13 0.03 0.24 0.06 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.03 0.05 0.06 0.0 0.0 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra035901 (TPXL8)
 0.02 0.0 0.07 0.03 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0
Bra036481 (TAX2)
 5.65 15.13 43.22 8.37 3.46 8.5 5.36 1.4 1.67 3.77 2.52 1.3 6.08 5.35 4.18 3.94 8.81 7.61 4.65 4.57 9.19 11.49 69.21 2.35 1.57 7.2 3.05 1.16 2.25 4.47 0.58
Bra037158 (cMCU)
 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039990 (JOSL)
 0.1 0.0 0.25 0.0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.0 0.05 0.02 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03
0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
0.19 0.05 1.3 0.53 0.37 0.04 0.11 0.1 0.28 0.23 0.21 0.67 0.37 0.37 0.22 0.5 0.04 0.87 0.07 0.79 0.04 0.11 1.61 0.31 0.36 0.79 0.16 0.04 0.21 0.8 0.04

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)