1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_110 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000391 (CYP704A2)
 15.15 26.95 22.99 15.18 57.15 40.81 9.04 6.37 15.2 16.98 11.64 13.37 6.4 34.92 37.42 20.96 14.32 18.4 17.15 14.57 14.37 21.46 23.45 10.16 10.27 7.27 10.67 14.16 14.56 18.21 5.08
Bra001024 (MUB1)
 35.09 43.38 41.73 21.64 77.48 64.12 20.5 14.3 22.02 31.41 24.16 25.41 15.69 52.88 63.95 37.21 33.84 25.27 33.28 39.73 34.91 42.07 34.14 21.31 21.16 16.12 24.34 27.83 25.24 19.51 9.36
Bra002307 (AL5)
 1.62 1.16 1.98 0.9 8.49 6.76 1.59 2.02 3.03 1.82 2.05 1.68 3.78 7.23 8.33 2.42 2.76 4.17 4.12 2.39 2.4 2.38 4.77 3.2 2.56 1.54 2.91 3.25 4.04 1.69 3.4
Bra003729 (RLP15)
 0.47 1.17 0.58 0.41 2.19 2.1 0.28 0.15 0.4 0.65 0.56 0.61 0.52 1.18 2.05 0.96 0.57 0.91 0.9 0.63 0.56 0.75 1.06 0.22 0.16 0.39 0.29 0.18 0.16 0.17 0.15
0.14 0.31 0.46 0.19 1.67 1.1 0.32 0.21 0.41 0.49 0.33 0.25 0.18 0.82 0.93 0.41 0.43 0.7 0.63 0.34 0.25 0.57 0.2 0.41 0.25 0.16 0.37 0.36 0.38 0.36 0.25
0.9 0.73 0.94 0.59 3.22 2.8 0.77 0.66 1.06 1.31 0.97 0.81 0.92 1.92 2.35 1.56 1.37 1.29 1.31 1.28 1.15 1.33 0.76 0.97 0.7 0.64 0.89 0.95 0.96 1.15 0.87
Bra004679 (bHLH48)
 2.24 2.34 1.81 2.98 12.46 9.9 3.19 3.72 5.42 6.42 6.2 4.36 5.26 10.78 11.87 6.18 5.65 6.53 8.65 5.13 5.92 5.68 4.16 5.05 6.23 4.41 5.58 4.88 7.66 4.48 3.35
3.27 1.59 0.85 0.2 7.83 5.86 1.59 0.28 2.6 2.34 2.21 2.46 0.94 7.62 6.49 4.11 3.6 1.87 3.62 1.11 2.63 1.81 0.11 0.89 0.66 0.08 0.0 0.0 1.16 0.08 0.2
1.31 0.86 1.06 0.62 4.2 2.2 0.58 0.46 1.59 1.31 1.32 1.51 0.98 3.54 4.86 0.95 1.12 3.01 1.98 0.96 0.76 0.75 1.54 0.94 0.97 0.89 0.82 1.52 1.92 2.18 1.88
17.59 22.83 20.74 16.41 25.98 26.29 14.26 11.01 15.6 13.46 15.52 13.36 7.22 22.43 21.76 16.23 14.61 10.55 16.75 16.19 14.05 16.92 12.79 15.41 13.67 11.41 14.73 14.96 19.35 16.6 12.83
6.24 6.12 9.48 7.75 17.72 19.92 10.08 7.74 7.61 7.94 8.23 6.77 8.7 20.4 20.54 14.37 13.95 10.9 10.56 10.64 11.12 10.08 12.88 10.48 11.02 9.99 9.67 9.69 10.94 6.72 8.85
3.83 3.17 2.72 2.55 8.92 6.91 3.68 3.13 4.82 3.62 3.98 3.84 5.78 8.44 7.93 6.23 3.88 4.89 5.99 4.31 4.61 5.12 5.2 2.71 2.49 2.71 2.2 2.75 2.74 2.73 4.61
Bra010500 (SHD)
 0.87 0.3 0.26 0.17 1.66 1.55 0.81 0.35 0.63 0.66 0.65 0.83 0.41 2.25 2.24 1.06 1.28 0.4 0.76 0.93 1.06 0.78 0.59 0.52 0.4 0.3 0.3 0.42 0.73 0.39 0.23
2.07 0.71 1.3 0.21 9.82 7.26 2.06 1.18 2.35 3.01 2.54 2.75 0.97 4.52 9.45 4.48 2.73 1.41 3.17 2.41 1.63 2.95 1.85 2.37 1.26 1.93 1.22 1.98 2.35 2.56 1.95
Bra011038 (CKL6)
 5.51 7.69 7.62 4.63 10.74 9.9 6.81 6.85 6.78 7.46 6.99 7.27 7.24 10.25 11.86 8.01 8.27 6.42 5.91 6.75 6.17 7.53 7.19 5.48 5.94 4.71 5.56 6.28 6.43 6.95 5.89
Bra012894 (KRP2)
 4.21 1.97 1.49 0.61 24.61 17.48 6.07 2.3 8.33 3.0 5.57 8.16 4.78 15.16 21.04 5.22 5.49 3.17 7.77 5.52 3.63 6.54 1.44 3.19 3.45 1.54 3.66 10.8 8.08 2.74 2.13
Bra013012 (AAE17)
 6.09 8.69 10.13 9.83 16.57 18.21 6.47 3.38 8.6 7.12 8.21 5.68 4.93 20.03 19.65 11.35 8.86 9.61 10.15 8.51 8.13 9.02 11.94 5.25 5.45 4.1 5.43 5.53 6.64 3.86 6.88
1.39 0.61 0.69 0.7 2.64 2.28 0.87 0.53 1.46 1.19 1.41 1.06 0.94 1.99 2.19 1.81 1.53 1.68 1.65 1.17 1.32 1.29 1.01 0.81 1.13 0.62 0.83 1.02 0.83 1.01 0.63
Bra013676 (RLK4)
 0.26 0.52 0.42 0.3 1.27 1.74 0.64 0.31 0.53 0.55 0.58 0.65 0.43 1.21 1.61 0.97 0.93 0.86 0.67 0.79 0.39 1.14 1.62 0.46 0.36 0.3 0.49 0.45 0.5 0.38 0.18
Bra013677 (RLK4)
 3.71 5.76 5.84 4.27 14.55 17.03 4.61 2.6 4.68 5.24 4.45 5.37 2.1 11.19 11.99 10.57 6.39 6.19 5.31 7.4 3.82 6.05 5.29 3.56 3.1 3.24 3.35 4.78 4.36 3.95 1.68
7.43 10.37 5.96 4.5 19.4 26.12 2.86 1.1 5.0 5.3 4.61 5.55 1.04 14.85 24.16 8.31 4.8 1.73 5.9 2.86 4.36 8.06 11.55 4.0 3.43 2.5 3.71 7.69 7.47 6.68 2.26
Bra014862 (RBL4)
 6.46 7.06 6.16 5.18 14.93 15.35 8.36 6.08 8.44 7.19 7.4 6.22 6.71 11.74 18.28 9.3 7.85 8.03 7.88 8.8 9.33 8.57 10.6 7.37 6.93 5.98 6.19 8.41 7.99 6.27 5.93
Bra015708 (PRAF1)
 4.1 4.58 5.26 3.5 5.86 6.06 3.53 2.67 3.31 3.99 3.28 3.62 3.2 6.0 6.58 5.19 5.03 5.03 3.91 4.03 3.86 3.98 3.9 3.85 3.44 4.09 3.82 4.93 4.46 4.02 3.87
Bra016023 (TMEM16)
 7.46 8.08 7.29 7.76 9.17 8.56 4.49 5.28 5.86 5.33 5.25 5.93 5.48 8.65 7.44 6.94 6.73 5.34 4.7 5.39 5.26 5.38 4.15 4.71 4.62 5.76 4.78 5.21 5.84 5.34 4.55
Bra016950 (CRK1)
 0.89 0.88 1.22 0.67 3.89 2.58 0.92 0.4 1.15 1.63 0.96 1.1 0.88 3.06 3.34 1.72 1.16 1.7 1.24 0.88 0.97 1.02 1.96 0.51 0.46 0.56 0.53 0.44 0.65 0.87 0.29
Bra017348 (PDF1)
 17.88 20.25 14.02 12.35 24.36 27.43 11.91 11.62 15.17 14.51 13.28 12.59 15.47 25.65 26.93 15.5 17.03 16.86 14.71 15.53 11.69 15.28 22.61 13.79 13.46 11.13 12.18 14.05 14.18 11.78 13.59
8.18 13.03 11.85 13.7 21.13 16.15 7.28 5.74 8.96 9.88 8.93 9.55 5.66 16.51 16.88 11.8 9.41 6.89 10.2 10.01 9.66 11.83 13.11 8.89 9.01 9.17 7.26 11.24 9.72 7.39 5.38
4.92 4.14 3.91 1.6 24.04 16.48 2.95 3.72 9.01 7.09 6.76 7.37 7.7 15.93 22.93 4.82 3.71 3.58 8.48 7.52 7.7 9.44 12.54 6.16 6.31 5.58 6.42 9.95 9.82 7.41 7.75
Bra017623 (MCCB)
 1.6 1.35 1.52 1.18 6.39 5.52 2.46 1.22 1.11 1.93 1.74 1.5 1.99 2.84 3.91 4.25 3.05 1.75 3.13 2.9 2.6 2.87 1.54 2.56 2.41 1.82 2.26 2.0 1.97 2.0 2.15
2.99 4.46 3.14 2.63 5.08 4.56 2.84 2.84 3.2 3.83 3.21 3.53 3.42 5.62 5.97 3.74 3.77 3.68 4.28 3.11 3.75 3.9 3.53 2.56 2.67 2.17 2.52 2.2 2.59 2.34 2.97
1.33 1.28 1.41 1.24 3.84 4.08 1.36 0.79 1.68 1.45 1.59 1.21 0.79 3.22 2.51 2.03 1.92 1.66 1.57 1.69 1.45 1.67 2.02 1.27 1.05 1.06 1.09 1.31 1.62 1.35 1.48
Bra019459 (NAC061)
 4.37 5.46 9.36 3.0 15.17 24.4 6.44 2.42 7.73 5.26 5.88 8.01 1.22 18.95 19.45 9.37 6.97 2.29 5.48 7.69 6.58 9.96 19.75 7.89 5.8 6.7 5.69 5.63 7.89 8.55 2.61
Bra019955 (MPK1)
 6.73 7.16 6.55 4.3 9.09 9.07 3.0 1.99 5.41 5.36 5.86 5.14 2.54 8.74 11.56 4.36 4.33 6.54 6.53 4.73 4.06 6.2 7.65 4.61 4.63 3.48 4.74 5.27 5.3 5.71 4.29
Bra020107 (AL5)
 9.52 4.82 10.03 11.68 28.42 27.22 8.44 6.39 13.34 11.56 14.63 8.17 9.27 23.83 20.56 13.84 11.13 8.04 14.39 13.16 11.82 11.16 8.2 12.85 13.4 12.04 11.19 13.34 14.59 10.42 10.58
Bra020430 (CBP60b)
 20.36 23.63 18.05 13.94 30.88 25.72 9.82 9.47 13.68 16.14 12.23 12.22 6.73 22.1 22.86 17.33 15.34 9.93 13.75 14.76 12.41 15.97 9.99 11.01 10.69 9.28 11.06 13.49 14.19 13.99 6.77
Bra020999 (RLP31)
 0.52 1.14 1.54 0.31 1.56 4.26 0.76 0.21 1.33 0.95 0.74 1.19 0.28 2.2 4.11 1.92 1.26 0.92 1.05 0.73 1.06 1.64 3.08 1.17 0.96 0.55 1.08 0.96 1.04 0.63 0.16
4.64 5.53 5.11 4.49 7.24 8.43 3.74 3.14 4.51 4.83 4.61 4.44 3.47 6.67 7.61 6.1 5.94 3.89 4.92 5.45 4.65 5.34 6.57 4.56 4.41 3.59 4.26 4.4 4.97 4.41 3.48
5.62 5.13 6.27 5.02 15.48 12.74 6.66 4.54 7.84 6.37 6.39 6.26 9.25 12.05 12.18 9.9 8.3 9.12 7.94 8.18 8.53 7.69 6.31 4.9 4.69 4.84 4.83 4.17 3.91 2.95 4.29
Bra023351 (LOG8)
 1.33 0.4 1.65 0.91 12.4 7.33 0.76 0.61 2.05 1.48 2.09 0.75 3.92 6.84 15.53 2.41 1.35 4.77 2.43 3.02 1.82 1.97 1.61 0.65 0.79 0.33 0.95 0.86 0.99 0.48 0.17
Bra024315 (C/VIF2)
 22.0 13.49 21.12 12.55 38.7 42.4 9.98 7.43 16.6 20.73 16.43 12.69 14.27 35.26 38.91 24.0 16.71 17.19 23.21 19.6 18.95 20.41 17.37 12.36 13.24 13.27 10.78 20.43 18.91 16.41 9.53
Bra024915 (NPY6)
 3.36 2.84 4.52 2.56 6.89 7.55 2.3 1.59 3.78 4.23 4.29 3.06 3.32 6.82 7.6 4.8 4.38 4.59 5.06 4.68 4.23 4.39 4.08 2.78 3.18 2.64 3.08 3.11 3.28 2.33 2.08
Bra024926 (NUDT2)
 5.48 6.56 5.37 3.59 14.98 12.81 3.64 2.73 7.67 7.97 9.16 8.3 3.82 11.87 13.52 8.37 8.5 6.23 8.52 5.06 6.59 9.88 4.3 4.56 4.03 4.11 4.54 3.78 4.56 6.31 5.43
Bra024961 (GATA27)
 2.49 2.11 2.41 1.9 6.58 8.57 4.08 3.44 5.8 4.64 4.24 3.99 2.76 6.88 9.6 5.86 3.8 4.34 4.53 4.75 3.91 5.91 7.1 2.41 2.59 2.24 2.41 2.58 2.55 2.08 2.17
14.14 15.89 14.31 11.47 19.21 27.66 8.57 6.4 8.85 9.0 8.69 7.52 7.1 22.37 24.83 16.9 11.11 9.78 13.91 11.12 11.04 13.6 15.27 7.51 6.33 8.32 6.75 9.97 10.64 6.75 6.14
Bra026780 (PSS1)
 13.75 13.4 14.87 15.86 30.28 30.83 20.76 15.64 15.71 16.75 16.92 18.77 20.58 36.0 36.24 24.04 19.07 23.97 17.36 17.04 17.05 19.72 26.87 12.91 15.16 9.72 12.83 15.61 15.72 11.21 14.66
Bra027195 (RFO3)
 1.39 1.35 2.05 1.06 3.86 4.86 1.5 1.15 2.18 2.0 1.53 2.33 1.28 4.02 3.4 2.3 2.49 2.7 1.62 1.55 1.69 2.41 2.73 1.17 1.31 1.17 1.39 1.32 1.47 1.63 1.94
0.35 0.4 0.52 0.35 3.78 3.97 0.63 0.85 0.86 0.85 0.71 0.74 1.51 3.29 6.02 0.92 0.94 1.4 1.85 1.27 1.51 1.26 2.19 1.64 1.08 0.69 1.0 1.47 1.13 0.5 1.19
Bra027279 (HCF243)
 2.17 1.82 3.2 1.14 9.22 7.61 2.03 2.25 3.73 2.54 2.57 2.19 2.9 9.05 12.07 2.33 2.15 7.54 4.64 2.81 1.84 2.17 2.91 3.59 3.28 1.87 3.3 4.72 6.26 5.4 4.95
Bra027306 (LIK1)
 8.97 10.84 15.61 5.65 54.57 40.44 8.32 7.72 8.78 14.31 8.36 10.88 4.4 41.92 34.7 17.68 11.68 6.8 18.48 16.35 15.95 17.8 2.87 2.68 2.49 2.45 3.28 3.4 2.85 4.12 0.78
0.5 0.32 0.71 0.48 2.99 3.28 1.19 0.8 1.29 1.1 0.88 0.55 0.97 3.45 4.78 1.07 1.2 1.32 1.35 1.31 1.17 1.12 1.2 0.83 0.85 0.38 0.45 0.83 0.59 0.6 0.57
Bra029240 (RAC10)
 5.9 5.66 7.41 4.25 14.85 20.33 9.92 7.28 7.14 7.3 9.53 5.78 11.39 13.39 16.51 13.74 12.57 11.69 11.42 11.86 9.14 11.82 12.85 12.35 12.7 10.29 12.11 10.72 10.63 6.11 8.22
0.03 0.05 0.11 0.05 5.33 2.69 0.12 0.08 0.3 0.58 0.16 0.14 0.17 1.58 3.93 1.08 0.44 0.55 0.49 0.29 0.36 0.48 0.66 0.12 0.17 0.02 0.13 0.23 0.25 0.3 0.07
Bra030549 (ABCI19)
 5.24 6.32 5.86 5.21 13.65 13.16 8.65 6.68 6.09 6.66 7.59 6.33 7.43 16.55 16.0 8.9 6.8 10.51 9.48 7.22 6.13 8.32 7.48 6.16 7.5 5.11 6.25 6.76 6.34 5.15 5.7
Bra030997 (CHS1)
 1.51 3.25 2.84 2.13 8.25 7.36 0.65 0.51 1.92 2.96 1.52 1.57 0.6 5.46 7.53 3.48 3.08 1.35 2.76 2.64 2.02 2.72 3.8 1.25 1.04 0.85 0.97 1.28 1.97 2.55 0.84
Bra031259 (ACA9)
 0.03 0.07 0.01 0.02 0.39 0.2 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.34 0.19 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.12 0.03 0.09 0.12 0.03 0.04
0.21 0.26 0.42 0.22 2.69 1.17 0.19 0.09 0.42 0.52 0.38 0.22 0.56 2.24 2.81 0.6 0.23 1.21 0.8 0.28 0.32 0.26 0.57 0.17 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.06
1.17 1.43 1.56 1.03 2.84 2.8 1.55 1.31 2.17 1.57 1.75 1.57 1.58 3.83 3.68 1.61 1.31 2.46 1.85 1.5 1.28 1.46 1.73 2.01 1.88 1.48 1.66 2.04 2.37 2.16 2.14
Bra035437 (MPK2)
 3.86 5.67 4.07 3.85 8.85 8.97 3.32 2.42 5.19 5.4 5.13 5.33 2.44 7.93 9.69 4.76 4.47 5.97 6.19 4.05 4.42 6.17 5.07 4.31 3.97 3.35 4.4 4.35 4.23 4.98 2.91
Bra036194 (FRA1)
 3.96 3.59 4.45 4.0 11.72 9.38 5.93 5.01 4.91 6.71 5.71 4.58 6.65 6.91 8.63 6.67 6.12 4.37 5.96 5.81 4.44 5.51 3.73 4.15 4.19 4.01 3.9 3.9 4.35 4.22 4.33
Bra037495 (ADG1)
 9.93 4.77 5.92 6.46 47.86 20.74 9.16 5.89 10.91 13.26 12.6 7.42 11.49 26.01 26.73 16.48 15.83 10.98 15.19 13.42 12.18 13.56 5.96 12.77 10.75 9.29 10.61 13.31 16.32 14.82 13.71
Bra037992 (AAE18)
 13.95 18.2 17.15 13.71 44.5 51.48 27.05 17.98 14.24 17.47 15.22 15.54 21.73 44.77 46.35 32.66 27.38 28.3 24.65 25.62 21.57 19.64 27.78 15.95 16.04 13.45 16.54 20.08 18.33 15.17 16.98
Bra038295 (IFL)
 0.23 0.13 0.26 0.07 4.76 3.73 0.49 0.46 0.51 0.95 0.54 0.52 1.02 2.72 5.8 0.63 0.6 0.95 0.85 0.64 0.78 0.59 0.29 0.07 0.18 0.12 0.12 0.11 0.15 0.1 0.11
Bra038321 (SP1L2)
 10.88 11.56 15.64 8.46 60.6 33.44 3.01 4.09 12.65 24.02 18.06 10.91 9.19 29.53 45.28 21.42 16.54 18.99 21.6 17.55 17.67 19.3 12.68 11.19 11.43 7.48 10.63 8.29 9.37 16.52 15.85
Bra038739 (SAP5)
 53.5 56.51 65.09 61.11 94.09 106.92 62.15 48.23 66.39 52.06 55.85 52.01 59.82 115.29 113.85 84.51 62.78 65.99 67.42 73.42 71.83 72.2 62.72 48.31 45.64 53.03 39.01 45.35 58.72 55.33 49.94

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)