1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_25 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.71 0.0 0.25 0.28 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.55 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.49 0.69 0.59 0.67 0.43 0.34 0.33 0.39 0.4 0.43 0.38 0.37 0.54 0.61 0.59 0.52 0.46 0.76 0.43 0.4 0.46 0.41 1.0 0.5 0.45 0.54 0.5 0.5 0.44 0.45 0.59
Bra001633 (IQD26)
 0.1 0.1 0.75 1.0 0.2 0.01 0.0 0.16 0.01 0.07 0.01 0.01 0.39 0.06 0.04 0.02 0.08 0.49 0.0 0.01 0.0 0.02 0.17 0.04 0.0 0.23 0.03 0.07 0.03 0.06 0.01
Bra003217 (AGF2)
 0.05 0.31 0.28 0.39 0.03 0.23 0.13 0.17 0.11 0.09 0.07 0.07 0.58 0.11 0.07 0.11 0.16 0.7 0.07 0.11 0.09 0.08 1.0 0.06 0.08 0.06 0.04 0.04 0.06 0.11 0.16
0.37 0.72 0.64 0.48 0.44 0.37 0.29 0.34 0.1 0.21 0.2 0.18 0.32 0.19 0.15 0.31 0.32 0.87 0.18 0.28 0.31 0.31 1.0 0.29 0.28 0.41 0.26 0.2 0.23 0.24 0.29
Bra003705 (LSM3B)
 0.36 0.57 0.56 0.31 0.35 0.25 0.1 0.1 0.14 0.22 0.16 0.17 0.33 0.22 0.29 0.19 0.18 0.22 0.19 0.17 0.23 0.18 1.0 0.19 0.22 0.33 0.26 0.18 0.18 0.24 0.38
0.54 0.74 0.63 0.29 0.32 0.09 0.1 0.18 0.11 0.08 0.05 0.04 0.31 0.28 0.18 0.18 0.11 0.29 0.09 0.12 0.09 0.17 1.0 0.13 0.18 0.12 0.17 0.12 0.11 0.16 0.25
Bra006105 (ATL57)
 0.52 0.0 0.29 0.0 0.0 0.05 0.09 0.19 0.18 0.0 0.04 0.0 0.35 0.19 0.0 0.12 0.0 0.29 0.04 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.05
0.4 0.46 0.51 0.37 0.25 0.16 0.14 0.32 0.1 0.15 0.12 0.14 0.3 0.17 0.15 0.17 0.19 0.33 0.14 0.12 0.18 0.16 1.0 0.13 0.17 0.14 0.14 0.14 0.11 0.2 0.15
Bra007176 (AGF2)
 0.47 1.0 0.82 0.59 0.06 0.18 0.07 0.14 0.04 0.1 0.06 0.06 0.61 0.1 0.24 0.04 0.07 0.65 0.06 0.06 0.06 0.09 0.81 0.02 0.03 0.05 0.04 0.0 0.03 0.05 0.05
Bra008632 (AAD3)
 0.58 0.64 0.88 0.9 0.3 0.2 0.15 0.21 0.29 0.28 0.27 0.18 0.79 0.2 0.29 0.36 0.27 0.78 0.15 0.21 0.22 0.27 1.0 0.19 0.1 0.47 0.17 0.22 0.15 0.27 0.32
0.52 0.59 0.4 0.99 0.3 0.26 0.25 0.3 0.19 0.3 0.32 0.23 0.45 0.33 0.31 0.34 0.3 0.95 0.41 0.33 0.35 0.36 1.0 0.29 0.28 0.54 0.37 0.28 0.28 0.21 0.17
Bra009691 (CXE18)
 0.38 0.3 0.46 0.65 0.19 0.06 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.04 0.94 0.09 0.21 0.08 0.04 1.0 0.04 0.05 0.13 0.02 0.49 0.26 0.4 0.35 0.22 0.18 0.32 0.25 0.28
0.14 0.16 0.33 0.32 0.12 0.09 0.03 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.32 0.05 0.04 0.37 0.24 0.23 0.08 0.15 0.15 0.08 1.0 0.04 0.05 0.03 0.12 0.04 0.04 0.09 0.07
Bra010903 (SCPL45)
 0.51 1.0 0.97 0.42 0.47 0.31 0.56 0.69 0.51 0.87 0.52 0.5 0.76 0.29 0.34 0.61 0.54 0.9 0.49 0.52 0.48 0.52 0.86 0.58 0.48 0.44 0.47 0.6 0.52 0.45 0.36
Bra011294 (GDU1)
 0.13 0.56 0.41 0.27 0.1 0.12 0.11 0.13 0.1 0.25 0.23 0.22 0.87 0.02 0.1 0.15 0.11 0.67 0.2 0.15 0.12 0.11 1.0 0.06 0.17 0.39 0.12 0.14 0.14 0.35 0.27
Bra012119 (ATDOF5.8)
 0.15 0.12 0.99 0.61 0.04 0.01 0.09 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 1.0 0.02 0.08 0.02 0.01 0.24 0.01 0.08 0.0 0.03 0.15 0.0 0.03 0.18 0.07 0.0 0.05 0.04 0.03
Bra012204 (HYD1)
 0.47 0.71 0.77 0.44 0.25 0.16 0.13 0.17 0.17 0.19 0.16 0.16 0.49 0.3 0.24 0.22 0.22 0.51 0.16 0.15 0.18 0.2 1.0 0.23 0.22 0.27 0.23 0.17 0.16 0.19 0.22
Bra012634 (AGD8)
 0.78 1.0 0.85 0.79 0.71 0.49 0.48 0.64 0.52 0.61 0.55 0.57 0.81 0.67 0.63 0.63 0.6 0.7 0.51 0.52 0.54 0.58 0.85 0.56 0.54 0.61 0.53 0.54 0.48 0.59 0.55
0.0 0.15 1.0 0.29 0.0 0.0 0.04 0.06 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.07 0.03 0.03 0.0 0.07 0.1 0.0 0.05 0.02 0.72 0.0 0.07 0.14 0.0 0.0 0.03 0.0 0.08
Bra012899 (MES10)
 0.25 0.44 0.44 0.42 0.09 0.1 0.16 0.14 0.07 0.17 0.09 0.12 0.38 0.08 0.07 0.14 0.11 0.17 0.07 0.09 0.15 0.14 1.0 0.08 0.11 0.13 0.1 0.07 0.06 0.16 0.23
Bra012981 (PDCB1)
 0.79 0.86 0.99 0.72 0.26 0.18 0.19 0.39 0.2 0.29 0.27 0.21 1.0 0.25 0.19 0.3 0.37 0.89 0.21 0.2 0.29 0.2 0.82 0.32 0.36 0.82 0.5 0.47 0.42 0.43 0.64
Bra014721 (WLIM2a)
 0.44 0.52 0.63 0.32 0.15 0.07 0.09 0.19 0.07 0.13 0.13 0.17 0.35 0.09 0.11 0.12 0.09 0.3 0.11 0.08 0.08 0.1 1.0 0.07 0.07 0.1 0.09 0.07 0.04 0.31 0.17
Bra014870 (MVA1)
 0.58 0.77 0.75 0.76 0.63 0.37 0.37 0.44 0.41 0.42 0.46 0.42 0.72 0.34 0.4 0.33 0.33 0.61 0.29 0.21 0.33 0.28 1.0 0.33 0.4 0.64 0.36 0.57 0.46 0.41 0.5
Bra016292 (ORC6)
 0.36 1.0 0.85 0.69 0.43 0.15 0.09 0.08 0.22 0.32 0.31 0.35 0.98 0.13 0.15 0.2 0.24 0.56 0.09 0.19 0.21 0.41 0.6 0.16 0.33 0.1 0.26 0.4 0.22 0.36 0.24
Bra016988 (NTP2)
 0.36 0.15 0.28 0.5 0.03 0.05 0.08 0.12 0.0 0.09 0.0 0.06 0.06 0.0 0.0 0.03 0.18 0.31 0.0 0.0 0.0 0.08 1.0 0.0 0.0 0.04 0.11 0.0 0.03 0.09 0.07
Bra018779 (ATL75)
 0.12 0.12 0.94 0.93 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.53 0.8 0.62 0.7 0.48 0.39 0.4 0.44 0.37 0.38 0.32 0.32 0.84 0.61 0.44 0.41 0.44 0.65 0.29 0.36 0.32 0.29 1.0 0.43 0.46 0.43 0.37 0.33 0.29 0.41 0.59
Bra019846 (XTH8)
 0.37 0.62 0.77 1.0 0.07 0.02 0.09 0.13 0.21 0.41 0.26 0.18 0.37 0.09 0.11 0.48 0.22 0.88 0.26 0.24 0.34 0.13 0.56 0.14 0.15 0.74 0.14 0.17 0.05 0.07 0.03
Bra020642 (CCR2)
 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021617 (MIT1)
 0.53 0.63 0.78 0.43 0.42 0.32 0.21 0.34 0.26 0.29 0.31 0.23 0.34 0.62 0.44 0.38 0.31 0.38 0.25 0.3 0.32 0.3 1.0 0.31 0.24 0.34 0.28 0.26 0.25 0.28 0.3
Bra022643 (CRF3)
 0.19 0.23 0.48 0.13 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.21 0.0 0.01 0.03 0.02 0.13 0.08 0.02 0.0 0.04 1.0 0.08 0.07 0.03 0.04 0.09 0.09 0.46 0.3
Bra023987 (GDU1)
 0.1 0.21 0.4 0.31 0.02 0.02 0.0 0.02 0.01 0.03 0.02 0.0 0.56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.53 0.02 0.02 0.0 0.0 1.0 0.05 0.11 0.16 0.08 0.08 0.05 0.11 0.11
0.58 1.0 0.99 0.85 0.45 0.28 0.4 0.4 0.39 0.53 0.5 0.46 0.9 0.45 0.43 0.48 0.48 0.74 0.46 0.41 0.46 0.43 0.66 0.33 0.39 0.65 0.33 0.28 0.25 0.31 0.35
Bra024504 (CYCB2;1)
 0.46 0.63 1.0 0.71 0.16 0.05 0.09 0.11 0.19 0.12 0.12 0.11 1.0 0.12 0.11 0.13 0.2 0.26 0.07 0.13 0.08 0.04 0.23 0.12 0.13 0.11 0.01 0.14 0.11 0.08 0.1
Bra024847 (CYK8)
 0.45 0.74 1.0 0.83 0.12 0.07 0.36 0.5 0.1 0.27 0.19 0.19 0.74 0.14 0.08 0.27 0.48 0.59 0.31 0.16 0.22 0.23 0.69 0.2 0.23 0.53 0.32 0.13 0.12 0.36 0.46
Bra025688 (MIF3)
 0.1 0.39 1.0 0.05 0.16 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.16 0.05 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.82 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0
Bra026276 (ULT)
 0.71 0.75 1.0 0.61 0.16 0.07 0.07 0.12 0.07 0.07 0.08 0.08 0.73 0.16 0.11 0.11 0.18 0.54 0.07 0.04 0.07 0.13 0.3 0.1 0.07 0.33 0.11 0.08 0.04 0.15 0.2
0.59 1.0 0.82 0.81 0.15 0.05 0.13 0.2 0.37 0.36 0.25 0.23 0.88 0.04 0.15 0.34 0.43 0.74 0.35 0.17 0.16 0.33 0.74 0.14 0.2 0.27 0.08 0.06 0.04 0.22 0.17
Bra027181 (AQP1)
 0.27 0.62 1.0 0.72 0.07 0.02 0.22 0.25 0.15 0.27 0.29 0.27 0.93 0.11 0.06 0.26 0.26 0.47 0.09 0.2 0.19 0.18 0.49 0.15 0.17 0.41 0.16 0.09 0.1 0.18 0.25
0.58 0.7 1.0 0.56 0.29 0.18 0.22 0.23 0.29 0.42 0.51 0.36 0.54 0.65 0.64 0.46 0.38 0.76 0.31 0.32 0.25 0.41 0.84 0.44 0.41 0.46 0.44 0.27 0.33 0.33 0.53
0.34 0.22 0.11 0.8 0.12 0.22 0.1 0.16 0.11 0.05 0.0 0.04 0.46 0.06 0.07 0.0 0.12 0.39 0.08 0.03 0.04 0.03 1.0 0.09 0.0 0.0 0.01 0.05 0.03 0.03 0.0
Bra028563 (TMN8)
 0.74 1.0 0.97 0.82 0.7 0.46 0.49 0.62 0.46 0.6 0.51 0.51 0.63 0.61 0.59 0.71 0.58 0.87 0.56 0.48 0.53 0.46 0.51 0.5 0.51 0.58 0.52 0.42 0.34 0.43 0.46
Bra028998 (FIP2)
 0.71 1.0 0.97 0.88 0.84 0.59 0.72 0.82 0.76 0.81 0.73 0.56 0.83 0.62 0.6 0.67 0.78 0.74 0.63 0.72 0.76 0.84 0.79 0.75 0.69 0.69 0.71 0.73 0.58 0.66 0.65
0.79 0.97 1.0 0.88 0.72 0.57 0.49 0.58 0.58 0.69 0.66 0.63 0.82 0.76 0.71 0.69 0.65 0.91 0.59 0.56 0.52 0.6 0.66 0.59 0.57 0.74 0.63 0.5 0.56 0.59 0.64
Bra031475 (SRK2B)
 0.41 0.91 0.98 0.47 0.44 0.38 0.28 0.18 0.26 0.45 0.38 0.34 0.52 0.22 0.38 0.45 0.48 0.67 0.53 0.35 0.25 0.63 1.0 0.37 0.45 0.3 0.39 0.16 0.19 0.31 0.33
0.53 0.68 1.0 0.7 0.33 0.18 0.25 0.19 0.49 0.31 0.32 0.24 0.78 0.41 0.33 0.35 0.37 0.62 0.22 0.21 0.28 0.32 0.52 0.28 0.24 0.46 0.26 0.29 0.23 0.33 0.33
0.64 0.69 0.74 0.56 0.58 0.46 0.52 0.61 0.5 0.54 0.51 0.57 0.67 0.57 0.54 0.47 0.5 0.51 0.47 0.5 0.47 0.55 1.0 0.54 0.5 0.5 0.53 0.51 0.45 0.6 0.7
0.72 0.9 0.88 1.0 0.14 0.11 0.2 0.53 0.08 0.35 0.39 0.34 0.71 0.08 0.15 0.18 0.28 0.68 0.2 0.35 0.32 0.39 0.76 0.32 0.43 0.84 0.6 0.18 0.18 0.54 0.72
0.58 0.81 1.0 0.46 0.06 0.03 0.03 0.0 0.01 0.12 0.06 0.05 0.35 0.01 0.03 0.0 0.09 0.51 0.05 0.04 0.03 0.09 0.68 0.0 0.02 0.37 0.05 0.17 0.15 0.13 0.01
Bra037816 (HB25)
 0.5 0.36 0.5 0.48 0.3 0.25 0.05 0.09 0.09 0.1 0.09 0.08 1.0 0.29 0.34 0.17 0.12 0.5 0.1 0.1 0.12 0.14 0.31 0.17 0.11 0.26 0.08 0.26 0.21 0.12 0.24
Bra038632 (CYP94B1)
 0.04 0.1 1.0 0.18 0.18 0.29 0.03 0.05 0.0 0.09 0.0 0.03 0.5 0.12 0.02 0.0 0.0 0.36 0.0 0.02 0.03 0.0 0.95 0.0 0.0 0.08 0.09 0.02 0.14 0.05 0.13
Bra039135 (HB20)
 0.34 0.48 0.36 0.63 0.03 0.0 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.53 0.01 0.03 0.05 0.04 0.56 0.04 0.02 0.1 0.0 1.0 0.04 0.1 0.18 0.08 0.06 0.06 0.06 0.21
0.12 0.29 0.37 0.16 0.18 0.07 0.05 0.09 0.03 0.05 0.04 0.05 0.19 0.09 0.13 0.1 0.07 0.15 0.05 0.06 0.04 0.05 1.0 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.2 0.16
0.39 0.46 0.5 0.36 0.08 0.1 0.13 0.18 0.11 0.16 0.13 0.18 0.27 0.1 0.15 0.18 0.23 0.24 0.18 0.14 0.16 0.14 1.0 0.16 0.14 0.17 0.17 0.11 0.09 0.17 0.16
Bra040376 (RABA5b)
 0.79 0.85 0.88 0.76 0.79 0.71 0.7 0.71 0.62 0.57 0.56 0.54 1.0 0.75 0.73 0.72 0.72 0.81 0.61 0.72 0.66 0.67 0.97 0.79 0.63 0.7 0.73 0.54 0.59 0.64 0.94
0.59 0.86 0.77 0.55 0.36 0.33 0.24 0.22 0.3 0.5 0.31 0.24 0.58 0.23 0.33 0.49 0.43 0.89 0.24 0.28 0.22 0.33 1.0 0.44 0.25 0.67 0.32 0.26 0.24 0.32 0.31

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)