1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_76 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000248 (MRI)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.18 0.24 0.26 0.0 0.07 0.17 0.0 0.0 0.15 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.06 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.7 1.24 3.34 1.29 4.31 1.62 2.78 2.74 3.73 17.71 4.74 0.41 15.38 0.94 1.07 19.65 4.47 1.29 1.11 9.9 12.48 4.8 1.93 7.1 8.84 7.89 8.63 6.58 5.87 5.24 4.65
Bra005308 (ATL16)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.0 0.01 0.04 0.0 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
Bra005343 (ATL28)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra007075 (LNK2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008514 (JLO)
 0.21 0.0 0.11 0.14 0.27 0.18 0.24 0.09 0.1 0.62 0.23 0.13 0.15 0.24 0.35 0.24 0.19 0.13 0.15 0.04 0.13 0.21 0.27 0.45 0.32 0.09 0.24 0.2 0.12 0.19 0.24
Bra008648 (RAD23C)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra009049 (ANN6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra010093 (BEH4)
 0.0 0.02 0.0 0.05 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.11 0.03 0.04 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra010799 (TWD40-2)
 0.04 0.0 0.12 0.03 0.0 0.0 0.0 0.05 0.03 0.14 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.06 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0
0.08 0.04 0.0 0.09 0.0 0.04 0.03 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.0 0.0 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.0 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01
Bra012579 (MYB98)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra012589 (FDM5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.06 0.0 0.17 0.31 0.04 0.0 0.28 0.07 0.0 0.35 0.17 0.13 0.05 0.02 0.1 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra012893 (UGT72E1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra013062 (HY2)
 0.0 0.07 0.0 0.43 0.0 0.31 0.06 0.07 0.11 0.8 0.23 0.23 0.0 0.32 0.09 0.0 0.6 0.18 0.28 0.0 0.13 0.49 0.14 0.0 0.22 0.2 0.07 0.38 0.13 0.06 0.26
0.56 0.13 0.28 0.09 0.3 0.23 0.09 0.18 0.05 0.45 0.35 0.27 0.38 0.41 0.1 0.22 0.09 0.24 0.03 0.0 0.05 0.1 0.11 0.3 0.54 0.3 0.08 0.28 0.09 0.17 0.17
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra014142 (ASAT1)
 0.0 0.01 0.0 0.0 0.03 0.07 0.05 0.0 0.02 0.12 0.01 0.04 0.0 0.0 0.04 0.02 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.09 0.01 0.0 0.06 0.0 0.0 0.04 0.0
Bra014668 (DPBF3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra014872 (PFK6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.35 0.0
0.24 0.0 0.36 0.0 0.15 0.0 0.13 0.12 0.19 0.41 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.39 0.0 0.05 0.22 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.05 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.94 0.0 0.0 0.27 0.51 1.09 0.0 0.28 0.0 0.0 0.4 1.37 0.0 0.88 0.31 0.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.34 0.0
Bra017255 (SAUR45)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0
Bra017885 (ZIG)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.07 0.04 0.05 0.12 0.05 0.04 0.1 0.08 0.17 0.24 0.25 0.11 0.23 0.1 0.12 0.23 0.06 0.21 0.1 0.06 0.29 0.02 0.0 0.0 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01
0.48 0.0 0.0 0.35 0.16 0.54 0.2 0.61 0.03 2.13 0.0 0.1 0.14 0.78 0.31 0.03 0.74 0.04 0.74 0.06 0.49 0.03 0.13 0.15 0.07 0.03 0.07 0.38 0.4 0.5 0.34
0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra019419 (PA200)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra019844 (ADH)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020048 (GEF10)
 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.02 0.01 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.02 0.04 0.01 0.03 0.12 0.05 0.04 0.04 0.03 0.08 0.12 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.04 0.06 0.0 0.0 0.01 0.05 0.03 0.05 0.0 0.02
Bra020384 (SVL4)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra020691 (CIB2)
 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.03 0.01 0.13 0.0 0.03 0.14 0.1 0.12 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.02
0.0 0.03 0.07 0.06 0.08 0.0 0.03 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.15 0.0 0.02 0.02 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.05 0.0 0.04 0.05 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra025919 (LTPG3)
 0.0 0.13 0.16 0.0 0.0 0.19 0.0 0.09 0.09 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.53 0.18 0.17 0.1 0.06 0.0 0.14 0.59 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.12 1.36 1.23 0.96 0.33 0.33 0.79 0.8 0.27 1.62 1.01 0.92 1.64 0.38 0.42 0.6 0.66 0.75 0.43 1.05 0.6 0.22 0.73 0.75 0.59 0.73 0.4 0.53 0.86 1.03 0.99
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.07 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.02 0.13 0.03 0.05 0.17 0.0 0.0 1.56 0.0 2.07 0.0 0.0 0.0 1.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.08 0.08 0.13 0.03 0.3 0.27 0.09 0.0 0.03 0.21 0.06 0.12 0.11 0.0 0.09 0.0 0.24 0.12 0.11 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.07 0.03 0.07 0.1 0.07 0.07 0.0
Bra029115 (HCF106)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.15 0.23 0.39 0.46 0.2 0.14 0.29 0.6 0.43 0.2 0.26 0.4 0.26 0.56 0.3 0.22 0.33 0.08 0.17 0.16 0.06 0.35 0.31 0.27 0.0 0.15 0.03 0.12 0.17 0.23
Bra029591 (SINE3)
 0.03 0.1 0.03 0.08 0.11 0.0 0.0 0.0 0.13 0.35 0.18 0.03 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.08 0.0 0.1 0.0 0.03 0.17 0.05 0.13 0.0 0.07 0.03 0.14 0.12
9.52 9.03 9.04 5.6 15.65 7.89 7.4 10.7 7.02 7.54 9.32 11.06 15.09 8.07 10.43 13.38 8.43 8.33 8.44 11.19 12.09 9.11 10.45 12.91 12.92 11.64 13.18 13.37 9.42 12.05 11.02
0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031311 (UGT71B6)
 0.0 0.04 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.04 0.01 0.03 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra033219 (FUS5)
 0.14 0.88 0.43 2.13 3.24 4.77 5.69 1.94 1.72 8.37 2.2 2.89 3.34 3.9 11.69 11.2 1.81 6.55 0.86 2.72 3.63 0.0 7.19 3.59 2.04 0.63 2.57 2.35 2.14 1.37 2.27
Bra033798 (PAA2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.08 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.05
Bra037269 (GLDP2)
 0.38 3.91 0.18 1.61 4.33 0.33 0.55 0.0 0.0 4.66 2.51 0.55 0.38 0.0 1.04 0.97 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra038187 (MLH1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra038684 (MyoB8)
 1.63 1.81 1.89 1.63 1.88 1.6 1.24 1.4 1.37 1.69 1.73 1.5 2.07 1.43 1.88 1.84 1.6 1.36 1.37 1.44 1.53 1.9 1.78 1.6 1.47 1.73 1.49 1.65 1.19 1.68 1.66

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)