Heatmap: Cluster_222 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001449 (LNK3)
-1.71 -1.88 -2.29 -1.38 0.24 0.93 0.82 0.22 0.27 -0.34 -0.28 -0.32 -0.22 1.29 0.97 -0.81 -0.1 -0.86 -0.02 -0.06 -0.23 -0.37 -1.16 0.69 0.64 -0.79 0.25 0.41 0.7 -1.23 -0.88
Bra004034 (G2)
-0.64 -0.77 -0.45 -0.81 0.45 -0.03 -0.58 -0.66 0.3 0.19 0.04 -0.07 -0.85 0.92 0.38 0.01 0.02 0.55 0.03 0.03 -0.38 -0.25 -1.02 -0.02 0.14 -0.02 0.27 0.01 0.53 0.22 0.28
Bra004507 (TL1)
-1.95 -2.47 -3.43 -2.67 -0.33 0.42 0.86 1.19 0.41 -0.17 -0.49 0.41 -0.52 0.6 0.63 -1.14 -1.31 -0.52 0.02 -0.63 -0.69 -0.1 -0.66 0.84 0.46 -1.42 0.22 0.99 1.16 -0.08 -0.31
-0.18 -0.56 -0.82 -1.32 0.13 0.94 -0.24 0.03 0.16 -0.57 -0.25 -0.09 -0.64 0.63 0.89 -0.22 -0.39 -0.54 -0.19 -0.47 -0.32 -0.48 0.26 -0.08 -0.1 -0.48 -0.15 0.32 0.62 0.51 0.71
Bra005004 (PROT1)
-1.56 -2.69 -2.49 -2.78 0.45 0.62 -0.88 -1.12 0.04 -0.86 -0.32 -0.15 0.11 1.25 0.54 0.29 -0.96 -0.28 0.54 0.2 0.2 -0.26 -0.66 0.66 0.63 -0.05 0.18 0.7 0.41 -0.04 0.21
-0.43 -0.8 -0.89 -1.57 0.18 0.42 -0.29 -1.0 0.33 -0.34 -0.09 -0.24 -0.37 0.51 0.93 -0.06 -0.54 -0.19 0.02 -0.22 -0.33 -0.26 0.06 0.33 0.33 -0.33 0.06 0.16 0.54 0.53 0.71
Bra006752 (TL63)
-2.7 -2.07 -1.37 -1.72 0.26 0.34 -0.34 -0.56 0.18 -0.39 0.11 -0.42 -0.9 1.2 0.98 0.54 -0.04 0.65 0.6 0.55 -0.36 0.43 -1.49 0.23 -0.13 -0.48 0.43 -0.47 0.25 -0.29 0.19
Bra009034 (AtDTX28)
-0.26 -0.73 -1.4 -1.88 0.61 0.57 -0.35 -0.79 -0.26 -0.36 -0.26 -0.59 -0.23 0.73 0.56 0.24 -0.14 0.24 -0.23 -0.52 -0.31 -0.3 -0.26 0.44 0.46 0.1 0.19 0.54 0.47 0.07 0.41
Bra009277 (EXS)
-0.97 -1.07 -1.44 -2.04 0.57 0.39 -0.57 -0.64 -0.16 0.13 -0.27 -0.29 -0.77 1.17 0.43 0.42 0.19 0.51 -0.0 -0.26 -0.4 0.73 -2.2 -0.11 -0.19 -0.8 0.17 0.23 0.62 0.47 0.58
Bra010595 (PIPL3)
-2.31 -4.17 - -3.36 1.08 1.39 -0.06 -2.52 -0.22 -2.22 -0.75 -0.99 -0.53 1.7 1.1 0.01 -0.17 0.7 0.85 -0.18 0.48 0.21 -0.23 0.72 -0.19 -0.89 -0.46 -0.12 -0.43 -0.83 -0.15
-0.85 -0.44 -1.76 -2.37 -0.07 1.29 0.07 -2.42 0.09 -1.43 -1.05 -0.53 0.39 2.13 0.7 -0.74 -1.08 0.24 0.13 -0.5 -0.14 -0.32 0.29 0.47 0.11 -1.56 0.16 -0.87 -0.71 -0.42 0.9
Bra011753 (PIPL3)
-1.25 -2.68 -2.18 -1.43 0.06 0.26 -0.39 -1.11 -0.62 -1.82 -0.41 -1.44 -0.45 1.75 0.89 -0.14 -0.81 0.64 0.83 0.36 0.09 -0.97 -0.82 1.12 0.59 -0.77 0.05 0.11 0.66 -0.08 0.31
Bra011799 (CHR)
-3.59 -3.91 -4.26 -4.16 0.38 0.7 -0.4 -1.06 0.13 -0.78 -0.66 -0.56 -0.09 1.3 0.97 0.09 -0.42 0.81 -0.0 -0.39 -0.35 -0.37 -1.14 0.53 0.63 -0.58 0.11 0.63 0.97 -0.18 0.82
Bra011922 (SMR10)
-1.37 -1.64 -1.06 -1.57 0.2 0.24 -0.27 -0.65 0.56 0.0 0.07 -0.04 -0.79 0.98 0.23 0.31 -0.33 0.03 0.38 0.32 -0.05 0.15 -2.25 0.52 0.42 -0.09 0.42 0.26 0.41 -0.18 0.17
-3.27 -3.47 -3.26 -3.85 -2.37 -0.6 -0.16 1.25 0.02 -0.76 -0.22 -1.04 1.13 1.65 1.23 -0.27 -0.75 0.98 0.19 -0.47 -0.46 -0.73 0.74 0.32 0.08 -0.79 -0.18 0.24 0.38 -0.94 -0.18
Bra013080 (PCH1)
-0.36 -0.8 -0.75 -0.61 0.19 0.28 0.31 0.62 -0.25 -0.26 -0.13 -0.33 -0.57 0.09 0.17 -0.19 -0.1 0.13 0.14 0.23 0.09 0.27 -0.18 0.26 0.16 -0.35 0.21 0.53 0.29 -0.26 -0.12
-3.18 -4.83 -5.82 -4.6 0.24 0.25 -1.24 -2.35 -0.08 -0.09 0.08 -0.24 -2.08 1.28 1.21 -0.68 -0.84 -0.6 0.56 -0.84 -1.15 -1.38 -0.46 1.16 0.91 -0.56 0.97 0.04 1.23 0.03 1.29
Bra014219 (BDR5)
-0.39 -1.03 -0.98 -0.98 0.24 0.01 0.34 0.22 0.28 -0.12 -0.14 -0.06 0.05 0.14 0.52 -0.76 -0.34 -0.48 -0.25 0.15 -0.03 0.04 -0.87 0.25 -0.04 -0.26 0.12 0.58 0.8 0.51 0.25
Bra014661 (SIP2)
-3.53 -3.03 -2.99 -3.86 -0.02 0.83 0.11 -0.08 0.35 -0.55 -0.12 -0.29 -0.86 1.23 1.38 -1.1 -0.38 -0.94 0.61 -0.03 -0.32 0.14 -0.25 0.76 0.59 -0.35 0.34 0.44 0.61 -0.5 -0.39
Bra014779 (PGPS2)
-0.56 -1.5 -1.08 -1.68 0.72 0.3 0.2 0.36 0.85 -0.01 -0.17 0.05 -0.63 0.96 0.84 -1.21 -1.88 -0.33 0.57 -0.59 -0.63 -0.46 -0.32 0.25 0.09 -1.09 -0.07 0.86 0.71 0.1 -0.4
-1.0 -0.64 -1.8 -0.62 -0.57 0.38 0.82 0.52 0.2 -0.15 0.14 0.06 0.2 0.99 0.71 -0.12 0.19 -0.6 0.11 0.1 -0.05 -0.04 -0.88 0.24 0.13 -0.09 -0.08 0.07 0.09 -0.89 -0.71
Bra015067 (RFA3)
-0.46 -0.49 -0.69 -0.96 0.5 0.84 -0.59 -0.74 0.39 -0.34 0.05 -0.19 -0.65 0.83 1.02 -0.25 -0.11 -0.53 -0.09 -0.58 -0.12 -0.57 -0.01 -0.07 0.07 -0.62 -0.18 0.13 0.77 0.13 0.52
Bra015304 (PH2)
-0.83 -2.2 -3.83 -2.77 0.34 1.5 -2.14 -2.31 -0.01 -1.47 -0.69 -0.99 -0.46 1.79 0.93 -0.51 -1.54 -0.51 1.33 0.23 0.32 0.41 -2.32 1.17 0.79 -0.86 -0.33 -0.15 -0.04 -0.54 -0.32
-0.85 -0.91 -0.59 -1.17 0.68 0.39 -0.16 -0.22 0.12 0.3 -0.29 -0.26 -0.73 0.84 0.59 0.3 0.27 0.59 0.23 -0.25 -0.22 -0.34 -1.31 -0.03 -0.35 -0.56 -0.23 0.08 0.39 0.35 0.42
Bra016965 (CYSA)
-0.95 -1.06 -1.72 -1.98 0.36 0.81 -0.54 -1.11 -0.41 -0.39 -0.12 -0.28 -1.45 0.98 1.06 -0.61 -0.44 0.1 0.62 0.29 -0.71 0.5 0.32 0.57 0.42 -0.24 0.22 -0.07 0.42 0.02 -0.09
Bra017815 (PIPL3)
-1.55 - - - 1.26 1.4 -2.25 -3.46 -0.81 -1.19 -0.3 -1.5 0.14 2.53 1.5 -0.42 -0.45 1.3 1.27 -0.45 0.05 -0.26 -0.6 0.86 -3.11 -2.87 -1.99 -1.34 -0.95 -2.65 -1.21
Bra018922 (PROSCOOP1)
0.17 -0.8 -0.49 -1.22 0.47 0.68 -0.99 -1.36 -0.05 -0.6 -0.12 -0.26 -1.07 0.8 0.82 -0.56 -0.8 -0.29 0.41 0.16 -0.25 -0.12 -1.64 0.72 0.56 -0.22 0.55 0.42 0.47 0.07 0.13
Bra020103 (PHT4;5)
-0.58 -0.94 -0.79 -0.64 -0.08 0.48 0.5 0.48 -0.0 -0.49 -0.15 -0.11 -0.16 0.53 0.35 -0.07 -0.19 0.07 0.34 0.18 -0.0 -0.01 -0.38 0.2 0.15 -0.17 0.11 0.34 0.14 -0.47 -0.07
Bra020592 (SFP2)
-1.24 -1.16 -0.87 -0.58 -0.47 0.38 -0.19 0.9 0.3 -0.3 0.01 -0.18 0.4 1.68 1.57 -0.87 -0.18 -0.08 0.08 -0.82 -0.83 -0.99 -0.1 -0.78 -0.63 -1.03 -0.69 0.14 0.22 -0.31 0.38
Bra020650 (GATA16)
-1.51 -1.54 -1.05 -1.43 0.24 0.47 -0.54 -0.47 -0.04 -0.68 -0.06 -0.15 0.28 0.8 0.51 -0.18 -0.77 0.0 -0.31 0.11 -0.37 -0.04 0.43 0.26 0.52 0.06 0.36 -0.46 0.32 0.48 0.89
-1.06 -0.97 -0.98 -1.37 0.76 0.61 -0.07 -0.58 0.09 0.41 0.33 0.35 -1.66 1.1 0.67 0.22 -0.0 0.74 0.38 0.1 0.02 0.06 -3.26 0.05 0.11 -0.55 -0.11 -0.7 0.2 -0.51 -0.42
-0.56 -1.34 -2.23 -2.41 0.9 0.21 -0.86 0.26 0.88 -0.14 0.21 0.66 -0.55 0.73 1.05 -0.97 -1.57 -0.5 0.41 -0.72 -0.41 -0.33 -2.62 -0.06 0.01 -1.29 0.03 0.68 1.1 0.59 0.02
Bra024273 (LNK1)
-0.92 -1.54 -1.89 -1.16 0.11 0.27 0.28 0.12 0.47 -0.3 0.03 0.25 -0.09 0.9 0.94 -0.45 -0.24 -0.12 -0.11 -0.11 -0.4 -0.35 -0.72 0.37 0.25 -0.26 0.14 0.43 0.57 -0.14 0.04
Bra024521 (AGL87)
-1.98 -1.28 -2.36 -2.76 0.73 1.17 -2.12 -2.88 -0.25 -1.36 -0.12 -1.05 -0.19 1.9 1.16 -1.01 -1.49 -0.56 -0.17 -1.1 -0.41 -0.43 -0.51 0.91 0.06 -1.38 0.56 0.79 0.94 0.36 0.55
0.03 -0.77 -0.89 -1.19 0.49 0.78 -0.11 -0.83 0.11 -0.32 -0.71 -0.35 -1.12 0.41 0.69 -0.51 -0.62 0.02 0.25 -0.23 -0.86 -0.4 1.1 0.15 0.22 -0.81 -0.06 -0.06 0.75 0.44 0.54
Bra025846 (ATL80)
-1.21 -2.88 -2.7 -2.52 0.54 0.74 -0.2 -0.42 0.09 -0.41 -0.14 -0.43 0.07 1.32 0.29 -0.35 -0.88 0.57 0.52 -0.51 -0.35 -0.84 0.32 0.75 0.05 -0.07 -0.22 0.37 0.72 -0.23 0.36
Bra026514 (ABCG21)
-0.98 -2.77 -2.37 -2.04 1.06 0.93 -0.66 -0.97 -0.18 -0.57 -0.72 -0.52 0.31 1.35 0.82 0.17 -0.09 1.05 0.95 -0.54 0.02 -0.11 -1.47 -0.02 -0.15 -0.58 -0.17 -0.46 -0.0 0.03 0.15
Bra027320 (CYP72A11)
-1.64 -1.91 -0.97 -2.17 -0.08 0.9 -0.81 -1.22 -0.44 -0.79 -1.05 -0.82 -1.36 0.44 1.24 -0.14 -1.05 0.31 -0.33 -0.06 -0.5 -0.64 1.25 0.18 0.1 -0.35 0.09 0.96 0.95 0.63 0.85
Bra028326 (IPT7)
- - - - 0.93 0.3 - -3.28 -3.17 - -1.84 -1.28 -1.09 2.46 1.46 0.77 - 1.37 -0.02 -1.6 0.68 -3.34 0.23 1.02 1.12 -0.95 0.52 0.06 0.27 0.0 -1.5
-1.97 -1.97 - -4.36 -0.44 2.28 -1.18 -3.68 -3.16 -1.14 0.67 -1.47 -2.24 1.77 1.33 -0.46 -0.38 0.19 0.55 0.41 0.04 -1.1 0.36 0.43 0.74 -1.46 -0.32 -0.89 0.18 -1.02 0.16
Bra028491 (GSTT2)
-0.2 -0.21 -0.19 -0.59 0.1 0.17 -0.42 -0.49 -0.01 -0.14 -0.06 -0.03 0.05 0.31 0.31 -0.16 -0.24 -0.05 0.0 -0.22 -0.32 -0.04 0.18 0.33 0.22 -0.11 0.2 0.19 0.31 0.14 0.35
Bra031145 (EPF1)
-1.94 -0.81 -1.43 -2.1 0.35 0.42 -0.13 -0.79 0.23 -0.33 -0.47 -0.49 -0.89 0.52 0.18 0.01 -0.06 0.77 0.52 0.03 0.4 0.51 -1.89 0.29 0.65 -0.28 0.46 -0.05 0.49 0.13 0.45
-1.09 -1.93 -2.82 -2.04 0.94 1.29 -1.07 -2.84 0.22 -1.15 -0.38 -0.75 -0.63 0.62 0.88 0.36 -0.46 0.16 0.02 0.07 0.29 -0.29 -0.77 0.31 0.38 0.45 -0.02 0.67 0.59 0.02 0.1
Bra031636 (THA1)
-2.24 -2.75 -2.17 -2.69 0.26 0.21 -0.06 -0.11 -0.33 0.01 -0.16 -0.14 -0.91 1.83 1.42 -0.02 0.25 0.9 0.17 0.05 -0.65 -0.14 -1.16 -0.45 -0.73 -0.51 -0.42 -0.43 0.12 0.0 0.88
Bra032801 (KCR2)
-1.52 -2.12 -1.5 -2.1 0.02 0.33 0.35 -0.17 -0.03 -0.33 0.01 -0.22 -0.45 1.04 0.97 0.23 0.17 0.54 0.12 -0.29 -0.26 -0.22 -2.56 -0.03 -0.06 -0.08 -0.01 0.26 0.61 0.27 0.75
Bra034762 (LNK3)
-0.76 -0.76 -1.14 0.03 -0.1 0.45 0.55 0.28 -0.02 -0.59 0.19 -0.31 -0.57 0.7 0.39 -0.79 -0.16 -0.16 0.24 0.03 -0.31 -0.14 -0.81 0.67 0.58 0.01 0.25 0.29 0.57 -0.65 -0.62
Bra035010 (ATL23)
-1.09 -1.62 -1.6 -2.25 0.33 0.66 -1.09 -0.54 -0.21 -1.25 -0.44 -1.05 0.14 1.25 0.33 0.1 0.09 0.6 -0.08 -0.42 -0.47 -0.24 -0.58 0.64 0.71 0.21 0.4 0.77 0.57 -0.54 0.37
Bra035740 (UCNL)
-0.4 -0.93 -0.28 -1.36 0.93 0.2 -0.59 -0.29 0.2 -0.4 0.16 -0.09 -0.22 0.67 0.85 -0.3 -0.94 0.19 0.44 -0.12 -0.12 -0.41 -0.52 0.37 0.06 -0.75 -0.06 0.41 0.4 0.02 0.1
-1.38 -1.09 -1.72 -2.0 0.65 0.28 -0.11 -0.53 -0.02 -0.13 -0.19 -0.59 -0.19 0.96 0.61 0.36 0.24 0.28 0.44 -0.01 -0.05 -0.46 -0.95 0.24 0.34 -0.93 0.44 0.18 0.38 0.22 0.3
-3.24 -4.58 -6.65 -2.82 -0.17 0.48 0.75 -0.05 -0.08 -0.12 -0.49 -1.07 0.48 1.02 0.93 0.34 0.03 0.8 -0.03 0.31 0.22 0.18 0.58 0.11 0.16 -0.62 -0.06 0.43 0.28 -0.87 -1.21
-1.84 -1.6 -0.93 -1.4 0.97 0.61 -0.3 -0.31 -0.04 0.38 -0.13 -0.42 -1.58 0.86 1.23 -0.2 0.25 0.79 0.25 0.05 -0.49 -0.39 -1.51 -0.22 -0.52 -0.83 0.01 -0.06 0.35 0.32 0.59
Bra040484 (TL1)
-1.64 -1.23 -0.89 -1.42 -0.36 0.53 0.75 0.65 0.18 -0.4 -0.34 -0.22 -0.05 0.86 0.65 -0.55 -0.1 0.15 -0.01 -0.25 -0.25 -0.25 0.83 0.32 0.23 -1.2 -0.03 0.55 0.47 -0.71 -0.58
-2.62 -1.89 -3.01 -2.63 1.06 0.2 -2.06 - 0.31 -0.29 0.08 -0.41 -3.19 1.47 1.72 1.44 0.0 1.67 -0.01 -0.58 -1.2 -0.07 -3.14 0.1 -0.75 -2.01 0.3 -0.97 0.25 -0.8 0.35

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.