Heatmap: Cluster_77 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0166.00001 (R1)	-0.25	-0.19	0.68	1.43	-0.4	-0.51	-0.68	0.0	-0.13	-0.15	0.0	-0.14	0.45	-1.74	-0.13	-0.17	-0.08	-0.17	-0.23	-0.31	0.03	-0.11	-0.07	-0.55	0.09	-0.02	0.44	0.35	-0.03	-0.05
Spov3_chr1.00020 (CMT3)	-0.25	0.15	0.61	1.52	0.05	-1.07	-1.25	-0.12	-0.59	-0.08	-0.32	-0.47	0.9	-1.84	-0.65	-0.71	-0.42	0.33	-0.21	-0.71	-0.12	-0.13	0.5	-0.33	0.19	-0.27	0.4	0.71	0.12	-0.4
Spov3_chr1.00306 (FAS1)	0.2	0.13	0.57	1.02	-0.12	-0.7	-0.63	-0.03	-0.09	0.12	-0.02	-0.08	0.37	-1.04	-0.28	-0.38	-0.36	-0.01	-0.3	-0.49	0.01	-0.05	-0.11	-0.34	0.11	-0.07	0.41	0.52	0.09	-0.13
Spov3_chr1.00660 (CHR24)	0.01	0.3	0.34	0.96	0.14	-0.6	-0.61	-0.4	-0.5	0.09	-0.22	-0.28	0.34	-0.46	-0.56	-0.42	-0.29	0.23	-0.37	-0.51	-0.17	0.04	0.36	-0.25	0.06	-0.14	0.36	0.52	0.29	0.16
Spov3_chr1.00860 (MCM4)	-0.25	-0.2	0.54	1.41	-0.48	-0.84	-0.88	0.39	-0.67	-0.34	-0.15	-0.46	0.75	-2.71	-0.02	-0.16	0.11	-0.05	-0.33	-0.28	0.01	-0.07	0.43	-0.51	0.15	-0.11	0.48	0.43	-0.19	-0.08
Spov3_chr1.03856	-0.44	-0.07	0.63	1.3	-0.44	-1.05	-1.03	-0.22	-0.44	0.02	-0.03	-0.08	0.4	-1.74	-0.9	-0.84	-0.38	0.26	0.13	-0.39	0.35	0.49	0.0	-0.6	0.44	0.29	0.69	0.52	-0.22	-0.55
Spov3_chr1.03869 (POK2)	-0.08	0.25	0.34	1.14	0.23	-1.05	-0.98	-0.56	-0.33	0.29	-0.3	-0.43	0.62	-1.05	-1.05	-0.93	-0.91	0.4	-0.22	-0.51	-0.2	-0.07	-0.09	-0.28	0.03	-0.1	0.58	0.89	0.55	0.26
Spov3_chr1.03886 (SYN3)	-0.5	-0.22	0.85	1.5	-0.68	-2.07	-1.36	0.06	-0.39	0.02	-0.29	-0.15	0.75	-2.51	-0.77	-0.43	-0.41	0.38	-0.14	-0.08	0.3	0.05	0.15	-0.87	0.28	-0.05	0.83	0.48	-0.07	-0.54
Spov3_chr1.04142 (RTEL1)	0.08	0.05	0.43	0.95	-0.01	-0.58	-0.43	0.07	-0.5	0.04	-0.15	-0.06	0.39	-1.24	0.0	-0.22	-0.21	0.14	-0.27	-0.53	-0.08	-0.04	0.2	-0.32	-0.18	-0.03	0.37	0.28	0.33	0.02
Spov3_chr1.04540 (MSI2)	-0.29	-0.09	0.33	1.15	-0.19	-0.73	-0.87	-0.33	-0.4	-0.07	-0.23	-0.21	0.56	-0.82	-0.16	-0.11	0.06	0.31	-0.12	-0.55	0.11	-0.1	-0.07	-0.37	0.24	0.1	0.4	0.3	0.16	0.15
Spov3_chr2.00402	-0.07	0.07	0.52	1.35	-0.31	-0.97	-0.75	-0.31	-0.23	0.21	0.15	-0.15	0.68	-1.86	-0.13	-0.54	-0.22	-0.1	-0.52	-0.37	-0.07	-0.08	-0.25	-0.41	0.41	0.11	0.46	0.66	0.06	-0.58
Spov3_chr2.00977	-0.02	0.17	0.81	1.33	-0.04	-1.23	-0.85	-0.65	-0.25	0.19	-0.16	-0.16	0.63	-2.52	-0.84	-0.87	-0.74	0.08	-0.15	-0.4	0.21	0.03	-0.18	-0.54	0.28	0.34	0.71	0.68	-0.09	-0.51
Spov3_chr2.01350 (HAC7)	-0.17	-0.14	0.35	0.98	-0.07	-0.38	-0.55	0.23	-0.44	-0.24	-0.35	-0.4	0.42	-0.8	-0.01	0.03	0.03	0.4	-0.36	-0.24	0.03	0.0	0.11	-0.35	0.02	0.02	0.34	0.05	0.11	0.09
Spov3_chr2.01434 (ROW1)	-0.08	0.16	0.71	1.19	-0.4	-1.21	-0.76	-0.4	-0.34	0.06	-0.2	-0.09	0.52	-1.49	-0.76	-0.42	-0.48	0.22	0.02	-0.35	0.27	-0.02	0.33	-0.53	0.19	0.09	0.59	0.48	-0.17	-0.16
Spov3_chr2.01498 (POLA3)	-0.23	-0.06	0.51	1.38	-0.52	-0.46	-0.82	-0.19	-0.42	-0.22	-0.08	-0.08	0.71	-2.48	-0.16	-0.06	0.13	-0.01	0.04	-0.25	-0.15	0.01	0.32	-0.59	0.28	0.15	0.39	0.26	-0.22	-0.58
Spov3_chr2.02509 (PCNA1)	-0.33	-0.19	0.43	1.05	-0.31	-0.98	-0.76	0.15	-0.35	-0.08	-0.18	-0.21	0.69	-1.26	-0.4	-0.44	-0.27	0.8	-0.05	-0.18	0.14	0.01	0.45	-0.34	0.23	0.05	0.43	0.33	-0.29	-0.75
Spov3_chr2.03344 (XRN4)	-0.17	-0.07	0.43	1.03	-0.21	-0.39	-0.52	0.21	-0.3	-0.13	-0.04	-0.14	0.18	-0.4	-0.3	-0.3	-0.17	-0.06	-0.16	-0.19	0.13	0.06	0.18	-0.35	0.05	0.02	0.51	0.33	-0.0	-0.36
Spov3_chr2.03938	0.16	0.22	0.38	0.87	-0.06	-0.67	-0.61	-0.25	-0.15	0.19	-0.03	-0.18	0.38	-0.82	-0.39	-0.39	-0.17	0.03	-0.05	-0.37	-0.07	-0.0	-0.06	-0.27	0.12	-0.07	0.5	0.38	0.24	-0.2
Spov3_chr3.00339 (FAS2)	-0.57	-0.2	0.25	0.9	-0.68	-0.25	-0.22	0.15	-0.39	-0.15	-0.11	-0.22	0.59	-0.49	0.25	0.32	0.49	-0.01	-0.4	-0.25	0.0	0.09	0.24	-0.4	-0.06	0.1	0.33	-0.02	-0.43	-0.25
Spov3_chr3.00878 (CHR1)	0.01	0.09	0.32	0.92	0.07	-0.64	-0.78	0.17	-0.15	0.06	-0.08	-0.38	0.5	-1.34	-0.58	-0.26	-0.1	0.23	-0.34	-0.43	0.07	-0.08	-0.05	-0.36	-0.02	-0.02	0.35	0.47	0.37	0.13
Spov3_chr3.01033 (ICU2)	0.1	0.2	0.6	1.17	-0.35	-0.26	-0.58	-0.13	-0.55	-0.16	-0.25	-0.19	0.42	-2.14	-0.17	-0.09	0.18	-0.0	-0.52	-0.36	0.03	0.03	-0.03	-0.42	0.25	0.06	0.46	0.45	-0.04	-0.33
Spov3_chr3.02494 (CYCA3;1)	-0.3	-0.21	0.76	1.51	-0.26	-1.59	-1.35	-0.39	-0.38	0.0	-0.11	-0.17	0.78	-4.16	-0.9	-1.37	-0.7	0.16	0.12	-0.25	0.36	0.25	0.12	-0.54	0.59	0.23	0.98	0.2	-0.16	-0.78
Spov3_chr3.03127	-0.09	-0.02	0.68	1.19	-0.02	-0.91	-0.88	-0.2	-0.35	0.12	-0.1	-0.1	0.39	-1.12	-0.82	-0.7	-0.26	0.18	-0.12	-0.3	0.25	0.07	-0.2	-0.46	0.17	0.23	0.53	0.67	0.05	-0.58
Spov3_chr3.03564	-0.21	-0.06	0.46	0.99	-0.22	-0.46	-0.6	0.03	-0.43	-0.01	-0.15	-0.47	0.44	-1.11	-0.11	-0.04	-0.1	0.24	-0.01	-0.13	0.25	0.11	0.04	-0.23	0.23	-0.02	0.42	0.11	-0.17	-0.3
Spov3_chr3.05093 (ATIM)	0.22	0.23	0.77	1.3	-0.24	-0.76	-0.9	-0.46	-0.4	0.13	-0.22	-0.28	0.2	-1.11	-0.52	-0.41	-0.45	0.62	-0.36	-0.65	0.03	-0.02	0.0	-0.39	-0.01	-0.09	0.47	0.6	0.01	-0.18
Spov3_chr4.00306 (FZF)	-0.08	-0.13	0.62	1.47	-0.57	-1.23	-1.05	0.19	-0.66	-0.2	-0.07	-0.38	0.74	-2.78	-0.23	-0.15	-0.01	0.13	-0.15	-0.45	0.26	0.02	-0.14	-0.52	0.1	0.03	0.61	0.44	-0.31	-0.03
Spov3_chr4.00727 (SMC2B)	0.01	0.2	0.32	1.02	-0.01	-0.85	-0.73	-0.22	-0.43	0.13	-0.15	-0.18	0.56	-0.99	-0.6	-0.42	-0.4	0.15	-0.33	-0.48	0.01	-0.0	0.38	-0.19	0.24	0.01	0.37	0.56	0.17	-0.13
Spov3_chr4.01516 (SMC3)	0.0	0.28	0.47	1.17	0.28	-1.22	-1.04	-0.39	-0.51	0.26	-0.32	-0.37	0.55	-2.11	-1.04	-0.96	-0.58	0.13	-0.22	-0.44	-0.05	0.01	0.34	-0.13	0.29	-0.04	0.52	0.94	0.34	-0.4
Spov3_chr4.02251 (MCM2)	-0.15	-0.08	0.57	1.42	-0.26	-0.43	-0.82	0.09	-0.54	-0.32	-0.19	-0.38	0.69	-2.31	0.0	-0.01	0.16	0.14	-0.32	-0.49	-0.05	-0.13	0.19	-0.59	-0.02	-0.02	0.38	0.47	-0.26	-0.11
Spov3_chr4.02858 (MCM6)	-0.16	0.08	0.56	1.46	-0.45	-0.58	-0.73	0.2	-0.62	-0.25	-0.22	-0.39	0.74	-1.6	-0.07	0.16	0.1	0.32	-0.44	-0.58	-0.23	-0.15	0.27	-0.55	0.04	-0.27	0.26	0.23	-0.11	-0.05
Spov3_chr4.03212 (PCNA1)	-0.9	-0.12	0.53	1.66	-0.68	-2.15	-1.17	0.31	-0.88	-0.27	-0.57	-0.83	1.06	-3.37	-0.6	-0.35	-0.32	0.74	-0.16	-0.35	-0.1	0.13	0.39	-0.23	0.19	-0.14	0.74	0.37	-0.04	-0.27
Spov3_chr4.03276 (DDR3)	-0.06	-0.08	0.73	1.41	-0.42	-1.49	-0.86	-0.26	-0.27	-0.01	-0.07	-0.18	0.63	-2.93	-0.71	-0.63	-0.33	0.04	-0.04	-0.2	0.07	0.05	-0.06	-0.44	0.44	0.2	0.75	0.57	-0.16	-0.57
Spov3_chr4.03651 (ROR1)	-0.77	-0.46	0.55	1.48	-0.72	-0.93	-0.9	0.19	-0.45	-0.04	-0.02	-0.08	0.69	-3.83	-0.17	-0.18	0.11	0.09	0.04	-0.23	0.13	0.01	-0.07	-0.54	0.14	0.2	0.62	0.53	-0.33	-0.44
Spov3_chr4.03795 (smB)	-0.12	-0.12	0.16	0.66	-0.4	-0.7	-0.58	-0.02	-0.01	0.02	0.14	-0.03	0.34	-0.75	-0.24	-0.16	-0.14	0.23	-0.17	-0.15	0.08	0.03	0.26	-0.06	0.15	0.09	0.26	0.17	0.11	0.08
Spov3_chr4.03971	0.07	0.13	0.63	1.37	-0.52	-1.08	-1.11	0.07	-0.17	-0.45	0.07	-0.31	0.49	-2.28	0.02	0.04	-0.19	-0.39	-0.05	-0.5	-0.05	0.16	0.22	-0.5	0.28	0.31	0.54	0.3	-0.28	-0.56
Spov3_chr4.04838	-0.36	-0.36	0.36	1.16	-0.47	-0.66	-0.83	0.31	-0.29	-0.31	-0.09	-0.26	0.44	-1.82	-0.26	-0.15	-0.03	0.05	-0.04	-0.1	0.13	-0.03	0.58	-0.36	0.19	0.12	0.62	0.25	-0.19	-0.18
Spov3_chr4.04864 (POLA2)	0.02	0.26	0.45	0.87	-0.2	-0.37	-0.62	0.13	-0.46	-0.29	-0.07	-0.15	0.39	-0.52	0.02	-0.09	0.08	0.22	-0.37	-0.46	-0.02	-0.02	0.27	-0.29	0.08	-0.29	0.29	0.33	-0.13	-0.24
Spov3_chr4.04959 (EMB2813)	-0.21	0.05	0.67	1.33	-0.59	-0.38	-0.68	-0.02	-0.44	-0.24	-0.2	-0.3	0.45	-1.82	-0.18	-0.05	-0.06	-0.17	-0.26	-0.53	0.22	-0.01	0.08	-0.52	0.4	0.32	0.61	0.18	-0.23	-0.32
Spov3_chr5.00580 (HMGB6)	-0.1	0.24	0.8	1.54	-0.36	-1.69	-1.47	-0.52	-0.47	0.05	-0.24	-0.32	0.56	-3.47	-1.34	-0.97	-1.02	0.63	-0.05	-0.38	0.11	0.12	0.27	-0.51	0.34	0.09	0.75	0.77	0.04	-0.72
Spov3_chr5.00853	-0.09	0.06	0.35	1.34	-0.65	-0.87	-0.89	0.33	-0.6	-0.05	-0.09	-0.38	0.62	-1.5	-0.27	-0.72	-0.07	-0.02	-0.26	-0.36	0.21	-0.09	0.12	-0.18	0.14	0.25	0.74	0.21	-0.13	-0.13
Spov3_chr5.02540 (NAC100)	0.03	0.14	0.25	1.02	-0.28	-0.48	-0.66	-0.2	-0.36	-0.18	-0.14	-0.51	0.52	-0.76	0.06	0.26	0.09	0.35	-0.21	-0.51	-0.03	-0.27	0.44	-0.57	0.01	-0.05	0.21	0.27	0.03	-0.04
Spov3_chr5.02778 (MCM3)	-0.22	-0.11	0.56	1.27	-0.44	-0.61	-0.75	0.08	-0.53	-0.09	-0.25	-0.32	0.69	-2.05	-0.06	-0.12	0.05	0.24	-0.33	-0.42	0.03	-0.01	0.35	-0.5	0.19	0.0	0.46	0.3	-0.14	-0.23
Spov3_chr5.03096 (MCM5)	-0.42	-0.16	0.36	1.28	-0.45	-0.34	-0.74	0.14	-0.64	-0.24	-0.26	-0.3	0.68	-1.89	0.14	0.27	0.28	0.02	-0.25	-0.43	0.01	-0.01	0.4	-0.28	0.04	-0.07	0.35	0.17	-0.26	-0.1
Spov3_chr5.03449 (MET2)	-0.17	0.01	0.85	1.46	-0.23	-0.93	-0.89	-0.08	-0.28	-0.02	-0.17	-0.2	0.39	-1.67	-0.67	-0.38	-0.3	-0.19	-0.21	-0.39	0.09	0.07	-0.03	-0.56	0.21	0.12	0.61	0.51	-0.05	-0.25
Spov3_chr5.03827 (GINT1)	-0.05	0.01	0.55	1.07	0.09	-0.52	-0.88	0.03	-0.31	0.08	-0.66	-0.19	0.48	-1.65	-0.93	-0.58	-0.6	0.35	-0.33	-0.76	-0.11	0.18	0.15	-0.65	-0.01	0.03	0.58	0.74	0.52	0.17
Spov3_chr5.04421	-0.35	0.21	0.52	1.39	-0.34	-1.69	-1.7	-0.63	-0.5	-0.24	0.31	-0.17	0.87	-4.86	-1.67	-1.1	-0.21	-0.11	0.16	0.13	0.25	0.21	0.2	-0.23	0.51	0.45	0.7	0.58	-0.19	-0.98
Spov3_chr6.00113 (PRL)	-0.05	0.06	0.57	1.32	-0.29	-0.47	-0.81	0.26	-0.64	-0.22	-0.33	-0.39	0.81	-2.32	0.05	-0.08	-0.03	0.19	-0.33	-0.46	-0.06	-0.07	0.24	-0.48	0.04	-0.04	0.37	0.33	-0.14	-0.32
Spov3_chr6.00134	0.2	0.21	0.49	1.18	-0.12	-1.26	-0.93	-0.47	-0.32	0.19	-0.01	-0.23	0.72	-1.5	-0.48	-0.56	-0.3	0.29	-0.26	-0.6	-0.07	-0.04	-0.23	-0.34	0.15	0.02	0.65	0.59	0.24	-0.37
Spov3_chr6.00135 (CDC45)	0.27	0.2	0.83	1.42	-0.09	-1.45	-1.18	-0.69	-0.44	-0.1	-0.15	-0.48	0.53	-1.88	-1.23	-0.93	-0.61	0.33	-0.1	-0.48	0.0	-0.21	0.37	-0.47	0.35	0.06	0.69	0.85	0.04	-0.6
Spov3_chr6.00146 (CTPS2)	0.12	0.31	0.46	0.94	-0.22	-0.66	-0.54	0.25	-0.2	-0.1	-0.19	-0.29	0.24	-0.58	-0.26	-0.07	0.0	-0.09	-0.14	-0.29	-0.05	-0.17	0.12	-0.29	0.01	-0.08	0.25	0.29	0.04	0.07
Spov3_chr6.00204 (CDT1)	-0.28	-0.25	0.6	1.48	-0.64	-1.69	-1.31	0.33	-0.6	-0.09	-0.02	-0.23	0.92	-3.57	-0.3	-0.78	-0.38	0.13	0.14	-0.07	0.08	-0.04	0.23	-0.25	-0.02	0.05	0.62	0.34	-0.18	-0.09
Spov3_chr6.00305 (HTA8)	-0.1	-0.25	0.65	1.39	-0.16	-1.35	-1.14	-0.63	-0.35	0.16	-0.04	-0.21	0.88	-3.1	-1.5	-1.08	-0.86	0.55	0.11	-0.29	0.3	0.13	0.07	-0.5	0.3	0.15	0.89	0.56	-0.09	-0.9
Spov3_chr6.01091 (RPA1B)	-0.44	-0.05	0.76	1.47	-0.58	-1.47	-1.11	-0.23	-0.4	0.08	-0.03	-0.17	0.85	-3.05	-0.97	-0.64	-0.47	0.37	-0.2	-0.46	0.2	0.11	0.08	-0.5	0.39	0.23	0.76	0.47	-0.12	-0.65
Spov3_chr6.01151 (EOL1)	0.01	0.05	0.77	1.42	-0.48	-1.14	-0.97	-0.09	-0.39	-0.06	-0.17	-0.2	0.64	-1.7	-0.43	-0.37	-0.53	0.2	-0.17	-0.36	0.02	0.05	0.07	-0.46	0.15	0.09	0.61	0.52	-0.14	-0.49
Spov3_chr6.01200 (MSH2)	0.13	0.21	0.54	1.2	-0.6	-1.27	-0.86	-0.0	-0.66	0.03	-0.14	-0.44	0.51	-0.96	-0.67	-0.43	-0.49	0.3	-0.23	-0.24	0.11	0.15	0.18	-0.64	0.07	0.05	0.68	0.64	0.03	-0.17
Spov3_chr6.01218	-0.01	0.06	0.36	0.81	-0.09	-0.35	-0.42	0.07	-0.24	-0.11	-0.04	-0.12	0.32	-0.3	-0.3	-0.25	-0.11	0.15	-0.16	-0.31	0.03	-0.01	-0.02	-0.26	0.05	-0.03	0.26	0.37	0.04	-0.12
Spov3_chr6.01321 (VIM1)	-0.46	-0.07	0.73	1.48	-0.24	-1.32	-1.12	-0.65	-0.42	-0.02	-0.15	-0.33	1.02	-2.72	-1.03	-1.14	-0.81	0.61	-0.17	-0.48	0.01	0.04	0.12	-0.55	0.36	-0.01	0.66	0.77	0.08	-0.24
Spov3_chr6.01474 (ETG1)	-0.12	-0.03	0.57	1.18	-0.56	-0.33	-0.57	0.16	-0.39	-0.28	-0.13	-0.37	0.67	-1.5	0.02	0.12	0.23	0.13	-0.32	-0.37	-0.07	-0.07	0.06	-0.52	0.13	-0.11	0.34	0.22	-0.28	-0.02
Spov3_S04.00040 (BRCA1)	0.0	0.02	0.96	1.47	-0.08	-1.4	-1.22	-0.43	-0.43	-0.02	-0.09	-0.42	0.68	-2.43	-1.07	-1.02	-0.66	0.33	-0.49	-0.63	-0.24	0.2	0.19	-0.87	0.25	0.05	0.62	1.04	0.11	-0.38

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.