Heatmap: Cluster_73 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0002.00197	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.26	-	-	-20.37	0.48	-	-	-	-	2.31	-	-	-	4.24	-	-
Spov3_C0024.00009 (CCR3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_C0025.00054	-	-	-	2.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-18.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.54	-	-
Spov3_C0038.00007	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr1.00157	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.91	-	-	-	-	-	-	-	2.72	-	-	-	-	-	-	2.65	3.26	-	-
Spov3_chr1.00220 (CPK17)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.17	-	-	2.73	-	-	-	-	1.92	-	-	-	2.56	0.89	0.83	-	-	-	1.0	2.54
Spov3_chr1.00232 (OLEO3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.52	-	-	1.6	-	-	-	-	2.18	-	-	-	3.42	2.5	1.67
Spov3_chr1.00574 (XIK)	-	-	0.47	-	0.61	-	1.63	-	-	2.86	0.89	1.68	-	-	-	-	0.8	-	-	-	-	0.57	-	-	-	-	0.47	2.82	-	-
Spov3_chr1.00636	-	-	0.71	2.69	-	-	0.79	-	-	-	0.72	-	-	0.71	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.5	1.51	0.49	-	2.47	-	2.51
Spov3_chr1.01699 (MTP12)	-	0.91	-	2.73	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.92	-	-
Spov3_chr1.01946 (HAT2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr1.03698	-	-	-	-	3.17	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.39	-	-
Spov3_chr1.04043	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr1.04947	-	-	3.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	-	3.25	-	-
Spov3_chr1.05260	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.15	-	4.4	-	-
Spov3_chr2.00056	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr2.00119 (NRAMP6)	-	0.75	1.79	0.42	1.94	-	-	1.81	0.63	-	-	-	1.8	-	0.52	1.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.29	1.91	-	0.71
Spov3_chr2.00709	-	-	-	0.88	1.75	-	-	1.79	-	-	0.92	1.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.9	0.58	-	-	-	3.03	-	2.28
Spov3_chr2.01370 (RID4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.17	-	-
Spov3_chr2.01714 (XPB2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr2.01786	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.73	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.93	-	-	-	3.97	-	-
Spov3_chr2.02969 (PUCHI)	-	2.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.61	2.76	-	-
Spov3_chr2.04140	-	0.59	-	0.55	0.32	-	1.24	-	-	0.35	-	1.3	2.56	-	-	-	0.31	-	1.92	-	-	-	-	0.23	-	-	-	2.24	0.59	0.45
Spov3_chr2.04449 (MadA3)	-	-	-	3.24	-	-	-	-	-	-	3.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.43	-	-
Spov3_chr2.04497 (PEG9)	-	0.09	1.28	-0.03	-0.66	-	-0.08	-	0.41	-	0.44	0.64	-1.51	-0.47	-1.66	0.77	1.0	-0.78	1.52	-1.72	0.31	-1.81	0.27	-0.42	-1.77	-1.7	-1.51	2.12	-0.53	0.47
Spov3_chr2.04623 (EXO70C1)	-	-	2.64	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.85	-	3.27
Spov3_chr2.04631 (FRS6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.23	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.36	-	-
Spov3_chr2.04785	-	-	0.98	-	1.79	-	-	1.03	-	-	-	-	1.22	-	1.96	-	-	-	2.53	-	-	-	-	-	-	-	0.64	3.17	-	-
Spov3_chr2.05351 (NRT2.3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr2.05693	-	-	-	-	2.31	-	0.11	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	1.61	-	1.61	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.72	-
Spov3_chr3.00103 (CHB4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.41	-	-	-	-	-	-	-	2.23	-	-	-	2.94	2.81	-
Spov3_chr3.00409 (BON3)	-	-	1.94	-	2.23	-	-	-	-	-	-	2.39	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.14	-	-	-	3.56	-	-
Spov3_chr3.00671	-	1.92	1.75	-	-	-	2.46	-	-	-	-	-	-	2.73	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.66	-	2.91	-	-
Spov3_chr3.01133 (FtsZ1)	-0.84	-0.06	-	0.25	0.26	-	0.84	0.75	-	0.41	-1.03	-	-	1.2	-	0.58	0.36	2.18	-	-	-1.17	-	0.96	-	1.74	-	-1.38	1.37	-1.21	1.05
Spov3_chr3.01184	2.88	-	-	2.86	1.51	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.64	-	-
Spov3_chr3.01350	-	-	-	0.94	-	-	0.86	-	-	-	-	2.3	0.81	-	-	-	-	-	-	-	0.4	-	-	0.7	0.81	-	-	3.17	2.56	-
Spov3_chr3.01502 (ZIK2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr3.01673	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr3.01958	-	-	-	-	1.51	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	1.85	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.66	2.01	-
Spov3_chr3.02039 (ZIP9)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr3.02895 (VPS9)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.06	-	2.5	-	-	-	-	-	2.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.97	-	3.42
Spov3_chr3.02973	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr3.03817 (APM1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.3	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	3.57	-	-
Spov3_chr3.04017	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr4.00505	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.4	2.24	2.07
Spov3_chr4.00949	-	-0.42	-	-0.42	-	-	-0.56	-0.38	-	2.1	-0.28	-	1.41	0.83	-0.48	-	-0.4	2.76	-0.43	-	-0.35	-	-	-	-	-	-	2.52	-0.54	0.44
Spov3_chr4.01066 (ERF15)	1.2	-	-	-	-	0.92	-	-	-	2.1	-	-	-	-	-	1.33	-	-	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	3.0	-	2.21
Spov3_chr4.01599	-	2.12	2.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.67
Spov3_chr4.01733 (ZFP3)	1.02	0.12	0.73	1.92	1.82	-	-2.85	-0.08	-0.39	-	0.87	-	-0.42	-	-	-	-0.59	0.6	-	-1.04	-	-	1.13	-	-0.25	-	-	2.25	1.17	-0.4
Spov3_chr4.01954 (FAR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr4.02450 (RAS1)	-	1.44	-	-	-	-	-	-	2.22	2.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.51	-	2.7
Spov3_chr4.02752 (RLP21)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.51	-	-	-	-	-	-	1.62	-	-	-	-	-	-	-	3.63	-	1.65
Spov3_chr4.02944	-	-	-	3.66	2.76	-	-	-	-	-	-	1.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.74	-	-
Spov3_chr4.03371 (ARP5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr4.04143	0.02	-0.51	0.02	-0.6	0.96	-1.92	-1.69	-1.8	-0.44	-1.6	-1.71	-0.22	0.69	1.95	-1.81	0.06	-1.59	2.61	-	-	-	-	0.84	-	-	-1.8	-	1.55	0.8	0.68
Spov3_chr5.00586	-	-	2.71	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.67	4.1	-	-
Spov3_chr5.02529	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.87	-	-	-	3.24	-	-
Spov3_chr5.04017	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr5.04271	1.09	0.49	-0.23	1.75	0.64	0.13	0.21	0.59	0.63	-	-0.05	-0.48	1.79	-	-	-1.8	-	1.14	-0.57	-0.85	-	-	0.29	-	-	-0.24	-1.61	0.99	-0.87	0.69
Spov3_chr6.01034 (DGK1)	-	0.93	-	-	0.49	-	-	1.85	1.16	2.47	-	-	-	-	-	-	1.07	-	-	0.69	-	-	-	1.05	-	-	0.96	2.57	-	0.69
Spov3_chr6.02030 (VPS3)	-	-	-	-	3.47	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.24	-	-
Spov3_chr6.02137	-	-	-	-	0.36	0.58	-	-	-	-	-	-	0.62	3.33	-	0.63	1.66	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.25	-	0.53
Spov3_chr6.02733	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-
Spov3_chr6.03057	-	0.38	-	1.25	0.05	0.33	1.21	0.51	-	2.0	-	-	-	-0.19	-	-	0.15	-	-	-1.86	-	0.5	-	-	0.19	0.01	-	3.39	-	-
Spov3_S01.00054	-	-	-	-2.15	1.47	-	0.01	-	2.9	-	-	-0.5	-	-	1.78	1.11	-	-	-	-	-0.05	-	-	-	-	-0.06	-	3.12	0.73	-
Spov3_S02.00028 (ANAC19)	-	-	-	-	-	-	-	1.7	-	1.57	-	-	-	2.65	-	-	-	1.36	-	-	-	-	2.27	-	-	-	-	3.33	-	-
Spov3_S02.00048 (SVR9)	-	-	-	-	-	-0.45	-	-	-	1.83	1.16	-	-	-	-	-	-	-	-1.2	1.01	-0.77	-	-0.52	0.43	-	-0.03	1.61	2.64	-	3.03
Spov3_S11.00026 (NLM5)	-	-	-	2.31	0.88	-	-	-	-	-	0.93	-	-	-	-	-	-	1.74	-	-	0.91	-	-	-	-	1.91	1.6	3.22	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.