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Heatmap: Cluster_268 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000412 (PUB54)
 -1.15 0.57 -0.28 -1.1 1.02 1.2 -0.86 -2.15 -0.38 -0.45 -1.32 -0.84 -2.44 1.51 1.5 0.32 -0.06 0.27 -0.6 -0.62 -0.51 0.16 2.32 -1.04 -1.66 -1.41 -1.67 -1.48 -1.47 -1.17 -2.94
Bra001500 (PA200)
 0.49 1.08 0.23 -0.31 1.18 0.4 -1.15 -1.1 -0.6 -0.46 -0.49 -0.32 -1.29 0.59 0.79 -0.73 -0.58 0.01 -0.21 -1.22 -1.34 -0.46 1.33 -0.39 -0.45 -0.43 -0.35 0.42 0.3 0.15 -0.81
0.44 0.53 0.26 -0.02 0.55 0.28 -0.61 -0.56 -0.15 -0.09 -0.34 -0.22 -0.21 0.28 0.47 -0.35 -0.27 0.18 -0.3 -0.4 -0.37 -0.37 0.78 -0.21 -0.12 -0.17 -0.2 -0.04 0.09 -0.07 -0.09
Bra001894 (AGG2)
 -0.28 -0.07 -0.01 -0.18 0.51 0.41 -0.81 -0.8 -0.36 -0.48 -0.52 -0.25 -0.14 0.88 0.76 -0.06 -0.17 0.4 -0.42 -0.13 -0.21 0.03 0.52 0.05 -0.02 0.5 -0.14 -0.39 -0.07 -0.08 -0.3
Bra003652 (OSU1)
 0.34 0.46 0.19 0.02 0.54 0.4 -0.25 -0.43 -0.14 -0.16 -0.32 -0.35 -0.48 0.34 0.35 -0.21 -0.42 0.12 -0.41 -0.2 -0.29 -0.13 0.62 -0.18 -0.15 -0.04 -0.13 0.12 0.2 -0.11 -0.37
Bra004625 (LIS)
 -0.44 -0.18 0.02 0.05 0.62 0.65 -0.59 -0.67 -0.32 -0.3 -0.38 -0.66 -0.14 0.63 0.49 0.06 0.11 0.6 -0.08 -0.16 -0.05 -0.02 1.03 -0.31 -0.3 -0.44 -0.29 -0.34 -0.2 -0.72 0.2
Bra005716 (NAK)
 0.27 0.6 0.59 0.09 0.57 0.64 -0.92 -1.25 0.31 -0.27 -0.39 -0.3 -1.44 0.52 0.63 -0.28 -0.38 -0.06 -0.06 -0.32 -0.56 -0.16 1.24 -0.49 -0.38 -0.6 -0.63 -0.11 0.23 -0.05 -0.67
0.18 0.52 0.47 -0.01 0.35 0.48 -0.46 -0.49 -0.02 -0.05 -0.0 -0.02 -0.67 0.46 0.66 -0.07 -0.3 -0.04 -0.06 -0.01 -0.21 0.21 0.55 -0.61 -0.4 -0.74 -0.46 -0.13 0.02 -0.21 -0.48
0.69 0.97 1.07 0.46 0.45 0.37 -0.51 -0.48 0.04 -0.35 -0.06 -0.12 -0.28 0.88 0.95 -0.35 -0.21 -0.27 -0.62 -0.45 -0.33 -0.5 0.48 -0.97 -0.68 -0.21 -1.26 -0.52 -0.76 -0.72 -0.97
Bra007859 (STYK)
 0.18 0.56 0.65 -0.09 0.7 0.67 -0.79 -1.16 -0.05 -0.43 -0.28 -0.3 -1.13 0.6 0.75 -0.22 -0.59 0.18 -0.12 -0.33 -0.34 -0.15 0.99 -0.28 -0.44 -0.75 -0.33 -0.08 0.05 -0.05 -0.54
Bra008255 (PBL31)
 0.9 1.14 1.01 0.52 0.72 0.71 -2.17 -1.84 0.01 -1.19 -0.9 -0.43 -2.74 0.04 0.71 -1.51 -1.51 -0.14 -0.77 -1.29 -1.31 -0.67 1.29 -0.69 -1.13 0.61 -0.78 0.55 0.37 0.59 -0.67
Bra008294 (BEN2)
 0.25 0.57 0.52 0.15 0.26 0.17 -0.4 -0.22 -0.18 0.05 -0.06 0.07 -0.06 0.45 0.32 0.04 -0.05 -0.15 -0.12 -0.15 -0.23 -0.04 0.39 -0.37 -0.26 -0.49 -0.41 -0.29 -0.21 -0.22 -0.18
Bra008680 (CRLK2)
 -0.05 0.26 0.2 0.12 0.66 0.61 -0.67 -1.17 -0.02 -0.12 -0.26 -0.03 -0.6 0.74 0.82 -0.18 -0.29 0.45 -0.24 -0.33 -0.47 -0.33 0.54 -0.37 -0.47 0.29 -0.31 -0.37 -0.07 -0.12 -0.39
Bra009410 (ALA1)
 0.34 0.58 0.45 -0.05 0.99 0.61 -0.71 -0.85 -0.56 -0.24 -0.68 -0.36 -0.67 0.5 0.5 -0.28 -0.37 0.21 -0.39 -0.68 -0.74 -0.26 0.8 -0.3 -0.23 -0.46 -0.16 0.18 0.23 0.06 -0.16
Bra009534 (PCRK2)
 0.3 0.61 0.65 0.2 1.02 0.69 -0.66 -1.07 0.13 -0.37 -0.33 -0.45 -1.11 0.65 0.61 -0.27 -0.25 -0.4 -0.19 -0.79 -0.68 -0.48 0.75 -0.34 -0.49 -0.38 -0.43 0.11 0.25 0.07 -0.81
Bra011058 (TRM20)
 -0.34 -0.44 0.18 -0.52 0.23 0.39 -0.4 -0.59 -0.24 -0.28 -0.34 -0.15 -0.31 0.61 0.51 -0.32 -0.33 0.02 -0.01 -0.02 -0.37 -0.22 0.85 0.04 -0.08 0.32 0.07 -0.01 0.2 0.17 0.06
Bra011526 (XLG2)
 0.29 0.34 0.35 0.16 0.78 0.61 -0.37 -0.65 -0.02 -0.06 -0.31 -0.28 -0.67 0.51 0.6 0.0 -0.21 -0.02 -0.16 0.04 -0.57 -0.01 0.41 -0.53 -0.54 -0.21 -0.44 -0.17 0.08 -0.01 -0.63
Bra011536 (ELK4)
 0.08 0.35 0.28 0.43 0.55 0.46 -0.44 -0.35 -0.22 -0.38 -0.4 -0.2 -0.23 0.92 0.68 -0.05 -0.12 0.15 -0.26 -0.2 -0.28 -0.19 0.76 -0.65 -0.54 -0.11 -0.51 -0.26 -0.54 -0.21 -0.47
Bra012319 (PAPP2C)
 0.13 0.56 0.49 0.14 1.15 0.98 -0.84 -0.39 -0.16 -0.3 -0.67 -0.19 -0.88 0.57 1.11 0.17 -0.13 0.13 -0.23 -0.17 -0.53 -0.61 1.18 -1.07 -1.17 -0.49 -1.2 -0.77 -0.4 -0.42 -1.42
0.17 0.16 0.26 0.07 0.43 0.31 -0.59 -0.47 -0.08 -0.23 -0.09 -0.0 -0.16 0.48 0.63 0.13 -0.22 -0.08 -0.04 -0.15 -0.32 -0.21 0.52 -0.35 -0.21 -0.36 -0.21 -0.14 0.06 -0.14 -0.07
-0.41 -0.07 0.19 -0.36 0.3 0.53 -0.28 -0.5 0.07 -0.06 -0.02 -0.15 -0.22 0.67 0.69 0.06 -0.28 0.05 -0.08 0.01 -0.19 -0.02 0.51 -0.15 -0.29 -0.32 -0.35 -0.25 -0.01 -0.11 -0.0
Bra016190 (MyoB2)
 -0.04 0.38 0.4 0.02 0.64 0.44 -0.73 -0.91 -0.22 -0.08 -0.2 -0.26 -0.82 0.57 0.71 0.01 -0.31 0.29 -0.01 -0.26 -0.27 -0.27 0.75 -0.19 -0.25 0.24 -0.26 -0.33 -0.11 -0.26 -0.63
0.56 0.6 0.32 -0.33 0.82 0.47 -0.77 -0.87 0.25 -0.18 -0.14 -0.11 -0.74 0.62 0.8 -0.19 -0.61 0.16 -0.04 -0.27 -0.35 -0.29 0.94 -0.62 -0.57 -0.77 -0.73 -0.17 -0.15 -0.03 -0.64
Bra019561 (PAT5)
 0.44 0.89 1.35 -0.07 0.92 0.62 -1.17 -1.21 -0.4 -0.35 -0.37 -0.51 -0.83 0.43 0.63 -0.23 -0.44 -0.07 -0.54 -0.54 -0.52 -0.21 1.23 -0.56 -0.66 -0.86 -0.7 -0.02 -0.25 -0.3 -0.81
Bra020368 (EXO70B1)
 0.53 0.71 1.03 0.32 1.23 0.75 -1.19 -1.49 -0.87 -0.59 -1.08 -0.98 -0.58 0.85 1.01 -0.25 -0.53 0.56 -0.26 -0.34 -0.59 -0.45 1.26 -1.04 -1.07 -0.35 -1.22 -0.76 -0.29 -0.5 -1.26
-0.4 0.05 0.49 -1.2 0.4 0.69 -0.77 -0.69 -0.07 -0.08 -0.66 -0.32 -1.08 0.89 1.09 -0.06 -0.33 0.3 -0.0 -0.25 -0.47 0.12 1.5 -0.59 -0.5 -0.5 -0.57 -0.47 -0.25 -0.11 -0.38
Bra020847 (CPR1)
 0.42 0.35 0.4 0.06 0.43 0.34 -0.45 -0.76 -0.2 -0.48 -0.39 -0.24 -0.68 0.37 0.42 -0.17 -0.28 -0.19 -0.23 -0.13 -0.31 -0.17 0.48 -0.03 -0.03 0.13 -0.13 0.15 0.16 0.04 -0.04
Bra021634 (TPP)
 0.37 0.64 0.87 0.6 0.89 0.67 -0.86 -1.19 0.02 -0.17 -0.32 -0.14 -1.38 0.42 0.45 -0.44 -0.74 -0.0 -0.21 -0.46 -0.56 -0.28 0.49 -0.68 -0.74 -0.34 -0.53 0.17 0.31 0.24 -0.76
-0.82 0.24 0.39 -1.02 0.73 0.82 -0.51 -2.42 0.02 -0.67 -0.68 -0.24 -1.88 1.22 0.74 -0.25 -0.64 -1.04 -0.37 -0.73 -0.67 -0.41 1.54 -0.44 -0.71 0.42 -0.1 -0.24 0.48 0.23 0.08
Bra022632 (CNGC1)
 -0.02 -0.06 0.48 0.04 1.02 0.58 -0.72 -0.95 -0.03 -0.68 -0.46 -0.63 -1.13 0.98 1.03 -0.42 -0.49 -0.25 -0.17 -0.59 -0.46 -0.52 0.86 -0.38 -0.4 0.73 -0.59 0.08 0.13 -0.25 -0.71
Bra023927 (EIN3)
 0.45 0.43 0.54 0.23 0.39 0.41 -0.58 -0.88 -0.07 -0.23 -0.38 -0.25 -1.1 0.26 0.66 -0.32 -0.23 0.03 -0.47 -0.33 -0.48 -0.15 0.58 -0.35 -0.23 0.23 -0.2 -0.09 0.46 0.06 -0.3
Bra024179 (ckl3)
 0.14 0.52 0.5 -0.01 0.34 0.37 -0.36 -0.36 -0.12 -0.01 0.05 -0.11 -0.24 0.61 0.46 -0.09 -0.18 -0.07 -0.23 -0.06 -0.19 -0.11 0.44 -0.26 -0.31 -0.35 -0.35 -0.24 -0.15 -0.28 -0.34
0.46 0.9 0.53 0.51 0.77 0.51 -1.43 -1.36 0.08 -0.54 -0.33 -0.39 -1.25 0.49 0.51 -0.52 -1.07 -0.45 -0.45 -0.63 -1.13 -0.67 1.45 -0.3 -0.29 -0.61 -0.26 -0.0 0.22 0.55 -0.76
Bra024805 (PBL3)
 0.31 0.14 0.29 0.36 0.92 0.63 -0.74 -0.63 0.02 -0.31 -0.58 -0.31 -0.82 0.82 1.2 -0.19 -0.27 -0.56 -0.32 -0.41 -0.49 -0.32 0.94 -0.72 -0.59 0.35 -0.85 -0.17 -0.3 -0.63 -0.43
0.35 0.25 0.57 -0.18 0.49 0.5 -0.47 -0.84 -0.05 -0.03 -0.1 -0.12 -0.5 0.5 0.77 0.06 -0.12 0.25 -0.19 -0.24 -0.32 -0.03 0.45 -0.38 -0.01 -0.4 -0.45 -0.27 0.03 -0.39 -0.83
Bra025286 (ATN1)
 0.32 0.36 0.46 0.11 0.72 0.59 -0.65 -1.05 -0.16 -0.49 -0.28 -0.5 -0.8 0.37 0.63 -0.34 -0.47 0.22 -0.05 -0.21 -0.27 -0.52 0.67 -0.09 -0.32 -0.06 -0.47 0.05 0.36 -0.02 -0.25
Bra025696 (CDPK1)
 0.09 0.69 0.29 0.6 0.4 0.58 -0.25 -0.54 -0.68 -0.38 -0.72 -0.9 -1.34 0.63 0.82 0.18 -0.27 0.55 -0.27 -0.35 -0.4 -0.15 1.07 -0.39 -0.37 0.59 -0.38 -0.3 -0.65 -0.86 -1.4
Bra027324 (CYP72A7)
 0.19 0.99 1.17 0.43 1.08 0.31 -0.81 -0.32 -0.36 0.04 -0.41 -0.03 -0.15 1.31 0.86 -0.36 -0.72 0.29 -0.32 -0.4 -0.71 -0.53 0.57 -1.43 -1.58 -0.94 -1.14 -1.42 -1.18 -0.78 -0.38
Bra027972 (XRN4)
 0.12 0.15 0.05 -0.15 0.47 0.46 -0.5 -0.47 0.02 -0.1 -0.2 -0.23 -0.2 0.43 0.5 0.18 -0.09 0.42 -0.01 -0.19 0.02 -0.17 0.76 -0.44 -0.32 -0.31 -0.35 -0.3 -0.17 -0.31 -0.22
0.03 0.36 0.43 -0.1 0.28 0.49 -0.5 -0.98 0.05 -0.0 -0.22 -0.04 -0.62 0.55 0.78 -0.03 -0.22 0.41 0.03 -0.5 -0.58 -0.17 1.08 -0.47 -0.57 -0.77 -0.52 -0.28 -0.21 0.15 -0.23
Bra028220 (MDS2)
 0.05 0.88 0.51 0.0 0.84 0.82 -0.73 -1.86 -0.29 -0.12 -0.76 -0.27 -2.04 0.16 0.6 0.14 -0.47 -0.82 -0.43 -1.04 -0.63 -0.27 1.81 -0.37 -0.36 -0.99 -0.54 -0.09 0.27 0.43 -1.32
Bra029230 (CDKG1)
 -0.1 -0.04 0.26 -0.23 0.28 0.39 -0.61 -0.8 -0.1 -0.17 -0.21 -0.22 -0.46 0.68 0.65 -0.11 -0.53 -0.32 -0.16 -0.17 -0.4 -0.28 0.75 0.14 0.11 0.59 -0.17 -0.21 0.05 -0.02 -0.11
Bra030248 (SR1)
 0.9 0.85 1.26 0.58 0.98 0.67 -1.3 -1.35 -0.29 -0.44 -0.45 -0.35 -1.36 0.15 0.55 -0.81 -0.91 -0.16 -0.38 -0.79 -0.68 -0.48 0.95 -0.74 -0.9 -0.07 -0.86 0.26 0.37 -0.2 -1.11
-1.29 -0.5 0.08 -0.29 1.84 1.93 -3.24 -4.14 -1.19 -2.39 -1.79 -2.92 -1.72 2.05 1.63 -1.48 -2.57 -3.13 -1.89 -2.5 -2.35 -1.29 1.89 -0.57 -1.0 1.11 -1.96 -0.77 0.33 -0.13 -3.01
Bra031468 (NDR8)
 0.37 0.49 0.14 0.61 0.48 0.39 -0.47 -0.51 -0.14 -0.06 -0.3 -0.26 -0.46 0.41 0.44 -0.03 -0.16 -0.01 -0.12 -0.3 -0.33 -0.17 0.74 -0.47 -0.4 0.4 -0.4 -0.28 -0.27 -0.2 -0.75
Bra032015 (ARFB1C)
 0.15 0.24 0.3 -0.1 0.64 0.77 -0.44 -0.5 0.04 -0.32 -0.03 -0.03 -0.69 0.55 0.8 -0.34 -0.4 -0.06 -0.17 -0.35 -0.37 -0.12 0.71 -0.12 -0.42 -0.21 -0.35 -0.11 0.04 -0.42 -0.52
Bra032698 (NIG)
 -0.03 0.46 -0.03 0.29 0.52 0.63 -0.87 -0.49 -0.32 -0.1 -0.4 -0.29 -0.27 0.67 0.69 -0.07 -0.22 0.2 -0.21 -0.36 -0.51 -0.13 0.96 -0.44 -0.44 0.59 -0.62 -0.45 -0.3 -0.22 -0.6
-0.48 -0.47 0.08 -0.83 0.64 0.35 -1.17 -1.34 0.05 -0.13 -0.41 0.04 -0.44 1.09 0.82 -0.4 -0.55 0.3 -0.07 -0.25 -0.25 -0.25 1.07 -0.23 -0.08 0.17 -0.22 -0.27 0.17 -0.02 -0.12
Bra033704 (XI-6)
 0.08 0.24 0.15 0.27 0.71 0.32 -0.34 -0.27 -0.23 -0.16 -0.16 -0.3 -0.21 0.71 0.39 0.06 -0.12 0.0 -0.24 -0.26 -0.4 -0.53 0.54 -0.43 -0.32 0.2 -0.31 -0.19 -0.0 -0.21 -0.17
Bra034736 (ALIS1)
 -0.13 0.24 0.69 -0.27 0.54 0.52 -0.83 -0.84 -0.02 -0.09 -0.2 -0.17 -0.7 0.69 0.81 -0.25 -0.18 0.24 0.0 -0.13 -0.38 -0.05 0.83 -0.34 -0.39 -0.6 -0.43 -0.19 -0.09 -0.1 -0.42
Bra035028 (VQ9)
 -0.34 -0.03 0.2 -0.43 0.01 0.21 -0.93 -0.93 -0.17 -0.2 -0.36 -0.11 -0.04 1.15 1.06 -0.44 -0.64 -0.35 -0.45 0.08 -0.43 -0.14 1.04 -0.21 -0.25 -0.18 -0.34 -0.11 0.16 0.48 -0.12
0.62 0.35 0.46 0.34 0.74 0.56 -0.57 -0.6 -0.54 -0.76 -0.95 -0.47 -0.68 0.14 0.33 -0.69 -0.42 0.06 -0.57 -0.61 -0.43 -0.36 1.07 -0.13 -0.22 -0.19 -0.41 0.05 0.36 0.74 -0.27
Bra036274 (SEC15B)
 0.18 0.33 0.21 0.18 0.3 0.34 -0.34 -0.28 -0.12 -0.21 -0.33 -0.3 0.2 0.62 0.67 0.06 -0.13 0.23 -0.18 -0.25 -0.26 -0.27 0.55 -0.3 -0.35 -0.05 -0.58 -0.36 -0.17 -0.14 -0.43
Bra036845 (ZAR1)
 0.22 0.96 0.59 0.08 0.87 0.59 -1.35 -1.3 -0.08 -0.15 -0.59 -0.67 -0.47 0.97 0.65 0.03 -0.38 -0.01 -0.42 -0.59 -0.78 -0.5 1.05 -0.97 -1.24 0.08 -1.05 -0.09 0.04 0.35 -0.92
Bra037214 (MMSD)
 0.09 -0.19 0.59 -0.01 0.83 0.59 -0.93 -1.13 -0.02 -0.33 -0.13 -0.14 -0.58 0.85 1.07 -0.15 -0.25 0.01 0.13 -0.51 -0.44 -0.21 0.87 -0.53 -0.58 -0.66 -0.51 -0.17 -0.25 -0.21 -0.21
Bra037290 (bZIP23)
 0.64 0.64 0.62 0.23 0.38 0.33 -0.59 -0.22 -0.47 -0.7 -0.37 -0.38 -0.32 0.21 0.52 -0.49 -0.17 0.45 -0.56 -0.34 -0.37 -0.3 0.41 -0.24 -0.15 -0.09 -0.07 -0.02 0.06 0.03 -0.39
Bra037623 (EVN)
 0.93 1.05 1.46 0.27 0.63 -0.08 -1.82 -0.9 -0.65 -0.33 -0.75 -0.64 -1.26 0.14 0.76 -0.65 -0.97 -0.17 -0.7 -0.84 -1.27 -1.08 0.67 -0.18 -0.32 0.13 -0.25 0.44 0.56 0.17 -0.71
Bra037860 (MEKK1)
 -0.38 0.09 -0.08 -0.27 0.72 0.73 -0.38 -0.76 -0.38 -0.31 -0.26 -0.8 -0.21 1.01 0.76 0.23 0.0 0.7 0.13 -0.03 -0.31 -0.18 0.81 -0.57 -0.6 -0.1 -0.61 -0.71 -0.3 -0.61 -0.23
-0.31 0.15 -0.13 0.08 0.65 0.24 -0.87 -1.05 -0.25 -0.14 -0.2 -0.31 -0.18 0.61 0.58 0.08 0.03 0.37 -0.04 -0.31 -0.19 -0.06 0.77 -0.22 -0.36 0.42 -0.16 -0.09 -0.19 -0.31 -0.31
Bra038738 (PP2C.D3)
 0.17 0.31 0.28 -0.01 0.54 0.47 -0.57 -0.89 -0.0 -0.16 -0.35 -0.25 -0.65 0.57 0.69 -0.24 -0.45 0.12 -0.14 -0.07 -0.35 0.11 0.42 -0.32 -0.07 -0.46 -0.23 0.02 0.1 0.12 -0.17
-0.07 0.44 0.41 0.3 0.55 0.5 -0.23 -0.3 -0.26 -0.2 -0.18 -0.34 -0.13 0.6 0.84 0.11 0.12 0.08 -0.14 -0.22 -0.46 -0.2 0.67 -0.54 -0.58 -0.09 -0.65 -0.59 -0.12 -0.52 -0.71

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.