1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_268 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000412 (PUB54)
 9.92 32.63 18.05 10.23 44.6 50.55 12.07 4.95 16.89 16.02 8.77 12.24 4.06 62.61 62.12 27.48 21.02 26.46 14.5 14.32 15.45 24.59 109.59 10.67 6.94 8.25 6.92 7.85 7.94 9.76 2.87
Bra001500 (PA200)
 10.29 15.49 8.6 5.92 16.59 9.66 3.31 3.42 4.85 5.34 5.23 5.88 3.01 11.0 12.7 4.41 4.89 7.36 6.33 3.14 2.9 5.31 18.38 5.6 5.38 5.44 5.75 9.79 9.03 8.12 4.18
8.23 8.75 7.28 5.97 8.92 7.35 3.99 4.13 5.46 5.71 4.81 5.23 5.26 7.36 8.38 4.78 5.02 6.88 4.95 4.61 4.68 4.69 10.41 5.26 5.57 5.38 5.3 5.93 6.47 5.77 5.69
Bra001894 (AGG2)
 32.45 37.63 39.1 34.88 56.23 52.38 22.44 22.7 30.63 28.19 27.55 33.12 35.74 72.63 66.93 37.89 34.96 52.08 29.53 36.09 33.99 40.27 56.46 40.72 38.89 55.6 35.77 30.17 37.68 37.34 32.03
Bra003652 (OSU1)
 9.56 10.35 8.63 7.66 10.95 9.98 6.35 5.6 6.84 6.73 6.04 5.9 5.4 9.55 9.61 6.52 5.62 8.18 5.69 6.58 6.15 6.91 11.6 6.63 6.78 7.35 6.89 8.18 8.68 6.97 5.83
Bra004625 (LIS)
 1.14 1.37 1.57 1.61 2.39 2.44 1.03 0.97 1.24 1.26 1.19 0.98 1.41 2.4 2.18 1.62 1.67 2.36 1.46 1.39 1.5 1.53 3.16 1.25 1.26 1.14 1.27 1.22 1.35 0.94 1.78
Bra005716 (NAK)
 7.99 9.98 9.94 7.03 9.84 10.31 3.48 2.77 8.2 5.47 5.03 5.35 2.43 9.46 10.21 5.45 5.09 6.34 6.33 5.28 4.49 5.92 15.57 4.7 5.08 4.36 4.28 6.11 7.77 6.39 4.14
4.61 5.85 5.65 4.03 5.18 5.69 2.96 2.9 4.01 3.93 4.07 4.02 2.57 5.58 6.45 3.88 3.31 3.96 3.92 4.05 3.53 4.7 5.96 2.67 3.09 2.43 2.96 3.72 4.12 3.51 2.92
5.55 6.77 7.24 4.72 4.71 4.44 2.42 2.47 3.54 2.71 3.31 3.17 2.83 6.33 6.65 2.7 2.98 2.85 2.25 2.52 2.74 2.44 4.82 1.76 2.16 2.97 1.44 2.4 2.03 2.09 1.76
Bra007859 (STYK)
 13.06 16.98 17.99 10.83 18.71 18.28 6.67 5.14 11.15 8.57 9.48 9.36 5.25 17.46 19.36 9.84 7.66 13.02 10.56 9.14 9.09 10.39 22.91 9.5 8.48 6.85 9.15 10.88 11.88 11.1 7.91
Bra008255 (PBL31)
 19.11 22.45 20.61 14.7 16.79 16.68 2.27 2.86 10.31 4.48 5.48 7.57 1.53 10.53 16.67 3.6 3.59 9.26 5.98 4.19 4.14 6.4 25.01 6.32 4.69 15.65 5.96 14.99 13.23 15.43 6.41
Bra008294 (BEN2)
 11.56 14.45 14.02 10.79 11.7 10.93 7.39 8.35 8.6 10.09 9.34 10.22 9.36 13.3 12.15 10.04 9.39 8.76 9.0 8.79 8.33 9.49 12.74 7.54 8.15 6.94 7.35 7.98 8.41 8.34 8.59
Bra008680 (CRLK2)
 5.0 6.17 5.93 5.62 8.14 7.86 3.25 2.29 5.11 4.76 4.3 5.05 3.42 8.6 9.13 4.57 4.23 7.05 4.36 4.11 3.72 4.12 7.5 3.99 3.73 6.33 4.16 3.99 4.92 4.74 3.95
Bra009410 (ALA1)
 5.47 6.46 5.91 4.18 8.56 6.6 2.64 2.4 2.92 3.65 2.69 3.36 2.72 6.1 6.11 3.57 3.36 4.99 3.29 2.7 2.59 3.62 7.52 3.51 3.69 3.14 3.86 4.9 5.06 4.51 3.88
Bra009534 (PCRK2)
 13.96 17.33 17.78 13.01 23.02 18.33 7.16 5.38 12.42 8.75 8.98 8.28 5.24 17.83 17.26 9.4 9.5 8.58 9.96 6.53 7.07 8.12 19.04 8.95 8.09 8.72 8.39 12.25 13.43 11.88 6.45
Bra011058 (TRM20)
 4.29 3.99 6.16 3.77 6.36 7.11 4.11 3.6 4.59 4.46 4.29 4.89 4.38 8.28 7.7 4.36 4.3 5.49 5.4 5.34 4.19 4.67 9.79 5.57 5.14 6.79 5.7 5.39 6.23 6.12 5.63
Bra011526 (XLG2)
 9.01 9.36 9.4 8.24 12.67 11.23 5.7 4.7 7.27 7.09 5.97 6.07 4.63 10.51 11.17 7.38 6.38 7.3 6.59 7.56 4.97 7.31 9.83 5.11 5.07 6.36 5.43 6.58 7.81 7.32 4.78
Bra011536 (ELK4)
 17.57 21.27 20.25 22.39 24.38 22.85 12.27 13.03 14.31 12.79 12.59 14.55 14.24 31.55 26.77 16.1 15.29 18.43 13.89 14.54 13.69 14.59 28.11 10.58 11.42 15.39 11.72 13.91 11.42 14.35 12.04
Bra012319 (PAPP2C)
 7.19 9.71 9.26 7.25 14.67 12.97 3.69 5.02 5.9 5.36 4.15 5.76 3.59 9.81 14.2 7.42 6.03 7.19 5.64 5.88 4.57 4.32 14.93 3.15 2.93 4.7 2.88 3.85 4.98 4.92 2.47
4.6 4.56 4.86 4.27 5.49 5.04 2.7 2.95 3.84 3.46 3.82 4.06 3.64 5.67 6.31 4.47 3.51 3.84 3.97 3.68 3.26 3.52 5.83 3.2 3.52 3.17 3.52 3.7 4.26 3.69 3.89
12.62 15.94 19.15 13.03 20.63 24.24 13.79 11.87 17.63 16.05 16.59 15.1 14.38 26.73 27.15 17.47 13.77 17.38 15.85 16.93 14.69 16.58 23.9 15.17 13.71 13.42 13.15 14.07 16.7 15.59 16.75
Bra016190 (MyoB2)
 6.98 9.35 9.44 7.29 11.16 9.73 4.34 3.82 6.18 6.79 6.26 5.98 4.05 10.63 11.73 7.22 5.79 8.76 7.13 6.0 5.94 5.96 12.05 6.3 6.05 8.48 5.98 5.69 6.65 5.99 4.64
22.43 23.07 18.94 12.12 26.87 21.02 8.93 8.3 18.1 13.4 13.76 14.08 9.09 23.36 26.5 13.29 9.95 16.97 14.74 12.6 11.9 12.41 29.23 9.88 10.21 8.94 9.15 13.52 13.65 14.87 9.73
Bra019561 (PAT5)
 10.82 14.81 20.41 7.64 15.15 12.26 3.55 3.46 6.07 6.29 6.19 5.6 4.51 10.79 12.37 6.84 5.9 7.65 5.49 5.49 5.58 6.91 18.81 5.44 5.08 4.4 4.92 7.9 6.74 6.51 4.57
Bra020368 (EXO70B1)
 8.9 10.12 12.62 7.73 14.47 10.35 2.7 2.2 3.38 4.09 2.92 3.13 4.13 11.14 12.42 5.2 4.26 9.09 5.14 4.88 4.09 4.5 14.75 3.0 2.93 4.83 2.65 3.65 5.04 4.36 2.57
2.49 3.39 4.61 1.43 4.32 5.3 1.93 2.03 3.13 3.11 2.07 2.63 1.56 6.08 6.98 3.14 2.6 4.04 3.28 2.76 2.36 3.56 9.27 2.18 2.32 2.32 2.22 2.37 2.76 3.04 2.52
Bra020847 (CPR1)
 29.83 28.46 29.46 23.33 29.99 28.32 16.34 13.15 19.5 16.05 17.07 18.88 13.97 28.9 29.94 19.82 18.37 19.55 19.05 20.41 17.98 19.88 31.04 21.84 21.8 24.42 20.45 24.72 24.89 22.95 21.75
Bra021634 (TPP)
 47.63 57.52 67.72 56.15 68.4 58.73 20.32 16.17 37.38 32.89 29.69 33.51 14.16 49.49 50.52 27.15 22.11 36.89 31.88 26.85 25.14 30.54 52.01 23.05 22.16 29.25 25.55 41.46 45.92 43.64 21.83
0.37 0.77 0.85 0.32 1.08 1.15 0.46 0.12 0.66 0.41 0.41 0.55 0.18 1.52 1.09 0.55 0.42 0.32 0.5 0.39 0.41 0.49 1.9 0.48 0.4 0.87 0.61 0.55 0.91 0.76 0.69
Bra022632 (CNGC1)
 8.0 7.78 11.31 8.34 16.42 12.15 4.93 4.2 7.95 5.08 5.92 5.26 3.71 15.99 16.62 6.08 5.77 6.83 7.2 5.4 5.89 5.65 14.72 6.25 6.17 13.5 5.39 8.56 8.91 6.81 4.98
Bra023927 (EIN3)
 10.83 10.73 11.58 9.31 10.4 10.57 5.31 4.32 7.54 6.75 6.12 6.69 3.69 9.54 12.54 6.35 6.77 8.1 5.75 6.32 5.68 7.18 11.87 6.21 6.75 9.3 6.93 7.45 10.92 8.28 6.46
Bra024179 (ckl3)
 22.71 29.51 29.18 20.58 26.12 26.64 16.13 16.09 19.02 20.51 21.36 19.08 17.54 31.52 28.39 19.41 18.29 19.71 17.56 19.83 18.1 19.18 28.02 17.2 16.64 16.26 16.19 17.54 18.65 16.97 16.33
1.53 2.06 1.6 1.58 1.89 1.57 0.41 0.43 1.17 0.76 0.88 0.85 0.46 1.55 1.58 0.77 0.53 0.81 0.81 0.72 0.5 0.7 3.03 0.9 0.9 0.72 0.93 1.1 1.29 1.62 0.65
Bra024805 (PBL3)
 5.51 4.89 5.43 5.71 8.42 6.87 2.66 2.87 4.52 3.59 2.97 3.58 2.53 7.83 10.22 3.91 3.68 3.02 3.57 3.34 3.17 3.58 8.51 2.71 2.95 5.69 2.47 3.95 3.61 2.88 3.29
7.29 6.84 8.51 5.05 8.05 8.12 4.14 3.2 5.54 5.63 5.33 5.27 4.07 8.09 9.76 5.97 5.26 6.84 5.04 4.84 4.58 5.62 7.85 4.4 5.68 4.35 4.2 4.77 5.85 4.37 3.22
Bra025286 (ATN1)
 8.96 9.18 9.9 7.75 11.81 10.78 4.56 3.46 6.42 5.12 5.92 5.09 4.11 9.26 11.12 5.66 5.18 8.34 6.95 6.21 5.95 5.01 11.38 6.77 5.74 6.9 5.19 7.45 9.23 7.08 6.02
Bra025696 (CDPK1)
 7.53 11.35 8.65 10.7 9.3 10.56 5.93 4.85 4.4 5.41 4.3 3.78 2.79 10.93 12.49 8.01 5.83 10.32 5.86 5.55 5.34 6.35 14.84 5.38 5.45 10.61 5.42 5.75 4.51 3.88 2.67
Bra027324 (CYP72A7)
 2.18 3.77 4.29 2.56 4.03 2.36 1.09 1.53 1.49 1.96 1.43 1.87 1.72 4.72 3.47 1.48 1.16 2.33 1.53 1.44 1.17 1.32 2.82 0.71 0.64 0.99 0.86 0.71 0.84 1.11 1.47
Bra027972 (XRN4)
 6.85 6.99 6.55 5.7 8.73 8.69 4.48 4.56 6.41 5.89 5.51 5.37 5.51 8.51 8.95 7.15 5.94 8.44 6.27 5.54 6.42 5.62 10.72 4.64 5.07 5.08 4.96 5.12 5.63 5.09 5.42
1.8 2.26 2.37 1.64 2.13 2.47 1.25 0.89 1.81 1.75 1.51 1.71 1.14 2.57 3.02 1.72 1.51 2.33 1.79 1.24 1.18 1.56 3.71 1.27 1.19 1.03 1.23 1.44 1.52 1.95 1.5
Bra028220 (MDS2)
 2.17 3.85 2.97 2.1 3.75 3.69 1.26 0.58 1.71 1.93 1.24 1.73 0.51 2.34 3.19 2.31 1.52 1.19 1.55 1.02 1.35 1.73 7.36 1.62 1.64 1.05 1.44 1.97 2.53 2.82 0.84
Bra029230 (CDKG1)
 22.68 23.51 28.95 20.65 29.33 31.73 15.9 13.91 22.54 21.52 20.93 20.76 17.61 38.78 38.11 22.46 16.75 19.41 21.72 21.56 18.36 19.92 40.69 26.77 26.14 36.51 21.57 20.97 25.03 23.86 22.42
Bra030248 (SR1)
 24.45 23.62 31.44 19.68 25.87 20.87 5.35 5.15 10.72 9.66 9.6 10.27 5.11 14.6 19.21 7.48 6.97 11.74 10.11 7.6 8.17 9.41 25.36 7.87 7.05 12.54 7.23 15.68 16.93 11.46 6.07
2.22 3.83 5.73 4.42 19.45 20.67 0.57 0.31 2.38 1.04 1.56 0.72 1.64 22.41 16.75 1.94 0.91 0.62 1.46 0.96 1.06 2.21 20.07 3.66 2.7 11.72 1.39 3.18 6.8 4.97 0.67
Bra031468 (NDR8)
 12.77 13.87 10.88 15.03 13.73 12.91 7.12 6.91 8.96 9.44 8.0 8.26 7.17 13.11 13.36 9.66 8.81 9.77 9.1 8.0 7.85 8.74 16.44 7.14 7.5 12.99 7.49 8.13 8.19 8.6 5.88
Bra032015 (ARFB1C)
 26.16 27.81 29.06 22.08 36.79 40.31 17.36 16.66 24.36 18.96 23.15 23.17 14.67 34.63 41.24 18.62 17.88 22.71 20.96 18.49 18.26 21.72 38.51 21.68 17.7 20.42 18.53 21.88 24.31 17.68 16.44
Bra032698 (NIG)
 6.33 8.85 6.3 7.88 9.25 9.99 3.53 4.6 5.15 6.0 4.87 5.27 5.33 10.24 10.43 6.14 5.52 7.38 5.59 5.03 4.53 5.87 12.53 4.76 4.75 9.7 4.19 4.71 5.23 5.52 4.24
3.53 3.54 5.19 2.76 7.67 6.26 2.19 1.94 5.08 4.5 3.7 5.07 3.63 10.51 8.67 3.73 3.37 6.08 4.67 4.13 4.15 4.15 10.35 4.21 4.66 5.53 4.24 4.07 5.53 4.86 4.53
Bra033704 (XI-6)
 4.22 4.73 4.43 4.81 6.52 4.99 3.16 3.32 3.41 3.58 3.58 3.25 3.45 6.56 5.24 4.15 3.67 4.01 3.38 3.33 3.03 2.78 5.81 2.98 3.2 4.59 3.22 3.51 3.99 3.46 3.56
Bra034736 (ALIS1)
 33.78 43.54 59.45 30.64 53.49 52.73 20.8 20.56 36.45 34.75 32.21 32.7 22.7 59.68 64.81 31.03 32.52 43.48 37.0 33.68 28.37 35.67 65.57 29.05 28.18 24.36 27.46 32.43 34.65 34.41 27.67
Bra035028 (VQ9)
 3.29 4.06 4.78 3.09 4.18 4.81 2.18 2.18 3.7 3.62 3.23 3.84 4.04 9.22 8.66 3.07 2.67 3.27 3.03 4.4 3.07 3.76 8.53 3.59 3.48 3.67 3.29 3.85 4.66 5.8 3.82
4.3 3.55 3.85 3.52 4.66 4.1 1.88 1.84 1.91 1.64 1.44 2.01 1.74 3.08 3.49 1.72 2.09 2.91 1.88 1.83 2.07 2.17 5.83 2.54 2.39 2.44 2.1 2.88 3.59 4.64 2.31
Bra036274 (SEC15B)
 3.07 3.42 3.14 3.08 3.34 3.45 2.14 2.24 2.5 2.34 2.16 2.2 3.12 4.17 4.33 2.82 2.48 3.18 2.4 2.29 2.26 2.25 3.98 2.2 2.13 2.62 1.82 2.11 2.42 2.47 2.02
Bra036845 (ZAR1)
 4.67 7.78 6.04 4.24 7.31 6.03 1.58 1.62 3.8 3.62 2.67 2.51 2.9 7.84 6.27 4.08 3.08 3.98 3.0 2.66 2.34 2.84 8.32 2.05 1.7 4.23 1.94 3.77 4.12 5.1 2.12
Bra037214 (MMSD)
 23.54 19.28 33.25 21.97 39.19 33.33 11.55 10.1 21.72 17.52 20.23 19.97 14.72 39.69 46.3 19.91 18.55 22.22 24.1 15.46 16.32 19.11 40.3 15.32 14.73 13.98 15.54 19.57 18.61 19.08 19.03
Bra037290 (bZIP23)
 12.04 12.04 11.87 9.02 10.06 9.67 5.11 6.64 5.58 4.76 5.97 5.94 6.17 8.9 11.08 5.48 6.85 10.54 5.25 6.07 5.98 6.28 10.22 6.55 6.93 7.26 7.34 7.61 8.04 7.9 5.88
Bra037623 (EVN)
 6.98 7.58 10.11 4.41 5.67 3.46 1.04 1.97 2.34 2.91 2.18 2.35 1.53 4.04 6.21 2.34 1.87 3.25 2.25 2.04 1.52 1.73 5.85 3.25 2.94 4.0 3.08 4.97 5.38 4.11 2.23
Bra037860 (MEKK1)
 5.32 7.36 6.55 5.74 11.41 11.48 5.32 4.1 5.32 5.58 5.78 3.98 6.01 13.92 11.73 8.15 6.95 11.28 7.57 6.77 5.6 6.14 12.17 4.68 4.55 6.47 4.54 4.23 5.61 4.53 5.92
5.53 7.61 6.27 7.22 10.75 8.07 3.76 3.31 5.77 6.2 5.97 5.52 6.03 10.46 10.26 7.24 7.01 8.84 6.68 5.52 6.0 6.56 11.64 5.88 5.34 9.17 6.14 6.45 6.0 5.54 5.54
Bra038738 (PP2C.D3)
 7.52 8.29 8.15 6.63 9.74 9.28 4.51 3.61 6.69 5.99 5.25 5.65 4.28 9.94 10.8 5.67 4.91 7.26 6.08 6.39 5.25 7.25 8.97 5.35 6.36 4.87 5.71 6.79 7.19 7.26 5.97
6.43 9.17 8.93 8.29 9.89 9.53 5.73 5.46 5.61 5.88 5.94 5.33 6.14 10.2 12.04 7.27 7.32 7.11 6.1 5.8 4.9 5.86 10.69 4.64 4.51 6.31 4.28 4.48 6.21 4.68 4.12

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)