1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_70 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000472 (PH1)
 92.36 109.09 134.74 85.79 151.71 130.14 84.01 85.33 104.49 98.66 103.65 91.06 96.04 160.38 150.63 90.56 89.18 95.02 88.26 105.85 84.7 92.48 67.5 75.45 73.46 68.1 67.15 72.09 82.59 80.49 73.56
Bra001092 (APRL5)
 5.72 7.26 9.96 5.62 5.96 6.25 3.22 3.33 4.22 4.51 4.12 3.88 3.74 5.75 7.47 4.58 4.04 5.86 4.06 4.34 4.56 4.5 6.02 3.71 4.02 3.04 3.04 3.41 4.17 3.34 3.85
3.22 3.73 3.58 2.83 4.55 3.24 2.39 2.91 3.49 3.3 3.65 3.23 3.2 5.31 4.64 3.59 3.07 4.28 2.99 2.84 2.72 2.81 3.03 2.53 2.18 2.62 2.52 2.73 2.25 2.57 2.83
Bra002823 (BTL04)
 9.83 8.64 11.8 7.03 9.57 12.36 4.31 3.36 6.22 5.02 4.54 6.85 4.57 13.2 8.59 4.93 3.23 6.3 7.42 5.21 6.03 4.95 9.19 3.34 2.73 1.96 2.53 5.22 5.1 5.28 4.31
1.07 1.17 1.04 0.51 1.8 1.22 0.31 0.29 1.04 0.71 0.59 0.75 0.17 1.44 0.94 0.47 0.32 0.69 0.56 0.62 0.47 0.71 0.94 0.35 0.3 0.27 0.41 0.65 0.78 0.76 0.26
Bra003718 (RDS2)
 21.44 25.5 22.6 19.98 34.51 30.43 16.26 15.17 24.3 24.5 21.73 24.77 24.83 36.29 37.3 22.45 22.65 23.54 19.02 22.59 19.16 23.74 18.47 16.09 15.58 16.19 17.5 14.85 17.24 16.06 12.42
53.17 76.16 48.71 29.81 58.07 52.52 23.62 21.14 25.01 21.93 18.54 37.89 12.89 53.37 55.54 38.38 29.88 46.18 25.82 32.74 20.61 38.81 109.99 13.83 10.26 11.57 11.09 13.12 15.6 25.93 8.03
Bra004301 (ARG1)
 20.27 22.02 24.89 17.96 20.36 20.98 14.37 14.55 15.46 15.0 15.11 14.03 14.77 21.38 22.93 14.83 13.87 16.94 15.09 17.13 15.46 17.35 17.3 11.43 11.99 11.06 10.76 13.49 14.78 11.4 12.63
Bra005710 (SSR1)
 6.08 8.28 6.27 3.0 8.54 6.16 2.44 2.25 2.7 2.34 2.5 3.21 2.8 5.25 8.26 3.7 2.76 4.31 3.33 3.12 3.24 4.02 3.9 2.46 1.78 2.17 2.04 2.77 2.36 2.94 3.49
Bra005828 (ALA1)
 8.03 9.05 9.56 6.92 8.59 7.74 4.66 5.07 5.58 5.1 4.84 5.55 4.36 7.88 7.75 6.08 5.72 7.66 5.17 6.0 4.93 6.13 6.76 3.37 3.45 3.77 3.69 4.13 4.56 5.17 3.9
Bra006039 (NRPB4)
 27.8 22.31 23.64 17.18 35.1 30.19 13.09 12.48 16.97 14.21 15.48 17.61 14.46 31.99 24.5 16.56 12.36 16.21 16.69 14.5 12.9 16.62 20.16 9.7 9.4 7.68 9.47 13.28 16.14 13.1 13.51
12.58 17.53 15.29 12.66 18.43 14.56 8.86 8.35 11.93 12.75 11.46 10.96 8.12 17.32 17.34 11.69 9.97 12.53 11.87 11.49 9.6 11.67 9.65 7.88 7.18 6.85 7.01 9.48 8.89 8.58 7.52
Bra006350 (AAE5)
 2.37 6.72 7.53 3.92 6.24 3.6 0.67 0.33 2.19 1.24 1.17 1.31 0.99 3.3 5.7 1.14 0.96 6.39 2.58 1.73 1.32 1.09 5.09 1.34 0.77 2.49 0.92 1.41 2.0 3.67 0.88
Bra006373 (BPA1)
 15.4 17.35 15.77 12.7 15.24 16.17 5.54 5.03 7.14 6.08 7.17 6.41 6.06 13.78 18.11 8.25 7.51 8.09 7.02 6.01 6.07 7.1 7.03 5.08 4.08 4.2 4.34 5.38 5.4 3.71 4.85
Bra006933 (MMZ3)
 230.92 219.89 205.38 193.54 319.62 295.58 99.62 138.47 211.35 190.88 171.25 169.81 142.91 281.15 326.01 153.22 98.93 162.07 159.79 150.57 112.37 200.11 85.14 76.16 70.64 61.36 68.19 83.32 95.7 77.41 77.18
Bra007006 (JAT4)
 2.32 2.26 2.05 1.52 4.22 3.14 0.49 0.59 1.07 0.93 0.81 1.23 0.86 3.61 2.86 0.99 0.52 1.73 1.21 0.88 1.5 0.95 0.21 0.13 0.14 0.16 0.15 0.17 0.21 0.18 0.13
Bra007547 (VAP)
 22.05 26.09 23.48 16.94 30.53 23.15 9.52 7.86 21.11 16.62 18.94 15.44 13.43 28.48 32.53 15.23 12.12 18.71 15.99 14.53 11.52 16.96 7.63 6.41 4.83 6.03 4.7 5.17 6.98 6.5 5.56
3.89 4.01 4.77 3.55 4.24 4.2 1.9 2.02 2.9 3.06 2.44 2.42 2.09 3.72 4.17 2.63 2.87 4.61 3.1 2.84 2.75 3.25 6.52 2.62 2.63 1.53 2.1 2.38 2.5 2.25 1.67
Bra009629 (HAKAI)
 11.08 10.54 11.74 10.19 11.19 11.13 5.32 5.66 9.29 6.68 7.07 7.46 6.99 11.26 13.01 7.39 6.85 9.29 7.92 7.59 7.67 7.35 10.17 6.56 7.36 5.14 6.87 6.82 7.29 6.11 6.02
Bra009849 (CID6)
 47.53 53.5 58.11 37.23 79.28 54.85 23.93 22.91 53.03 43.53 42.28 44.31 23.96 63.56 63.91 35.88 29.17 34.86 40.17 34.43 37.78 45.22 48.97 35.82 31.45 20.33 35.29 34.54 42.54 39.8 31.06
Bra009857 (PEX4)
 32.5 37.38 38.73 31.42 43.02 40.18 24.75 21.46 39.9 32.78 32.74 29.27 31.76 49.47 47.73 31.07 31.12 35.28 28.83 26.8 30.52 29.62 30.35 27.0 25.67 24.97 24.32 29.95 24.39 22.31 25.01
0.53 0.44 0.46 0.04 1.01 0.95 0.38 0.56 0.81 0.61 0.68 0.61 1.16 2.07 1.34 0.94 0.76 1.15 0.98 1.01 1.08 0.67 1.23 0.5 0.5 0.25 0.51 0.33 0.4 0.43 0.52
Bra010195 (TPR9)
 5.1 4.9 5.63 3.98 5.43 4.83 2.09 2.47 3.61 2.71 3.18 2.48 2.98 5.21 5.49 3.0 3.06 3.48 3.54 2.92 2.77 2.47 2.05 1.81 1.89 1.67 1.75 2.05 2.41 2.05 2.16
26.44 34.59 33.39 23.05 39.24 32.35 12.31 8.95 19.13 23.33 20.68 23.14 8.15 31.71 29.57 18.27 15.18 28.93 15.14 18.09 14.14 20.64 35.06 9.78 11.45 11.29 11.16 13.58 14.69 13.4 8.86
Bra011067 (ckl3)
 6.5 7.39 5.93 3.52 10.18 7.17 1.02 0.94 4.15 3.06 3.41 3.09 1.04 7.77 7.24 2.92 2.2 2.24 3.56 2.96 2.39 3.26 3.43 2.48 2.07 2.75 1.56 3.2 3.8 4.45 1.96
Bra011075 (TCX5)
 3.46 3.51 3.43 3.43 3.94 3.72 1.16 1.46 1.81 1.72 2.15 1.53 1.54 3.71 4.17 2.29 1.88 2.63 1.45 1.52 1.5 1.82 2.41 1.33 1.13 1.16 1.22 1.52 2.07 1.77 1.52
Bra011120 (PECP3)
 9.53 9.66 13.11 6.91 10.4 8.96 5.46 3.69 6.42 5.1 5.7 5.06 4.79 8.9 8.98 6.1 5.01 4.66 5.18 5.44 6.62 7.07 5.46 4.76 4.2 3.24 3.9 4.66 4.94 4.5 5.25
Bra011504 (VHA-H)
 15.22 17.44 16.07 14.37 21.35 16.73 13.23 12.91 19.01 21.04 16.54 16.5 18.3 29.58 24.89 19.25 16.56 20.34 18.18 16.85 16.05 17.71 21.44 14.52 14.17 15.19 15.91 15.09 13.96 13.82 15.19
Bra011578 (RAC3)
 21.43 24.76 28.76 23.01 35.23 31.89 17.64 17.39 23.88 26.59 26.17 21.42 20.58 33.93 32.95 28.84 22.04 27.43 21.88 22.31 19.91 23.4 16.96 19.09 17.35 17.42 16.22 19.34 18.21 19.63 18.96
Bra011598 (GPAT9)
 14.76 16.73 19.34 13.72 16.9 16.67 8.58 7.04 14.33 12.29 12.14 10.19 8.12 16.69 21.98 11.49 8.69 14.12 12.63 9.96 10.65 9.5 12.55 8.03 7.35 8.41 8.19 9.87 9.46 9.2 8.19
Bra013172 (ATG8D)
 147.25 189.13 140.11 127.37 231.24 192.09 53.61 47.72 130.28 105.36 114.96 105.8 81.18 189.32 177.35 107.86 89.43 107.03 97.1 94.08 89.98 117.87 133.88 86.88 76.52 88.16 81.74 98.48 102.26 107.52 77.25
Bra014390 (UXS2)
 12.07 13.18 13.99 9.86 15.81 13.88 8.85 10.53 8.56 11.81 9.1 10.61 9.63 15.28 15.45 12.03 11.89 13.81 9.97 10.62 11.34 13.02 18.09 6.59 7.24 7.24 7.08 7.85 6.89 6.67 4.31
0.98 0.91 1.13 0.94 1.51 1.17 0.41 0.28 0.25 0.45 0.29 0.51 0.27 0.95 1.07 0.52 0.26 0.7 0.32 0.42 0.39 0.27 0.14 0.11 0.12 0.07 0.13 0.21 0.39 0.35 0.13
14.44 9.87 11.97 12.6 19.83 17.52 6.08 6.1 8.08 7.78 8.39 7.07 6.89 13.62 16.35 6.91 6.04 8.64 7.87 6.33 5.28 5.59 2.8 2.65 3.12 2.3 2.42 4.7 3.89 4.51 4.34
8.83 14.41 12.06 10.68 12.59 14.88 7.38 8.4 10.29 9.07 10.08 9.7 8.75 14.75 15.69 9.35 9.48 12.39 9.07 10.03 9.34 8.96 10.49 6.37 6.05 6.92 6.54 6.73 7.67 6.83 7.23
7.37 8.59 6.61 6.74 8.65 7.92 4.24 4.11 5.83 5.42 5.2 5.38 4.65 8.47 8.59 5.91 4.65 6.37 5.42 4.83 4.72 5.02 4.41 3.3 3.66 3.59 3.66 4.68 4.67 4.78 4.53
Bra019048 (RMA3)
 9.67 11.19 9.49 4.22 9.06 11.62 1.52 0.94 6.02 3.52 4.46 5.72 1.19 10.36 11.5 3.3 2.25 2.59 4.82 3.49 3.29 6.11 6.34 3.71 2.87 2.11 2.8 4.02 5.48 5.88 3.22
1.22 3.45 7.09 1.2 3.55 3.1 0.61 0.17 0.85 0.96 0.5 0.43 0.8 3.5 4.2 0.95 0.87 3.01 0.57 0.54 0.61 0.97 4.77 0.38 0.26 0.12 0.54 0.55 0.49 0.47 0.4
2.27 1.69 2.36 2.37 2.93 2.84 1.35 1.49 1.94 1.73 1.77 1.77 1.51 3.02 3.01 1.64 1.59 2.29 1.88 1.61 1.41 1.67 1.0 0.95 0.85 0.96 0.75 0.87 1.16 1.09 0.93
Bra023262 (TTM1)
 41.64 40.89 36.89 25.72 47.17 48.74 17.75 16.06 27.77 20.86 25.4 25.63 27.49 46.02 41.95 22.21 24.88 27.37 24.56 26.88 25.29 28.33 27.7 19.28 18.29 21.42 23.18 20.83 18.39 15.8 16.81
Bra023618 (LUC7B)
 7.58 8.68 7.93 7.36 11.24 10.77 5.31 6.05 4.24 5.14 4.97 5.68 6.07 7.97 10.24 4.8 5.85 6.39 5.4 5.22 5.24 5.51 5.96 4.93 4.53 3.58 4.79 5.34 5.69 4.58 5.7
17.62 19.93 19.28 14.92 18.21 21.39 9.35 8.47 13.47 11.19 11.29 11.68 7.44 18.42 18.86 12.8 11.23 9.79 11.21 11.36 10.15 12.24 8.2 5.86 6.51 5.61 6.46 7.89 10.25 10.43 7.33
Bra025265 (PUX1)
 16.67 18.78 19.21 13.44 19.06 20.61 12.2 9.75 12.91 13.19 12.38 11.81 11.66 21.13 23.27 11.9 12.29 12.21 11.58 10.57 12.78 11.98 11.99 8.22 8.84 6.97 7.8 9.76 9.4 8.67 8.41
37.93 51.7 42.66 47.49 52.71 44.3 14.59 13.34 21.36 17.22 17.1 20.74 21.07 42.05 39.77 19.56 18.93 31.97 22.23 24.44 23.09 22.14 26.64 14.32 15.06 20.4 16.1 17.08 16.49 15.77 17.06
Bra025399 (EXO70E1)
 3.14 5.31 4.62 3.38 4.82 4.42 2.15 2.33 2.67 2.63 2.31 2.76 1.45 4.52 4.61 2.63 2.64 3.99 2.39 2.7 2.28 2.44 3.61 2.24 1.83 2.24 2.06 1.76 2.72 3.01 2.2
1.12 1.37 1.2 0.56 1.97 1.47 0.4 0.22 0.87 0.67 0.77 0.71 0.21 1.29 1.47 0.48 0.48 0.61 0.74 0.49 0.5 0.59 0.67 0.23 0.18 0.26 0.27 0.4 0.44 0.77 0.47
Bra025593 (WIG)
 10.01 10.2 10.58 7.69 10.91 10.78 5.74 5.95 7.47 5.86 6.64 6.79 7.97 12.37 10.97 8.1 7.05 7.55 6.86 6.7 6.6 6.97 7.91 3.56 4.03 3.62 3.96 4.7 4.48 4.68 5.33
Bra026095 (GOS11)
 14.41 21.97 15.83 14.87 19.56 19.08 8.03 6.57 13.55 9.54 10.56 10.74 8.38 20.15 20.75 10.49 9.48 8.77 10.28 9.26 9.21 9.39 10.29 6.38 7.95 6.57 7.15 9.11 9.93 7.06 5.87
Bra026732 (WAKL4)
 0.49 0.55 0.71 0.33 0.55 0.34 0.19 0.14 0.32 0.11 0.09 0.25 0.12 0.26 0.2 0.15 0.29 0.39 0.3 0.16 0.14 0.13 0.42 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.14 0.28 0.08
Bra026825 (AL7)
 30.74 34.71 27.98 21.64 38.53 37.08 21.75 22.64 18.81 18.88 19.73 17.67 25.16 31.24 37.64 21.74 20.23 20.88 20.67 20.07 20.13 22.09 24.04 17.96 17.23 15.07 16.41 16.93 16.8 14.13 15.8
Bra029076 (UBC10)
 294.04 297.57 277.71 279.26 359.34 321.06 225.67 182.08 300.32 264.14 262.15 279.98 270.53 386.53 420.26 274.38 242.18 225.74 230.71 261.95 241.54 316.19 294.16 210.63 200.26 210.3 210.17 210.89 218.1 180.23 154.6
Bra032266 (PAT4)
 5.9 5.74 5.04 4.91 6.91 6.35 3.06 2.38 4.4 3.78 4.34 4.04 2.58 7.89 7.77 3.87 3.57 3.94 3.77 3.5 3.35 3.65 2.73 1.77 1.85 1.26 1.85 1.99 2.53 2.23 1.95
Bra032351 (MNS3)
 7.34 9.39 8.76 6.33 7.8 7.98 4.69 4.43 5.53 6.64 5.51 5.65 4.69 7.62 8.6 5.96 6.11 7.87 5.63 5.38 5.27 6.7 9.31 3.4 3.19 2.97 3.42 4.04 3.59 4.19 2.94
Bra033076 (AAR3)
 9.48 7.8 8.24 5.66 18.52 10.54 3.44 3.18 5.22 4.4 5.3 4.2 4.02 9.47 9.7 4.96 3.76 5.6 6.14 5.18 4.46 4.12 4.2 4.28 3.17 2.33 3.14 3.53 6.37 3.46 4.56
Bra033777 (SIS3)
 11.24 8.47 9.94 8.37 13.77 13.84 7.31 4.88 7.77 5.64 6.37 7.42 6.12 11.98 11.7 6.76 7.28 7.38 7.96 7.68 6.5 7.71 6.66 5.2 6.11 4.85 6.09 6.39 6.56 5.16 5.79
Bra033840 (BIB)
 31.48 33.49 23.01 25.7 49.8 31.66 10.59 10.05 16.78 15.22 14.98 18.05 17.9 40.5 26.9 14.69 14.18 22.03 17.7 13.34 14.14 13.93 14.44 7.79 9.17 12.28 10.27 14.77 15.55 18.83 9.26
35.5 39.28 36.59 27.77 51.38 43.73 21.81 22.05 28.39 21.33 29.88 21.32 25.45 50.9 44.52 26.32 27.36 33.61 24.9 25.16 22.96 27.31 39.01 19.31 20.83 16.73 18.32 21.0 23.64 20.57 25.82
Bra035217 (CRK34)
 0.3 0.43 0.62 0.38 0.58 0.36 0.15 0.04 0.23 0.18 0.27 0.27 0.14 0.33 0.32 0.11 0.14 0.5 0.22 0.11 0.07 0.19 0.73 0.21 0.06 0.45 0.18 0.18 0.43 0.31 0.13
13.1 13.88 16.73 10.88 16.16 14.58 8.58 8.46 13.24 10.47 11.39 10.98 9.4 17.84 17.98 10.67 10.44 13.89 9.59 10.35 10.21 11.1 10.3 7.81 6.97 7.43 6.76 7.24 7.53 6.64 6.63
Bra036818 (VPS35C)
 12.54 13.19 12.91 9.91 17.51 13.82 9.31 8.18 12.79 11.57 11.56 10.73 10.29 17.42 13.54 12.18 11.3 11.63 11.67 10.16 10.39 11.5 10.7 9.83 9.07 9.6 9.76 9.37 9.54 9.61 10.76
8.33 7.51 6.61 6.38 11.11 8.76 5.6 6.57 7.62 7.33 7.68 7.14 7.47 10.92 10.31 7.16 6.4 8.81 6.62 6.64 5.66 6.93 6.56 4.72 4.63 5.62 4.96 6.67 5.9 5.51 5.71
20.92 22.31 27.07 17.45 29.75 24.4 11.58 9.77 13.98 12.38 11.52 12.44 13.81 27.48 26.76 11.79 10.01 20.41 14.41 9.39 11.85 14.06 24.42 7.73 6.52 4.61 6.37 7.6 7.67 6.03 4.14
16.19 17.65 20.23 13.7 17.41 15.89 11.87 9.57 10.48 11.84 10.33 10.91 9.15 16.18 20.91 11.32 13.53 19.59 13.95 11.67 9.52 12.79 27.93 9.0 10.02 6.43 9.17 8.19 10.58 10.49 10.18
Bra040885 (SAY1)
 18.7 19.75 16.99 14.32 20.6 22.83 11.76 9.48 14.75 15.03 14.7 13.97 10.59 18.0 23.65 12.09 11.59 11.63 11.94 13.07 11.53 13.46 16.29 10.27 10.45 10.53 10.06 11.34 12.85 10.56 11.17

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)