Heatmap: Cluster_25 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0001.00081 (AtPAE12)	0.31	2.39	0.37	-	-	0.15	-	-	1.21	-	2.49	1.19	-	1.94	1.18	-	0.43	-	-	-	-	-	-	-	0.13	0.04	-	-	0.39	-
Spov3_C0003.00023	1.31	-	0.9	-	-	-	-	-	1.3	2.18	3.21	-	-	1.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.23	-	-	2.7	-	-	-
Spov3_C0005.00067	-	2.29	-	2.26	-	-	-	-	-	-	3.33	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.46	-	2.25
Spov3_C0014.00015 (SELO)	-	-	-	2.63	-	-	-	-	-	-	2.61	-	2.49	-	-	-	2.64	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.54
Spov3_C0016.00051	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.35	-	-	3.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0019.00030	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.69	3.64	-	-	0.55	0.54	0.86	-	0.45	1.38	-	-	-	-	-	-	2.03	0.74	-	-	0.53
Spov3_C0021.00024 (FP3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0023.00026	2.82	-	-	-	-	-	-	0.91	-	-	2.19	1.4	-	-	-	-	-	-	-	0.73	-	0.94	-	-	-	0.91	2.68	-	-	1.0
Spov3_C0023.00051 (ETO1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	2.19	3.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0029.00001	-	-	-	2.26	-	-	-	-	-	-	4.03	-	-	-	-	-	-	-	-	2.13	-	-	-	-	-	-	-	-	2.18	-
Spov3_C0040.00018 (E2FB)	0.76	0.55	-	0.57	0.37	-	-	-	-	-	1.99	-	-	1.44	1.3	-	2.13	1.23	0.58	0.3	1.41	-	-	-	-	-	-	-	0.65	0.32
Spov3_C0880.00002 (IPT5)	-	-	0.47	0.7	0.65	-	-	-	-	1.8	2.79	0.61	1.29	-	-	-	1.77	-	-	-	-	-	-	-	0.5	-	-	-	-	2.63
Spov3_C1234.00001 (ATF1)	-0.74	-1.25	-0.68	1.0	-0.26	0.17	-	-	-1.47	2.13	1.96	0.82	-1.43	0.69	-1.81	0.99	1.24	-0.9	-1.49	-0.13	-1.85	-	-1.51	-0.46	-0.02	-0.79	-0.83	-0.68	-0.29	-0.64
Spov3_chr1.00691	0.22	-0.86	-0.32	0.2	-0.6	-0.76	-0.47	0.42	1.38	-0.59	1.76	1.06	0.92	-0.67	0.36	-0.04	-1.05	-	0.3	1.32	0.25	-0.8	-	-	-0.69	-0.6	0.77	-3.45	-	-1.12
Spov3_chr1.01090	-	-	-	-	-2.38	-	-0.81	-2.21	-	-	4.62	-	-	-0.06	-	0.5	-	-	-	-	-	-	-2.24	-1.5	0.02	-	-	-	-1.21	-
Spov3_chr1.01091	-	-2.9	-1.86	-1.93	-2.02	-0.86	-	-2.13	-2.77	0.24	4.67	-	-3.04	-1.92	-	-	-3.12	-3.2	-	-	-	-	-	-	-1.02	-	-	-2.92	-2.35	-
Spov3_chr1.01531 (HDA18)	-	-	2.74	-	-	-	-	-	-	-	3.21	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.84
Spov3_chr1.01668	-	-	-1.83	-	-	-	-	-	-6.32	-23.34	3.42	-	-	-	0.34	-	3.67	-	-	-	-	-	-	-	-	2.32	-	-	-	-
Spov3_chr1.02117 (HAK5)	-0.32	-	-	-	-	-	-	1.46	-22.59	-	2.88	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	-	1.54	-	-	-	-	-	-	3.46	-
Spov3_chr1.03166 (NOV)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.03694 (BIR6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	-	2.07	-	2.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.99	-	-	-	-
Spov3_chr1.03852	-	-	-	-	-	-	-	-	2.94	-	3.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.13
Spov3_chr1.04105 (CYP705A15)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01478	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.44	-	3.43	-	-	-	-	3.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03447	-	1.37	-	1.39	-	-	1.07	-	-	-	3.43	-	-	1.15	1.18	1.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.29	-	-	1.4	-
Spov3_chr2.03927	-	0.1	1.54	-	-	1.71	-	-	0.81	-	1.09	-	2.38	-	1.35	-	-	2.05	-	-	1.51	-	0.75	-	0.73	-0.36	-	-	-	-
Spov3_chr2.05017	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.96	-	3.98	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.67	-	-	-
Spov3_chr2.05177 (SYP124)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05471 (GTE7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05557	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	3.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00669	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01340	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.07	1.9	2.2	3.1	-	-	1.63	-	-	1.25	-	-	-	-	-	1.77	-	-
Spov3_chr3.01650 (PES)	-	-	1.71	-	-	-	-	-	-	-	2.75	1.65	-	0.96	-	-1.23	-	-	0.5	0.01	1.16	1.35	1.89	-	-	-	-	-	-	1.83
Spov3_chr3.03113 (GGL22)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03560	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.16	-	2.05	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.94	-
Spov3_chr3.04391	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00188	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00405	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.28	-	-	-	-	-	-	3.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00482 (Lhca6)	-	-	-	-	3.78	-	-	-	-	-	4.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01483 (AHL3)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.75	-	4.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01737	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02149 (RPL16)	1.89	-	-	0.37	2.23	-	-	-	-	3.03	3.06	0.89	-	-	-	0.96	-	-	-	-6.8	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02175	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02864	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.03003 (CYP87A2)	0.48	-	-	-	-	-3.07	-	1.69	0.45	1.21	1.08	-	-0.47	-	1.05	-0.8	2.06	0.59	0.91	-0.22	-	0.13	-	-	-	1.53	-	-	0.93	0.86
Spov3_chr4.03100	-	-	-	-	-	-	1.75	-	-	-	3.62	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.88	-	-	2.81	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.01394	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.58	-	-	-	-	2.61	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03817 (MGD2)	-0.93	-0.77	1.75	0.69	0.96	-0.2	-0.79	-1.08	0.63	2.55	1.53	-1.07	0.03	0.14	-	-0.89	-0.9	-	-1.25	0.74	-0.83	-0.21	-	-	-	-1.08	0.56	-0.7	-	-
Spov3_chr5.03923 (SmD1b)	-	-	-	-	1.36	-	-	-	1.98	2.5	2.58	-	-	-	-	-	3.27	-	-	1.15	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.04250 (NRPC2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.04509	1.53	-	-7.09	0.37	-	1.07	0.93	1.67	-3.25	-	3.22	-	-	-	-	-	1.77	-3.24	-	-	-	-	0.18	-0.33	-	-14.95	-	1.53	-0.23	-
Spov3_chr6.00669 (ATAF1)	-	-2.12	-0.64	0.55	-	1.67	0.07	2.06	1.41	-2.24	1.66	0.8	-2.2	-	0.4	1.24	-0.0	-	-0.82	1.19	-	0.64	-	-	-0.41	-2.54	-2.63	-	-1.08	-0.66
Spov3_chr6.01076 (KINbeta1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	4.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01784 (RPL16)	1.93	-	-	0.41	-	-	-	-	-	3.07	3.09	0.93	-	-	-	1.0	-	-	-	2.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02138 (GT2L)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02140 (RPB5D)	-9.51	-	-10.84	-	-	-	-	-	-	-	4.89	-	-	-	-	-8.12	-	-	-	-	-	-	-	-1.32	-	-	-	-7.45	-	-
Spov3_chr6.02255	1.1	-	-	-	-	-	-	0.93	-	-	2.21	0.93	-	-	1.92	3.22	1.11	-	1.18	-	-	-	-	-	-	0.93	-	-	-	-
Spov3_chr6.02433 (EMB3012)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-
Spov3_S01.00040 (MEKK4)	-	-	-	3.3	-	-	-	-	-	2.1	3.25	-	2.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.13
Spov3_S08.00014 (BRN1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.21
Spov3_S09.00024 (CPK2)	-	1.44	-	-	-	-	-	2.99	-	-	3.43	-	-	1.25	-	-	-	2.62	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S10.00037 (UCC2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.