1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_204 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000439 (PMEIL)
 0.0 0.0 0.13 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.1 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.09 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0
0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra001138 (RBK2)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
0.37 0.21 0.2 0.1 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.1 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.0 0.03 0.03 0.01 0.16 0.04 0.1 0.03 0.0 0.03 0.05 0.13 0.17
Bra001308 (PLL3)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra001311 (MYB3R-3)
 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.04 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001795 (COBL10)
 0.07 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.0 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.0 0.02 0.03 0.01 0.01 0.0 0.04 0.0 0.02 0.02 0.02 0.0 0.01 0.01 0.03 0.01
0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03
0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra002750 (PICALM2a)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra002901 (XYLT)
 1.13 0.0 1.57 0.98 0.67 0.0 0.2 0.0 0.08 0.04 0.0 0.0 0.59 0.19 0.12 0.0 0.1 0.0 0.04 0.0 0.18 0.11 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra002902 (XYLT)
 0.77 0.0 0.95 0.78 0.41 0.0 0.19 0.0 0.55 0.17 0.0 0.0 0.66 0.36 0.07 0.0 0.16 0.0 0.27 0.0 0.03 0.16 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.1 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra003316 (MTP8)
 0.11 0.03 0.04 0.1 0.0 0.06 0.01 0.0 0.03 0.02 0.04 0.0 0.0 0.06 0.01 0.0 0.01 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.02 0.01 0.0 0.02 0.0 0.04 0.01
Bra003795 (CYP98A8)
 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
2.38 1.25 2.22 1.38 1.81 0.2 0.86 0.09 0.04 0.0 0.04 0.0 0.28 0.0 0.15 0.0 0.25 0.0 0.59 0.08 0.16 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.04 0.0
0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.08 0.0 0.05 0.02 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.24
1.07 0.0 0.16 0.37 0.05 0.0 0.11 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.16 0.05 0.06 0.26 0.2 0.19 0.04 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.23 0.05 0.23 0.08 0.05
Bra010873 (PG45)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.26 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04
0.31 0.04 0.35 0.34 0.04 0.09 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.0 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.0 0.12 0.03 0.03 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.0 0.09 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra017775 (HAM4)
 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra017790 (OEE1)
 0.0 0.0 0.1 0.16 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.07 0.01 0.0 0.01 0.0 0.03 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0
Bra018279 (CLE5)
 0.91 0.0 0.31 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.36 0.79 0.37 0.72 0.0 0.0 0.44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.43
0.46 0.0 0.51 0.38 0.24 0.47 0.02 0.1 0.0 0.0 0.09 0.05 0.03 0.0 0.13 0.11 0.09 0.07 0.09 0.0 0.08 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020545 (PRK4)
 1.12 1.51 0.0 0.0 0.0 1.32 0.4 0.06 0.65 0.65 0.0 0.0 0.0 0.88 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020815 (COG5)
 7.86 9.26 6.44 8.04 5.0 3.26 1.09 0.88 0.37 0.83 0.63 1.52 0.32 1.68 0.96 0.58 0.58 2.14 1.46 0.63 2.07 0.67 3.98 3.32 2.04 1.32 1.2 1.47 2.81 2.24 1.2
4.38 4.05 6.63 2.74 6.45 3.88 2.28 2.23 2.5 2.81 3.03 2.49 2.12 1.61 1.79 1.42 1.65 2.18 2.66 2.97 2.43 2.75 2.34 2.72 3.17 1.99 3.98 2.67 2.75 1.92 1.78
0.09 0.08 0.02 0.02 0.03 0.14 0.04 0.0 0.14 0.05 0.08 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.09 0.11 0.04 0.01 0.05 0.05 0.21
0.02 0.01 0.05 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.01 0.02 0.0 0.0
0.49 0.32 0.78 0.42 0.04 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.48 0.03 0.0 0.21 0.04 0.13 0.1 0.08 0.07 0.35 0.17 0.03 0.15 0.01 0.0 0.01 0.04 0.0 0.0 0.03 0.05
0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.82 1.29 1.03 0.63 0.05 0.22 0.47 0.42 0.11 0.08 0.08 0.19 0.41 0.01 0.09 0.2 0.4 0.01 0.01 0.07 0.05 0.19 0.14 0.25 0.28 0.59 0.36 0.3 0.48 0.21 0.49
Bra024844 (CYCJ18)
 0.13 0.03 0.0 0.07 0.19 0.05 0.05 0.0 0.02 0.0 0.05 0.0 0.0 0.1 0.33 0.0 0.0 0.38 0.02 0.0 0.0 0.21 0.08 0.0 0.1 0.0 0.05 0.09 0.03 0.03 0.03
0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
Bra025199 (CYP71B34)
 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
0.7 0.0 0.0 0.22 0.0 0.13 0.29 0.19 0.0 0.0 0.29 0.12 0.24 0.0 0.68 0.0 0.07 0.85 0.17 0.05 0.0 0.71 0.09 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.13 0.21 0.28
1.53 0.41 0.0 0.46 0.36 0.13 0.0 0.83 0.43 0.17 0.17 0.0 0.0 0.0 0.32 0.0 0.01 0.0 0.05 0.63 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.28 0.02 0.42 0.2 0.29
0.07 0.0 0.14 0.07 0.0 0.01 0.07 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra027634 (MAN7)
 4.92 7.63 5.26 5.13 0.0 0.54 3.52 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 1.97 0.0 0.0 1.89 0.0 0.32 0.0 0.61 1.12 1.41 1.36 0.7
Bra028080 (PUB50)
 0.13 0.34 0.08 0.06 0.17 0.44 0.23 0.07 0.61 0.23 0.63 0.25 0.48 0.26 0.22 0.12 0.28 0.1 0.22 0.31 0.25 0.27 0.02 0.07 0.14 0.16 0.19 0.04 0.13 0.13 0.44
Bra028081 (MORC4)
 0.09 0.0 0.1 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028216 (LPPepsilon1)
 0.25 0.0 0.0 0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra029395 (PRLIP6)
 1.04 0.77 0.9 0.3 0.35 0.27 0.23 0.25 0.15 0.33 0.34 0.22 0.23 0.29 0.24 0.37 0.49 0.33 0.36 0.6 0.33 0.57 0.95 0.36 0.27 0.3 0.32 0.23 0.23 0.15 0.2
0.62 0.38 0.54 0.68 0.45 0.11 0.2 0.0 0.0 0.06 0.1 0.06 0.06 0.0 0.0 0.06 0.06 0.0 0.25 0.12 0.22 0.0 0.17 0.0 0.0 0.32 0.0 0.06 0.17 0.38 0.17
Bra029454 (MEKK4)
 0.01 0.0 0.05 0.03 0.04 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030545 (GRXS13)
 0.75 0.0 0.0 0.0 0.38 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.56
0.04 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031150 (MBD9)
 0.1 0.39 1.64 1.12 0.34 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.12 0.35 0.0 0.49 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.18 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.71 0.17 0.07 0.0 0.08 0.02 0.04 0.07 0.33 0.12 0.2 0.02 0.1 0.02 0.03 0.11 0.02 0.15 0.0 0.22 0.04 0.03 0.02 0.0 0.07 0.0 0.05 0.0 0.14 0.09 0.05
Bra032302 (UNE1)
 0.22 0.1 0.19 0.13 0.15 0.12 0.07 0.07 0.13 0.06 0.06 0.1 0.21 0.14 0.18 0.05 0.1 0.14 0.15 0.06 0.07 0.03 0.05 0.15 0.06 0.12 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07
Bra032438 (ADS1.2)
 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra033188 (REF6)
 0.03 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra034194 (SKIP19)
 0.09 0.03 0.0 0.0 0.09 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.13 0.01 0.0 0.0 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.0 0.0 0.06 0.0 0.03 0.0 0.01 0.01
2.31 0.06 2.4 1.2 0.05 0.0 0.19 0.43 0.12 0.0 0.84 0.51 0.48 0.14 0.6 0.06 0.7 0.22 0.0 0.23 0.45 0.05 0.39 0.83 1.39 1.31 1.29 0.58 0.9 0.89 0.88
0.1 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.22 0.11 0.5 0.46 0.26 0.78 0.55 0.07 0.78 0.11 0.8 0.13 0.72 0.27 0.36 0.18 0.36 0.09 0.33 1.01 0.41 0.2 0.0 0.13 0.33 0.0 0.2 0.47 0.07 0.15 0.65
0.05 0.04 0.0 0.04 0.02 0.03 0.02 0.0 0.06 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra037373 (NOP56)
 0.06 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0
0.05 0.02 0.05 0.0 0.07 0.1 0.05 0.01 0.13 0.01 0.07 0.1 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.01 0.0 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.0 0.14
Bra037693 (THAL)
 0.0 0.09 0.35 0.0 0.08 0.0 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04
Bra038770 (PUMPKIN)
 3.78 0.72 1.9 2.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.45 0.0 1.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.66 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039389 (SKS13)
 0.04 0.03 0.11 0.14 0.0 0.04 0.03 0.01 0.04 0.0 0.01 0.09 0.05 0.0 0.01 0.03 0.04 0.0 0.0 0.01 0.04 0.06 0.0 0.0 0.01 0.06 0.02 0.0 0.01 0.01 0.01
0.27 0.22 0.22 0.23 0.22 0.35 0.16 0.04 0.48 0.11 0.31 0.07 0.12 0.25 0.06 0.2 0.19 0.13 0.13 0.28 0.28 0.18 0.04 0.06 0.06 0.08 0.12 0.04 0.11 0.04 0.35
Bra039820 (MEL3)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.18 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.12 0.0 0.08 0.07 0.19 0.0 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.0 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.0 0.03 0.04 0.01 0.03
Bra040876 (SPA3)
 0.05 0.0 0.1 0.03 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.01 0.0 0.0 0.03 0.02 0.06 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra040944 (BSK7)
 0.04 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra041135 (ARS1)
 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)