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Heatmap: Cluster_193 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - -0.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.88 - - - - - - -0.23 -
Bra002525 (GASA10)
 - - - - - - - - - - - - 0.13 - - - - - - -1.51 - - 4.84 - - - -1.57 - - -0.71 -
Bra004511 (GulLO2)
 - - - - -2.35 - - -4.45 - -2.71 - -4.44 -0.06 - -4.12 -2.08 -3.27 0.56 -0.4 -2.69 - -0.5 4.6 - -3.34 -3.13 -1.9 -1.75 -0.75 - -0.91
Bra004833 (BGLU27)
 - - - - -5.03 -1.94 - - - -4.27 - - - - -2.68 - - -1.54 - -5.16 -4.15 -5.35 4.91 - - - - - -4.99 - -
Bra004869 (DAD1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra005197 (ZAT11)
 - -2.16 - - - -3.47 - -4.26 - -0.41 -4.58 -1.42 -2.27 - - -3.25 -4.29 0.17 - - - -0.27 4.75 - - -2.94 - - - - -3.42
-0.59 -2.08 1.74 0.06 -4.89 - - - - -4.91 - - -2.51 - - -4.6 - 0.17 - - - -3.79 4.57 -4.74 -3.74 - - - - - -1.69
Bra007332 (ADPG1)
 - - - - -6.24 -4.11 - - - - - - -4.21 - - - -3.88 -2.67 - - -4.77 -6.55 4.93 - -5.1 - -6.24 - -4.25 -4.29 -4.62
Bra007510 (SRG2)
 - - - - - - - - - - - - -5.89 - - - - -0.68 - - - -7.23 4.92 - - - - - - - -7.87
Bra009233 (TGA10)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - -0.11 - - - - 0.01 - - - - 4.86 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -0.31 - 0.43 - - - - 4.81 - - - - - - - -0.23
0.38 - - -1.61 -4.23 - - -3.43 -3.46 - - - -3.04 - -2.44 -1.1 -3.23 0.03 - -2.54 -2.64 - 4.62 -0.36 -2.53 -1.9 -4.1 -1.49 -3.31 -2.43 -1.54
Bra011710 (MCU4)
 -0.97 0.34 0.45 -1.29 -1.1 -0.9 -2.97 - -0.43 - -3.07 - -2.08 -1.01 -0.07 -2.71 -2.77 0.78 -1.06 -1.49 -1.99 -1.14 4.1 -1.33 - 0.46 - -2.08 -2.7 -0.35 -2.66
Bra011761 (CYP91A2)
 - - - - - -8.73 - -7.69 - - - - -3.85 - -8.48 - -8.63 -0.24 - -8.58 - - 4.91 - - - - - - - -5.68
- - - - - - - - - - - - - - - - - 0.96 - - - - 4.85 - - - - - - - -2.33
Bra013366 (AtS40-3)
 - - - - -4.52 - - -3.59 - -3.46 -3.09 - -1.56 -2.07 - -3.24 -4.35 -0.93 - - -4.43 -1.23 4.8 -1.51 -1.79 -2.76 -2.83 - - -4.43 -4.51
Bra013920 (AtCAPE4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra014588 (MTP8)
 -3.37 - - - -3.82 -2.78 - - -2.59 - - - -0.44 0.08 0.79 -4.52 -3.73 0.32 -3.29 -2.73 - - 4.66 - - - - - - - -2.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - 0.44 - - - - 4.89 - - - - - - - -
Bra015841 (PUP14)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra015987 (ORRM6)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - -3.29 - - 0.76 - - - - 4.86 - - - - - - -3.45 -3.38
Bra017132 (JOX4)
 -3.98 -3.01 - - -5.31 -4.44 - - - -0.28 - - - - -2.6 - - -1.56 - -5.35 - -3.15 4.86 - - - -3.64 -5.18 - - -3.61
Bra017153 (ATG1c)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra018069 (CYP71A22)
 - - - - - - - - - - 1.16 - - - - - - - - - - - 4.85 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - -0.95 - - - - - -1.4 - - - - 4.91 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra020092 (BCB)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra020981 (AtS40-3)
 - - -1.32 -3.78 -1.84 -1.65 -2.63 - -2.05 -3.06 -1.75 -2.8 -1.63 -1.96 - -2.59 -0.74 -0.37 -3.73 - -2.83 -2.98 4.64 - -0.21 - -2.29 -3.83 -2.34 -2.93 -2.92
- - - - - -2.2 -0.66 - - - - - 0.08 - -0.36 - - -0.63 - - - - 4.72 - - - - - -0.96 - -0.35
Bra021791 (ABS7)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.09 - - - - 4.85 - - - - - - - -
Bra021827 (CSLD1)
 - - - - -1.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 -0.07 - - - - - 0.03 -
Bra022142 (TDT)
 -4.53 -4.15 -1.72 -4.52 -2.23 -2.55 -1.08 -2.83 -2.38 -1.19 -3.87 -3.33 -1.25 -3.04 -0.75 -2.82 -1.62 -1.29 -1.7 -1.47 -0.41 0.12 4.48 -1.27 -1.34 -1.57 -1.76 -2.93 -1.8 -3.19 -5.29
Bra023122 (AtBBE8)
 - - - - - - - - - -4.49 - -7.87 -2.47 - - -7.63 - 1.16 - -7.85 - -7.04 4.83 - - - - - - - -7.73
Bra024368 (MYB53)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra024719 (AtBBE4)
 - -6.45 - - -6.92 -4.09 -8.03 - -7.06 -2.11 -3.66 -2.22 -3.3 - -7.68 -7.7 -6.09 0.03 - -4.84 - -0.52 4.83 - - - - - -7.62 - -
Bra025004 (TET1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra026320 (OMT1)
 - - - - - - - - - -2.36 - - - - - - - - - - -3.25 - 4.94 - - - - - - - -
Bra029117 (CYP715A1)
 - - -1.66 - - - - - - - - - -1.06 - - - - 0.19 - - - - 4.86 - - - - - - - -3.42
-4.03 -5.91 -2.5 -5.15 -1.47 -4.11 -2.38 -1.56 -3.5 -1.75 -0.57 -2.65 -0.37 -0.73 -1.17 -0.92 -0.89 -0.11 -2.94 -2.51 -2.97 -1.67 4.39 -1.56 -1.77 -1.8 -1.73 -2.44 -1.15 -0.93 -0.69
Bra030273 (WRKY59)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.82 - - - - - - 1.42 -
Bra031392 (BGLU46)
 - - - - - - - - - - - - -0.83 - - - - -0.81 - - - -4.27 4.9 - - - - -4.95 - - -
Bra031646 (HTA5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra031949 (SHG)
 -5.64 -3.6 - -5.64 -0.73 -0.06 -3.71 - -1.61 -2.28 -1.82 -2.85 -1.23 -0.31 0.0 -4.21 -3.34 0.26 -2.22 -2.81 -1.4 -2.51 4.44 -1.12 -3.09 -3.9 -1.9 -0.98 -1.21 -3.33 -2.64
Bra035627 (MIOX5)
 -1.08 - - - - - - - - - - - - - - - -2.43 -1.56 - - - - 4.9 - - - - - -2.29 - -
- - - - - - - - - - - - -0.42 - - - - 0.79 - - - - 4.83 - - - - - - - -
- -3.94 - - - - - - - - - - -1.99 - - - - -1.04 - - - - 4.92 - - - - - - - -
Bra037219 (CYP71B2)
 -4.32 - - - - - - - - -5.74 - - -2.5 - -5.38 - - -0.49 - - - -4.67 4.9 - - - - - -4.53 - -
Bra038569 (GES)
 - - - - -3.67 -0.85 -3.62 - -1.25 -0.92 -4.54 -2.37 -3.61 -2.23 -3.14 -4.14 -2.99 0.16 -3.52 -1.48 -2.33 -3.44 4.39 -0.19 -0.19 -3.99 -0.02 0.2 0.36 -2.42 -2.29
Bra039087 (LHT1)
 - - - - - 0.51 - - - - - - -0.5 - -3.1 - - - - - - - 4.83 - -2.26 - -3.33 - - - -
Bra039216 (IDS4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra039433 (SRP3)
 -0.28 0.27 0.35 -0.73 -2.01 -0.12 -0.67 -0.29 -0.96 -0.08 -1.42 -1.55 -0.14 -1.7 -0.62 -1.44 -4.1 0.71 -1.66 -1.41 -1.12 -0.91 3.67 - -3.24 0.71 -4.29 -1.82 0.03 -0.76 -2.09
Bra040338 (OFP14)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - -0.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.86 - -1.03 - - - - -0.38 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.