Heatmap: Cluster_75 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0002.00081 (SPL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.48	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0005.00026 (ASHR2)	0.26	2.12	0.84	0.07	-	-	0.75	-	-	-	-	-	-	1.56	0.82	-	-	-	-	-0.37	-	3.18	-	-	-	-	-	1.69	1.09	-
Spov3_C0007.00006 (GPAT9)	-	-	0.8	-	1.22	-	0.66	-	-	1.42	-	0.29	-	-	-	-	-	0.4	2.33	-	-	2.67	-	0.8	-	-	1.5	-	-	1.68
Spov3_C0011.00072 (PG2)	0.0	1.86	-	-	-	-	-	0.31	0.51	-	1.4	-	-	-	0.94	1.31	-	-	-	1.13	1.2	2.75	-	-	-	1.76	-	-	-	0.11
Spov3_C0022.00001	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.48	-	-	-	-	-	-	2.93	-
Spov3_C0022.00009 (PLDBETA2)	-	2.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.82	-	2.07	1.71	1.79	-	-	1.98	1.96
Spov3_C0052.00010	-	2.49	-	-	-	-	-	-	2.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.82	2.14	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0084.00001 (OPL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0398.00003	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0433.00003 (WOL)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0530.00002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1141.00006	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1203.00002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1268.00001	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1368.00001	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.01436	-	-	-	-	-	-	-	2.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.39	-	-	-	-	-	2.26	-	-
Spov3_chr1.01519	0.8	-	-	1.83	-	-	0.74	-	0.75	-	-	-	-	0.65	0.64	-	-	-	0.9	-	-	2.21	-	-	-	0.49	0.59	-	2.5	1.64
Spov3_chr1.01758 (SBT1.3)	-0.8	1.33	-0.22	-	-	-	-	-	0.75	-	-	-	1.27	2.21	-	-	0.83	-	-	1.57	0.1	2.17	-	0.4	-	0.53	-0.26	-0.83	0.49	0.55
Spov3_chr1.02460 (GRXC2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.76	-	4.04	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02522	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.66	-	2.64	-	-	-	-	-	3.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02667	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02681 (ROPGEF5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.03499	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01908	1.85	-	2.71	-	0.44	0.52	-	-	1.76	0.91	-	-	-	-	-	-	-	-	0.47	1.48	-	1.69	-	-	-	-	2.14	-	-	-
Spov3_chr2.02526 (ORF02)	-	-	-	-	-	-	-	1.47	-	1.71	-	-	-	-	-	1.66	-	-	-	1.44	-	3.52	2.73	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02892 (BSK6)	3.86	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05294 (TPS14)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01305	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02216 (SMR12)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02411 (PR2)	1.59	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.69	1.4	-	-	-	1.51	-	-	-	-	-	3.45	2.35	-	-	-	1.18	-	-	-
Spov3_chr3.02941	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03005	-	-	-	-	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-0.29	-	-	-	-	-	-	-	-	4.33	-	-	-	1.68	-	-	-	-
Spov3_chr3.03110 (RFO1)	2.36	2.45	1.18	-	0.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.51	2.48	-	-	-	-	2.17	-	1.17	-
Spov3_chr3.03431	-	-	3.01	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.21	-	2.19	-	-	-	-	-	3.02	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02339	-	-	-	-	1.37	0.24	-	-	0.55	-	0.68	2.04	0.57	-	-	-	-	-	2.61	-	-	2.78	-	-	-	1.3	1.11	-	-	-
Spov3_chr4.02505	-	-	-	-	-	-10.98	-	-	1.35	-	-	-2.68	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.43	-	-	-	1.86	-	-	3.69	-
Spov3_chr4.03722 (EIF3B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.61	-	-	4.15	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.04050 (PKSA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.04460	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.00840 (CYP718)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.05	-	-	1.16	-	-	1.28	1.17	-	-	2.55	-	3.35	1.25	-	-	-	-	1.38	-	-
Spov3_chr5.01393 (PFA4)	-	-	-	-	-	0.72	-	-	-	-	-	-	-	-	1.89	-	-	-	-	-	-	3.85	-	-	-	-	-	-	3.36	-
Spov3_chr5.03498	-	0.42	-	0.43	-	-	-	-	-	-	-	1.77	0.37	1.42	0.19	-	0.21	-	-	-	-	3.04	0.23	-	-	-	-	1.5	2.08	0.28
Spov3_chr5.03957	1.36	-0.64	1.02	-0.23	-0.83	-0.05	-0.15	-0.15	0.16	-	1.09	0.54	0.94	-0.36	0.05	-1.45	-1.39	-	0.48	1.3	-0.72	-	-0.19	-	-1.94	-0.5	1.28	0.86	-1.24	-1.27
Spov3_chr6.00379 (ORG2)	-	2.76	-	-	-	-	-	2.53	-	-	-	-	-	2.52	-	-	-	-	-	-	-	3.55	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01373 (BIR6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.42	-	-	-	-	-	-	-	3.09
Spov3_chr6.02031	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02462	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S01.00149	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.91	-	-	-	3.02	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.