Heatmap: Cluster_114 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000731 (RDO5)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.81 0.33 0.16 0.0 0.31 0.0 0.44 0.0 0.19 0.0 1.0 0.0 0.0 0.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001288 (RECA3)
0.33 0.33 0.43 0.42 0.62 0.51 0.37 0.53 0.43 0.36 0.45 0.38 0.46 1.0 0.7 0.34 0.45 0.39 0.31 0.43 0.35 0.33 0.4 0.31 0.28 0.23 0.3 0.26 0.38 0.33 0.55
Bra001630 (RK3)
0.49 0.7 0.0 0.0 0.5 0.49 0.26 0.58 0.73 0.0 1.0 0.36 0.08 0.81 0.98 0.17 0.0 0.43 0.14 0.15 0.08 0.28 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.3 0.05 0.11 0.07 0.07 0.13 0.1 0.07 0.25 0.6 0.09 0.25 0.05 0.69 1.0 0.14 0.09 0.93 0.4 0.13 0.1 0.12 0.19 0.2 0.2 0.07 0.15 0.06 0.1 0.07 0.17
Bra002970 (HTA1)
0.05 0.09 0.1 0.04 0.3 0.42 0.08 0.07 0.22 0.15 0.14 0.13 0.21 0.52 0.93 0.24 0.13 0.75 0.2 0.12 0.1 0.23 1.0 0.08 0.1 0.05 0.08 0.08 0.11 0.07 0.07
Bra003720 (ATL8)
0.0 0.0 0.02 0.01 0.18 0.11 0.06 0.06 0.44 0.08 0.14 0.23 0.22 0.59 1.0 0.19 0.27 0.52 0.3 0.07 0.12 0.03 0.12 0.23 0.17 0.04 0.08 0.09 0.07 0.12 0.3
Bra003837 (ZW9)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.59 1.0 0.06 0.0 0.93 0.0 0.15 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra004180 (RK3)
0.39 0.12 0.17 0.0 0.3 0.31 0.17 0.49 0.4 0.0 0.21 0.32 0.34 1.0 1.0 0.11 0.0 0.19 0.22 0.05 0.17 0.08 0.39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.06 0.09 0.04 0.41 0.04 0.07 0.1 0.58 1.0 0.72 0.0 0.16 0.07 0.04 0.07 0.1 0.06 0.11 0.06 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.15
Bra004756 (INT1)
0.23 0.08 0.0 0.0 0.07 0.35 0.13 0.16 0.27 0.23 0.23 0.26 0.22 0.94 1.0 0.5 0.31 0.56 0.44 0.25 0.14 0.16 0.34 0.2 0.24 0.12 0.19 0.05 0.17 0.11 0.43
Bra005367 (ORC1A)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.42 0.0 0.44 1.0 0.0 0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.26 0.0 0.0 0.0 0.42 0.5 0.07 0.08 0.16 0.26 0.1 0.15 0.7 1.0 0.93 0.2 0.33 0.45 0.49 0.0 0.14 0.05 0.0 0.3 0.13 0.03 0.08 0.23 0.0 0.03 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.08 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 1.0 0.0 0.0 0.98 0.0 0.0 0.0 0.01 0.69 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.03 0.01 0.02
Bra005911 (LEA4-5)
0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.17 0.25 0.06 0.04 0.07 0.1 0.04 0.09 0.92 1.0 0.35 0.28 0.8 0.17 0.11 0.05 0.12 0.21 0.0 0.08 0.0 0.06 0.02 0.01 0.02 0.08
0.28 0.21 0.17 0.14 0.45 0.55 0.24 0.16 0.4 0.45 0.41 0.42 0.39 1.0 0.82 0.65 0.42 0.83 0.51 0.51 0.59 0.53 0.64 0.61 0.58 0.24 0.49 0.28 0.34 0.35 0.46
Bra006721 (LTP3)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.15 0.13 0.14 0.17 0.64 0.6 0.27 0.05 1.0 0.4 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.0 0.01 0.02 0.16
Bra007869 (ZFHD1)
0.07 0.01 0.07 0.03 0.28 0.12 0.11 0.06 0.27 0.15 0.13 0.21 0.28 0.8 1.0 0.38 0.08 0.69 0.34 0.12 0.07 0.04 0.41 0.13 0.18 0.17 0.15 0.2 0.22 0.08 0.47
0.22 0.22 0.28 0.38 0.67 0.96 0.85 0.44 0.51 0.46 0.47 0.43 0.53 0.97 1.0 0.55 0.44 0.71 0.49 0.5 0.42 0.46 0.52 0.56 0.42 0.4 0.41 0.5 0.58 0.42 0.59
0.4 0.32 0.24 0.25 0.72 0.62 0.28 0.44 0.47 0.61 0.56 0.43 0.57 0.81 1.0 0.55 0.42 0.82 0.56 0.4 0.43 0.31 0.87 0.45 0.51 0.38 0.41 0.53 0.62 0.49 0.64
Bra011638 (RPB1)
0.12 0.05 0.09 0.06 0.21 0.15 0.11 0.12 0.26 0.18 0.22 0.19 0.43 0.74 1.0 0.36 0.2 0.49 0.31 0.2 0.14 0.17 0.2 0.11 0.1 0.1 0.09 0.13 0.14 0.09 0.13
0.03 0.0 0.22 0.02 0.16 0.19 0.03 0.02 0.05 0.2 0.06 0.0 0.02 1.0 0.7 0.0 0.03 0.11 0.14 0.0 0.12 0.0 0.15 0.55 0.25 0.27 0.35 0.13 0.24 0.05 0.13
0.02 0.0 0.01 0.01 0.1 0.08 0.01 0.0 0.05 0.1 0.05 0.07 0.07 0.62 0.43 0.02 0.05 1.0 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.08 0.11 0.02 0.13 0.07 0.26 0.03
Bra012286 (FAF3)
0.06 0.0 0.05 0.0 0.24 0.15 0.04 0.0 0.02 0.07 0.13 0.1 0.03 0.78 1.0 0.17 0.03 0.51 0.3 0.12 0.39 0.03 0.14 0.0 0.11 0.08 0.0 0.14 0.23 0.05 0.0
Bra012684 (EXPR)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.02 0.61 1.0 0.08 0.0 0.2 0.09 0.04 0.01 0.0 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.17
Bra012851 (DGAT2)
0.07 0.2 0.16 0.02 0.32 0.16 0.19 0.23 0.27 0.13 0.13 0.24 0.34 0.6 1.0 0.25 0.1 0.54 0.31 0.27 0.36 0.13 0.56 0.29 0.28 0.23 0.44 0.27 0.37 0.4 0.66
Bra013253 (HSFC1)
0.09 0.22 0.27 0.22 0.19 0.15 0.1 0.09 0.17 0.18 0.24 0.12 0.15 0.62 1.0 0.25 0.16 0.76 0.18 0.21 0.18 0.35 0.04 0.07 0.11 0.16 0.12 0.02 0.09 0.17 0.18
0.01 0.01 0.01 0.0 0.15 0.42 0.17 0.06 0.28 0.16 0.25 0.14 0.13 0.79 0.66 0.51 0.28 0.53 1.0 0.33 0.18 0.25 0.23 0.53 0.4 0.2 0.36 0.19 0.18 0.09 0.17
0.0 0.0 0.14 0.0 0.09 0.37 0.05 0.0 0.06 0.0 0.06 0.08 0.03 0.77 1.0 0.03 0.13 0.03 0.0 0.18 0.09 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.03 0.03
Bra015892 (GALT5)
0.46 0.47 0.43 0.38 0.83 0.63 0.42 0.53 0.49 0.47 0.51 0.41 0.44 0.9 0.82 0.51 0.44 1.0 0.78 0.48 0.48 0.43 0.58 0.51 0.51 0.44 0.45 0.55 0.58 0.55 0.61
Bra018948 (CNA)
0.34 0.32 0.41 0.27 0.39 0.36 0.35 0.25 0.46 0.39 0.36 0.36 0.7 0.59 1.0 0.5 0.32 0.46 0.4 0.33 0.3 0.32 0.64 0.48 0.57 0.51 0.47 0.43 0.47 0.48 0.65
0.06 0.0 0.23 0.0 0.05 0.25 0.2 0.0 0.15 0.0 0.0 0.11 0.08 0.61 0.9 0.41 0.21 1.0 0.34 0.13 0.22 0.1 0.07 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.09 0.05 0.17
Bra019200 (HVA22D)
0.19 0.14 0.11 0.23 0.44 0.69 0.63 0.28 0.29 0.18 0.25 0.38 0.33 0.76 0.92 0.32 0.36 1.0 0.41 0.24 0.32 0.18 0.54 0.34 0.26 0.22 0.25 0.22 0.29 0.32 0.36
0.02 0.07 0.11 0.07 0.3 0.11 0.07 0.0 0.31 0.12 0.17 0.11 0.18 0.57 0.49 0.15 0.05 1.0 0.46 0.1 0.02 0.08 0.18 0.4 0.11 0.15 0.22 0.32 0.29 0.3 0.36
0.01 0.17 0.03 0.07 0.44 0.17 0.15 0.11 0.25 0.21 0.18 0.15 0.2 0.71 0.9 0.31 0.1 1.0 0.53 0.05 0.13 0.09 0.17 0.12 0.31 0.07 0.16 0.23 0.16 0.25 0.32
Bra020323 (LTP4)
0.04 0.0 0.01 0.0 0.29 0.07 0.06 0.01 0.36 0.22 0.23 0.42 0.2 0.76 0.94 0.27 0.13 0.82 1.0 0.16 0.09 0.13 0.05 0.28 0.23 0.16 0.27 0.04 0.07 0.19 0.51
Bra020892 (ATM4)
0.03 0.04 0.0 0.02 0.11 0.04 0.13 0.15 0.01 0.0 0.04 0.03 0.04 0.62 1.0 0.21 0.06 0.63 0.17 0.06 0.03 0.02 0.28 0.12 0.0 0.0 0.07 0.05 0.04 0.02 0.06
Bra020925 (VPS2.2)
0.51 0.57 0.61 0.49 0.72 0.67 0.41 0.41 0.6 0.49 0.49 0.5 0.68 0.98 1.0 0.55 0.53 0.72 0.59 0.53 0.56 0.58 0.58 0.55 0.53 0.52 0.54 0.52 0.63 0.48 0.65
0.06 0.06 0.03 0.06 0.29 0.5 0.24 0.19 0.39 0.23 0.25 0.17 0.48 1.0 0.76 0.7 0.36 0.54 0.42 0.24 0.27 0.31 0.48 0.29 0.28 0.28 0.25 0.26 0.3 0.23 0.34
0.11 0.23 0.25 0.14 0.37 0.31 0.07 0.05 0.36 0.22 0.11 0.12 0.1 0.91 0.74 0.22 0.16 1.0 0.13 0.22 0.27 0.25 0.68 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.16 0.13 0.06
Bra021187 (TCTP1)
0.11 0.09 0.15 0.2 0.29 0.25 0.12 0.16 0.38 0.23 0.19 0.16 0.41 0.28 1.0 0.13 0.28 0.48 0.16 0.42 0.36 0.15 0.4 0.25 0.25 0.23 0.24 0.2 0.31 0.24 0.5
Bra021367 (GOT1)
0.04 0.04 0.05 0.0 0.41 0.66 0.0 0.01 0.14 0.03 0.03 0.01 0.07 0.62 1.0 0.05 0.03 0.95 0.15 0.02 0.05 0.11 0.75 0.18 0.01 0.0 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05
Bra021388 (GolS1)
0.01 0.34 0.0 0.0 0.17 0.22 0.22 0.16 0.22 0.14 0.19 0.17 0.3 1.0 0.9 0.21 0.27 0.54 0.48 0.37 0.08 0.24 0.25 0.08 0.12 0.04 0.1 0.1 0.17 0.08 0.18
Bra021594 (ERF4)
0.09 0.03 0.05 0.04 0.27 0.56 0.19 0.13 0.27 0.16 0.19 0.08 0.21 0.97 0.83 0.92 0.33 1.0 0.59 0.34 0.26 0.29 0.15 0.27 0.19 0.16 0.17 0.21 0.26 0.15 0.2
0.0 0.17 0.0 0.0 0.26 0.24 0.0 0.0 0.22 0.0 0.32 0.06 0.21 0.63 1.0 0.72 0.13 0.76 0.28 0.06 0.13 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022512 (DIG2)
0.04 0.01 0.03 0.0 0.21 0.33 0.17 0.09 0.06 0.11 0.1 0.12 0.21 0.64 1.0 0.34 0.21 0.86 0.33 0.26 0.17 0.17 0.78 0.13 0.15 0.03 0.07 0.14 0.12 0.1 0.15
0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.27 1.0 0.55 0.0 0.08 0.0 0.36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.27 0.0 0.08 0.0
Bra025545 (DIL3)
0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.19 0.18 0.06 0.2 0.09 0.09 0.16 0.16 0.68 1.0 0.39 0.34 0.94 0.22 0.24 0.13 0.12 0.09 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.2
Bra026347 (CBSX5)
0.08 0.07 0.1 0.02 0.38 0.39 0.11 0.15 0.17 0.24 0.13 0.27 0.15 0.81 0.85 0.33 0.48 1.0 0.19 0.27 0.19 0.11 0.13 0.15 0.08 0.25 0.16 0.06 0.05 0.1 0.32
Bra026614 (c-NAD-MDH3)
0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.04 0.0 0.0 0.13 0.0 0.06 0.17 0.58 1.0 0.16 0.2 0.61 0.3 0.05 0.19 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra027336 (SIS7)
0.11 0.07 0.06 0.02 0.24 0.32 0.09 0.04 0.14 0.08 0.09 0.07 0.03 0.46 1.0 0.09 0.09 0.43 0.26 0.13 0.12 0.1 0.87 0.14 0.12 0.01 0.13 0.15 0.22 0.19 0.09
0.0 0.0 0.0 0.01 0.05 0.05 0.0 0.03 0.15 0.04 0.04 0.09 0.18 1.0 0.69 0.07 0.07 0.77 0.32 0.11 0.04 0.02 0.19 0.07 0.04 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.08
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.01 0.19 0.0 0.02 0.2 0.76 0.02 0.34 1.0 0.0 0.14 0.45 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031507 (ERD6)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.44 0.52 0.0 0.0 0.22 0.04 0.0 0.09 0.05 1.0 0.63 0.16 0.06 0.17 0.25 0.2 0.09 0.04 0.0 0.45 0.0 0.0 0.25 0.06 0.0 0.06 0.14
0.04 0.03 0.12 0.05 0.19 0.14 0.05 0.0 0.04 0.01 0.1 0.14 0.11 0.16 1.0 0.15 0.2 0.2 0.18 0.14 0.22 0.13 0.28 0.37 0.31 0.21 0.29 0.27 0.28 0.17 0.2
Bra033283 (KCS1)
0.02 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.02 0.02 0.17 0.02 0.06 0.12 0.47 1.0 0.78 0.09 0.06 0.96 0.19 0.11 0.02 0.04 0.33 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.04
Bra033299 (NAC005)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.84 1.0 0.0 0.0 0.84 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.07 0.05 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra033665 (QWRF9)
0.08 0.01 0.1 0.02 0.3 0.22 0.07 0.07 0.18 0.09 0.12 0.1 0.18 1.0 0.98 0.21 0.12 0.26 0.12 0.18 0.13 0.09 0.18 0.05 0.11 0.04 0.06 0.04 0.1 0.03 0.09
Bra033856 (PRR1)
0.31 0.2 0.23 0.31 0.42 0.51 0.7 0.29 0.22 0.32 0.29 0.31 0.79 0.9 1.0 0.43 0.51 0.34 0.47 0.32 0.27 0.2 0.88 0.69 0.74 0.64 0.53 0.47 0.5 0.53 0.88
Bra033996 (CAM9)
0.21 0.26 0.4 0.21 0.41 0.61 0.35 0.44 0.36 0.33 0.36 0.16 0.49 1.0 0.59 0.3 0.35 0.25 0.38 0.63 0.26 0.38 0.66 0.19 0.19 0.14 0.19 0.17 0.16 0.14 0.24
0.29 0.22 0.2 0.2 0.31 0.37 0.2 0.26 0.3 0.27 0.31 0.32 0.35 0.58 1.0 0.4 0.36 0.59 0.35 0.3 0.22 0.24 0.21 0.22 0.2 0.2 0.19 0.19 0.22 0.29 0.36
Bra036210 (AFP3)
0.15 0.07 0.09 0.03 0.27 0.22 0.13 0.05 0.2 0.16 0.11 0.13 0.1 0.2 0.87 0.37 0.25 0.73 0.22 0.16 0.19 0.18 1.0 0.23 0.18 0.04 0.18 0.1 0.11 0.21 0.35
Bra036238 (FAF1)
0.1 0.0 0.0 0.0 0.64 0.21 0.0 0.08 0.07 0.05 0.09 0.22 0.0 0.44 0.55 0.0 0.02 0.98 1.0 0.48 0.1 0.17 0.0 0.35 0.25 0.0 0.02 0.34 0.32 0.13 0.0
0.05 0.05 0.1 0.0 0.24 0.08 0.13 0.23 0.37 0.08 0.35 0.19 0.17 0.71 1.0 0.0 0.16 1.0 0.9 0.04 0.07 0.08 0.4 0.11 0.04 0.27 0.0 0.0 0.05 0.0 0.41
Bra036924 (DSEL)
0.29 0.24 0.19 0.17 0.54 0.25 0.22 0.36 0.45 0.2 0.22 0.1 0.58 1.0 0.61 0.33 0.54 0.17 0.45 0.37 0.09 0.16 0.16 0.11 0.13 0.13 0.14 0.14 0.06 0.13 0.15
Bra037191 (STR16)
0.21 0.06 0.08 0.09 0.12 0.15 0.17 0.25 0.33 0.24 0.29 0.26 0.3 0.59 0.54 0.31 0.2 1.0 0.36 0.26 0.2 0.3 0.27 0.2 0.18 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.18
Bra037233 (AR411)
0.0 0.1 0.25 0.08 0.18 0.0 0.15 0.01 0.0 0.41 0.11 0.26 0.24 0.87 1.0 0.07 0.69 0.54 0.0 0.0 0.0 0.45 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.1 0.07 0.03 0.0
Bra037372 (XRCC3)
0.04 0.09 0.0 0.12 0.22 0.13 0.06 0.03 0.0 0.0 0.07 0.03 0.2 0.0 1.0 0.12 0.36 0.78 0.59 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.14 0.13 0.0 0.12 0.07 0.08 0.38
0.12 0.3 0.24 0.04 0.3 0.6 0.22 0.18 0.37 0.32 0.18 0.27 0.26 1.0 0.62 0.5 0.35 0.38 0.37 0.46 0.41 0.3 0.78 0.22 0.14 0.15 0.15 0.2 0.16 0.21 0.32
Bra039187 (CYP96A1)
0.01 0.0 0.0 0.0 0.14 0.13 0.03 0.06 0.02 0.1 0.11 0.04 0.27 0.69 1.0 0.1 0.08 0.49 0.28 0.05 0.06 0.04 0.12 0.1 0.16 0.1 0.05 0.34 0.25 0.19 0.11
0.01 0.04 0.04 0.12 0.26 0.35 0.22 0.16 0.12 0.3 0.16 0.16 0.26 1.0 0.86 0.28 0.32 0.4 0.31 0.38 0.25 0.23 0.14 0.13 0.1 0.24 0.1 0.06 0.11 0.11 0.07
Bra039917 (SRS4)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.19 0.02 0.02 0.13 0.04 0.04 0.1 0.62 1.0 0.8 0.06 0.23 0.18 0.21 0.11 0.06 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039956 (RAB28)
0.12 0.07 0.13 0.02 0.09 0.17 0.26 0.35 0.3 0.1 0.34 0.26 0.27 0.64 1.0 0.17 0.26 0.79 0.33 0.21 0.12 0.22 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
0.08 0.0 0.01 0.01 0.32 0.33 0.06 0.09 0.22 0.05 0.13 0.09 0.06 0.68 1.0 0.28 0.17 0.51 0.13 0.15 0.07 0.16 0.04 0.14 0.09 0.0 0.02 0.07 0.19 0.13 0.13

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)