Heatmap: Cluster_114 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000731 (RDO5)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.02 0.01 0.0 0.02 0.0 0.03 0.0 0.01 0.0 0.07 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra001288 (RECA3)
3.44 3.4 4.41 4.39 6.47 5.3 3.83 5.53 4.5 3.75 4.69 3.98 4.81 10.36 7.22 3.48 4.64 4.04 3.22 4.42 3.65 3.39 4.19 3.2 2.88 2.33 3.12 2.71 3.96 3.45 5.67
Bra001630 (RK3)
0.03 0.04 0.0 0.0 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.0 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.0 0.03 0.01 0.01 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
8.41 1.35 3.04 1.88 1.9 3.74 2.83 2.05 7.03 17.02 2.62 7.08 1.28 19.47 28.36 3.83 2.65 26.34 11.3 3.7 2.7 3.33 5.25 5.65 5.54 1.98 4.21 1.71 2.73 1.93 4.88
Bra002970 (HTA1)
4.12 7.13 7.83 3.22 22.62 31.25 6.26 5.03 16.19 11.08 10.85 10.07 15.46 38.87 69.86 18.28 9.45 56.6 15.11 9.25 7.2 17.18 75.2 6.25 7.85 3.59 5.79 6.03 8.04 4.95 5.37
Bra003720 (ATL8)
0.0 0.0 0.06 0.05 0.68 0.39 0.23 0.21 1.62 0.28 0.51 0.84 0.82 2.18 3.7 0.69 0.99 1.91 1.11 0.27 0.44 0.12 0.43 0.87 0.64 0.15 0.3 0.32 0.28 0.43 1.1
Bra003837 (ZW9)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.12 0.21 0.01 0.0 0.19 0.0 0.03 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra004180 (RK3)
0.31 0.1 0.13 0.0 0.24 0.25 0.14 0.38 0.32 0.0 0.17 0.25 0.27 0.79 0.79 0.09 0.0 0.15 0.17 0.04 0.14 0.06 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.13 0.23 0.16 0.0 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03
Bra004756 (INT1)
1.25 0.42 0.01 0.03 0.4 1.89 0.71 0.87 1.5 1.27 1.26 1.45 1.18 5.11 5.46 2.72 1.67 3.05 2.38 1.38 0.76 0.88 1.85 1.1 1.3 0.66 1.02 0.27 0.91 0.61 2.35
Bra005367 (ORC1A)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.15 0.35 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.4 0.0 0.0 0.0 0.63 0.76 0.11 0.12 0.24 0.39 0.15 0.22 1.06 1.51 1.41 0.29 0.51 0.67 0.74 0.0 0.21 0.08 0.0 0.45 0.19 0.04 0.13 0.34 0.0 0.04 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.66 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.87 7.78 0.0 0.0 7.65 0.0 0.0 0.0 0.06 5.4 0.11 0.0 0.09 0.0 0.15 0.2 0.05 0.16
Bra005911 (LEA4-5)
0.13 0.29 0.39 0.08 0.37 1.13 1.65 0.38 0.24 0.43 0.63 0.28 0.56 6.0 6.55 2.3 1.86 5.21 1.11 0.71 0.31 0.76 1.39 0.03 0.52 0.0 0.38 0.12 0.04 0.1 0.56
36.09 27.01 21.32 18.13 58.22 70.43 30.16 20.29 51.14 58.1 52.54 54.33 50.08 128.24 105.73 82.91 54.45 106.35 65.19 65.1 76.28 68.01 81.45 77.75 73.78 30.5 62.63 35.52 43.43 44.77 58.63
Bra006721 (LTP3)
0.33 0.17 0.0 0.0 25.95 12.13 23.96 8.94 172.74 149.66 127.97 132.75 160.67 617.17 579.65 265.63 51.01 971.87 389.64 35.21 6.79 13.8 56.45 25.17 8.46 16.93 26.75 0.64 6.94 16.13 154.84
Bra007869 (ZFHD1)
0.18 0.02 0.2 0.09 0.75 0.33 0.29 0.17 0.71 0.4 0.35 0.57 0.75 2.16 2.68 1.02 0.21 1.84 0.92 0.33 0.17 0.11 1.09 0.36 0.49 0.47 0.39 0.53 0.59 0.23 1.25
0.77 0.75 0.95 1.29 2.29 3.29 2.9 1.51 1.74 1.58 1.61 1.49 1.82 3.32 3.42 1.89 1.51 2.44 1.67 1.7 1.42 1.56 1.76 1.93 1.43 1.39 1.41 1.72 1.97 1.43 2.02
1.47 1.17 0.89 0.9 2.63 2.25 1.01 1.59 1.72 2.24 2.02 1.58 2.09 2.95 3.65 2.01 1.53 3.0 2.03 1.47 1.55 1.13 3.19 1.66 1.87 1.39 1.5 1.94 2.26 1.78 2.32
Bra011638 (RPB1)
0.16 0.07 0.12 0.08 0.3 0.21 0.15 0.16 0.36 0.26 0.3 0.26 0.61 1.03 1.39 0.5 0.28 0.68 0.43 0.27 0.2 0.23 0.27 0.15 0.14 0.14 0.13 0.18 0.19 0.13 0.18
0.03 0.0 0.25 0.02 0.18 0.21 0.04 0.02 0.05 0.23 0.07 0.0 0.02 1.13 0.79 0.0 0.03 0.13 0.15 0.0 0.14 0.0 0.17 0.62 0.28 0.3 0.39 0.14 0.27 0.06 0.14
0.04 0.0 0.02 0.03 0.25 0.2 0.02 0.0 0.12 0.26 0.13 0.18 0.18 1.62 1.12 0.06 0.14 2.6 0.07 0.05 0.03 0.09 0.15 0.33 0.21 0.28 0.04 0.34 0.18 0.69 0.09
Bra012286 (FAF3)
0.23 0.0 0.22 0.0 0.96 0.61 0.17 0.0 0.1 0.29 0.51 0.42 0.13 3.16 4.03 0.67 0.11 2.08 1.23 0.47 1.56 0.12 0.57 0.0 0.44 0.32 0.0 0.56 0.94 0.21 0.0
Bra012684 (EXPR)
0.04 0.0 0.07 0.0 0.81 1.44 0.12 0.31 0.14 0.17 0.22 0.05 0.48 13.88 22.66 1.75 0.1 4.52 2.07 0.85 0.25 0.1 0.33 1.5 1.23 0.98 0.98 0.51 1.59 0.93 3.84
Bra012851 (DGAT2)
0.18 0.51 0.41 0.04 0.83 0.42 0.5 0.6 0.71 0.35 0.34 0.62 0.88 1.55 2.58 0.64 0.26 1.4 0.8 0.71 0.92 0.33 1.46 0.76 0.73 0.6 1.13 0.7 0.95 1.03 1.69
Bra013253 (HSFC1)
0.35 0.83 1.02 0.84 0.71 0.55 0.39 0.35 0.64 0.7 0.9 0.46 0.56 2.35 3.78 0.95 0.6 2.89 0.7 0.79 0.7 1.31 0.17 0.25 0.41 0.6 0.46 0.09 0.34 0.66 0.68
42.52 29.12 18.34 12.98 516.44 1487.0 586.15 205.47 982.77 571.0 896.2 507.99 467.14 2807.69 2335.3 1826.4 996.79 1881.22 3548.22 1165.82 625.5 895.1 821.87 1885.67 1419.82 717.42 1282.95 684.81 645.21 315.45 603.84
0.0 0.0 0.12 0.0 0.08 0.32 0.05 0.0 0.05 0.0 0.05 0.07 0.03 0.68 0.88 0.03 0.11 0.02 0.0 0.16 0.08 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.03 0.03
Bra015892 (GALT5)
4.13 4.15 3.84 3.35 7.41 5.63 3.74 4.73 4.32 4.16 4.51 3.61 3.93 7.99 7.26 4.54 3.95 8.89 6.91 4.25 4.26 3.86 5.11 4.51 4.52 3.89 4.04 4.86 5.16 4.86 5.45
Bra018948 (CNA)
2.32 2.14 2.79 1.81 2.62 2.48 2.35 1.7 3.09 2.66 2.41 2.47 4.76 4.03 6.78 3.37 2.16 3.15 2.7 2.25 2.05 2.19 4.36 3.24 3.86 3.47 3.22 2.93 3.2 3.29 4.4
0.01 0.0 0.05 0.0 0.01 0.05 0.04 0.0 0.03 0.0 0.0 0.02 0.02 0.13 0.2 0.09 0.05 0.22 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.04
Bra019200 (HVA22D)
6.72 4.96 3.89 8.25 15.78 24.58 22.32 9.98 10.25 6.36 8.89 13.46 11.67 27.11 32.91 11.41 12.66 35.64 14.59 8.39 11.27 6.29 19.39 12.16 9.38 7.82 9.07 7.67 10.18 11.31 12.89
0.05 0.17 0.26 0.16 0.71 0.27 0.16 0.0 0.71 0.28 0.39 0.25 0.43 1.34 1.14 0.35 0.12 2.34 1.07 0.22 0.04 0.2 0.42 0.93 0.26 0.34 0.52 0.75 0.68 0.7 0.84
0.05 0.63 0.12 0.26 1.61 0.63 0.54 0.41 0.91 0.78 0.66 0.55 0.72 2.6 3.28 1.14 0.37 3.63 1.93 0.18 0.49 0.34 0.63 0.44 1.12 0.26 0.57 0.84 0.6 0.91 1.18
Bra020323 (LTP4)
11.74 1.56 3.33 0.96 96.38 24.43 18.95 4.17 120.33 74.11 76.81 141.96 67.1 252.84 313.74 89.8 42.78 275.19 334.28 52.75 30.15 44.63 17.52 94.96 78.26 52.66 89.7 13.15 22.14 62.69 170.48
Bra020892 (ATM4)
0.03 0.04 0.0 0.02 0.1 0.04 0.12 0.14 0.01 0.0 0.04 0.03 0.03 0.58 0.94 0.2 0.05 0.59 0.16 0.05 0.03 0.02 0.26 0.11 0.0 0.0 0.07 0.05 0.03 0.02 0.06
Bra020925 (VPS2.2)
11.58 13.12 14.04 11.24 16.43 15.24 9.31 9.33 13.7 11.34 11.27 11.57 15.5 22.38 22.91 12.51 12.2 16.61 13.46 12.24 12.81 13.4 13.36 12.52 12.23 11.84 12.32 12.0 14.5 11.1 14.8
1.08 0.98 0.49 1.13 4.96 8.62 4.16 3.24 6.84 3.97 4.31 3.0 8.36 17.39 13.14 12.16 6.28 9.47 7.31 4.25 4.74 5.32 8.36 5.01 4.88 4.83 4.37 4.45 5.27 3.94 5.86
2.07 4.15 4.55 2.51 6.85 5.63 1.34 0.91 6.53 3.99 2.01 2.14 1.78 16.62 13.49 4.06 2.84 18.28 2.4 3.94 4.98 4.52 12.36 1.56 1.52 1.56 1.52 2.25 2.97 2.33 1.1
Bra021187 (TCTP1)
191.56 147.16 251.74 347.86 500.69 432.42 204.98 269.65 655.96 400.01 335.75 277.24 697.5 479.24 1722.2 215.31 486.83 828.92 281.0 728.17 624.89 266.59 684.8 425.71 423.56 396.21 407.19 349.82 540.31 414.69 865.04
Bra021367 (GOT1)
0.32 0.33 0.38 0.0 3.29 5.35 0.0 0.08 1.14 0.22 0.26 0.08 0.56 5.0 8.05 0.42 0.22 7.66 1.24 0.12 0.4 0.93 6.07 1.42 0.08 0.0 0.2 0.39 0.76 0.08 0.39
Bra021388 (GolS1)
0.04 1.15 0.0 0.01 0.59 0.75 0.74 0.56 0.75 0.48 0.66 0.57 1.01 3.41 3.08 0.7 0.9 1.85 1.64 1.26 0.28 0.83 0.87 0.27 0.4 0.14 0.32 0.33 0.59 0.27 0.62
Bra021594 (ERF4)
1.31 0.43 0.8 0.64 3.99 8.3 2.77 1.87 4.09 2.32 2.9 1.26 3.11 14.49 12.41 13.74 4.88 14.93 8.87 5.08 3.84 4.31 2.31 4.04 2.84 2.32 2.55 3.07 3.86 2.22 2.94
0.0 0.04 0.0 0.0 0.07 0.06 0.0 0.0 0.06 0.0 0.08 0.01 0.05 0.16 0.26 0.19 0.03 0.2 0.07 0.02 0.03 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022512 (DIG2)
0.17 0.07 0.13 0.02 0.99 1.53 0.8 0.44 0.3 0.51 0.47 0.57 1.0 3.0 4.66 1.6 0.98 4.03 1.54 1.22 0.81 0.8 3.63 0.61 0.71 0.16 0.33 0.65 0.57 0.47 0.69
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.3 0.17 0.0 0.02 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.02 0.0
Bra025545 (DIL3)
0.41 0.63 0.35 0.22 1.18 2.64 2.41 0.88 2.69 1.26 1.29 2.11 2.13 9.24 13.58 5.26 4.56 12.81 3.01 3.19 1.82 1.61 1.17 0.6 0.91 0.52 0.45 0.43 0.87 0.96 2.7
Bra026347 (CBSX5)
0.09 0.08 0.11 0.02 0.43 0.44 0.12 0.17 0.19 0.27 0.14 0.31 0.17 0.91 0.95 0.37 0.54 1.12 0.21 0.3 0.21 0.12 0.15 0.16 0.09 0.28 0.17 0.07 0.06 0.11 0.36
Bra026614 (c-NAD-MDH3)
0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.08 0.0 0.0 0.28 0.0 0.13 0.38 1.29 2.23 0.36 0.44 1.37 0.67 0.11 0.43 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra027336 (SIS7)
1.04 0.64 0.59 0.15 2.21 2.87 0.77 0.33 1.3 0.77 0.81 0.66 0.25 4.18 9.1 0.85 0.79 3.9 2.36 1.19 1.1 0.95 7.94 1.23 1.1 0.12 1.22 1.4 2.03 1.76 0.78
0.0 0.0 0.0 0.04 0.4 0.39 0.0 0.23 1.22 0.33 0.33 0.74 1.46 8.09 5.62 0.53 0.59 6.24 2.6 0.89 0.35 0.14 1.52 0.57 0.29 0.24 0.11 0.43 0.56 0.68 0.64
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.01 0.14 0.0 0.01 0.15 0.56 0.02 0.26 0.74 0.0 0.1 0.33 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031507 (ERD6)
0.0 0.0 0.0 0.0 3.12 3.7 0.0 0.0 1.59 0.32 0.0 0.61 0.32 7.1 4.49 1.15 0.39 1.2 1.79 1.45 0.67 0.3 0.0 3.21 0.0 0.0 1.81 0.41 0.0 0.43 0.96
3.81 2.68 11.34 4.92 18.06 13.65 5.28 0.27 4.32 1.23 9.38 13.35 10.67 15.58 97.59 15.0 19.6 19.63 17.31 13.83 21.78 12.82 27.59 35.95 29.87 20.47 28.36 26.46 27.11 16.8 19.98
Bra033283 (KCS1)
0.05 0.05 0.22 0.15 0.32 0.28 0.04 0.04 0.45 0.06 0.17 0.31 1.23 2.62 2.05 0.24 0.16 2.51 0.49 0.3 0.04 0.09 0.87 0.04 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.11
Bra033299 (NAC005)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.04 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 1.62 1.94 0.0 0.0 1.63 0.03 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.14 0.09 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0
Bra033665 (QWRF9)
0.1 0.01 0.13 0.03 0.4 0.29 0.09 0.09 0.24 0.12 0.16 0.13 0.24 1.32 1.29 0.28 0.16 0.34 0.16 0.24 0.17 0.12 0.23 0.06 0.15 0.05 0.07 0.05 0.13 0.04 0.12
Bra033856 (PRR1)
7.65 4.92 5.76 7.71 10.42 12.53 17.19 7.25 5.4 8.0 7.22 7.7 19.44 22.16 24.63 10.54 12.53 8.48 11.55 7.85 6.57 4.86 21.77 17.07 18.14 15.68 12.96 11.63 12.4 13.15 21.77
Bra033996 (CAM9)
16.63 20.8 31.25 16.85 32.64 47.94 27.63 34.44 28.82 25.74 28.08 12.55 38.58 78.99 46.65 23.84 27.34 19.99 30.09 50.11 20.73 29.83 52.03 14.95 15.38 11.01 15.24 13.05 12.95 11.18 19.17
0.98 0.75 0.67 0.69 1.05 1.28 0.68 0.91 1.03 0.94 1.08 1.09 1.19 1.97 3.42 1.36 1.24 2.03 1.18 1.04 0.77 0.82 0.73 0.75 0.7 0.67 0.64 0.63 0.75 0.99 1.22
Bra036210 (AFP3)
1.67 0.77 0.98 0.38 3.04 2.45 1.48 0.51 2.28 1.84 1.27 1.41 1.08 2.28 9.71 4.16 2.78 8.19 2.42 1.84 2.11 1.98 11.22 2.63 2.04 0.49 1.98 1.08 1.29 2.4 3.89
Bra036238 (FAF1)
0.04 0.0 0.0 0.0 0.29 0.1 0.0 0.03 0.03 0.02 0.04 0.1 0.0 0.2 0.25 0.0 0.01 0.44 0.45 0.22 0.04 0.07 0.0 0.16 0.11 0.0 0.01 0.15 0.15 0.06 0.0
0.01 0.01 0.01 0.0 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.1 0.14 0.0 0.02 0.14 0.13 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.0 0.0 0.01 0.0 0.06
Bra036924 (DSEL)
2.54 2.06 1.66 1.5 4.67 2.16 1.92 3.13 3.91 1.72 1.89 0.85 5.05 8.71 5.27 2.85 4.72 1.51 3.91 3.26 0.77 1.37 1.36 0.97 1.12 1.12 1.23 1.25 0.48 1.15 1.33
Bra037191 (STR16)
119.92 33.59 46.57 53.6 69.3 89.19 97.55 144.51 188.94 137.17 165.62 149.68 174.34 342.72 312.49 178.89 114.96 578.87 210.45 149.45 116.69 172.2 158.9 114.65 106.69 95.25 104.19 96.33 95.53 100.3 103.88
Bra037233 (AR411)
0.0 0.08 0.2 0.06 0.14 0.0 0.12 0.01 0.0 0.32 0.09 0.21 0.19 0.68 0.78 0.06 0.53 0.42 0.0 0.0 0.0 0.35 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.08 0.05 0.02 0.0
Bra037372 (XRCC3)
0.02 0.04 0.0 0.05 0.1 0.06 0.03 0.01 0.0 0.0 0.03 0.01 0.09 0.0 0.43 0.05 0.15 0.34 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.06 0.06 0.0 0.05 0.03 0.03 0.17
0.68 1.7 1.34 0.22 1.69 3.36 1.22 1.04 2.11 1.78 1.04 1.54 1.49 5.64 3.51 2.85 1.99 2.14 2.08 2.59 2.32 1.71 4.37 1.24 0.78 0.84 0.85 1.11 0.88 1.2 1.81
Bra039187 (CYP96A1)
0.01 0.0 0.0 0.0 0.1 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03 0.18 0.47 0.68 0.07 0.06 0.33 0.19 0.03 0.04 0.03 0.08 0.07 0.11 0.06 0.03 0.23 0.17 0.13 0.08
0.33 1.08 1.04 3.29 6.83 9.37 5.77 4.32 3.28 8.11 4.35 4.28 6.96 26.77 23.05 7.6 8.57 10.72 8.2 10.07 6.59 6.04 3.85 3.53 2.65 6.43 2.77 1.53 2.88 2.83 1.84
Bra039917 (SRS4)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.98 0.08 0.11 0.66 0.19 0.2 0.52 3.15 5.05 4.04 0.29 1.16 0.9 1.08 0.56 0.31 0.76 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039956 (RAB28)
0.94 0.54 1.02 0.12 0.69 1.37 2.09 2.75 2.36 0.79 2.68 2.02 2.13 5.09 7.92 1.36 2.08 6.22 2.63 1.7 0.95 1.76 2.31 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.05 0.0 0.03
2.39 0.0 0.23 0.15 9.09 9.44 1.76 2.52 6.11 1.37 3.8 2.57 1.72 19.1 28.19 7.83 4.79 14.38 3.69 4.2 2.1 4.39 1.08 3.85 2.63 0.0 0.66 1.97 5.41 3.8 3.75

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)