1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_64 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
1.0 - - - 1.38 - 0.63 - - 0.93 - - 1.82 2.15 - - - 1.24 - - 0.42 - 3.18 - 0.27 - - - - -
- - - - - - - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - 4.29 - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.28 - - - 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - - - 3.85 - -
- 2.55 - 1.58 - - - - - - - - - 3.57 1.59 - 0.2 1.11 - - - - 0.44 - - - - 0.64 - -
- - 1.65 - 2.67 - - - - - - - - 3.81 - - - - - - 2.7 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.09 - - - - - - - - 3.7 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.23 1.03 - -1.36 - 0.86 -1.21 0.45 -0.21 -1.33 - 2.78 - - - 1.16 - - - - 3.41 - -1.2 - -0.4 - -0.19 -
2.62 - - -0.39 - - - - 1.89 1.98 - 0.49 - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.01 - -0.66 - - -1.14 - - - - - 1.44 2.68 - -0.87 - 1.7 1.73 - - - 3.34 0.25 - - -1.21 - - -1.28
2.19 - 0.67 - 2.25 - - - 0.41 - 0.13 - - 3.39 - 1.13 2.0 - - - - - - - - - - - -21.22 -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.95 - - 3.05 - - - - - - - - 3.81 - - - - - - -
- 3.13 - - - 1.54 - -1.89 - - 0.87 - 0.77 1.81 - - - - 0.41 - 1.49 - - -1.69 1.64 - 0.34 1.12 - -
-0.7 1.36 0.38 -2.78 0.87 -0.18 -0.93 0.21 -0.85 -0.42 -0.42 0.45 -1.66 2.34 -0.35 -2.77 -0.19 -0.03 0.0 -0.65 -0.6 -0.65 1.08 0.16 -1.89 -1.42 -0.45 -0.67 -0.3 -1.33
- - - - - - - - - - 3.48 - 1.56 - - - 1.55 - - - - - 3.7 - - - - - - -
Spov3_chr1.01587 (AtNEAP3)
 - - 1.31 - - - 1.39 - - - 2.36 - - 3.44 - 1.31 - - - - - - 2.69 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - - - - - - 3.78 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.12 -0.28 - -1.37 0.09 1.43 - 1.06 -0.22 -0.3 -1.32 0.15 0.83 2.49 0.52 -0.26 -0.27 -0.57 - -0.47 0.01 -1.54 0.09 1.13 0.95 - - -1.18 - -
- - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - 2.39 - - - - 3.53 - - - - - 2.69 -
- - - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - - 1.7 - - - 2.74 2.11 - -
- 1.1 - - - - - - - - - - 0.21 2.48 - - - 2.62 - - 0.68 - 3.4 0.92 -0.15 - - - - -
2.31 - - 2.82 - - - - - - - - - 3.69 - - - - - - - - -1.58 - - 2.25 - - - -
- 0.9 -1.32 1.16 0.17 - 1.29 - 0.73 -0.25 0.92 - 0.43 1.49 - - -0.21 1.32 - - - 0.74 2.21 0.38 -0.19 0.61 - - - -
1.35 0.46 0.39 - 0.7 - 0.8 - -0.67 0.53 - 0.38 1.1 2.1 - -0.58 - - - 1.27 - 0.16 - - 1.27 - 0.3 0.45 0.29 0.22
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.8 - - - - 3.89 - - - - - - - - - - - - 3.04 - - -
- 2.95 - - - - - - - - - - - 3.45 - 1.94 1.82 - - 1.99 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.2 - - 3.78 - - 1.15 2.88 - - - - - - - 0.97 - - 1.3 -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.31 - - - 2.37 - - - 3.53 - 2.6 - - - - - - - - - - 1.07 - - 1.4
0.69 2.27 - - - - - 0.82 - 1.72 - - - 3.77 - - - 0.0 - -0.01 - - - - - - - - 1.51 -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.34 - 3.29 - - - - - - - - - - - - - -
- 3.94 - - - 1.68 - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - - - - - 1.61 -
- - - 1.54 - - - 0.07 - - - - - 3.69 - - 1.14 - 1.0 - 1.17 - - - - 0.58 0.44 1.94 - -
- - - - - - - - - 3.42 - - - 4.27 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.27 - 4.39 - - - 2.09 - - - - - - - - - - - -
0.59 0.53 - - - - - 0.38 - - 0.74 - - 3.24 2.03 - 0.62 - - - - 0.31 2.65 - - 0.56 - - - -
- - - - - - - - - 3.04 - - - 4.44 - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.18 - -0.17 - -0.61 -0.44 - -0.44 - - - - - 3.39 -0.49 -0.17 0.56 0.45 - - - 0.77 2.62 - 0.67 - - - 0.82 -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.14 - 1.09 0.9 - - - - - - 0.96 - 3.56 - 1.17 - - - - - - 1.89 - - - - 2.04 - -
- 2.44 - - - 2.16 - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr3.03854 (MAP65-8)
 - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
1.21 - - - - 0.97 - - 1.28 - - 0.24 - 2.97 1.76 - - 0.02 - - - - 3.3 - - - - - - -
-1.03 -1.18 0.39 -1.22 0.61 1.09 - -1.25 - -0.41 1.49 - 0.24 2.6 -1.48 0.31 - 1.78 - - -1.78 -0.61 - - -1.55 - 1.01 1.55 - 0.25
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.39 1.03 - - - - 1.26 - - - 3.42 2.22 - 1.41 - - - - - - - - - - 1.4 - 1.19
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.29 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.64 1.28 - - - - - - - - - 2.6 - - - 2.31 - - - - 3.43 - - - - - - 1.38
-0.6 -0.1 0.39 -0.22 -0.98 -0.53 -0.28 -0.18 0.77 0.54 0.39 -0.45 -0.85 1.03 -0.6 -1.04 -1.6 -0.7 0.28 -0.13 0.31 0.0 2.06 -0.98 -0.48 -0.24 0.25 -0.48 -0.95 -1.3
-0.49 -0.67 -1.06 -1.26 -0.71 -1.18 -0.32 -0.2 -0.42 -0.44 -0.43 -0.24 0.62 2.3 -1.35 -0.73 -0.45 0.91 -0.54 -1.2 0.05 -0.79 2.25 -0.01 -0.63 -1.29 -0.43 0.2 -1.98 -2.31
0.88 - - 2.1 - 0.62 0.54 0.9 - - - - - 2.85 - - - - - - - - 3.2 - - - 1.39 - - -
- - 1.05 - - - - - - - - - - 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.85 - - - - - - 4.02 - - - 2.72 - - - - - - - - - - - -
- 0.14 -0.79 - 0.7 - 1.33 - - -0.72 - 1.47 1.3 3.24 - 1.09 - -1.15 - 1.53 - -0.91 0.4 - - 0.02 - - -0.81 -
- - - - 2.25 - - 3.35 - - - - - 3.42 - - - 2.13 - - - - - - - - - - - -
- 1.01 -0.45 - - 0.8 - - - - - - - 2.08 1.85 - 0.66 - 0.67 - - 1.08 2.29 1.54 -0.23 - - 0.02 0.84 -0.08
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.79 - - - - - - - - - - - 4.01 - - - - - - - - - - - - - - - -
0.36 0.81 0.52 -1.27 - 0.54 -23.18 - - - - - 1.09 3.28 -24.93 0.0 -28.04 - - 2.06 0.75 -0.17 0.09 - - 0.69 -0.92 -0.27 -25.52 -
- 1.53 1.02 - - - - 0.45 - 2.21 - - - 3.26 - 1.81 1.1 - - - -0.71 1.3 -0.42 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.62 - - - - 2.42 - - - - - - - - - - -
2.15 3.56 - - - - - - - - - - - 3.24 2.09 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.07 - - - - - - - 3.37 - - - 3.03 - - - - - - - - - - 1.61 -
- - - - - 2.2 - 2.63 - - - - -0.57 3.97 - - - - - - - - - - - - - 0.27 - 0.71
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.