Heatmap: Cluster_20 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0002.00041	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0003.00002 (HIP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0004.00177	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0007.00027 (PSI-H)	3.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0007.00111	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0013.00007	-	2.8	-	-	2.36	-	-	-	-	-	-	1.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.39	-	-	-	-	-	-	-	3.29
Spov3_C0033.00011 (SDHAF2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	3.14	2.88	-
Spov3_C0037.00001 (IF1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-15.2	-	4.73	-	1.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0038.00023 (NDF1)	-	-	-	-	2.5	2.3	-	-	-	-	-	-	-	-	4.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0058.00004	-0.44	-0.54	-0.78	-0.27	0.43	0.21	-0.4	0.05	-0.15	0.52	-0.29	-0.26	-0.59	0.84	0.93	-0.05	0.97	0.27	-0.06	0.06	-0.24	0.7	-0.29	-0.62	-0.77	-0.37	-0.34	-0.14	-1.23	-0.07
Spov3_C0246.00001 (PRP40A)	-	-	-	-	3.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1076.00002	-	-1.2	-0.52	-	-0.16	1.41	-	-1.18	0.62	1.22	1.34	-1.22	-0.2	-0.12	2.69	-	-0.76	0.36	-	-0.34	-	-1.35	0.84	1.3	0.12	-0.1	-	-	-	-1.24
Spov3_C1346.00002	-	-	-	-	-	-	-17.15	-	-	-	-	-	-	-	3.87	3.07	-	-5.68	-	-	-	-	2.81	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.00706	-0.92	-0.56	-0.07	-2.09	-0.38	0.4	-0.07	-2.58	-1.07	-0.97	-0.18	0.5	-0.4	0.96	1.87	1.12	-0.05	0.07	0.63	0.06	0.31	0.35	-1.37	-1.51	0.21	-0.96	-0.4	-0.24	-0.94	-0.1
Spov3_chr1.02997	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.03324 (DAAR2)	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85
Spov3_chr1.03954	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04054	-	-	-	-	-	0.17	-	-	-	2.71	0.51	-	0.38	-	2.89	1.97	-	-	-	-	-	-	0.54	-	-	0.13	1.47	0.7	0.44	-
Spov3_chr1.04082 (BRH1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.86	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04114 (MCTP4)	-	-	-	-	1.77	-	-	-	-	-	-	-	1.76	1.66	3.69	-	-	-	-	-	-	-	-	1.6	-	-	-	2.05	-	-
Spov3_chr2.01996	0.7	-	-	-	0.08	0.23	-	1.53	-	-	-	-	-	-	1.93	0.45	-	-	-	0.26	-	2.31	2.43	-	-	-	-	2.4	-	0.32
Spov3_chr2.02275 (PTS)	-	2.26	1.43	2.8	2.7	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.01	-	-	2.33
Spov3_chr2.03121 (4CL3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03478	-	-	-	2.14	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.96	-	-	-	-	-	1.63	-	3.88	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03606	-	-	0.51	-	-	1.83	-	0.3	-	-	-	-	-	-	3.49	-	0.52	1.25	0.53	0.31	-	0.21	-	-	0.25	0.47	0.07	-	-	0.34
Spov3_chr2.03729 (MEKK4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.89	3.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.04535	-	-	-	1.95	-	-	-	-	2.06	-	-	-	-	-	3.67	2.17	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.24
Spov3_chr2.04771 (PCNA2)	-	1.46	-	-	2.2	2.08	-	-	-	-	-	1.25	1.34	-	2.77	-	1.18	-	-	-	-	-	-	1.19	-	-	1.09	-	-	-
Spov3_chr2.05501 (bZIP69)	-	-	-	2.55	3.18	-	-	-	-	-	-	-	-	2.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.29	-	-	-
Spov3_chr2.05590 (CUV)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00319	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.81	-	4.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00993	1.37	-	-	-	-	-	-6.19	-22.1	1.14	-	-	-	-	-	3.83	-	-	-	-	-	0.93	-	-	-	-	-	1.75	-	-23.4	2.52
Spov3_chr3.01217	-	-	-	-	3.45	-	-	-	-	-	2.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.1	-	-	3.32
Spov3_chr3.01296 (E37)	1.92	-1.25	-	-0.3	-	-	-	-	-0.13	-0.71	0.14	-0.37	-	2.32	2.09	-	1.09	-	-	-	0.53	-	1.88	1.4	-	-3.05	-	-3.4	1.14	-
Spov3_chr3.01800	-	-	-	-	-	2.12	-	-	-	-	-	-	2.64	-	3.41	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.51	-
Spov3_chr3.02008 (MEE11)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02156 (PP2C.D4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02641	-	-1.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.21	-	0.99	3.49	-	-	0.81	-	0.7	-	-	0.82	-	-	-	-	-	1.0	-
Spov3_chr3.02651 (VCR)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.83
Spov3_chr4.00285	-	-	-	-	-	-	1.95	-	-	-	-	-	-	-	3.08	-	-	-	-	-	-	-	3.69	-	-	-	-	2.26	-	-
Spov3_chr4.00622 (E2FB)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-2.36	-	4.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01138	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01207	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.14	-	-	-
Spov3_chr4.01627 (EXO70C1)	-	0.23	0.23	-0.09	-	-	1.13	-	-	-	-	0.09	0.11	0.01	2.62	-	0.19	-	-	-	1.1	1.57	1.85	-	0.07	-	-	-	-	2.12
Spov3_chr4.02187	-0.31	0.78	-	-	-	-	0.82	-	0.56	-0.21	-	-0.35	0.76	0.01	2.38	-0.33	1.16	-	-	-	-	-	1.3	-	-	-	0.31	-	-0.35	2.84
Spov3_chr4.02649	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02971	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	3.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.01999 (RPL7A)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02932	-	-	-	2.75	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03266	-2.48	1.9	0.4	-	-	-	-	-	-	0.9	-	1.16	0.11	1.3	2.19	-	-	-	-	-	1.25	0.4	-	-	-	-	-	-	-	3.15
Spov3_chr5.03754	-0.33	-0.26	-0.74	-0.08	0.34	0.33	-0.3	0.16	0.02	0.25	-0.13	-0.44	-0.38	0.84	0.88	0.0	0.65	0.03	-0.17	-0.08	-0.25	0.82	-0.5	-0.58	-0.78	-0.19	-0.37	0.02	-1.17	0.04
Spov3_chr5.03803	-	-	-	3.09	-	3.8	-	-	-	-	-	-	-	-	2.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01694 (SNX2b)	-	2.79	-	-	2.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.52	-	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	-	-	2.85	-	-
Spov3_chr6.02234	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.06	-	2.03	1.96	0.14	2.48	0.88	2.1	-	1.62	-0.2	-	-0.11	-	0.09	-	0.33	0.07	-
Spov3_chr6.02991	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.35	-	-	-	-	-	-	-	3.27	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S02.00044	-	-	1.25	3.05	-	-	-	-	1.74	-	-	1.39	-	-	3.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.47	-	-
Spov3_S04.00007	-	-	-	-0.21	0.63	-	-	-	0.35	-	-	-	1.87	1.82	3.41	1.74	-	0.61	-	-	-	-	-	-	0.31	-	-	1.25	-	-
Spov3_S04.00032	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S04.00076	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.02	-	-
Spov3_S12.00046 (HSP91)	3.6	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	-	-	3.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S14.00004 (CGE1)	3.16	-	-	-	-	-	-	-	-	2.88	-	-	-	-	3.77	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.