1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_86 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - 2.81 - - - - - - - - - 2.83 - 3.25
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - 2.39 - - - - - - - - - - 4.24 - -
-3.41 - -1.41 -1.14 -0.62 -1.71 0.58 0.65 0.7 -0.1 -0.56 -0.14 0.86 -0.79 0.97 0.37 0.74 -0.19 1.32 0.64 0.09 -0.51 -1.5 -0.12 -1.69 0.02 0.14 0.19 0.14 0.02 -0.09
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.99 - 3.94 - - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.09 1.54 - - 4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.53
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - 3.92
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - 2.92 - - 3.64 - - - - - - - - 2.43 - - - - - - 2.48 - - - - - - -
-3.38 0.82 - 0.49 0.24 -0.09 -1.18 -2.0 0.29 0.69 1.84 0.36 -0.52 -0.82 -0.18 0.37 -0.67 -1.97 0.02 -0.26 0.27 0.55 -2.56 -0.41 -0.02 -0.54 -0.91 -1.02 0.14 0.44 1.2
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 3.9 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - 2.25 2.54 - 3.41 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - 3.99 2.93 -
- - 2.68 - 2.7 - - - - 1.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.35 2.33 - - - - - - - - - - - 2.62 - - - - - - - - - - - - 2.35 - 3.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - -0.39 -0.8 -0.73 0.5 -0.78 - 0.13 - - 1.97 -1.5 -0.46 0.08 -0.04 1.33 - - -1.73 - - -1.68 0.32 0.48 0.26 0.35 2.58 0.26 1.81
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.67 - - - 1.68 1.77 2.2 - - - - 2.35 - - - 0.72 - - - - - - - - 1.87 - 2.63 - -
-1.11 -0.15 - -0.0 -0.03 -0.37 -1.34 -0.66 -0.28 0.55 0.62 0.34 0.38 0.02 0.28 -0.58 0.34 -0.75 0.26 0.03 -1.84 0.57 -1.15 0.14 -0.63 0.65 0.48 -1.19 0.54 0.33 1.28
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.22 - 0.72 -1.62 1.34 -0.37 1.54 0.65 -1.75 - - 0.42 0.53 1.1 -0.22 -0.64 -0.27 0.71 -0.27 - -0.45 1.04 - 1.09 - -0.0 -0.63 1.16 - 1.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.97 - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.28 0.87 0.14 -0.38 -1.23 -0.05 -0.96 -0.4 0.07 1.57 0.95 1.52 -1.29 -1.3 -1.72 -0.64 0.04 - - -0.48 -0.02 -3.2 - 0.69 -0.54 0.45 -0.75 -0.8 0.46 1.54 0.33
-0.58 1.96 0.35 -0.61 - - 0.1 3.23 - - - - -0.94 - - - -0.93 2.86 - - - - 1.13 - 1.38 -1.12 - - -1.04 - -
- - - 0.49 - - - - 1.61 0.12 - - - 0.56 - 2.17 - - -0.02 - - 0.15 - 0.05 2.15 - - - 1.78 1.91 2.24
0.14 - - - - - - - 1.45 - - 1.13 - -0.19 1.98 - - 2.38 - - 1.89 - -0.24 0.67 - - 0.98 0.79 1.37 1.33 -
- - - 0.26 - -1.89 - 1.33 0.51 1.26 - - - 0.48 - 2.8 - - -0.88 - - - - 1.2 1.31 - 1.09 - 2.88 - -
- - - - - - 1.2 1.12 2.07 - - - - - 1.36 - - 2.15 2.02 - 1.01 - - - - - - - 2.82 1.13 -
- - - - - - - - - - - - - - - - 2.25 - - - - - - - - 1.89 - - 3.2 2.14 3.16
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.22 - 3.63
3.17 - - - 1.38 1.38 - 3.67 - - - - - - 2.03 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
-0.27 - - - 0.94 0.92 - 1.12 - - 1.5 - - -0.53 1.51 0.55 - 0.77 - -0.88 - 0.86 1.53 - 0.27 0.92 - - 1.36 -0.73 1.65
-0.27 - - - 0.94 0.92 - 1.12 - - 1.5 - - -0.53 1.51 0.55 - 0.77 - -0.88 - 0.86 1.53 - 0.27 0.92 - - 1.36 -0.73 1.65
- - - - - - - 3.26 - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - 2.38 - - 2.38 - 2.34
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.47 - - - - - 3.11 - - - - - 2.53 - - - 0.99 - - - - - - - 3.18 - -
- - - - - -0.31 - - - - - 1.5 1.05 - - - - - - - 1.59 - 2.85 - 1.09 1.05 - - 2.5 - 2.38
- - - 1.85 - - - 3.16 - - - - - - - - 2.92 - - - - - - - - - - - 2.64 - 2.23
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.83 -0.61 0.24 -0.1 -0.07 -0.4 -0.25 0.54 -0.06 -0.11 0.24 0.26 0.03 0.21 0.16 -0.48 -0.02 -0.25 -0.25 -0.53 -0.04 0.05 -0.31 -0.12 0.29 0.0 0.13 0.14 0.65 -0.15 0.5
Lsat_1_v5_gn_8_1360.1 (alpha-DOX2)
 - - - - - -0.71 1.11 0.92 0.32 - - - 1.02 -0.51 1.78 1.3 0.19 1.21 2.3 1.95 -0.93 - - - - - - - 0.87 0.89 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
0.51 2.13 - 0.49 0.13 0.17 - - - 1.04 1.12 - - - - 1.91 -0.08 - - - - - - - 1.06 - - 0.13 2.1 2.04 0.07
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
-1.07 2.36 -1.12 - 0.48 -1.2 2.37 2.8 - - - -0.49 -1.4 - - - - - -1.54 -0.08 1.53 0.59 - - -0.52 1.0 - 0.59 - - -
- - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.22 - - - - - 3.32 - - - - - - - - 1.69 3.72 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 2.89 - - - - - - - - - - 4.56 - -
- - - - - 2.14 - 3.01 - - 3.21 - - - - 2.85 - - - - - - - - - - - - - - 1.08
- - - - - - - 4.26 - - - - - - - - - 2.28 - - - - - - - 2.8 - - - - -
- - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.