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Heatmap: Cluster_121 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000634 (PCN)
 -0.27 -0.34 -0.35 -0.43 0.05 0.25 -0.01 0.67 -0.68 -0.61 -0.61 -0.73 0.6 0.32 0.55 0.16 0.1 0.17 -0.4 -0.45 -0.32 -0.51 1.8 -0.25 -0.3 -0.56 -0.15 -0.49 -0.37 -0.4 0.01
-1.14 -1.14 -1.33 -0.95 -0.09 -0.04 0.22 1.28 -1.59 -1.36 -1.47 -1.79 0.31 0.57 1.22 0.47 0.29 0.87 -0.69 -0.29 -0.37 -0.71 2.46 -0.89 -1.27 -0.97 -0.64 -1.0 -1.51 -1.34 0.16
Bra001877 (EBP2)
 -1.07 -1.98 -0.18 -0.63 -0.53 0.12 -0.22 1.27 -1.69 -1.9 -1.46 -1.51 0.91 0.35 1.35 0.17 0.05 0.41 -1.34 -0.41 -0.19 -0.86 2.66 -1.02 -1.02 -0.57 -0.86 -0.85 -2.18 -1.23 -0.17
Bra002867 (OLI2)
 -0.12 0.34 -0.19 0.12 -0.04 0.3 0.06 1.01 -1.55 -1.0 -1.25 -1.58 0.52 0.43 1.07 0.42 0.17 0.4 -0.5 -0.36 -0.18 -0.62 1.88 -0.88 -0.86 -0.78 -0.67 -0.94 -1.55 -1.34 0.08
Bra003559 (PPR596)
 -1.57 -1.63 -2.25 -2.58 -0.39 0.34 -0.19 0.73 -2.08 -1.27 -1.54 -1.91 0.5 0.41 1.63 0.34 0.03 1.11 -0.67 -0.7 -0.38 -0.78 2.76 -0.62 -0.59 -1.37 -0.92 -1.3 -1.62 -1.18 0.08
Bra003583 (RPL7A)
 -1.15 -0.26 -0.37 -0.5 -0.79 -0.23 -0.29 1.22 -1.74 -2.08 -1.87 -1.73 0.25 0.36 1.0 0.19 0.21 0.44 -1.08 -0.65 -0.49 -0.7 2.69 -1.0 -0.54 -0.43 -0.52 -1.0 -1.46 -1.07 0.64
Bra003691 (RH29)
 -1.12 -0.87 -0.95 -0.96 -0.84 -0.08 0.22 1.17 -1.37 -1.09 -1.02 -1.21 0.52 0.25 0.98 0.32 0.19 0.6 -0.46 -0.4 -0.26 -0.79 2.25 -0.45 -0.47 -0.24 -0.36 -0.77 -1.05 -0.67 0.42
Bra004354 (MGP3)
 -0.48 -0.01 -0.58 -1.07 0.05 0.14 -0.09 1.03 -1.46 -1.24 -1.06 -1.16 -0.01 0.26 0.96 -0.1 0.05 0.95 -0.32 -0.48 -0.59 -0.81 2.55 -0.72 -1.25 -0.95 -0.68 -1.34 -1.08 -1.23 0.25
-0.22 0.07 0.14 -0.29 0.3 0.23 -0.02 0.61 -0.86 -0.52 -0.59 -0.8 0.38 0.08 0.48 0.25 0.0 0.05 -0.68 -0.47 -0.36 -0.37 2.09 -0.52 -0.4 -0.31 -0.47 -0.44 -0.87 -0.63 -0.46
-0.91 -0.01 -0.65 -0.68 -0.04 0.15 0.2 1.31 -1.34 -1.04 -1.3 -1.28 0.44 0.35 1.15 0.24 0.08 0.68 -0.43 -0.51 -0.42 -1.11 2.19 -0.82 -1.05 -0.53 -0.5 -1.31 -1.61 -1.16 0.32
-1.07 -1.22 -2.04 -1.94 -0.91 0.06 0.03 1.38 -1.41 -0.77 -1.57 -1.55 0.62 -0.23 1.24 0.33 0.22 1.2 -0.86 -0.7 -0.64 -0.78 2.58 -0.5 -1.25 -1.01 -0.56 -1.74 -1.29 -1.46 0.6
Bra007345 (NRPA1)
 -0.83 -0.23 -0.9 -1.01 -0.19 0.16 -0.0 1.17 -1.48 -1.43 -1.4 -1.56 0.51 0.39 1.0 0.3 0.26 0.6 -0.83 -0.68 -0.5 -0.82 2.31 -0.66 -0.79 -0.6 -0.43 -0.92 -0.94 -0.92 0.66
-0.38 0.01 -0.05 -0.54 0.46 0.51 -0.09 0.6 -0.99 -0.77 -0.75 -0.84 0.47 0.3 0.89 0.25 0.16 0.56 -0.22 -0.83 -0.57 -0.78 2.41 -0.98 -1.1 -1.58 -0.66 -1.41 -1.46 -1.55 -0.34
-0.08 0.16 -0.65 -0.76 0.13 -0.08 0.45 1.09 -1.94 -1.32 -1.28 -1.47 0.8 0.08 0.79 0.31 0.19 0.65 -0.5 -0.9 -0.72 -0.97 2.32 -0.55 -1.41 -0.6 -0.91 -1.18 -1.53 -0.74 0.35
Bra008279 (eIF5B1)
 -0.37 -0.22 -0.3 -0.53 0.1 0.26 0.01 0.41 -0.6 -0.49 -0.62 -0.64 0.31 0.23 0.54 0.27 0.16 0.21 -0.33 -0.33 -0.35 -0.31 1.67 -0.29 -0.18 -0.41 -0.16 -0.37 -0.44 -0.29 0.27
Bra008443 (RPL7A)
 -0.82 -0.09 -0.21 -0.08 -0.85 -0.02 -0.2 0.91 -1.98 -1.2 -1.25 -1.78 0.45 0.25 0.68 0.3 0.32 0.61 -0.81 -0.42 0.17 -0.51 2.38 -0.5 -0.1 -0.46 -0.35 -0.64 -1.74 -1.59 0.08
Bra008691 (AtPEP2)
 -0.55 0.52 0.18 0.0 -0.59 -0.18 0.14 1.2 -1.43 -0.94 -0.73 -1.24 0.73 0.08 0.56 0.48 0.52 0.35 -0.76 -0.58 -0.5 -0.63 2.12 -1.19 -0.94 -0.84 -0.8 -0.89 -1.35 -1.24 0.25
-0.31 -0.08 -0.38 -0.87 -0.08 -0.02 -0.14 0.62 -1.71 -0.69 -1.6 -2.23 0.12 0.26 0.83 0.31 0.12 0.91 -0.19 -0.49 -0.21 -0.87 2.43 -0.23 -0.53 -0.63 -0.62 -1.11 -0.95 -1.21 0.25
Bra009205 (JMJ22)
 -0.55 0.28 -0.01 -0.73 -1.33 -0.56 -0.23 1.14 -2.19 -1.66 -1.52 -1.34 0.53 0.06 0.55 -0.05 0.21 1.12 -1.13 -0.87 -0.82 -0.84 2.81 -0.77 -1.72 -0.56 -1.02 -1.42 -1.91 -1.23 0.64
-0.77 -0.17 -0.05 -0.62 -0.24 -0.03 -0.23 1.29 -1.5 -1.29 -1.18 -1.38 0.33 0.16 0.72 0.29 0.29 0.62 -0.7 -0.9 -0.42 -0.43 2.48 -0.5 -0.83 -0.73 -0.81 -0.88 -1.33 -1.04 0.14
Bra010982 (RDP)
 -1.11 -1.4 -1.44 -0.51 -0.54 0.09 -0.04 1.19 -1.56 -1.07 -1.42 -1.29 0.86 0.28 1.02 0.08 -0.02 0.71 -0.82 -0.4 -0.31 -0.53 2.52 -0.45 -0.58 -0.34 -0.51 -1.11 -1.36 -1.29 0.07
Bra011233 (NFD1)
 -0.83 -0.13 -0.7 -1.1 0.4 0.2 -0.29 0.55 -1.45 -0.9 -1.14 -1.63 -0.18 0.38 0.96 0.11 -0.1 0.51 -0.47 -0.45 -0.44 -0.29 2.67 -0.32 -0.61 -1.38 -0.47 -0.92 -0.97 -0.85 -0.13
-0.06 0.2 0.18 -0.28 -0.11 -0.03 -0.02 0.9 -1.28 -1.0 -1.32 -1.06 0.74 -0.11 0.56 0.28 -0.02 0.7 -0.45 -0.62 -0.22 -0.64 1.83 -0.49 -0.37 -0.26 -0.24 -1.07 -1.04 -0.87 0.45
Bra012490 (RDP)
 -0.49 -1.05 -0.86 -0.9 0.06 0.47 -0.12 1.09 -1.56 -1.89 -1.41 -1.29 0.61 0.38 0.9 -0.05 0.09 0.88 -0.94 -0.76 -1.17 -0.89 2.39 -0.26 -0.26 -0.49 -0.39 -0.27 -1.15 -0.9 -0.0
-0.27 -0.3 -1.28 -0.61 -0.32 0.02 0.22 1.45 -1.26 -1.35 -1.72 -2.2 0.55 0.19 0.9 0.36 0.35 1.01 -0.86 -0.52 -0.89 -0.77 2.37 -1.02 -1.09 -0.85 -0.6 -0.9 -1.64 -1.21 0.23
Bra013951 (NAP1;1)
 -1.09 -0.27 0.04 0.18 -0.19 0.23 -0.11 1.17 -1.47 -1.12 -1.36 -2.09 0.71 0.5 0.86 0.24 0.18 0.52 -0.51 -1.12 -0.46 -0.67 2.41 -0.86 -0.79 -0.64 -0.87 -0.21 -1.47 -1.78 -0.74
Bra016065 (PUM23)
 -0.17 -0.2 -0.42 -0.84 0.2 0.45 -0.12 0.62 -0.68 -0.58 -0.64 -0.55 0.38 0.42 0.72 0.24 0.12 0.42 -0.28 -0.24 -0.29 -0.35 2.04 -0.72 -0.65 -1.14 -0.6 -1.01 -1.06 -0.63 0.09
Bra016541 (NRP2)
 -1.34 -0.67 -1.37 -0.35 -0.96 0.25 -0.24 0.41 -1.87 -1.07 -1.08 -1.45 0.38 0.3 1.18 0.56 0.08 0.77 -0.72 -0.17 0.06 -0.07 2.58 -0.24 -0.25 -0.68 -0.58 -0.9 -2.05 -2.11 -0.3
Bra018026 (EMB1080)
 -0.33 0.41 0.32 0.56 -0.29 -0.4 0.06 0.75 -1.2 -0.62 -0.62 -0.78 0.75 0.1 0.19 0.27 0.13 0.44 -0.81 -0.23 0.03 -0.08 1.92 -0.62 -0.74 -0.34 -0.4 -0.82 -1.87 -1.32 -0.38
Bra018380 (RPC14)
 -1.28 -1.7 -2.01 -0.88 -0.89 0.41 0.03 1.24 -2.04 -1.59 -1.07 -1.45 0.82 0.45 1.38 0.37 0.5 0.91 -1.17 -0.3 -0.36 -0.94 2.71 -1.1 -1.09 -0.79 -1.36 -1.66 -2.08 -2.87 -0.3
-0.1 0.17 -0.07 -0.39 0.06 0.27 0.03 0.59 -0.66 -0.76 -0.8 -0.93 0.42 0.34 0.73 0.12 0.03 0.13 -0.43 -0.64 -0.52 -0.57 1.65 -0.4 -0.39 -0.26 -0.23 -0.32 -0.57 -0.3 0.34
-0.84 -0.15 -0.44 -0.65 -0.08 0.14 0.05 0.91 -1.06 -1.11 -1.0 -1.09 0.6 0.28 0.79 0.06 0.28 0.56 -0.54 -0.63 -0.46 -0.62 2.19 -0.48 -0.56 -0.61 -0.4 -0.9 -1.02 -0.64 0.45
-0.32 -0.27 -0.35 -0.52 0.04 0.37 0.18 0.85 -1.05 -0.74 -0.98 -1.14 0.5 0.41 0.87 0.3 0.15 0.12 -0.49 -0.49 -0.35 -0.46 1.79 -0.41 -0.37 -0.46 -0.23 -0.36 -0.64 -0.63 0.03
Bra019003 (Nug2)
 -0.76 -0.44 -0.56 -0.62 -0.24 0.25 0.16 0.79 -1.17 -0.93 -1.04 -1.07 0.66 0.66 0.93 0.15 0.06 0.13 -0.47 -0.51 -0.23 -0.38 2.06 -0.4 -0.29 -0.44 -0.31 -0.59 -0.89 -0.77 0.11
Bra020400 (UBP23)
 -0.51 -0.33 -0.51 -0.51 0.03 0.24 0.05 0.3 -0.72 -0.68 -0.42 -0.61 0.39 0.25 0.49 0.21 0.17 0.09 -0.24 -0.14 -0.24 -0.24 1.82 -0.31 -0.16 -0.23 -0.14 -0.43 -0.4 -0.4 0.05
-0.31 -0.1 -0.14 -0.65 0.27 0.38 0.04 0.76 -1.53 -1.22 -1.16 -1.28 0.38 0.03 0.98 0.22 0.13 0.39 -0.55 -0.78 -0.57 -0.62 2.1 -0.43 -0.64 -0.35 -0.35 -0.55 -0.84 -0.84 0.44
-0.05 -0.25 -0.37 -0.76 0.21 0.16 0.07 0.53 -1.22 -0.9 -1.0 -1.6 0.17 0.05 0.71 0.27 0.07 0.47 -0.26 -0.72 -0.1 -1.09 2.18 -0.03 -0.38 -0.11 -0.42 -0.75 -0.98 -0.81 0.45
Bra021254 (RPL3P)
 -0.45 0.21 -0.82 -0.94 0.15 0.03 -0.12 0.9 -1.09 -0.74 -1.16 -1.07 0.68 0.17 1.13 0.06 0.08 0.3 -0.52 -0.45 -0.22 -0.65 2.11 -0.48 -0.79 -0.7 -0.58 -0.8 -0.93 -0.6 0.39
-0.88 -0.98 -1.04 -0.72 -0.96 0.19 -0.11 0.97 -2.2 -1.34 -2.16 -2.05 0.51 0.28 1.38 0.5 0.33 0.63 -0.85 -1.03 -0.31 -0.61 2.85 -1.0 -0.82 -0.65 -0.78 -1.69 -1.88 -1.94 -0.1
Bra024018 (IBI1)
 -1.56 -1.45 -2.13 -1.64 -0.01 0.39 -0.39 0.2 -0.91 -1.11 -0.54 -0.89 0.86 0.81 0.87 0.02 -0.34 -0.02 -0.87 -0.62 -0.28 -0.56 2.82 -0.63 -0.4 -0.62 -1.01 -0.46 -0.59 -0.88 -0.21
-0.02 0.32 -0.13 -0.59 -0.22 -0.15 -0.14 0.74 -0.92 -0.77 -0.84 -0.94 0.45 -0.07 0.69 0.13 0.14 0.51 -0.35 -0.48 -0.34 -0.47 2.04 -0.74 -0.51 -0.77 -0.42 -0.49 -0.84 -0.39 0.38
-0.14 0.23 -0.57 -0.26 0.09 0.31 0.15 0.97 -1.01 -1.08 -1.04 -1.17 0.57 0.21 0.75 0.34 0.1 0.51 -0.47 -0.4 -0.46 -0.74 1.84 -0.47 -0.68 -0.49 -0.34 -0.6 -0.99 -0.83 0.14
-0.76 -1.01 -1.21 -0.81 -0.0 0.18 -0.56 0.44 -1.31 -1.08 -1.11 -1.17 0.92 0.52 1.05 0.31 -0.23 0.19 -0.68 -0.98 -0.33 -0.42 2.63 -0.28 -0.45 -1.06 -0.35 -0.86 -0.91 -1.05 0.14
Bra026129 (PWP2)
 -0.35 0.4 0.11 -0.49 -0.06 0.01 -0.15 1.08 -1.6 -0.99 -1.31 -1.43 0.52 -0.11 0.7 0.33 0.22 0.45 -0.63 -0.37 -0.72 -0.74 2.27 -0.47 -0.62 -1.33 -0.28 -1.21 -1.16 -0.96 0.4
Bra028325 (ARPF2)
 -0.5 0.15 0.05 -0.33 -0.5 -0.4 0.02 0.71 -1.57 -1.39 -0.97 -1.3 0.54 0.32 0.54 0.14 -0.13 0.58 -0.82 -0.55 -0.23 -0.39 2.41 -0.42 -0.3 -0.4 -0.35 -0.97 -1.27 -1.32 0.41
Bra028757 (RH18)
 -0.24 -0.02 0.12 -0.44 -0.15 0.04 -0.17 0.4 -0.76 -0.62 -0.68 -0.73 0.48 0.43 0.59 -0.1 0.24 0.33 -0.31 -0.51 -0.39 -0.38 1.72 -0.32 -0.29 -0.61 -0.06 -0.3 -0.37 -0.22 0.13
-0.53 -0.1 -0.94 -0.58 0.19 0.35 0.24 1.21 -1.91 -1.27 -1.42 -1.59 0.2 0.19 0.93 0.37 0.4 0.6 -0.32 -0.54 -0.33 -0.77 2.36 -0.78 -0.82 -0.97 -0.66 -1.2 -1.61 -1.33 0.13
Bra030183 (NRPA2)
 -0.6 -0.77 -0.95 -1.57 -0.49 0.12 -0.37 0.82 -1.91 -1.25 -1.7 -1.43 0.19 0.71 1.4 0.32 0.13 0.46 -0.59 -0.54 -0.56 -0.62 2.65 -0.77 -0.93 -0.89 -0.64 -0.93 -0.9 -0.83 0.27
-0.61 -0.43 -0.49 -1.3 -0.12 0.09 0.05 0.62 -1.16 -0.94 -0.55 -1.06 0.76 0.35 0.85 0.65 0.75 0.38 -0.66 -0.32 -0.37 -0.4 2.12 -0.67 -0.63 -0.84 -0.4 -0.61 -1.15 -0.89 -0.1
Bra031087 (HTD1)
 -0.99 -0.39 -0.79 -0.29 0.11 0.26 -0.0 0.92 -1.35 -0.95 -1.12 -1.13 0.65 0.42 1.08 0.11 0.26 0.33 -0.48 -0.6 -0.42 -0.65 2.26 -0.68 -0.61 -0.62 -0.46 -0.98 -1.12 -1.03 0.16
-0.36 0.25 0.05 -0.28 -0.43 -0.03 0.02 0.8 -0.92 -0.92 -1.03 -1.1 0.45 0.23 0.75 0.12 0.2 0.66 -0.41 -0.59 -0.44 -0.72 2.07 -0.66 -0.5 -0.62 -0.33 -0.79 -0.96 -0.71 0.26
-0.52 0.4 0.3 -0.47 -0.21 -0.1 0.19 0.67 -1.66 -1.42 -1.95 -1.74 0.3 -0.14 0.62 -0.08 -0.04 0.71 -1.42 -0.48 -0.52 -0.87 2.64 -0.33 -0.55 -1.06 -0.51 -0.95 -1.16 -0.88 0.37
-0.2 0.18 0.04 -0.02 -0.08 0.08 0.03 0.65 -0.8 -0.55 -0.63 -0.81 0.48 0.31 0.55 0.22 0.1 -0.06 -0.33 -0.43 -0.33 -0.41 1.62 -0.35 -0.26 -0.22 -0.2 -0.29 -0.74 -0.57 0.04
Bra033452 (FMT)
 0.16 0.27 0.13 -0.1 -0.05 0.17 0.26 0.73 -0.98 -0.78 -0.7 -0.86 0.31 0.25 0.63 0.3 0.16 -0.08 -0.53 -0.31 -0.21 -0.32 1.68 -0.49 -0.56 -0.42 -0.33 -0.52 -0.76 -0.74 -0.02
-0.3 -0.17 -0.39 -0.55 0.05 -0.18 0.15 0.64 -0.69 -0.56 -0.65 -0.76 0.49 0.04 0.32 0.06 0.11 0.22 -0.58 -0.49 -0.06 -0.33 1.77 0.03 -0.04 -0.12 -0.1 -0.38 -0.53 -0.39 0.18
Bra035219 (EIF3A)
 -0.33 -0.18 -0.2 -0.23 -0.02 0.17 -0.05 0.4 -0.67 -0.48 -0.5 -0.51 0.62 0.26 0.53 0.31 0.25 0.07 -0.44 -0.21 -0.34 -0.34 1.66 -0.27 -0.33 -0.28 -0.28 -0.31 -0.56 -0.54 0.01
-0.12 -0.0 0.11 -0.12 0.19 0.35 0.09 0.91 -1.04 -0.89 -0.78 -1.42 0.32 0.39 0.63 -0.07 -0.09 0.24 -0.69 -0.18 -0.18 -0.55 1.74 -0.38 -0.31 -0.31 -0.38 -0.44 -0.68 -0.56 -0.06
-0.93 -0.59 -0.44 -1.13 -0.13 0.22 -0.21 0.74 -1.22 -1.12 -1.25 -1.23 0.72 0.62 0.79 -0.04 -0.12 0.88 -0.63 -0.73 -0.54 -0.66 2.3 -0.17 -0.35 -0.52 -0.23 -0.6 -0.42 -0.72 -0.15
-0.54 -0.02 -0.71 -0.29 -0.15 0.1 -0.0 1.09 -1.67 -1.49 -1.15 -1.31 0.59 0.03 0.73 0.47 0.24 0.57 -0.81 -0.51 -0.42 -0.44 2.42 -0.88 -0.74 -0.84 -0.38 -1.13 -1.6 -1.26 0.33
Bra040681 (HTD1)
 -1.01 -0.14 -0.98 -0.49 0.29 0.28 0.11 0.71 -1.45 -1.33 -1.16 -1.13 0.33 -0.08 0.55 0.32 0.28 0.31 -0.53 -0.81 -0.44 -1.1 2.35 -0.19 -0.29 -0.42 -0.1 -0.58 -0.78 -0.54 0.41
-0.5 -0.06 -0.52 -0.68 -0.11 0.12 0.26 1.24 -1.56 -1.37 -1.46 -1.07 0.66 0.46 0.87 0.39 0.33 0.52 -0.59 -0.36 -0.29 -0.57 2.18 -1.02 -0.79 -0.88 -0.68 -1.21 -1.5 -1.1 0.19

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.