Heatmap: Cluster_41 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_10900.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.3	-	-	4.19	-	2.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_31881.1 (PIRL3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.22	-	-	-	-	-	3.64	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.21
Lsat_1_v5_gn_1_1881.1	-1.96	-2.03	-2.15	-2.07	-1.14	1.92	-1.2	-1.58	-0.52	-1.11	1.84	-0.5	-1.09	0.67	0.39	2.42	-0.17	-1.76	-0.37	-0.48	-0.82	-0.27	-3.09	-1.45	-0.93	-1.09	-0.66	-1.01	-0.56	-0.37	1.44
Lsat_1_v5_gn_1_24280.1 (RSL2)	-5.85	-	-10.96	-12.81	-9.82	-7.64	-7.55	-7.06	-8.49	-8.77	-9.37	-9.49	-9.21	-7.75	-9.22	4.95	-8.56	-10.16	-9.07	-7.71	-9.34	-10.84	-12.66	-7.03	-9.33	-9.66	-9.32	-10.32	-9.26	-8.12	-10.06
Lsat_1_v5_gn_1_31001.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_38881.1	-	-	-	-	-	-	1.37	-	-	0.31	-	-	-	2.88	0.59	2.89	-	-	-	-	1.76	-	1.4	-	-	-	-	-	-	0.29	1.87
Lsat_1_v5_gn_1_7320.1 (FtsHi4)	-	-	-	-	-3.79	1.54	-0.32	-	-	-	-	-	-	-	-0.19	2.08	0.66	-	-	-0.51	0.42	-	-	-	-	2.08	2.71	-	2.24	1.59	-
Lsat_1_v5_gn_1_78921.1 (ASK2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.16	2.72	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.95
Lsat_1_v5_gn_2_102500.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.87
Lsat_1_v5_gn_2_115800.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.82	-	-	-	3.0	-	-	-	-	-	-	2.23	-	-	2.05	-
Lsat_1_v5_gn_2_119760.1 (DYAD)	-	-	-	-	-	-	2.67	-	-	-	-	-	-	-	2.69	3.34	-	-	3.01	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_129941.1 (ARA12)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_25781.1 (WRKY30)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_42301.1 (RABG3d)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	-	-	-	3.75	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_53581.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_81901.1	-	-	-	-	-	-	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	2.12	-	-	2.31	-	-	1.93	2.49	-	-	-	-	-	-	-	1.88
Lsat_1_v5_gn_2_91201.1 (ESP)	-	-	-	0.43	-	0.65	0.57	-	-1.23	1.65	-	1.69	-0.76	2.1	-0.78	1.69	1.24	-	-	1.11	1.18	-	-	0.13	0.22	-	-	-0.9	-	-	0.61
Lsat_1_v5_gn_2_9540.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_107041.1 (SUS3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_110340.1 (MSD1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_111640.1 (RFL9)	-	0.81	-	-	1.15	-1.11	-	0.61	-	0.42	-	-	0.52	0.09	1.69	1.87	0.51	-0.17	0.44	0.71	-	-	-0.62	-	-	0.51	-	-1.06	-0.98	0.44	2.2
Lsat_1_v5_gn_3_112100.1 (CO)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_18141.1 (IGI1)	1.05	-	0.3	-	-2.27	-2.06	-1.03	-0.4	-1.87	-	-	-0.06	-	2.08	0.11	0.75	1.19	-	0.22	-	-0.37	-0.57	2.23	-	-	1.43	-0.23	-	0.14	-1.82	1.7
Lsat_1_v5_gn_3_37960.1 (SPL5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_39861.1	1.03	1.04	1.78	-	0.58	-	-	-0.93	-0.51	-0.76	-0.71	-0.71	-	0.58	1.53	2.32	-0.47	0.08	0.79	-	0.11	-0.65	1.36	-	-	-	0.23	-	-	-	-0.79
Lsat_1_v5_gn_3_61721.1	0.47	-2.27	-2.27	-2.27	-0.24	-2.52	-2.44	-1.1	0.41	-	0.54	-0.94	-0.49	0.67	0.78	1.19	0.76	-1.08	1.03	0.42	0.56	-0.3	-2.57	-1.65	-1.67	-0.05	1.21	-0.22	1.35	-2.63	1.16
Lsat_1_v5_gn_3_79561.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	-	2.86	-	3.64	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_96480.1 (MDR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_102600.1 (GC5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_113781.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.98	3.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_115321.1 (RUBY)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_128060.1 (PSBC)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.06	-	4.23	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_131280.1 (RSL2)	-1.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.94	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_1620.1 (HDG12)	-	0.05	-	-1.06	-1.63	-1.31	-	-0.17	0.48	1.17	-	1.53	-	0.36	-	1.09	1.64	-	-	0.19	-0.6	-	-0.37	-0.39	-0.4	0.64	0.77	0.26	1.22	-0.3	1.64
Lsat_1_v5_gn_4_163961.1 (RPS2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_37901.1	0.05	-0.05	-	-	-	-0.48	-0.24	-	0.9	0.04	-0.38	1.84	1.04	1.47	1.0	-0.34	-1.48	1.24	-1.13	-0.09	0.43	-	-1.03	0.01	-1.54	0.86	-	-0.0	0.51	-	0.07
Lsat_1_v5_gn_5_13440.1 (DRP3B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_38501.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.45	3.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.81
Lsat_1_v5_gn_5_4220.1 (IMB1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85	-
Lsat_1_v5_gn_5_47440.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_73400.1 (ROS4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.38	-	-	-	3.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.24
Lsat_1_v5_gn_5_77441.1	-	0.03	-	-	0.66	-	-	-	-0.38	-0.07	0.78	-	-	-0.06	2.0	2.58	-	2.37	-	1.57	-	-	-	-0.3	-	-	-0.45	-	-	-0.35	1.84
Lsat_1_v5_gn_6_13621.1 (KMS2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_47781.1	-	-	-	3.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.07	4.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_98061.1	-	-	-	-	-1.67	-0.27	-	-0.21	-0.94	0.98	-	-1.15	-0.84	-	1.11	2.05	0.48	-0.26	1.03	0.66	-	1.37	-	-0.29	-1.27	-	2.05	0.79	-	0.31	1.27
Lsat_1_v5_gn_7_113821.1	-	-	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	-	-	3.18	-	-	-	-	-	-	-	-	2.39	1.08	-	-	-	2.59	-
Lsat_1_v5_gn_7_30101.1 (ERD7)	-0.07	-	-0.93	-1.56	-0.27	0.31	0.41	-1.8	-0.8	-1.27	-2.81	1.23	0.99	1.18	0.34	-0.81	-1.16	1.7	-0.25	-1.44	0.3	-1.02	0.73	-0.09	-1.31	0.73	0.48	-0.39	-0.23	-1.76	0.45
Lsat_1_v5_gn_7_48260.1	-	-	-	-	-	-	-	3.59	-	-	-	-	-	2.77	-	3.6	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_121601.1 (HAP15)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.0
Lsat_1_v5_gn_8_161340.1 (PP2A)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_162860.1 (ZIF2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_70001.1 (TASH3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.1	4.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.64	-	1.79	1.85
Lsat_1_v5_gn_8_75321.1 (LEA4-5)	-	-	1.04	0.03	-	-	-	-	-	2.07	-	0.92	-0.15	-	1.95	1.91	1.32	-0.32	-	-	-	-	-	1.26	-	-	1.95	-	0.85	-0.35	0.22
Lsat_1_v5_gn_8_87801.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_95180.1	-	-	-	-	1.28	-	-	-	1.72	-	-	-	-	2.8	-	2.96	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	1.88	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_21120.1	-	-	-	-	1.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.05	3.08	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.9
Lsat_1_v5_gn_9_28361.1	-0.41	-0.8	-2.25	0.59	0.38	-0.69	0.07	-0.75	0.02	0.18	-1.55	0.36	0.58	0.24	1.2	0.96	-0.48	1.31	-2.06	-0.26	-0.95	-1.41	-3.83	-0.88	-0.85	0.28	-0.02	-0.07	0.32	0.75	0.37
Lsat_1_v5_gn_9_39201.1 (RH8)	0.3	-	-	0.15	0.66	0.05	-	1.54	1.29	-	-	1.08	-	0.43	-	2.74	1.3	-	-	0.07	-	-	-	-	-	-	-	-	0.19	-	2.57
Lsat_1_v5_gn_9_3980.1 (ALP2)	-	-	-	-	-	3.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_61940.1 (RFO1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.55	-	-	-	-	-	-	2.93	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_77040.1 (KAK)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.