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Heatmap: Cluster_195 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000584 (LAX2)
 0.92 0.27 0.9 1.15 1.16 0.97 1.22 2.09 1.21 1.15 1.06 1.08 6.25 2.14 2.35 2.28 2.01 3.81 1.89 1.5 1.37 1.03 1.46 2.08 2.52 1.39 1.75 1.48 1.54 1.28 2.04
Bra001256 (FH10)
 1.44 0.87 1.07 1.44 3.26 1.9 1.9 1.42 2.82 3.1 2.83 2.21 9.52 4.14 3.94 4.16 2.66 9.26 2.52 2.76 1.92 1.44 6.93 3.48 3.25 4.51 2.43 3.39 2.06 3.84 3.54
3.95 3.38 4.97 2.9 9.56 6.11 9.73 10.82 10.82 9.97 9.58 10.38 37.22 16.68 13.72 17.56 15.06 24.04 10.5 9.36 8.33 8.48 15.45 14.02 18.53 13.36 10.69 7.8 11.52 14.82 14.92
Bra002426 (CSLA2)
 2.49 3.99 6.51 4.21 6.72 3.22 3.99 4.27 4.99 5.81 5.6 4.9 6.31 7.65 6.85 8.36 6.35 15.66 6.04 5.48 4.35 4.79 5.58 4.12 4.68 5.57 4.59 4.35 3.8 4.78 4.55
Bra002442 (F8H)
 0.99 0.89 1.13 1.06 1.52 0.58 0.95 0.87 1.31 1.45 1.93 1.14 3.83 1.37 1.36 2.08 1.78 3.62 1.56 1.75 1.51 1.05 2.59 1.33 1.34 2.69 1.14 1.14 1.17 1.38 1.16
Bra003671 (PPK1)
 0.22 0.29 0.24 0.12 0.43 0.46 0.25 0.29 0.39 0.38 0.35 0.43 1.12 0.55 1.07 0.63 0.51 2.34 0.37 0.29 0.4 0.44 1.41 0.4 0.55 0.48 0.43 0.44 0.54 0.56 1.01
Bra003892 (PATL1)
 0.26 0.12 0.04 0.48 0.42 0.24 0.39 0.28 0.62 0.67 0.71 0.42 2.06 0.84 0.94 1.52 0.6 1.7 0.67 0.76 0.42 0.32 1.01 0.4 0.33 1.12 0.41 0.44 0.33 0.39 0.6
Bra004421 (AGP26)
 13.35 13.52 12.65 12.8 17.67 6.71 10.23 8.18 20.54 20.24 26.83 22.29 88.44 39.53 26.97 26.51 23.72 110.69 25.15 27.66 24.16 14.97 60.58 15.6 19.53 34.42 15.32 9.71 5.45 14.96 8.98
Bra004708 (TBL39)
 1.09 0.38 1.28 1.32 4.93 1.64 0.98 1.29 3.12 3.28 2.99 2.32 11.38 2.88 3.38 4.04 3.47 6.91 2.06 2.7 2.42 2.25 6.45 1.81 2.23 2.08 1.9 2.78 1.6 1.75 2.42
Bra005201 (NAKR2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.35 1.27 0.4 0.42 0.54 0.65 0.08 10.73 3.68 2.85 1.79 0.92 8.62 1.16 0.63 0.38 0.26 4.17 5.31 3.41 3.41 3.14 4.35 4.39 1.84 3.2
Bra005485 (BUBR1)
 0.3 0.17 0.29 0.41 1.34 0.68 1.2 1.15 0.5 0.95 0.92 0.59 7.22 1.4 0.86 2.25 1.73 7.1 1.2 1.48 0.77 0.83 1.51 0.85 0.79 0.76 0.8 1.07 1.15 0.55 0.8
Bra005489 (CFL1)
 8.55 6.23 9.26 6.26 14.78 14.62 7.97 5.36 7.68 7.31 9.56 8.59 28.57 12.93 12.31 10.41 9.66 13.36 6.77 10.48 8.3 9.41 13.99 9.21 9.37 9.34 7.78 7.42 9.55 10.77 16.55
0.36 0.08 0.33 0.2 0.6 0.33 0.58 0.6 0.83 0.47 0.67 0.61 5.09 0.56 0.67 1.22 0.81 5.45 1.52 1.48 0.43 0.53 1.71 0.94 1.07 0.76 0.73 0.93 0.75 0.42 0.89
Bra007539 (ERF35)
 0.08 0.12 0.36 0.09 1.09 0.49 1.18 0.85 0.54 0.83 0.86 0.7 4.97 1.33 1.28 2.41 1.82 4.76 1.38 1.09 0.72 0.78 2.21 1.41 2.11 0.99 1.79 1.03 0.98 0.5 0.97
Bra007759 (ER)
 2.65 2.08 3.39 2.88 6.35 3.43 6.3 8.54 6.32 6.11 6.96 6.56 16.16 6.03 4.72 9.91 7.53 19.1 6.24 6.13 5.15 4.27 7.1 5.74 6.26 5.94 5.71 6.1 5.07 5.62 8.67
0.6 0.67 1.27 0.08 4.23 2.05 2.83 3.54 3.44 3.77 5.51 3.93 16.52 3.86 6.24 7.79 3.8 9.88 2.6 4.69 3.78 2.63 7.79 4.02 3.29 1.79 1.34 0.98 1.79 1.2 2.56
Bra008241 (sks5)
 2.58 1.98 2.17 4.48 5.94 1.69 3.2 4.71 5.84 3.47 6.9 4.91 14.87 5.22 6.97 5.14 8.12 38.67 4.07 6.86 5.35 5.13 19.62 8.25 9.38 14.79 7.55 7.52 5.76 5.28 7.32
Bra008999 (SAUR69)
 0.0 0.19 0.0 0.0 0.08 0.12 0.17 0.44 0.0 0.0 0.15 0.08 0.8 0.25 0.14 0.14 0.17 1.48 0.09 0.04 0.0 0.15 0.0 0.04 0.2 0.15 0.13 0.05 0.16 0.32 0.04
Bra009136 (ATL43)
 0.08 0.02 0.14 0.01 0.49 0.27 0.09 0.1 0.53 0.3 0.4 0.29 1.71 0.55 0.73 0.47 0.3 1.64 0.39 0.43 0.22 0.37 2.07 0.26 0.53 0.78 0.38 0.37 0.31 0.31 0.46
2.55 1.79 3.78 2.08 18.23 6.89 17.88 10.54 13.3 18.24 14.72 10.11 65.92 41.0 17.82 27.46 23.71 94.69 12.99 13.48 11.38 9.97 35.64 21.12 20.95 23.9 17.86 31.19 17.76 18.38 24.3
3.99 2.58 2.23 6.42 5.08 2.68 5.93 7.24 6.6 9.26 9.94 9.56 23.47 6.78 6.59 10.13 9.65 22.08 7.55 7.46 6.55 6.75 10.97 5.88 6.08 10.55 5.87 7.14 5.43 6.11 6.83
1.15 1.16 1.61 1.26 2.1 1.28 2.38 2.81 2.55 3.63 2.83 2.91 7.15 4.75 3.81 4.36 3.56 6.9 3.46 2.99 2.87 2.63 4.38 2.84 2.94 4.69 3.04 2.66 2.27 2.41 3.74
1.64 1.11 2.28 2.15 3.37 1.8 3.25 2.97 1.55 1.76 2.06 1.42 7.56 2.8 1.96 3.39 2.51 10.96 2.99 1.75 1.64 1.48 4.57 3.58 3.27 3.81 3.45 3.09 3.02 2.33 2.1
Bra011668 (MUL)
 0.77 0.73 0.55 0.51 1.75 1.78 2.04 1.73 1.81 1.55 1.63 1.3 6.89 3.36 2.97 2.46 1.66 5.31 1.71 1.78 1.71 1.34 3.4 3.22 3.19 2.65 2.25 2.52 2.53 1.5 2.21
Bra011767 (AGP18)
 2.87 2.0 4.82 2.7 6.03 2.9 7.74 7.85 10.69 9.21 10.47 7.69 45.68 10.59 8.91 18.39 13.03 35.18 11.33 9.05 7.5 7.26 15.5 9.51 12.01 10.93 9.93 7.82 7.45 9.03 9.83
Bra011781 (GRF2)
 0.05 0.02 0.06 0.0 0.07 0.09 0.17 0.13 0.21 0.21 0.15 0.1 1.26 0.19 0.15 0.21 0.13 1.03 0.24 0.17 0.27 0.15 1.11 0.37 0.43 0.06 0.18 0.54 0.23 0.45 0.29
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0.42 0.36 0.41 0.37 0.73 0.53 0.5 0.43 0.75 0.52 0.99 0.33 1.76 1.0 1.01 1.13 0.81 1.42 0.74 0.89 0.69 0.56 0.97 0.67 0.68 0.53 0.58 0.57 0.63 0.32 0.71
Bra013116 (AGP9)
 9.1 7.31 9.6 18.48 22.86 16.81 20.75 25.04 26.51 42.99 33.65 32.45 113.75 42.34 41.44 53.48 44.78 126.87 39.83 33.06 37.63 26.94 69.82 26.91 29.97 72.51 22.79 16.88 12.54 17.46 25.47
Bra013339 (LRX5)
 2.02 2.11 3.62 2.73 2.25 0.99 3.09 3.62 6.57 8.86 7.56 7.41 14.53 5.42 5.48 9.24 7.1 22.1 7.13 6.51 6.07 4.95 10.77 6.37 7.18 13.53 7.25 3.69 3.61 6.51 8.0
Bra013582 (sks4)
 1.96 3.26 3.12 9.2 2.77 0.71 2.88 4.87 2.61 6.79 4.63 3.5 17.52 2.64 2.73 8.81 9.01 30.62 2.93 4.43 4.08 3.47 10.91 4.03 4.66 11.84 5.21 3.58 1.86 2.99 3.94
Bra013822 (HB22)
 0.81 0.54 0.35 1.32 2.61 3.55 8.1 8.83 3.76 4.54 3.32 5.37 40.63 4.13 3.71 13.44 14.59 52.01 8.98 6.2 5.93 5.19 11.27 7.83 7.4 4.45 5.71 4.97 3.49 3.76 14.9
Bra014055 (WOX4)
 0.58 0.1 0.19 0.39 2.04 1.04 1.12 1.56 1.25 1.91 1.06 0.77 8.76 1.72 1.17 2.69 2.76 5.06 2.01 1.53 2.42 1.05 2.31 1.88 2.0 1.96 1.3 1.2 1.14 1.09 2.36
325.99 391.41 410.52 382.43 443.49 285.56 287.49 323.16 289.62 406.83 311.32 286.12 567.4 427.96 382.73 428.24 429.29 909.39 395.93 343.1 356.76 339.84 435.87 321.92 353.07 428.63 347.69 298.34 275.26 265.82 286.67
Bra015829 (MUS)
 0.02 0.05 0.04 0.01 0.12 0.1 0.13 0.1 0.16 0.21 0.12 0.15 0.89 0.18 0.07 0.2 0.19 0.99 0.16 0.11 0.1 0.07 0.56 0.19 0.36 0.23 0.29 0.49 0.25 0.33 0.38
5.55 3.84 2.88 0.29 21.32 9.24 17.24 18.76 17.05 24.42 23.48 22.81 60.62 26.42 25.36 30.4 21.54 70.54 24.36 16.2 20.82 15.07 32.31 26.51 24.75 28.55 28.94 33.67 23.29 25.71 27.27
Bra016787 (FMO GS-OX5)
 0.13 0.12 0.09 0.07 0.28 0.22 0.18 0.14 0.37 0.19 0.2 0.26 1.46 0.97 0.55 0.32 0.37 2.48 0.57 0.26 0.26 0.11 0.94 0.55 0.72 1.09 0.73 0.84 0.72 0.54 1.35
Bra016855 (PDF1)
 3.2 1.49 5.49 2.56 24.18 12.09 46.2 45.62 43.15 43.47 54.26 32.14 256.11 37.74 38.24 98.75 55.4 242.83 32.5 32.46 32.08 24.61 74.94 35.11 31.14 38.69 33.24 39.9 21.05 27.62 44.85
Bra017519 (HDG5)
 0.04 0.02 0.07 0.07 0.42 0.14 0.15 0.14 0.41 0.36 0.31 0.26 1.11 0.52 0.45 0.47 0.2 1.62 0.16 0.1 0.2 0.13 0.6 0.3 0.19 0.24 0.26 0.38 0.33 0.33 0.48
0.04 0.1 0.05 0.0 0.2 0.19 0.55 0.33 0.16 0.5 0.56 0.48 4.23 0.75 0.11 0.62 0.81 2.56 0.37 0.21 0.25 0.37 1.69 0.99 0.71 0.92 0.55 1.21 0.59 0.68 0.57
Bra020606 (NEK3)
 0.61 0.52 1.06 0.5 1.47 0.45 1.13 1.13 1.37 1.32 1.44 0.78 6.21 1.47 1.13 1.35 1.63 7.64 1.55 1.23 0.89 0.61 2.46 1.18 1.2 2.48 1.34 1.59 1.2 1.3 1.59
Bra020755 (NHX4)
 0.55 0.05 0.2 0.52 0.6 0.3 0.24 0.74 0.25 0.18 0.32 0.25 1.22 0.42 0.51 0.44 0.43 2.38 0.55 0.3 0.25 0.2 0.37 0.36 0.24 0.34 0.29 0.41 0.11 0.26 0.26
3.78 2.5 5.17 4.63 8.67 4.48 6.09 8.93 8.06 7.23 8.81 8.93 25.82 10.83 8.57 13.0 9.44 19.04 8.82 5.87 7.46 6.14 13.95 17.09 13.75 12.23 13.27 9.97 8.48 15.42 15.81
Bra021707 (LSH3)
 0.07 0.02 0.0 0.0 0.08 0.28 0.38 0.13 0.72 0.52 0.71 0.52 3.27 0.99 1.1 0.74 0.31 4.07 0.63 0.73 0.49 0.66 3.2 1.16 1.49 0.8 1.46 0.57 0.61 0.89 1.09
Bra022602 (MYB82)
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Bra023530 (MUR5)
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Bra023572 (LDIP)
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Bra024087 (XTH17)
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Bra024382 (HB25)
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Bra024984 (HDG5)
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Bra025923 (ATLP-1)
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Bra026219 (FTM2)
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Bra026498 (HMGB6)
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Bra027296 (ZDP)
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Bra028541 (GRF4)
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Bra031158 (LAX2)
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Bra037016 (XI-I)
 0.08 0.07 0.05 0.09 0.31 0.17 0.12 0.07 0.11 0.16 0.21 0.12 0.86 0.32 0.34 0.31 0.2 0.39 0.12 0.21 0.12 0.15 0.41 0.09 0.09 0.14 0.11 0.16 0.13 0.11 0.2
Bra037289 (MSI2)
 1.94 2.04 1.48 1.27 1.31 1.41 1.01 0.86 2.29 2.47 2.26 2.09 7.19 1.78 2.34 2.36 2.4 7.6 1.63 1.63 1.83 2.31 6.71 2.44 2.85 2.21 2.33 2.43 1.33 1.95 4.04
Bra037343 (myc1)
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Bra037651 (BGLU15)
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0.29 0.33 0.11 0.3 1.42 0.41 0.75 0.95 1.05 1.83 0.88 1.09 4.55 2.24 0.73 1.58 1.94 4.76 0.76 0.25 1.18 0.74 2.79 1.93 2.4 0.98 1.57 2.03 1.38 2.3 2.22
Bra039930 (CYP705A20)
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Bra040203 (LTL1)
 0.25 0.07 0.23 0.67 3.8 1.65 2.45 1.3 3.41 5.15 2.64 0.59 22.46 3.98 2.13 12.64 5.66 25.58 2.44 1.65 1.6 2.4 8.24 2.02 1.55 1.22 1.09 2.34 0.87 1.54 2.55

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)