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Heatmap: Cluster_242 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.06 -0.04 -0.08 -0.25 0.79 0.55 -0.47 -0.79 -0.01 -0.34 -0.31 -0.35 -0.46 0.55 0.61 -0.51 -0.3 -0.36 -0.06 -0.53 -0.17 -0.47 0.11 0.16 0.04 -0.08 0.07 0.39 0.45 0.06 0.16
Bra000667 (ISA3)
 -0.27 -0.38 -0.21 -0.64 1.51 0.78 -0.62 -0.55 -0.09 -0.0 -0.11 -0.47 -0.59 1.35 1.03 -0.18 -0.27 0.37 0.06 -0.45 -0.87 -0.49 -0.97 -0.81 -0.92 -1.09 -0.9 0.09 0.11 0.49 -0.08
Bra000872 (PFB1)
 -0.04 -0.34 -0.24 -0.37 0.89 0.7 -0.56 -0.67 0.18 -0.21 -0.21 -0.44 0.05 0.71 0.76 0.14 -0.46 -0.27 -0.18 0.01 -0.53 -0.24 0.08 -0.11 0.17 -0.18 -0.1 -0.0 0.24 -0.26 -0.23
Bra001418 (ATFP8)
 0.06 -0.11 0.22 -0.22 0.74 0.52 -0.43 -0.55 0.09 -0.23 -0.27 -0.16 -0.41 0.28 0.48 -0.35 -0.38 -0.35 -0.21 -0.28 -0.2 -0.06 0.36 0.02 0.04 -0.07 -0.04 0.14 0.44 0.03 -0.18
-0.53 -0.58 -0.54 -0.93 1.87 1.52 -1.56 -1.78 -0.21 -0.25 -0.33 -0.8 -1.45 1.41 1.43 -0.41 -0.99 -2.58 -1.55 -0.58 -0.37 -0.45 -0.5 -0.57 -0.51 -0.88 -0.54 0.23 0.63 0.41 0.21
0.16 -0.19 -0.07 -0.18 0.33 0.62 -0.49 -0.74 -0.03 -0.44 0.07 -0.44 -0.62 0.5 0.52 -0.31 -0.37 -0.38 -0.67 -0.33 -0.25 -0.13 0.17 0.13 -0.01 -0.0 -0.08 0.19 0.66 0.24 0.55
Bra004271 (NAP3)
 0.32 0.19 -0.62 -0.78 1.36 1.12 -1.76 -1.72 0.1 -0.56 -0.82 -0.86 -1.54 0.51 1.06 -0.41 -0.89 -0.36 0.03 -0.77 -0.5 -0.38 -0.26 -0.11 -0.07 0.06 -0.21 0.51 0.74 0.53 0.02
Bra004463 (IES2A)
 0.17 0.32 0.01 0.01 0.59 0.44 -0.4 -0.29 -0.06 -0.21 0.01 -0.14 -0.57 0.69 0.71 -0.23 -0.28 0.32 -0.43 -0.41 -0.36 -0.52 0.13 -0.04 -0.24 -0.37 -0.03 -0.21 0.11 -0.02 -0.0
Bra005547 (MIP1)
 0.23 0.31 0.49 -0.1 0.62 0.42 -0.73 -0.73 -0.11 -0.27 -0.05 -0.39 -0.63 0.57 0.47 -0.22 -0.63 -0.02 -0.38 -0.28 -0.85 -0.42 0.09 0.08 0.1 -0.2 0.03 0.27 0.36 0.11 0.18
Bra005816 (ACR12)
 -0.17 -0.61 -0.8 -1.05 1.02 0.91 -0.59 -1.09 0.2 -0.09 -0.2 -0.38 -0.6 0.56 0.82 -0.28 -0.54 0.02 0.21 -0.45 -0.32 -0.08 0.21 0.23 -0.02 -0.15 -0.14 0.29 0.49 0.01 -0.31
Bra007068 (NCA1)
 0.02 -0.25 -0.44 -0.37 0.76 0.62 -0.23 -0.71 0.02 -0.21 -0.08 -0.39 -0.47 0.62 0.58 0.09 -0.19 -0.35 0.24 0.03 -0.09 0.21 0.07 -0.04 -0.06 -0.4 -0.1 -0.14 0.08 -0.16 0.06
Bra007423 (MGT6)
 0.13 0.02 0.06 -0.35 0.69 0.57 -0.54 -0.67 0.02 -0.27 -0.28 -0.11 -0.2 0.52 0.58 -0.22 -0.18 -0.47 -0.32 -0.39 -0.39 0.04 -0.05 0.1 0.06 -0.23 0.02 0.06 0.32 0.24 0.05
Bra008031 (PHL)
 0.06 -0.23 -0.33 -0.71 0.68 0.59 -0.89 -1.07 -0.2 -0.38 -0.47 -0.4 -0.58 0.51 0.83 -0.13 -0.34 -0.18 -0.27 -0.4 -0.6 -0.51 0.08 -0.08 0.31 0.09 0.31 0.7 0.6 0.38 0.1
0.02 -0.16 -0.01 -0.41 1.23 0.89 -0.31 -0.34 -0.02 -0.07 -0.12 -0.31 -0.71 0.97 0.97 -0.06 0.15 0.52 0.19 -0.02 -0.36 -0.57 -1.86 -0.7 -0.72 -1.3 -0.85 -0.54 0.13 0.1 -0.06
Bra008043 (CKL2)
 0.02 -0.08 -0.37 -0.39 0.67 0.46 -0.22 -0.59 0.05 -0.19 -0.12 -0.12 -0.45 0.44 0.61 -0.19 -0.03 -0.3 -0.23 -0.12 -0.14 -0.15 -0.14 -0.09 0.1 -0.2 0.17 0.27 0.18 0.11 0.11
Bra008360 (DA2)
 -0.09 -0.28 0.13 -0.7 1.11 0.87 -0.3 -0.92 0.14 -0.33 -0.81 -0.6 -0.97 0.87 0.39 -0.13 -0.85 -0.31 -0.41 -0.55 -0.85 -0.75 0.55 -0.08 0.0 -0.12 -0.03 0.25 0.56 0.34 0.38
-0.13 -0.37 0.06 0.02 0.99 0.69 -0.83 -1.2 0.06 -0.1 -0.33 -0.3 -0.49 0.46 0.75 -0.12 -0.12 -0.51 -0.48 -0.66 -0.71 -0.39 -0.2 0.17 0.16 -0.11 -0.19 0.48 0.58 0.22 0.1
Bra008924 (LOG8)
 -1.62 -1.22 -1.3 -1.97 2.53 1.5 -1.62 -1.93 -0.59 -0.62 -1.11 -1.39 -0.99 2.32 2.12 -0.21 -0.86 -0.75 -0.19 -0.45 -1.16 -0.35 0.44 -1.76 -1.84 -2.3 -2.01 -1.44 -1.58 -2.13 -2.28
-0.48 -0.75 -0.44 -1.24 1.02 0.69 -0.68 -1.03 0.06 -0.06 -0.33 -0.23 -0.46 0.9 0.76 -0.32 -0.41 -0.26 -0.17 -0.54 -0.58 -0.11 0.33 0.3 -0.07 -0.18 -0.09 0.04 0.46 0.32 0.45
Bra009826 (KNAT3)
 -0.37 -0.55 -0.54 -0.67 1.0 0.96 -0.25 -0.92 -0.04 -0.71 -0.29 -0.58 -0.64 0.66 0.64 -0.11 -0.37 -0.12 -0.27 -0.31 -0.42 -0.2 0.53 -0.02 -0.01 -0.19 -0.1 0.41 0.59 0.1 0.08
Bra010441 (ABI1)
 -0.45 -0.28 -0.98 -1.44 1.4 1.08 -0.42 -0.83 0.35 -0.12 0.16 -0.3 -1.4 0.58 0.86 0.26 -0.3 -0.4 0.03 0.06 -0.08 -0.25 0.08 -0.31 -0.64 -1.48 -0.37 0.02 0.3 0.11 0.16
-0.13 -0.27 -0.24 -0.78 1.57 1.16 -0.81 -1.47 0.01 -0.33 -0.2 -0.77 -1.5 0.95 0.85 -0.51 -0.3 -1.15 0.3 -0.87 -0.58 -0.44 0.37 0.3 0.05 -0.43 -0.01 0.07 0.43 -0.32 -0.55
Bra011659 (TRA1b)
 -0.12 -0.26 -0.61 -0.91 1.2 1.01 -1.08 -1.22 -0.03 -0.41 -0.3 -0.46 -0.77 1.0 0.95 0.03 -0.51 -0.51 -0.11 -0.25 -0.74 -0.39 -0.35 0.06 -0.04 -0.08 0.08 0.24 0.59 0.09 -0.09
Bra012118 (ATG101)
 0.3 0.4 -0.35 -0.17 0.53 0.82 -0.25 -1.07 0.04 -0.59 -0.34 -0.43 -1.12 0.59 0.29 -0.37 -1.35 -0.77 -0.26 -0.41 -0.76 -0.26 0.65 -0.12 0.28 0.09 0.09 0.44 0.83 0.16 -0.01
Bra012600 (TCP2)
 0.42 -0.23 -0.24 -0.78 0.97 0.26 -0.54 0.19 0.28 -0.45 -0.01 0.06 -0.6 0.78 1.04 -0.29 -0.56 0.03 -0.28 -0.21 -0.43 -0.37 -0.52 -0.21 -0.58 -0.2 -0.46 0.29 0.3 0.09 -0.12
Bra013241 (PRT1)
 -0.18 -0.02 -0.17 -0.32 0.71 0.45 -0.5 -0.29 0.05 -0.29 -0.35 -0.33 -0.1 0.67 0.7 -0.3 -0.33 0.27 -0.16 -0.42 -0.35 -0.55 0.14 -0.14 -0.09 -0.56 -0.15 0.24 0.22 0.35 0.34
Bra013807 (RGTA1)
 -0.07 0.06 -0.16 -0.71 0.71 0.44 -0.37 -0.7 -0.28 -0.22 -0.35 -0.23 -0.2 0.67 0.72 -0.19 -0.35 0.09 -0.17 -0.11 -0.35 -0.34 0.59 -0.07 -0.17 -0.3 -0.26 0.14 0.34 0.2 0.11
0.14 0.42 0.37 0.02 0.51 0.29 -0.55 -0.38 -0.35 -0.2 -0.29 -0.31 -0.57 0.55 0.65 -0.26 -0.3 0.17 -0.26 -0.32 -0.27 -0.34 0.19 0.08 0.07 -0.32 -0.11 0.1 -0.03 0.02 0.15
Bra018037 (ADR2)
 0.02 -0.18 -0.0 -0.46 0.72 1.05 -0.33 -0.74 -0.11 -0.19 -0.07 -0.4 -0.75 0.71 0.75 0.03 -0.18 -0.34 0.01 0.29 -0.11 -0.11 -0.44 -0.12 -0.14 -0.93 -0.33 0.09 0.27 -0.17 0.0
Bra018060 (REF6)
 0.01 -0.03 -0.29 -0.25 0.62 0.54 -0.15 -0.14 -0.14 -0.28 -0.24 -0.21 -0.23 0.41 0.56 0.05 -0.05 -0.2 -0.41 -0.08 -0.17 -0.19 0.2 -0.11 -0.07 0.06 -0.15 0.02 0.14 -0.13 0.19
Bra019539 (PIMT1)
 -0.14 -0.22 -0.19 -0.64 0.85 0.83 -0.39 -0.81 -0.03 -0.21 -0.12 -0.15 -0.45 0.33 0.71 0.01 -0.25 0.09 0.01 -0.36 -0.11 0.02 0.07 0.07 -0.17 -0.27 -0.1 0.21 0.23 -0.03 -0.33
0.11 0.19 -0.22 -0.9 1.0 0.48 -0.63 -0.62 0.25 -0.07 -0.17 -0.06 -0.27 0.69 0.77 -0.15 -0.17 -0.24 -0.24 -0.35 -0.37 -0.13 -0.21 -0.01 -0.19 -0.7 -0.13 0.03 0.27 0.14 0.04
Bra021053 (ZIFL2)
 0.56 -0.3 -0.26 -0.74 1.41 0.7 -0.94 -0.99 0.82 -0.49 0.01 0.36 -1.04 0.97 1.04 -0.51 -0.56 -0.45 0.02 -0.14 -1.06 -0.39 -0.66 -0.6 -0.57 -0.93 -0.89 -0.06 0.23 0.44 -0.15
Bra022240 (DYRKP-1)
 0.17 0.02 0.12 0.02 0.6 0.34 -0.22 -0.11 -0.04 -0.34 -0.3 -0.4 -0.1 0.42 0.45 -0.01 -0.18 -0.1 -0.31 -0.21 -0.39 -0.31 0.05 -0.07 -0.06 -0.23 -0.16 0.19 0.29 -0.09 0.22
Bra022747 (CRL)
 -0.4 -0.66 -0.44 -1.12 0.9 0.73 -1.19 -1.93 -0.03 -1.09 -0.43 -0.52 -1.05 1.22 0.91 -0.41 -1.03 -0.05 -0.23 -0.21 -0.34 -0.53 0.35 0.23 0.53 -0.13 -0.2 0.67 0.8 0.4 -0.18
Bra023522 (SCC2)
 0.05 -0.02 -0.17 -0.22 0.63 0.69 -0.38 -0.47 -0.14 -0.13 -0.1 -0.17 -0.62 0.66 0.83 0.09 -0.3 -0.38 -0.04 -0.25 -0.64 -0.28 -0.15 -0.2 -0.02 -0.11 -0.12 0.26 0.32 -0.09 0.06
-0.35 -1.35 -1.5 -2.39 2.45 2.2 -2.28 -2.03 -0.37 -0.62 -0.95 -1.15 -2.54 1.74 1.91 -0.87 -1.16 -2.7 -0.45 -0.95 -0.63 -0.94 -3.68 -1.24 -1.37 -1.98 -1.52 0.52 0.44 -0.44 -0.97
Bra026222 (UBC1)
 0.19 0.24 0.28 -0.12 1.01 0.7 -0.64 -1.32 -0.08 -0.46 -0.22 -0.28 -0.51 0.51 0.75 -0.22 -0.41 -0.13 -0.36 -0.23 -0.2 -0.01 -0.01 0.0 -0.01 -0.17 -0.06 0.13 0.24 -0.14 -0.6
Bra026542 (ACR5)
 0.03 -0.49 -0.68 -0.61 0.79 1.01 -1.17 -1.15 0.34 -0.41 -0.27 -0.16 -1.7 0.89 0.18 -0.82 -1.12 -1.49 -0.32 -0.34 -0.02 -0.45 0.14 0.48 0.37 -0.44 0.19 0.78 0.91 0.32 0.17
0.06 0.02 -0.25 -0.58 1.0 0.7 -0.44 -0.65 0.09 -0.09 -0.15 -0.12 -0.33 0.86 0.81 -0.34 -0.29 -0.39 -0.03 -0.08 -0.14 0.18 0.21 -0.12 -0.45 -0.51 -0.46 -0.22 0.12 -0.14 -0.31
Bra027152 (PI3K)
 0.24 0.14 0.09 -0.31 0.44 0.63 -0.86 -1.12 0.06 -0.39 -0.26 -0.27 -0.87 0.61 0.55 -0.39 -0.55 -0.39 -0.15 -0.32 -0.65 -0.21 0.17 0.2 0.15 -0.0 0.06 0.5 0.61 0.1 0.1
Bra027909 (GONST1)
 -0.38 -0.38 -0.56 -1.04 0.96 0.93 -0.27 -0.54 -0.04 -0.23 -0.18 -0.26 -0.5 0.69 0.75 -0.12 -0.3 -0.12 -0.3 -0.06 -0.3 0.12 0.26 0.03 -0.0 -0.31 -0.15 0.01 0.2 0.14 -0.2
Bra028518 (WNK8)
 -0.1 0.03 -0.05 -0.38 0.52 0.49 -0.53 -0.49 0.07 -0.23 -0.2 -0.13 -0.39 0.45 0.42 -0.31 -0.32 -0.27 -0.3 -0.06 -0.36 -0.2 -0.13 0.32 0.28 -0.12 0.29 0.25 0.42 0.02 -0.01
0.18 0.03 -0.67 -0.36 0.91 0.76 -0.47 -1.06 0.1 -0.15 -0.16 -0.08 -0.83 0.55 0.56 -0.3 -0.21 -0.18 0.14 0.02 -0.3 -0.16 -0.08 -0.01 -0.13 -0.45 -0.06 0.2 0.37 0.03 -0.08
Bra029332 (VIP4)
 0.23 0.3 0.06 -0.48 0.48 0.27 -0.88 -0.65 -0.19 -0.45 -0.37 -0.43 -0.46 0.5 0.55 -0.49 -0.48 0.06 -0.35 -0.31 -0.36 -0.2 0.31 0.08 0.16 0.09 0.09 0.42 0.4 0.2 0.33
0.01 -0.13 -0.25 -0.34 0.72 0.86 -0.27 -0.73 -0.02 -0.32 -0.12 -0.4 -0.56 0.47 0.37 0.05 -0.14 -0.25 -0.09 -0.01 -0.17 0.0 -0.17 0.08 -0.09 -0.04 -0.04 0.33 0.29 -0.2 -0.08
Bra031111 (PFA2)
 -0.11 -0.65 -0.67 -1.52 1.72 1.57 -0.71 -1.31 0.28 -0.62 -0.07 -1.37 -0.48 1.32 1.3 -0.22 -0.56 -0.93 -0.28 -0.37 -0.01 -0.01 0.3 -0.46 -0.45 -1.55 -0.73 0.05 -0.04 -0.87 -1.03
Bra031310 (UGT71B6)
 0.1 -0.4 -0.01 -0.25 1.18 0.79 -0.82 -0.37 -0.06 -0.56 -0.86 -0.18 -1.37 1.15 1.08 -0.81 -1.0 -0.3 -0.02 -0.68 -0.94 -0.64 -1.0 -0.21 -0.41 -0.35 -0.17 0.58 0.66 0.74 0.03
Bra031640 (CORD2)
 -0.51 -0.64 -0.26 -0.24 1.14 1.09 -0.72 0.01 -0.2 -0.42 -0.51 0.06 -1.05 1.33 0.93 -0.64 -0.87 -1.85 -0.79 -0.46 -0.61 -0.89 -0.19 -0.24 -0.31 -0.16 -0.37 0.54 0.76 0.39 0.21
Bra031966 (HOZ)
 0.31 -0.05 -0.26 -0.19 0.89 0.55 -0.14 -0.76 0.17 -0.03 -0.05 -0.12 -0.52 0.37 0.35 -0.24 -0.21 -0.36 0.05 -0.08 -0.14 -0.04 0.02 -0.16 -0.26 -0.42 -0.17 0.25 0.21 -0.06 -0.05
Bra033388 (BE2)
 -0.53 -0.63 -0.54 -1.21 1.75 1.02 -0.71 0.27 -0.14 -0.3 -0.9 -0.31 -0.83 1.41 1.31 -0.55 -0.9 0.25 -0.14 -1.08 -1.19 -0.97 -1.21 -1.18 -1.46 -1.86 -1.27 0.61 0.25 1.06 0.14
Bra034698 (CWC15)
 -0.06 0.1 -0.2 -0.27 0.54 0.62 -0.22 -0.64 0.18 -0.14 -0.24 -0.32 -0.28 0.56 0.61 -0.12 -0.42 -0.19 -0.11 -0.1 -0.22 -0.19 0.27 -0.03 -0.04 -0.24 -0.24 0.22 0.3 -0.03 -0.15
Bra035249 (RDR2)
 0.39 -0.36 -0.75 -0.68 1.08 0.86 -0.42 -0.93 -0.15 -0.55 -0.34 -0.51 -0.36 0.72 0.88 -0.05 -0.27 -0.6 -0.39 -0.46 -0.25 -0.62 -0.05 -0.09 0.02 -0.22 0.02 0.22 0.54 0.24 0.19
Bra035279 (OPT7)
 0.06 -0.45 -0.57 -0.12 1.85 1.86 -0.44 -0.91 0.46 -0.49 -0.47 -1.48 -1.19 1.77 1.71 -0.86 -1.65 -0.73 -0.66 -0.57 -0.77 -0.86 -1.24 -1.41 -1.59 -1.73 -1.74 0.12 0.36 -0.74 -2.04
0.11 0.01 0.01 -0.25 1.24 0.91 -0.79 -0.81 -0.08 -0.33 -0.29 -0.59 -0.12 1.04 1.02 0.09 -0.22 -0.39 0.01 -0.14 -0.36 -0.29 -0.38 -0.38 -0.44 -0.68 -0.45 -0.12 0.06 -0.24 -0.28
0.25 -0.3 -0.26 -0.23 1.05 0.94 -0.47 -1.15 0.15 -0.36 0.01 -0.2 -0.86 0.54 0.72 -0.25 -0.54 -0.84 -0.37 -0.17 -0.57 -0.21 -0.71 0.03 -0.12 -0.42 -0.18 0.37 0.62 0.37 0.19
Bra036884 (ARD1)
 0.15 -0.14 -0.71 -0.57 0.69 0.69 -0.06 -0.58 0.08 -0.14 -0.13 -0.14 -0.42 0.24 0.57 -0.15 -0.2 0.06 0.05 -0.28 -0.19 -0.08 0.22 0.06 -0.06 -0.2 0.03 0.05 0.12 0.03 -0.07
Bra037947 (NFU2)
 -0.08 -0.06 -0.07 -0.15 0.8 0.51 -0.34 -1.07 0.07 -0.09 -0.13 -0.64 -0.75 0.57 0.7 -0.38 -0.38 -0.4 -0.39 -0.3 -0.53 -0.61 0.6 0.09 -0.01 -0.21 0.01 0.28 0.43 0.23 0.21
-0.15 -0.17 0.07 -0.08 1.03 0.55 -0.5 -0.35 0.15 0.11 0.07 -0.02 -0.56 0.71 0.53 0.04 -0.12 -0.32 -0.25 -0.47 -0.36 -0.09 -0.59 -0.32 -0.43 -0.77 -0.4 0.14 0.3 0.35 0.04
Bra039199 (ICK1)
 -0.0 0.05 0.22 -0.31 0.75 0.75 -0.18 -0.29 0.02 -0.35 -0.18 -0.23 -0.24 0.8 0.59 -0.17 -0.25 -1.54 -0.29 -0.17 -0.23 0.02 -0.71 0.15 0.04 -0.94 -0.13 0.09 0.4 0.11 0.02

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.