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Heatmap: Cluster_257 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000561 (NTP9)
 -0.12 0.02 0.07 -0.45 0.38 0.45 -0.47 -0.56 -0.04 -0.27 -0.15 -0.26 -0.48 0.68 0.76 0.1 -0.1 -0.05 -0.01 -0.12 -0.37 -0.29 0.21 -0.09 -0.12 -0.2 -0.05 0.04 0.22 -0.01 0.2
-0.19 0.01 0.05 -0.41 0.76 0.82 -0.78 -0.65 -0.01 -0.32 -0.3 -0.37 -0.6 0.74 0.96 -0.09 -0.54 0.11 -0.1 -0.27 -0.45 -0.35 -0.09 -0.12 -0.06 -0.35 -0.21 -0.03 0.35 -0.01 0.37
0.04 -0.35 -0.19 -0.55 0.36 0.61 -0.45 -0.47 0.12 -0.31 -0.18 -0.15 -0.27 0.67 0.86 -0.13 -0.1 0.08 -0.04 -0.1 -0.22 -0.15 0.34 -0.21 -0.09 -0.65 -0.15 -0.18 0.27 0.02 0.22
-0.04 -0.01 0.04 -0.41 0.64 0.55 -0.53 -0.49 -0.05 -0.21 -0.3 -0.26 -0.55 0.57 0.84 0.06 -0.12 0.23 -0.04 -0.18 -0.52 -0.09 0.28 -0.35 -0.25 -0.34 -0.21 -0.02 0.16 0.11 0.13
Bra004160 (ETR)
 0.02 0.19 0.19 -0.44 0.63 0.69 -0.65 -0.9 0.06 -0.11 -0.19 -0.28 -0.84 0.83 0.98 -0.08 -0.28 0.02 0.09 -0.18 -0.23 -0.14 0.42 -0.27 -0.42 -0.6 -0.31 -0.07 0.14 -0.18 -0.25
Bra004808 (ATG4A)
 0.43 0.35 0.48 -0.23 0.76 0.78 -0.47 -0.88 0.26 -0.37 -0.22 -0.05 -0.6 0.82 0.73 -0.44 -0.76 0.01 -0.31 -0.3 -0.56 -0.16 0.62 -0.35 -0.57 -0.35 -0.59 -0.15 0.06 -0.11 -0.48
Bra004829 (STUbL6)
 0.16 -0.09 -0.09 -0.26 0.48 0.6 -0.58 -0.66 0.0 -0.26 -0.28 -0.59 -0.62 0.88 1.0 0.07 -0.2 -0.06 -0.1 -0.08 -0.4 -0.1 0.44 -0.1 -0.11 -0.72 -0.03 0.05 0.14 -0.08 -0.31
-0.0 0.33 0.23 0.08 0.65 0.52 -0.47 -0.55 -0.24 -0.31 -0.26 -0.4 -0.07 0.81 0.65 -0.21 -0.33 -0.03 -0.31 -0.17 -0.32 -0.28 0.41 -0.1 -0.2 -0.43 -0.27 -0.11 -0.01 -0.01 0.02
Bra005994 (HDC1)
 0.12 -0.02 0.01 -0.08 0.42 0.5 -0.09 -0.24 -0.11 -0.19 -0.21 -0.2 -0.11 0.47 0.52 0.2 -0.08 -0.15 -0.21 -0.16 -0.22 -0.15 0.36 -0.22 -0.22 -0.2 -0.24 -0.0 0.08 -0.23 0.03
Bra007057 (SUA)
 0.14 -0.08 0.11 -0.18 0.47 0.6 -0.17 -0.45 -0.12 -0.19 -0.28 -0.33 -0.44 0.51 0.59 0.1 -0.16 -0.03 0.08 -0.1 -0.44 -0.15 0.25 -0.08 -0.16 -0.26 -0.16 -0.01 0.17 -0.12 0.02
Bra008968 (CCR4f)
 -0.01 0.12 0.32 -0.17 0.52 0.47 -0.68 -0.53 0.07 -0.2 -0.06 -0.24 -0.41 0.71 0.94 -0.08 -0.3 0.04 -0.17 -0.09 -0.33 -0.21 0.29 -0.25 -0.22 -0.27 -0.37 -0.0 0.19 -0.22 -0.27
Bra009330 (SL5)
 0.26 0.25 0.41 -0.3 0.24 0.5 -0.55 -0.59 -0.11 -0.29 -0.12 -0.28 -0.46 0.64 0.76 0.07 -0.21 0.0 -0.19 -0.11 -0.34 -0.19 0.16 -0.32 -0.18 -0.41 -0.1 -0.23 0.23 0.07 0.15
Bra009791 (SHBY)
 0.09 0.14 -0.17 -0.42 0.86 0.63 -0.53 -0.35 -0.34 -0.28 -0.42 -0.33 -0.53 0.69 0.96 -0.0 -0.23 0.18 -0.15 -0.2 -0.46 -0.35 0.25 -0.36 -0.35 -0.13 -0.1 -0.19 -0.0 -0.08 0.34
-0.13 0.2 0.51 0.21 0.6 0.65 -0.48 -1.18 0.01 -0.39 -0.39 -0.45 -0.92 0.94 0.81 -0.23 -0.51 0.08 0.1 -0.05 -0.44 -0.24 0.27 -0.23 -0.18 -0.53 -0.31 0.0 0.22 -0.11 -0.19
Bra010931 (TANG1)
 -0.04 0.11 0.13 -0.29 0.47 0.48 -0.51 -0.69 -0.11 -0.2 -0.06 -0.29 -0.3 0.58 0.75 0.15 -0.13 -0.09 -0.1 -0.14 -0.4 -0.23 0.31 -0.19 -0.14 -0.24 0.07 0.02 0.07 -0.27 0.21
Bra012180 (SCS2A)
 -0.12 -0.26 -0.11 -0.58 0.47 0.63 -0.3 -0.47 0.12 -0.14 -0.04 -0.24 -0.61 0.59 0.7 -0.08 -0.18 -0.25 -0.16 -0.11 -0.42 -0.24 0.41 -0.12 -0.03 -0.25 -0.17 -0.15 0.23 0.23 0.37
Bra013550 (RPB2)
 0.04 0.15 -0.02 -0.46 0.31 0.37 -0.57 -0.44 0.18 -0.09 -0.09 -0.16 -0.52 0.78 0.8 0.03 -0.22 0.05 -0.05 -0.07 -0.15 -0.14 0.44 -0.36 -0.43 -0.35 -0.35 -0.0 0.15 -0.1 0.04
Bra013743 (UIEF2)
 -0.23 0.27 0.19 -0.39 0.38 0.45 -0.55 -0.66 -0.09 -0.18 -0.17 -0.19 -0.44 0.74 0.8 -0.23 -0.25 -0.02 -0.0 -0.08 -0.19 -0.14 -0.08 -0.04 -0.18 -0.21 -0.21 0.01 0.37 0.1 0.02
Bra013824 (MOS1)
 0.05 -0.02 0.09 -0.2 0.3 0.34 -0.44 -0.55 -0.03 -0.09 -0.17 -0.03 -0.4 0.42 0.67 -0.03 -0.19 -0.07 -0.14 -0.08 -0.29 -0.24 0.32 -0.02 -0.15 -0.29 -0.03 -0.06 0.16 0.17 0.23
-0.24 0.06 -0.04 -0.46 0.48 0.57 -0.47 -0.63 0.03 -0.35 -0.12 -0.21 -0.46 0.72 0.83 -0.02 -0.11 -0.02 -0.03 -0.15 -0.35 -0.38 0.66 -0.28 -0.17 -0.49 -0.28 -0.02 0.1 -0.06 0.29
Bra015246 (SNX4)
 0.26 0.35 0.31 -0.05 0.66 0.61 -0.67 -0.8 0.0 -0.15 -0.07 -0.2 -0.77 0.76 0.79 -0.18 -0.33 0.11 -0.18 -0.15 -0.41 -0.25 0.37 -0.4 -0.47 -0.43 -0.33 -0.07 0.17 -0.14 -0.25
0.36 0.62 0.53 0.08 0.73 0.54 -1.25 -1.51 0.17 -0.37 -0.23 0.05 -0.61 1.02 1.06 -0.1 -0.26 0.19 -0.0 -0.34 -0.06 -0.49 0.17 -0.86 -0.71 -0.73 -0.82 -0.31 -0.14 0.05 -0.55
Bra015828 (XRN3)
 0.06 0.15 0.19 -0.08 0.54 0.61 -0.36 -0.09 -0.06 -0.31 -0.54 -0.26 -0.42 0.72 0.67 -0.07 -0.23 -0.01 -0.21 -0.2 -0.24 -0.32 0.31 -0.14 -0.21 -0.46 -0.25 0.03 0.0 -0.02 0.05
Bra015951 (TAF2)
 0.1 0.14 0.19 -0.07 0.44 0.44 -0.49 -0.5 0.08 -0.28 -0.12 -0.14 -0.39 0.65 0.58 -0.0 -0.19 -0.04 -0.04 -0.19 -0.37 -0.37 0.25 -0.29 -0.17 -0.23 -0.28 -0.09 0.2 -0.03 0.24
0.14 0.47 -0.05 -0.61 0.41 0.77 -0.7 -0.8 0.03 -0.54 -0.3 -0.35 -0.14 0.86 1.2 -0.15 -0.23 0.03 -0.21 -0.48 -0.58 -0.44 0.32 -0.29 -0.13 -0.5 -0.25 -0.33 0.21 -0.06 0.18
Bra023242 (IWS1)
 0.26 0.29 0.18 -0.06 0.34 0.62 -0.4 -0.6 0.05 -0.26 -0.21 -0.22 -0.38 0.6 0.75 -0.08 -0.23 0.11 -0.14 -0.18 -0.26 -0.01 0.48 -0.24 -0.32 -0.42 -0.44 -0.02 0.09 -0.22 -0.39
Bra023252 (CEO)
 -0.02 0.1 -0.0 -0.24 0.33 0.62 -0.33 -0.65 -0.11 -0.37 -0.25 -0.33 -0.59 0.68 0.9 0.04 -0.18 0.19 -0.01 -0.18 -0.34 -0.08 0.67 -0.15 -0.2 -0.38 -0.14 -0.05 0.13 -0.2 -0.39
-0.21 -0.22 -0.12 -0.56 0.63 0.63 -0.74 -0.85 -0.02 -0.12 -0.07 -0.08 -0.65 0.87 0.85 0.03 -0.17 0.28 0.21 -0.19 -0.49 -0.24 0.63 -0.32 -0.17 -0.57 -0.2 -0.22 0.13 -0.07 -0.07
-0.11 0.02 0.1 -0.64 0.5 0.69 -0.68 -0.88 0.12 -0.18 -0.33 -0.24 -0.59 0.83 0.91 -0.19 -0.35 0.25 0.02 -0.06 -0.59 -0.04 0.36 -0.18 -0.52 -0.47 -0.2 -0.25 0.22 0.01 0.36
Bra023516 (UFD2)
 0.17 0.32 -0.22 -0.16 0.56 0.66 -0.6 -0.83 0.0 -0.21 -0.16 -0.17 -0.18 0.7 0.93 -0.05 -0.05 -0.05 -0.16 -0.3 -0.53 -0.21 0.38 -0.24 -0.36 -0.34 -0.27 -0.1 -0.01 -0.22 0.06
Bra024292 (HEN4)
 0.12 0.1 0.18 -0.25 0.38 0.49 -0.48 -0.6 0.07 -0.09 -0.16 -0.13 -0.58 0.69 0.71 0.02 -0.16 -0.07 0.01 -0.12 -0.24 -0.19 0.19 -0.17 -0.27 -0.48 -0.14 0.09 0.23 -0.11 -0.13
Bra024680 (CUL3)
 -0.07 -0.09 -0.07 -0.35 0.28 0.54 -0.24 -0.48 0.08 -0.24 -0.11 -0.27 -0.21 0.53 0.6 0.06 -0.16 -0.11 -0.09 -0.1 -0.23 -0.05 -0.03 -0.1 -0.06 -0.26 -0.08 0.02 0.24 0.03 0.31
Bra025295 (RST1)
 0.12 -0.04 0.05 -0.26 0.52 0.5 -0.34 -0.42 0.11 -0.04 -0.15 -0.22 -0.27 0.7 0.68 0.09 -0.14 -0.07 -0.12 -0.24 -0.21 -0.15 0.25 -0.36 -0.31 -0.35 -0.23 -0.13 0.01 -0.13 0.16
0.04 0.17 0.14 -0.21 0.44 0.66 -0.58 -0.91 -0.17 -0.38 -0.14 -0.19 -0.42 0.67 0.85 -0.1 0.03 0.2 -0.18 -0.27 -0.15 -0.05 0.29 -0.15 -0.14 -0.27 -0.3 -0.12 0.09 -0.22 -0.07
Bra025865 (AIN1)
 -0.05 0.25 -0.18 -0.48 0.97 1.77 -1.02 -2.16 -0.42 -0.8 -0.78 -0.89 -2.13 1.43 2.11 -0.82 -0.71 -0.8 -0.47 -0.8 -0.58 -0.5 0.82 -0.54 -0.71 -1.68 -0.85 -0.18 0.17 -0.83 -0.93
0.15 0.41 0.26 0.02 0.59 0.44 -0.45 -0.6 0.13 -0.11 -0.01 -0.05 -0.18 0.64 0.75 -0.1 -0.32 -0.06 -0.09 -0.27 -0.26 -0.18 0.49 -0.27 -0.44 -0.48 -0.42 -0.24 -0.08 -0.36 -0.29
-0.12 -0.06 0.05 -0.4 0.39 0.45 -0.43 -0.47 -0.16 -0.25 -0.31 -0.2 -0.29 0.64 0.79 0.07 -0.11 0.31 -0.04 -0.09 -0.22 -0.15 0.42 -0.2 -0.09 -0.2 -0.15 -0.09 -0.12 -0.11 0.1
Bra028790 (NAC2)
 0.14 -0.05 -0.18 -0.17 0.73 0.88 -0.44 -0.53 -0.19 -0.38 -0.67 -0.4 -0.4 0.67 0.95 -0.03 -0.2 0.07 -0.25 -0.02 -0.17 -0.3 0.6 -0.36 -0.25 -0.52 -0.33 -0.31 0.12 -0.23 0.15
Bra029177 (SF1)
 0.2 0.38 0.29 -0.23 0.28 0.41 -1.1 -1.19 0.23 -0.29 -0.08 -0.07 -0.36 0.78 0.99 0.06 -0.19 0.19 0.01 -0.22 -0.33 -0.24 0.29 -0.27 -0.39 -0.42 -0.24 -0.29 -0.02 -0.11 -0.09
Bra029586 (REP)
 0.08 0.21 0.16 -0.33 0.66 0.26 -0.56 -0.83 -0.09 -0.04 -0.31 -0.43 -0.45 0.66 0.95 -0.01 -0.14 -0.18 0.02 -0.11 -0.18 -0.09 0.21 -0.06 -0.2 -0.37 -0.15 -0.12 0.01 -0.07 0.08
Bra030547 (SMP1)
 -0.31 0.34 0.4 -0.24 0.58 0.45 -0.53 -0.86 0.16 -0.26 -0.06 -0.27 -0.59 0.92 0.82 -0.05 -0.41 -0.03 -0.1 -0.12 -0.29 -0.11 0.6 -0.41 -0.38 -0.59 -0.56 -0.2 0.08 -0.1 0.09
Bra030688 (GRAS2)
 0.1 0.01 0.14 -0.39 0.65 1.14 -0.53 -0.98 -0.09 -0.54 -0.42 -0.52 -0.98 0.74 1.01 -0.12 -0.22 0.28 0.17 -0.28 -0.31 -0.21 0.91 -0.25 -0.36 -1.46 -0.38 -0.11 0.25 -0.44 -0.49
Bra030724 (BSL2)
 0.15 0.28 0.05 0.16 0.69 0.66 -0.51 -0.47 -0.35 -0.27 -0.33 -0.43 -0.36 0.57 0.6 -0.08 -0.16 -0.09 -0.3 -0.05 -0.4 -0.27 0.37 -0.22 -0.28 -0.22 -0.12 -0.05 0.13 0.0 -0.0
Bra030809 (ROG2)
 0.11 -0.0 0.18 -0.18 0.42 0.29 -0.69 -0.78 0.17 -0.12 -0.15 -0.14 -0.32 0.64 0.82 0.07 -0.21 0.13 -0.09 -0.13 -0.35 -0.29 0.02 -0.19 -0.08 -0.17 -0.15 0.0 0.21 -0.06 -0.07
Bra030852 (LNO1)
 0.23 0.13 0.1 -0.4 0.46 0.31 -0.59 -0.74 -0.05 -0.16 -0.3 -0.02 -0.25 0.53 0.82 0.09 -0.31 0.08 -0.14 -0.25 -0.42 -0.25 0.56 -0.3 -0.39 -0.09 -0.2 -0.05 0.05 0.07 0.17
Bra030874 (HUB2)
 0.24 0.03 0.09 -0.4 0.57 0.54 -0.45 -0.56 -0.09 -0.41 -0.22 -0.34 -0.4 0.57 0.81 -0.07 -0.25 0.04 0.06 -0.1 -0.37 -0.3 0.38 -0.13 -0.14 -0.47 -0.07 0.08 0.05 -0.13 0.14
Bra032191 (SUE3)
 0.29 0.14 0.17 -0.07 0.34 0.57 -0.6 -0.65 0.03 -0.36 -0.21 -0.4 -0.51 0.77 1.09 -0.1 -0.27 -0.07 -0.25 -0.28 -0.08 -0.22 0.56 -0.18 -0.16 -0.39 -0.31 -0.09 0.09 -0.36 -0.31
0.19 0.33 0.32 -0.46 0.55 0.57 -0.73 -0.73 -0.16 -0.19 -0.16 -0.1 -0.43 0.79 0.93 -0.02 -0.04 0.12 -0.15 -0.22 -0.36 -0.23 0.41 -0.39 -0.46 -0.35 -0.34 -0.19 -0.1 -0.17 -0.02
Bra033652 (CTL06)
 0.25 0.17 0.26 0.18 0.39 0.62 -0.33 -0.67 -0.07 -0.33 -0.22 -0.31 -0.52 0.84 0.83 0.04 -0.31 -0.25 -0.17 0.02 -0.24 -0.24 0.5 -0.26 -0.37 -0.25 -0.5 -0.19 -0.02 -0.36 -0.13
Bra033691 (AtSEC23G)
 -0.34 -0.05 -0.09 -0.43 0.6 0.65 -0.68 -0.45 -0.4 -0.35 -0.39 -0.23 -0.29 0.75 0.83 0.02 -0.21 0.43 -0.1 -0.2 -0.14 -0.32 0.65 0.06 -0.42 -0.51 -0.12 -0.23 0.08 0.1 -0.03
-0.07 0.01 -0.06 -0.23 0.42 0.64 -0.46 -0.35 -0.22 -0.36 -0.18 -0.36 -0.28 0.96 0.93 0.11 -0.02 -0.1 -0.14 -0.03 -0.27 -0.3 0.6 -0.23 -0.34 -0.52 -0.15 -0.08 0.04 -0.4 -0.28
Bra034779 (MTP5)
 0.12 -0.2 0.01 -0.3 0.66 0.8 -0.4 -0.35 -0.04 -0.38 -0.29 -0.56 -0.38 0.69 0.97 -0.11 -0.09 0.26 -0.21 -0.11 -0.37 -0.23 0.59 -0.24 -0.26 -0.88 -0.23 -0.02 0.04 -0.29 -0.15
-0.0 0.02 0.23 -0.3 0.59 0.41 -0.73 -0.63 -0.04 -0.14 -0.14 -0.44 -0.39 0.76 0.83 0.02 -0.42 0.19 -0.15 -0.12 -0.29 -0.41 -0.09 -0.19 -0.27 -0.13 -0.08 -0.0 0.33 0.0 0.13
0.06 -0.23 -0.08 -0.47 0.7 0.65 -0.5 -0.65 -0.06 -0.24 -0.17 -0.3 -0.43 0.51 0.77 0.04 -0.05 -0.03 -0.16 -0.23 -0.34 -0.18 0.01 -0.07 0.04 -0.33 -0.14 -0.05 0.19 0.12 0.32
-0.04 -0.0 0.01 -0.43 0.5 0.35 -0.59 -0.74 -0.06 -0.41 -0.15 -0.18 -0.29 0.67 0.83 0.11 -0.17 0.17 -0.11 -0.07 -0.19 -0.23 0.23 -0.09 -0.11 -0.23 0.08 -0.08 0.1 -0.11 0.05
0.15 0.13 -0.04 -0.2 0.5 0.5 -0.51 -0.29 -0.12 -0.24 -0.29 -0.17 -0.32 0.55 0.66 0.09 -0.13 0.22 -0.04 -0.17 -0.21 -0.19 0.34 -0.28 -0.22 -0.3 -0.15 -0.09 -0.01 -0.11 0.04
Bra038446 (FCA)
 -0.13 0.02 0.07 -0.29 0.6 0.42 -0.68 -0.83 -0.11 -0.25 -0.13 -0.13 -0.22 0.81 0.74 0.0 -0.09 -0.01 -0.16 -0.18 -0.25 -0.18 0.37 -0.15 -0.24 -0.42 -0.24 -0.25 0.1 0.01 0.36
-0.05 -0.03 -0.05 -0.16 0.54 0.6 -0.55 -0.48 -0.08 -0.19 -0.2 -0.16 -0.71 0.74 0.83 0.12 -0.04 0.07 -0.17 -0.03 -0.28 0.09 0.68 -0.08 -0.24 -0.42 -0.35 -0.28 -0.05 -0.33 -0.35
Bra040434 (ATCBG)
 -0.06 0.13 0.05 -0.44 0.49 0.47 -0.25 -0.28 -0.17 -0.26 -0.17 -0.25 -0.13 0.55 0.66 0.06 -0.06 0.06 -0.2 -0.01 -0.28 -0.14 0.48 -0.02 -0.16 -0.45 -0.22 -0.17 0.06 -0.11 -0.07
Bra040685 (UPL7)
 0.09 0.29 -0.05 -0.24 0.43 0.6 -0.29 -0.49 0.02 -0.24 -0.19 -0.15 -0.75 0.7 0.85 0.03 -0.04 -0.28 0.03 -0.22 -0.41 -0.13 0.29 -0.52 -0.3 -0.47 -0.11 -0.12 0.21 -0.08 0.09
0.13 0.21 0.15 -0.17 0.52 0.51 -0.57 -0.55 -0.12 -0.13 -0.09 -0.2 -0.55 0.64 0.74 -0.0 -0.1 -0.03 0.01 -0.11 -0.23 -0.07 0.29 -0.25 -0.28 -0.22 -0.2 -0.14 0.05 -0.15 -0.17

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.