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Heatmap: Cluster_122 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
5.05 3.14 3.75 3.28 7.76 3.33 3.46 3.35 4.63 4.74 6.22 5.27 7.11 4.25 3.91 4.12 5.17 5.55 3.11 4.62 3.82 3.14 7.93 5.2 6.2 4.0 5.33 7.02 5.95 5.74 6.8
Bra001184 (AtHMP25)
 1.37 0.97 1.28 1.0 2.18 1.18 1.18 0.94 1.86 1.42 2.18 1.48 2.01 1.07 1.23 1.92 1.67 1.16 0.8 0.81 1.23 0.96 1.8 1.02 1.28 1.17 1.08 1.41 1.42 1.67 1.93
Bra001250 (NS2)
 1.13 0.85 0.97 1.12 2.17 1.5 0.95 1.02 1.55 1.28 1.5 1.32 1.59 1.43 1.58 1.82 1.3 1.44 0.88 1.27 1.05 1.05 2.39 1.23 1.42 1.29 1.15 1.5 1.35 1.37 2.21
1.17 0.7 1.59 0.22 1.08 0.63 0.27 0.2 0.77 0.8 0.89 0.64 1.32 1.05 0.67 0.66 0.6 1.6 0.67 0.5 0.39 0.81 0.78 0.63 0.83 0.75 0.67 0.58 1.49 1.15 1.7
3.1 2.03 3.47 2.58 5.47 2.39 3.44 3.37 4.44 3.33 2.91 4.39 4.59 3.2 2.75 4.68 3.85 3.81 2.36 2.84 3.33 2.88 1.05 1.36 1.82 1.75 1.08 2.1 1.87 2.22 1.84
Bra002325 (BGAL7)
 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.01 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.05 0.01 0.0 0.01 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.02 0.03 0.04
0.94 0.96 1.21 1.36 3.05 1.84 1.37 1.42 2.48 2.8 2.26 1.92 2.94 2.1 3.13 2.36 1.82 2.47 1.39 1.6 2.06 2.63 3.87 2.01 1.78 1.35 1.04 1.77 1.64 1.01 1.65
Bra002797 (c-NAD-MDH3)
 1.39 1.1 1.56 1.49 2.17 1.23 1.18 1.36 2.03 1.37 1.87 1.54 2.76 1.45 1.61 2.11 1.65 1.26 1.11 1.03 1.32 1.34 2.8 1.44 1.66 1.68 0.97 2.12 1.43 1.78 1.41
Bra003673 (OSML)
 2.43 1.14 2.28 1.58 3.41 2.04 2.08 1.55 2.28 1.72 2.17 1.85 2.78 1.57 2.23 3.24 2.86 2.06 1.6 2.2 1.95 1.7 3.0 2.49 2.87 1.96 1.88 2.08 2.46 2.8 3.02
Bra003845 (SUS6)
 0.92 0.87 0.87 0.89 2.07 1.16 1.27 1.13 2.01 1.67 2.01 1.7 2.29 1.29 1.31 1.88 1.77 1.47 0.95 0.92 0.91 1.28 2.08 1.19 1.23 1.24 0.89 1.64 1.16 1.19 1.09
0.15 0.17 0.37 0.32 1.28 0.53 0.88 0.46 0.95 1.22 0.78 0.46 1.56 0.83 1.09 1.5 1.08 1.46 0.79 1.33 0.61 0.64 0.92 0.37 0.66 0.5 0.41 0.67 0.64 0.44 0.36
1.33 0.9 1.16 1.01 3.04 0.77 1.48 1.0 1.67 1.19 1.34 1.57 1.9 1.11 1.45 1.75 0.92 1.15 0.85 1.19 1.2 0.96 1.27 0.61 1.05 0.4 0.61 1.46 1.56 1.44 1.83
0.93 0.82 2.17 2.05 4.01 1.18 1.01 0.65 2.04 1.61 2.26 2.21 4.53 0.76 1.3 2.96 2.3 3.87 0.87 1.75 0.89 1.2 3.01 2.22 2.74 2.28 0.69 3.84 2.13 3.44 6.4
Bra004607 (ARL3)
 1.39 0.52 0.38 0.52 4.5 2.83 5.08 3.26 3.27 5.49 0.0 1.53 5.05 0.0 0.0 1.26 2.6 1.65 3.46 0.0 2.43 5.17 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra004717 (HVA22F)
 2.56 1.72 2.44 2.11 4.47 2.23 2.07 2.66 3.2 2.89 2.36 2.3 3.63 1.45 3.39 2.95 2.94 2.72 2.26 1.3 1.64 1.52 2.86 1.16 2.96 1.54 1.42 2.43 2.26 2.69 3.3
0.34 0.25 0.3 0.21 0.64 0.34 0.36 0.32 0.28 0.29 0.35 0.24 0.47 0.41 0.36 0.43 0.34 0.5 0.16 0.25 0.21 0.25 0.17 0.31 0.24 0.2 0.2 0.3 0.39 0.46 0.56
Bra005826 (RTM2)
 2.37 1.68 2.71 1.46 4.01 1.94 2.88 2.31 3.48 3.09 3.11 2.14 4.77 2.05 2.56 3.77 3.02 3.25 1.56 2.41 2.45 2.16 3.03 2.19 2.36 2.18 1.72 2.94 2.56 2.77 2.88
2.43 3.65 2.14 2.63 2.4 2.83 1.72 2.32 3.49 3.33 2.49 2.64 3.58 4.17 4.52 2.75 3.97 3.59 1.85 2.27 1.69 3.33 1.66 1.24 0.88 1.06 1.2 1.16 0.98 1.62 1.78
Bra006259 (VPNB1)
 1.0 0.61 1.75 1.11 1.29 0.63 0.73 0.97 0.93 0.75 0.67 0.78 1.53 1.2 1.4 1.11 0.99 1.46 0.57 0.56 0.78 0.83 0.39 0.9 0.48 1.07 0.85 0.95 1.14 1.12 1.22
3.59 2.24 3.31 2.4 5.06 3.21 3.43 3.31 5.06 3.76 4.95 3.85 5.87 2.62 4.74 5.31 3.69 3.51 2.79 4.46 3.48 3.2 6.85 4.09 3.45 3.11 2.96 3.77 3.24 3.38 2.98
Bra008407 (MC5)
 0.85 0.62 0.97 0.9 1.85 0.69 0.84 1.19 0.96 1.16 1.08 1.29 1.3 1.03 1.65 1.07 1.12 1.09 0.97 1.23 1.09 1.01 1.59 0.96 0.84 1.38 0.92 1.13 1.28 1.09 0.46
Bra008567 (NAC86)
 0.08 0.11 0.12 0.06 0.29 0.03 0.21 0.11 0.28 0.06 0.18 0.02 0.09 0.12 0.05 0.2 0.08 0.13 0.11 0.04 0.11 0.1 0.19 0.09 0.08 0.07 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13
0.74 0.65 0.89 0.92 1.08 0.37 0.32 0.43 0.95 0.75 1.23 0.97 1.54 0.74 1.11 0.47 0.99 1.06 0.35 0.57 0.62 0.72 0.54 0.85 0.58 0.59 0.55 0.81 0.63 0.64 0.72
Bra009415 (RTM2)
 1.05 0.88 1.38 0.82 2.15 0.86 1.02 0.99 1.67 1.23 1.69 1.62 2.18 1.49 1.56 1.82 1.5 1.6 1.25 1.13 1.22 1.35 1.44 1.31 1.26 1.24 0.87 1.78 1.27 1.02 0.96
Bra009416 (RTM2)
 0.16 0.14 0.14 0.11 0.39 0.15 0.18 0.19 0.23 0.15 0.23 0.23 0.24 0.23 0.31 0.32 0.22 0.29 0.25 0.16 0.18 0.14 0.16 0.22 0.25 0.23 0.15 0.23 0.22 0.31 0.27
Bra010344 (SMD2)
 3.27 3.22 2.63 3.19 2.76 2.69 2.38 2.41 5.53 2.83 1.19 4.33 3.42 5.06 4.51 4.31 2.75 4.13 2.02 2.77 3.85 4.41 1.49 0.55 0.57 0.76 0.78 0.95 0.81 1.23 0.9
Bra010497 (BURNOUT1)
 0.5 0.25 1.32 0.73 2.36 1.55 1.16 1.75 0.25 0.9 3.0 4.57 4.04 3.58 2.36 4.42 2.36 4.11 2.89 1.8 1.36 2.19 1.8 1.07 0.0 0.87 0.0 0.89 0.0 0.0 0.11
Bra010655 (NEN4)
 0.36 0.08 0.43 0.68 0.74 0.41 0.3 0.47 0.42 0.46 0.92 0.45 0.94 0.58 0.66 0.67 0.81 0.73 0.4 0.55 0.72 0.2 0.97 0.67 0.43 0.48 0.37 0.61 0.62 0.41 0.48
1.42 0.48 0.57 0.43 2.11 1.29 1.38 1.04 1.8 1.14 1.34 1.2 1.78 1.4 1.34 1.37 1.53 2.73 1.44 1.48 0.92 0.87 0.16 1.85 1.4 1.64 1.25 1.36 1.86 1.4 2.15
1.22 0.78 1.13 1.07 1.76 0.82 1.47 1.34 1.32 0.8 1.21 0.99 1.4 0.96 1.04 1.62 1.46 0.91 1.36 0.61 1.03 0.77 1.52 0.84 1.12 1.37 0.74 1.29 1.03 1.42 1.14
Bra011034 (SND2)
 1.08 0.86 1.7 0.84 2.06 0.85 1.1 1.34 1.56 1.04 1.57 1.11 2.31 1.72 1.38 1.62 1.66 1.99 1.23 1.55 1.31 1.61 0.68 1.37 1.67 1.7 1.39 1.3 1.55 2.0 1.99
Bra011544 (COW1)
 0.02 0.0 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.0 0.0 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.0 0.01 0.0 0.0 0.06 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.03 0.05
10.19 9.84 11.81 9.87 11.33 10.39 10.34 9.71 10.71 10.17 11.29 10.55 13.91 10.23 9.39 11.36 11.68 11.34 8.75 10.76 9.56 9.11 8.09 9.96 9.78 10.32 9.77 9.88 11.26 11.5 10.05
3.28 2.82 3.44 3.7 6.15 3.41 5.13 4.73 5.0 4.06 6.2 5.4 4.93 3.46 5.71 6.69 4.87 5.45 5.12 4.22 3.65 3.43 3.48 2.14 2.06 2.24 2.11 3.12 2.63 2.94 2.72
Bra013780 (MLO13)
 1.54 0.48 1.12 0.47 1.5 0.53 0.76 0.59 1.23 0.77 0.93 1.14 1.13 0.82 1.26 1.53 0.81 1.2 0.91 0.55 0.81 0.58 1.0 0.67 1.03 0.89 0.71 1.09 1.11 1.01 1.22
0.03 0.04 0.03 0.09 0.11 0.05 0.09 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.12 0.07 0.06 0.11 0.13 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.13 0.05 0.06 0.02 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01
Bra015451 (RTM1)
 3.27 2.26 2.76 3.14 5.96 2.38 3.11 2.46 4.21 4.22 3.64 3.43 8.16 3.47 3.38 4.99 3.22 3.16 2.76 3.4 2.7 2.38 4.24 2.87 2.83 3.02 2.29 3.07 2.81 3.56 3.33
Bra015796 (CPK29)
 1.77 1.06 1.67 1.36 2.8 1.47 1.86 1.62 2.42 2.15 2.35 1.88 3.5 1.34 2.0 2.77 2.0 2.46 1.56 1.52 1.55 1.38 2.8 1.55 1.61 1.97 1.2 2.26 1.66 2.02 1.65
1.54 0.86 1.32 0.65 3.32 1.7 1.8 1.78 1.67 1.81 1.79 2.29 2.43 2.34 2.45 1.88 2.31 2.64 2.17 1.82 1.56 2.17 1.53 2.34 2.42 1.4 1.4 2.01 1.88 2.65 2.27
Bra015995 (SUS6)
 1.48 0.85 1.27 0.98 2.08 1.02 1.2 0.89 1.48 1.3 2.08 1.34 1.94 0.98 1.09 1.97 1.45 1.58 0.74 0.79 1.08 0.94 1.87 1.31 1.48 1.51 1.18 1.77 1.58 1.9 1.94
4.08 2.4 3.49 2.54 8.11 4.45 4.9 4.31 5.59 4.79 5.8 4.64 6.26 4.82 4.9 6.82 6.55 4.39 3.22 4.37 4.27 3.93 8.4 4.44 5.31 3.34 4.62 5.6 4.53 4.37 4.74
0.68 0.73 1.18 1.29 2.14 1.16 0.96 0.77 1.9 1.75 1.69 1.55 2.67 2.18 1.6 1.95 1.44 2.28 0.78 1.23 0.95 1.34 2.59 1.62 1.6 2.17 1.21 1.57 1.51 1.59 1.65
Bra019238 (MLO13)
 1.28 1.3 1.6 1.48 2.22 1.15 1.83 1.33 1.77 1.41 1.75 1.84 1.98 1.25 1.71 2.1 1.86 2.15 1.53 1.1 1.06 1.23 1.38 0.96 1.23 1.1 1.39 1.55 1.39 1.58 1.26
Bra019499 (CTL16)
 0.99 0.59 1.85 1.2 3.06 1.07 1.86 1.06 2.37 0.95 2.6 1.97 3.03 1.38 1.22 2.0 1.06 2.77 1.33 1.31 1.35 1.07 1.71 1.77 2.1 1.56 1.08 1.19 1.75 2.27 2.99
1.69 1.41 1.86 1.28 2.24 1.53 1.28 1.41 2.49 1.98 1.97 1.84 2.22 1.38 1.49 2.04 1.96 2.13 1.06 1.51 1.1 1.67 0.84 0.74 0.68 0.59 0.7 0.76 1.0 0.8 0.91
0.22 0.16 0.28 0.39 0.46 0.34 0.42 0.21 0.45 0.59 0.62 0.43 0.72 0.32 0.53 0.57 0.44 0.18 0.25 0.3 0.48 0.28 0.59 0.37 0.37 0.45 0.33 0.44 0.42 0.45 0.38
3.14 1.29 2.66 2.02 4.94 2.23 2.57 1.77 4.43 3.68 4.5 3.41 5.8 3.06 3.23 4.19 3.73 2.78 1.86 2.44 3.17 2.29 4.42 2.53 2.53 2.15 2.31 2.85 2.86 3.36 3.84
Bra020497 (PLDALPHA3)
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Bra025166 (AtHMP28)
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Bra028173 (BTL17)
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Bra028777 (RTM2)
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Bra029477 (EHD2)
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Bra029860 (SLI1)
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Bra037594 (RTNLB9)
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Bra037894 (IAN13)
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Bra038364 (PSRP3/1)
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Bra039502 (SUS5)
 1.93 1.08 1.49 1.43 2.39 1.43 2.35 1.68 2.28 2.29 2.43 2.12 2.63 1.41 2.15 3.2 2.87 2.41 1.74 1.4 1.65 1.72 2.37 1.62 1.81 1.9 1.51 2.26 1.89 1.91 2.0
Bra040716 (XTH10)
 1.12 1.7 1.64 0.98 2.48 1.23 1.99 1.8 2.81 3.11 2.08 2.02 4.33 1.3 1.65 3.62 2.64 1.78 1.04 1.73 1.96 1.88 3.53 1.8 1.86 1.67 1.84 2.57 1.69 2.11 2.52

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)