1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_263 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
5.38 7.76 8.58 5.65 6.63 4.41 3.06 3.62 4.25 5.47 4.8 4.93 4.55 4.19 3.8 3.72 3.87 4.64 3.26 3.57 3.53 4.05 5.47 4.14 4.7 4.31 4.77 4.69 4.82 4.81 4.82
1.89 1.57 1.38 1.22 1.53 0.98 0.36 0.34 0.87 1.03 0.74 0.85 0.18 0.47 0.53 0.56 0.58 0.34 0.47 0.55 0.45 0.55 0.7 0.49 0.52 1.5 0.56 0.79 1.13 1.3 0.27
5.15 4.82 7.04 5.28 5.3 4.74 2.97 2.49 2.91 2.72 3.21 2.72 2.16 3.42 3.35 2.5 3.27 2.53 2.57 3.06 2.76 3.0 7.33 3.67 3.05 4.12 3.15 3.1 4.01 3.61 3.35
Bra001789 (CPK9)
 17.75 23.37 24.14 19.92 26.18 21.66 7.77 7.5 12.81 13.6 11.28 12.88 11.05 21.71 19.35 16.42 13.67 18.94 12.43 13.04 10.99 14.05 32.31 11.41 11.01 25.05 10.74 14.92 16.54 18.65 11.09
9.45 12.68 14.29 16.52 7.09 8.49 3.61 2.61 6.27 6.06 6.09 5.6 4.36 7.4 7.95 5.21 5.07 8.83 4.94 4.8 4.29 5.21 14.69 3.64 4.33 6.67 5.1 3.79 6.43 6.66 5.78
Bra003288 (AGK2)
 7.42 8.35 7.26 4.39 5.32 5.87 3.44 3.7 3.03 3.98 3.34 2.71 4.32 4.75 4.96 3.68 3.36 5.44 3.14 3.38 3.54 3.97 8.39 2.27 2.33 3.11 2.64 2.58 2.74 2.82 3.09
15.79 14.67 15.69 15.01 15.63 8.48 5.86 8.57 5.61 5.57 5.93 7.05 7.49 8.72 8.05 5.0 4.74 9.95 5.23 4.69 4.77 5.15 10.89 5.77 5.94 15.15 6.74 8.25 9.19 11.1 8.12
4.93 5.7 5.55 5.13 5.09 5.18 3.61 3.5 4.04 4.31 3.73 4.18 3.86 5.24 5.13 4.31 4.52 3.58 3.56 3.78 3.81 3.98 7.11 3.78 3.94 4.27 4.01 4.24 4.46 4.51 4.35
Bra004965 (PRA1.B2)
 27.95 35.62 32.45 28.41 20.33 14.68 10.21 15.32 19.21 14.45 16.02 17.33 15.71 17.54 19.86 13.62 12.26 21.78 14.82 12.16 15.77 13.86 21.32 14.69 15.14 24.58 15.54 19.53 18.15 22.74 14.79
Bra006372 (SYP21)
 12.48 14.0 13.79 12.02 12.83 10.78 4.8 3.73 5.55 5.62 4.95 4.57 4.16 8.89 9.93 5.64 4.34 5.97 4.4 4.78 5.57 5.81 19.15 4.8 5.82 6.1 4.54 6.07 8.12 5.66 5.01
Bra007319 (ACA11)
 7.69 10.09 13.42 7.49 6.03 5.21 2.78 2.99 2.6 4.9 3.07 2.91 3.81 5.72 6.76 4.15 4.34 13.54 6.14 2.94 4.26 4.91 11.29 2.91 2.63 3.66 2.97 4.03 3.61 3.01 2.42
Bra007761 (GPA1)
 17.69 25.81 33.29 19.39 24.73 20.17 9.32 9.65 10.32 10.24 10.62 11.48 11.35 17.46 15.41 10.15 9.36 13.46 8.67 7.85 10.06 9.42 41.35 13.39 13.39 19.8 12.32 18.84 15.68 15.47 14.05
Bra008462 (BRIZ2)
 8.63 8.85 8.09 10.02 8.61 8.09 4.29 4.23 4.28 3.8 3.92 3.54 4.49 7.57 8.0 4.44 3.9 3.96 3.36 3.7 3.42 3.14 13.08 3.82 4.49 7.11 4.7 5.39 5.91 5.25 4.81
Bra009403 (SDG15)
 3.78 6.07 5.41 5.94 7.57 5.7 2.66 3.08 4.09 3.51 3.87 3.66 3.47 6.3 6.92 3.8 3.2 3.9 3.62 3.68 3.16 3.81 6.47 3.33 3.7 4.82 2.92 3.42 3.02 3.19 3.0
Bra009882 (NRG1A)
 10.64 13.31 19.18 10.93 8.42 9.63 3.11 2.29 4.44 6.12 6.26 5.57 3.48 10.26 8.56 6.16 7.05 8.36 6.8 6.13 5.95 6.22 18.54 4.69 4.53 15.21 5.16 5.9 5.89 6.65 3.56
Bra011144 (CIF1)
 4.21 4.94 6.92 4.71 4.17 4.34 2.06 2.06 2.74 2.7 2.5 2.69 1.72 4.96 5.06 2.58 2.88 2.6 2.33 2.03 2.03 2.23 7.31 2.28 2.18 2.67 2.06 2.58 3.39 3.26 2.71
Bra011325 (VAMP711)
 17.12 22.54 23.37 22.88 19.03 17.11 9.23 9.38 11.12 12.99 12.36 8.66 10.93 20.53 22.01 12.3 12.52 17.71 11.05 11.65 12.35 12.55 25.48 12.19 11.52 11.32 12.91 12.81 12.25 11.66 11.67
Bra011844 (GGT1)
 7.15 10.46 9.97 9.9 7.43 2.39 1.97 3.56 4.02 5.54 4.56 5.29 2.44 2.73 2.96 3.91 3.69 7.23 3.25 2.94 2.48 3.63 8.24 2.28 2.6 2.94 2.44 3.05 2.97 5.24 3.95
Bra012249 (PUB44)
 8.27 11.56 11.36 10.61 8.95 5.99 2.97 3.15 3.34 5.36 3.56 4.05 3.54 6.48 5.62 5.74 5.19 8.35 3.83 3.09 3.1 3.88 11.39 2.26 2.46 5.46 2.99 3.59 4.19 5.29 2.83
Bra012337 (MYB3)
 5.46 10.22 13.0 13.74 7.19 5.26 3.28 3.4 6.1 4.56 5.86 4.77 2.59 6.24 6.82 5.53 3.84 3.86 3.14 4.98 3.45 5.55 9.89 3.42 3.96 3.3 3.69 3.0 4.82 5.68 5.48
13.28 17.43 16.9 17.52 16.33 10.36 5.63 5.81 6.28 7.5 7.48 7.43 7.62 9.13 8.83 7.62 6.6 7.36 5.81 6.76 6.4 7.67 10.56 8.78 7.62 17.41 7.84 7.36 9.33 10.98 9.02
Bra014456 (PP2-A13)
 7.77 15.39 22.28 28.57 2.81 4.42 2.98 3.27 5.89 4.86 8.07 5.34 2.28 2.27 3.82 3.29 3.96 5.62 2.49 3.68 3.38 4.42 16.49 2.8 3.54 4.9 3.38 2.9 5.38 5.41 4.5
5.23 5.82 5.39 6.2 5.29 4.67 4.82 5.27 4.91 3.6 3.84 3.62 5.41 4.69 4.89 4.42 4.23 3.98 3.35 3.77 3.87 4.48 5.29 4.82 5.17 6.36 4.55 5.98 5.65 4.83 5.46
Bra016253 (GSTU12)
 16.94 27.99 31.26 31.24 26.04 8.57 2.1 3.22 1.91 5.29 2.85 3.81 6.56 7.87 4.63 5.05 6.14 8.4 2.66 2.27 2.85 5.17 20.14 1.6 1.42 14.47 2.02 3.78 5.26 11.71 2.3
Bra016463 (OPCL1)
 20.44 22.38 32.8 14.74 30.5 11.32 4.46 4.16 5.44 5.77 4.3 6.54 2.08 7.21 10.93 3.97 3.59 13.74 4.23 2.94 3.44 3.54 12.98 10.0 8.49 8.65 8.91 17.64 22.45 22.0 10.55
37.54 42.0 46.45 32.53 34.93 21.11 9.1 6.57 17.96 16.0 14.67 15.44 13.25 29.35 22.62 15.56 17.0 34.16 18.43 17.01 13.44 14.62 51.47 13.1 13.18 29.58 13.73 16.24 21.58 20.1 10.97
Bra016547 (IBS1)
 4.05 4.39 4.91 3.19 4.73 2.08 2.56 2.79 2.53 2.45 3.05 2.53 3.06 2.29 2.68 1.82 2.38 2.44 1.88 1.95 1.54 1.35 3.37 3.04 2.79 4.56 2.93 4.52 4.02 3.86 3.15
Bra017063 (ACR9)
 11.64 13.12 22.35 20.32 11.4 9.73 4.37 5.56 6.2 5.28 4.85 4.96 3.47 9.7 14.33 4.67 6.29 10.11 6.97 6.05 4.48 6.0 18.07 3.75 4.29 8.57 4.03 8.2 6.72 6.17 3.75
Bra017508 (PBL19)
 7.09 8.84 10.62 7.33 9.89 6.11 3.01 3.33 3.67 3.99 3.37 3.7 2.85 6.29 5.15 4.32 4.74 7.3 4.48 3.77 3.29 3.79 9.04 2.92 3.68 6.05 2.79 3.7 5.07 5.72 2.84
15.63 20.86 31.12 14.19 18.81 16.23 5.86 6.13 10.79 9.35 9.12 10.0 4.73 20.03 19.74 9.36 7.14 7.39 9.73 7.8 7.84 9.6 36.25 8.76 6.97 16.62 6.45 10.87 10.08 12.69 4.85
23.56 38.66 35.63 28.45 29.37 17.39 12.96 11.69 23.51 24.98 18.13 29.3 11.32 26.62 24.09 17.48 14.7 28.82 19.41 16.36 16.43 19.53 30.92 11.82 10.57 22.07 13.61 14.18 16.48 22.9 9.06
Bra018504 (CPK21)
 17.1 21.23 24.01 14.4 15.81 14.43 8.91 10.51 9.56 8.34 9.05 9.77 10.49 12.89 16.87 9.24 9.37 15.83 10.08 7.26 8.8 10.24 25.48 8.29 9.63 10.08 9.3 11.47 11.16 13.38 10.22
3.07 6.65 8.26 4.99 4.03 3.47 1.08 0.93 2.21 2.53 2.32 3.07 1.36 4.33 4.88 1.93 1.87 4.97 1.99 2.72 1.71 2.22 10.38 1.74 1.79 2.97 1.91 2.19 2.24 4.01 1.67
Bra018685 (EXO70H6)
 0.26 0.16 0.31 0.09 0.27 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.14 0.13 0.22 0.08 0.04 0.13 0.16 0.12
Bra020318 (MBD6)
 8.67 11.74 10.84 8.46 8.83 8.3 3.97 4.65 5.26 5.57 6.04 5.66 6.41 7.97 9.01 5.42 5.78 8.98 5.01 4.24 5.54 5.56 13.93 5.88 5.29 6.73 5.59 5.17 5.84 6.07 6.49
Bra021029 (PLATZ11)
 15.31 20.12 16.29 14.44 6.63 6.99 3.37 4.62 4.36 3.93 4.94 4.83 3.43 3.91 4.29 3.22 4.57 4.34 3.7 4.08 4.4 3.69 13.83 8.75 7.62 7.95 8.8 8.83 10.91 9.28 7.48
5.63 9.14 9.18 7.41 4.62 6.37 1.98 1.61 1.88 2.5 2.85 1.51 2.69 2.59 4.29 3.18 3.12 4.06 1.81 3.19 2.89 3.9 7.61 1.22 0.57 1.95 1.34 0.65 0.59 1.3 0.39
Bra021408 (KIN7)
 4.56 4.74 5.6 6.45 3.99 2.5 1.11 1.31 2.16 2.3 1.83 1.92 2.08 2.16 2.86 2.54 2.07 3.19 1.52 1.34 1.81 1.96 5.79 1.55 1.47 3.48 1.64 2.48 2.43 3.56 2.55
Bra023474 (FLOE2)
 10.5 11.87 10.18 9.05 10.19 8.72 6.02 6.27 7.82 8.76 8.11 9.02 9.41 11.21 12.78 8.93 8.53 7.79 8.1 6.92 8.04 8.54 15.34 8.7 9.85 7.93 9.54 8.91 8.71 10.12 9.51
5.37 6.36 3.88 3.44 4.27 2.83 0.87 1.02 2.34 1.44 2.15 2.88 0.83 2.54 1.77 0.81 0.29 1.77 1.21 1.23 0.71 1.39 0.9 1.92 0.64 4.77 1.77 2.92 2.84 2.58 1.88
Bra024508 (cPT1)
 10.89 12.63 14.69 14.17 8.35 9.28 4.47 4.53 6.67 6.81 5.71 5.55 3.37 8.08 8.36 4.57 4.68 4.57 5.05 4.96 4.21 5.61 13.93 4.73 4.13 5.3 4.76 5.23 7.0 5.8 4.81
Bra024733 (SOG1)
 3.74 4.61 6.3 2.76 4.96 3.87 1.74 0.77 1.31 1.38 0.89 1.53 1.81 3.13 4.06 2.48 2.88 2.99 1.33 1.68 1.16 2.41 5.59 1.22 1.35 2.03 1.23 1.55 1.37 2.11 1.45
Bra024802 (SUC3)
 3.11 4.24 5.37 3.82 4.51 3.36 1.93 1.67 1.84 2.23 2.5 2.31 1.72 3.18 3.5 2.43 2.44 3.9 2.5 1.54 1.82 2.31 4.89 2.02 1.68 1.32 1.41 1.75 2.02 2.16 1.72
5.83 10.01 15.29 6.47 16.02 11.28 3.29 2.48 3.16 4.29 3.17 3.2 3.62 7.88 5.98 4.65 3.2 2.64 3.76 3.92 3.24 4.37 18.63 4.63 3.88 9.07 4.32 4.22 5.87 8.9 2.62
Bra026417 (D6PKL1)
 13.25 15.66 12.67 11.7 13.81 11.24 3.67 3.65 5.7 6.54 6.27 4.91 7.54 8.67 9.8 7.98 8.73 6.99 6.38 6.19 5.33 7.64 6.58 4.13 4.82 14.14 5.15 5.22 5.43 5.33 8.11
Bra026731 (WAKL5)
 0.17 0.2 0.52 0.2 0.35 0.36 0.11 0.11 0.18 0.05 0.13 0.1 0.07 0.18 0.18 0.15 0.07 0.64 0.33 0.17 0.07 0.18 0.46 0.09 0.13 0.1 0.08 0.08 0.06 0.11 0.17
Bra027247 (SDE5)
 4.08 3.76 7.42 5.72 3.5 3.73 3.17 3.87 2.16 2.82 3.16 3.13 4.98 3.82 4.01 4.31 3.94 10.87 5.95 3.17 2.88 3.0 5.38 2.94 2.41 4.31 2.81 2.96 2.45 2.68 2.63
Bra027373 (EXO70D3)
 10.47 12.86 12.19 11.59 9.08 7.67 2.8 3.05 4.57 4.02 4.06 4.65 2.6 7.63 7.7 3.81 3.45 4.19 3.8 3.74 3.23 4.49 16.1 3.73 4.03 7.09 3.97 5.07 5.97 7.78 3.73
Bra027863 (XF1)
 7.22 8.42 9.55 9.34 7.15 5.68 3.47 4.34 3.94 4.79 4.0 4.15 6.2 6.67 6.34 4.53 4.94 5.33 3.44 3.55 3.28 4.0 11.39 3.96 4.42 7.4 4.09 5.14 5.98 6.22 4.13
1.39 1.74 1.99 1.01 1.27 1.13 0.49 0.38 0.58 0.83 0.71 0.52 0.44 1.0 1.62 1.41 0.85 1.57 1.02 0.91 0.69 0.78 2.5 0.43 0.38 0.59 0.66 0.76 0.88 1.33 0.51
6.12 5.41 3.87 5.02 5.46 3.41 2.71 3.4 2.9 2.76 2.78 2.16 3.64 1.79 2.61 2.08 3.34 3.04 1.96 1.09 1.7 2.64 4.17 4.56 2.94 6.24 3.11 4.65 4.36 4.11 5.8
16.29 24.51 27.01 20.63 11.85 12.89 6.16 5.95 8.05 7.51 8.91 7.56 5.82 14.03 15.34 8.53 8.66 8.74 6.46 7.22 7.15 8.17 24.3 11.03 11.0 19.36 9.94 10.83 12.56 11.28 10.67
10.8 12.3 12.14 8.88 10.39 10.28 5.52 5.66 6.84 6.85 6.36 7.27 7.17 9.41 11.51 7.27 8.17 11.16 8.36 8.12 6.52 7.13 15.97 9.08 9.3 8.61 8.32 9.24 8.92 7.59 7.11
Bra030320 (AVI2)
 2.93 4.02 4.62 3.77 2.95 1.96 1.25 1.08 1.43 1.78 1.37 1.5 0.86 1.99 2.19 1.41 1.27 1.52 1.36 1.07 1.1 1.37 5.33 1.28 1.71 3.37 1.53 2.23 2.05 1.69 1.17
Bra030615 (AtDOA1)
 1.31 2.08 3.43 1.94 2.01 1.11 0.58 0.52 0.99 1.3 1.01 0.63 1.26 1.67 1.67 1.19 0.85 1.26 0.88 0.94 0.7 0.94 3.4 0.98 0.92 1.0 1.12 0.86 1.12 1.36 1.08
Bra031352 (MRF1)
 3.82 3.06 4.16 3.63 2.24 2.05 0.93 0.89 1.75 1.52 1.11 1.21 1.23 1.83 2.65 0.89 0.7 1.11 1.09 0.62 0.8 0.72 2.14 1.53 1.3 4.28 1.41 1.6 2.26 2.33 1.8
Bra033046 (BIR2)
 21.45 31.06 22.11 20.61 26.3 20.46 8.21 5.02 7.98 8.79 7.33 8.7 6.5 15.04 15.7 8.16 9.11 11.68 9.36 8.24 7.56 9.55 29.67 9.44 9.39 16.21 9.97 9.93 12.17 12.95 10.67
0.45 0.69 0.36 0.38 0.32 0.13 0.1 0.21 0.07 0.09 0.11 0.1 0.16 0.04 0.03 0.11 0.11 0.07 0.04 0.13 0.0 0.08 0.74 0.24 0.45 0.74 0.3 0.11 0.21 0.78 0.64
Bra035181 (GLI1)
 1.43 2.13 1.2 1.03 1.93 0.69 0.28 0.2 0.07 0.02 0.05 0.18 0.05 0.2 0.14 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.03 1.3 0.8 0.97 2.43 0.76 0.73 0.91 1.65 0.62
205.22 169.5 165.25 124.92 181.65 136.2 43.76 39.82 57.31 63.6 76.0 67.19 48.61 75.02 62.87 49.89 49.18 78.37 48.08 51.51 75.57 73.54 76.74 60.72 76.77 219.65 77.53 113.2 117.82 109.2 88.62
Bra036098 (IDD2)
 16.53 21.32 25.41 19.91 10.97 8.76 5.31 7.38 8.42 7.23 9.35 9.75 8.84 7.89 9.9 6.91 7.27 9.78 6.42 7.75 6.52 7.66 13.76 11.86 11.5 14.76 13.08 13.79 13.48 14.5 8.82
Bra037181 (CPK28)
 5.52 7.25 9.7 6.35 9.24 6.0 2.03 2.06 4.06 3.73 3.39 2.94 2.16 6.46 6.35 4.64 2.47 4.86 4.36 2.79 3.04 3.19 13.37 3.01 3.06 5.78 2.99 4.93 4.5 5.29 4.15
Bra038214 (BDR4)
 13.81 13.1 13.27 11.5 10.6 7.31 2.95 3.36 6.63 4.85 5.35 5.43 5.46 8.26 9.0 5.95 4.25 8.5 5.68 3.3 4.46 4.64 18.15 4.8 5.13 10.25 5.44 7.24 9.17 10.95 8.3
1.81 1.74 1.24 0.53 1.54 1.0 0.45 0.38 0.65 0.99 0.69 0.52 0.2 0.85 0.73 0.53 0.53 0.29 0.66 0.56 0.71 0.56 0.34 0.34 0.26 0.75 0.51 0.46 0.76 0.78 0.36
11.04 14.59 15.27 10.72 10.63 10.73 4.21 4.47 6.65 5.85 5.78 6.41 3.65 8.99 9.9 6.76 5.62 6.45 5.73 5.73 5.74 6.05 15.22 4.39 4.69 5.11 4.77 6.13 7.68 9.56 4.53
Bra039452 (AtHMP23)
 26.68 22.23 23.51 20.27 30.8 11.53 6.92 9.34 8.06 6.75 7.19 7.85 7.74 7.85 8.29 7.64 6.15 12.77 7.35 7.62 6.85 6.77 15.51 8.89 10.06 24.62 10.05 16.1 16.73 25.01 16.14
Bra039955 (PDF2)
 22.66 38.53 34.35 23.76 26.29 24.36 12.29 14.56 18.7 13.22 15.58 14.47 18.58 33.79 38.98 17.94 14.71 26.66 17.64 15.98 15.83 16.7 49.93 22.08 18.48 17.72 22.11 20.16 23.49 20.43 22.35
Bra040028 (OBE1)
 29.75 45.52 41.67 36.18 31.64 28.9 14.09 13.43 16.83 15.75 15.1 15.24 14.12 26.2 28.59 16.45 13.56 15.64 15.52 13.15 12.49 14.8 43.0 15.85 14.21 16.99 13.88 18.34 19.51 17.91 14.43
3.51 5.71 8.47 7.44 9.99 6.94 1.51 2.18 1.62 2.46 1.52 2.32 1.0 5.0 5.56 2.69 1.83 3.04 1.92 1.31 1.58 3.1 9.47 2.28 2.0 6.11 1.7 3.35 3.17 3.76 0.56

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)