1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_228 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000442 (BOR1)
 0.25 0.22 0.15 0.15 0.34 0.35 0.2 0.3 0.23 0.25 0.24 0.18 0.34 0.5 0.58 0.37 0.3 1.0 0.53 0.24 0.25 0.18 0.36 0.3 0.26 0.17 0.26 0.28 0.22 0.23 0.31
Bra000543 (NAT3)
 0.29 0.29 0.32 0.25 0.53 0.51 0.24 0.26 0.37 0.32 0.35 0.33 0.34 0.54 0.58 0.36 0.37 1.0 0.58 0.38 0.33 0.37 0.49 0.29 0.34 0.28 0.32 0.36 0.41 0.33 0.36
0.05 0.06 0.02 0.01 0.32 0.22 0.08 0.16 0.06 0.08 0.03 0.07 0.08 0.27 0.35 0.1 0.25 1.0 0.37 0.18 0.14 0.13 0.23 0.12 0.05 0.08 0.1 0.1 0.11 0.11 0.06
0.08 0.03 0.04 0.03 0.47 0.62 0.18 0.11 0.11 0.12 0.12 0.08 0.16 0.61 0.55 0.22 0.16 1.0 0.37 0.17 0.13 0.15 0.32 0.23 0.2 0.11 0.13 0.19 0.3 0.14 0.21
0.14 0.13 0.08 0.17 0.43 0.6 0.42 0.28 0.27 0.23 0.23 0.25 0.33 0.61 0.6 0.38 0.33 1.0 0.72 0.33 0.29 0.3 0.61 0.28 0.25 0.25 0.23 0.26 0.26 0.16 0.21
Bra002955 (GPT1)
 0.31 0.31 0.28 0.23 0.33 0.43 0.33 0.28 0.29 0.29 0.29 0.33 0.27 0.26 0.4 0.39 0.35 1.0 0.47 0.34 0.32 0.32 0.53 0.3 0.31 0.28 0.32 0.24 0.24 0.28 0.26
Bra004929 (TCP9)
 0.07 0.07 0.06 0.06 0.39 0.36 0.11 0.08 0.11 0.17 0.12 0.1 0.3 0.57 0.55 0.3 0.26 1.0 0.35 0.19 0.18 0.18 0.44 0.12 0.14 0.26 0.11 0.16 0.2 0.08 0.08
Bra005373 (GLCNA.UT2)
 0.16 0.16 0.23 0.15 0.36 0.27 0.17 0.2 0.29 0.32 0.33 0.23 0.29 0.46 0.46 0.33 0.27 1.0 0.39 0.28 0.21 0.23 0.27 0.28 0.28 0.28 0.24 0.23 0.25 0.21 0.27
Bra005403 (ABR)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.09 0.03 0.01 0.17 0.13 0.17 0.13 0.14 0.24 0.3 0.21 0.12 1.0 0.26 0.19 0.13 0.1 0.22 0.07 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01
Bra007784 (DBP1)
 0.19 0.2 0.22 0.12 0.31 0.32 0.32 0.36 0.13 0.15 0.17 0.2 0.41 0.45 0.56 0.35 0.32 1.0 0.29 0.23 0.2 0.22 0.56 0.25 0.23 0.22 0.22 0.27 0.2 0.22 0.22
Bra009312 (TT7)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.14 0.13 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.38 0.29 0.15 0.12 1.0 0.38 0.08 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.12 0.01 0.01 0.0
0.33 0.37 0.28 0.25 0.57 0.63 0.4 0.41 0.28 0.32 0.29 0.32 0.38 0.59 0.6 0.39 0.35 1.0 0.58 0.39 0.37 0.33 0.62 0.4 0.36 0.3 0.39 0.3 0.31 0.21 0.35
Bra010729 (AVI2H)
 0.08 0.06 0.06 0.09 0.21 0.24 0.17 0.17 0.15 0.19 0.17 0.1 0.29 0.26 0.37 0.29 0.25 1.0 0.34 0.18 0.19 0.19 0.21 0.18 0.17 0.2 0.14 0.13 0.18 0.12 0.16
0.2 0.23 0.22 0.16 0.33 0.32 0.28 0.25 0.18 0.2 0.17 0.22 0.22 0.32 0.36 0.36 0.35 1.0 0.45 0.31 0.24 0.25 0.32 0.22 0.22 0.21 0.22 0.2 0.23 0.21 0.27
Bra011481 (P44)
 0.07 0.03 0.07 0.04 0.24 0.23 0.15 0.1 0.15 0.16 0.14 0.13 0.2 0.36 0.34 0.21 0.15 1.0 0.17 0.16 0.1 0.13 0.05 0.13 0.13 0.09 0.12 0.12 0.11 0.12 0.16
Bra011821 (CYP79B2)
 0.01 0.03 0.13 0.0 0.12 0.18 0.1 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.06 0.04 0.07 0.14 0.1 1.0 0.11 0.06 0.04 0.09 0.32 0.29 0.2 0.08 0.16 0.13 0.14 0.13 0.03
Bra012752 (SWEET17)
 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.1 0.14 0.24 0.07 0.08 0.08 0.06 0.55 0.43 0.23 0.13 0.13 1.0 0.1 0.07 0.08 0.1 0.41 0.17 0.21 0.19 0.16 0.09 0.15 0.09 0.22
Bra013122 (ITPK2)
 0.2 0.13 0.1 0.2 0.52 0.53 0.34 0.27 0.26 0.23 0.22 0.24 0.34 0.47 0.51 0.32 0.35 1.0 0.65 0.29 0.26 0.25 0.41 0.28 0.31 0.19 0.23 0.29 0.31 0.23 0.21
Bra013714 (JR2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.17 0.06 0.04 0.08 0.11 0.03 0.03 0.22 0.19 0.33 0.17 0.1 1.0 0.17 0.06 0.06 0.13 0.11 0.26 0.16 0.09 0.12 0.08 0.07 0.03 0.11
0.04 0.04 0.03 0.05 0.15 0.12 0.09 0.24 0.21 0.14 0.16 0.1 0.37 0.42 0.36 0.18 0.13 1.0 0.17 0.15 0.15 0.11 0.23 0.17 0.14 0.13 0.11 0.17 0.19 0.1 0.16
Bra015921 (CEK2)
 0.11 0.09 0.06 0.04 0.48 0.6 0.18 0.11 0.15 0.13 0.11 0.12 0.16 0.6 0.51 0.2 0.14 1.0 0.43 0.18 0.13 0.17 0.25 0.29 0.2 0.13 0.16 0.22 0.19 0.13 0.17
Bra016618 (UBP15)
 0.27 0.28 0.35 0.22 0.55 0.4 0.23 0.23 0.27 0.26 0.26 0.26 0.42 0.51 0.52 0.44 0.36 1.0 0.49 0.27 0.27 0.27 0.28 0.28 0.29 0.23 0.28 0.34 0.31 0.34 0.36
Bra017871 (CYP79B2)
 0.01 0.06 0.08 0.02 0.12 0.19 0.07 0.04 0.04 0.19 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.13 0.11 1.0 0.14 0.08 0.1 0.13 0.09 0.22 0.17 0.06 0.09 0.05 0.05 0.16 0.01
0.01 0.0 0.0 0.0 0.09 0.25 0.14 0.05 0.13 0.06 0.08 0.07 0.09 0.38 0.51 0.18 0.23 1.0 0.35 0.12 0.13 0.11 0.32 0.18 0.13 0.06 0.08 0.17 0.12 0.03 0.07
Bra018307 (ROXY7)
 0.04 0.07 0.03 0.03 0.1 0.37 0.09 0.09 0.03 0.04 0.04 0.04 0.18 0.16 0.1 0.18 0.18 1.0 0.18 0.06 0.15 0.09 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05
Bra019057 (USP21)
 0.15 0.25 0.21 0.15 0.33 0.37 0.15 0.13 0.25 0.2 0.19 0.24 0.22 0.46 0.46 0.24 0.24 1.0 0.41 0.26 0.19 0.24 0.29 0.25 0.25 0.23 0.25 0.29 0.34 0.27 0.27
Bra019906 (SMR8)
 0.02 0.06 0.01 0.01 0.1 0.08 0.06 0.03 0.14 0.07 0.08 0.1 0.18 0.39 0.27 0.18 0.08 1.0 0.19 0.02 0.09 0.05 0.14 0.13 0.13 0.06 0.11 0.11 0.09 0.05 0.04
Bra022250 (RLK902)
 0.03 0.03 0.03 0.01 0.2 0.33 0.11 0.12 0.16 0.13 0.14 0.12 0.26 0.37 0.45 0.35 0.25 1.0 0.6 0.23 0.17 0.18 0.2 0.22 0.2 0.1 0.21 0.2 0.19 0.18 0.25
Bra022717 (HL)
 0.07 0.04 0.06 0.04 0.28 0.31 0.16 0.1 0.14 0.18 0.13 0.11 0.24 0.4 0.39 0.37 0.28 1.0 0.37 0.21 0.19 0.2 0.24 0.27 0.24 0.13 0.21 0.17 0.14 0.1 0.16
Bra023872 (BRT1)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.21 0.32 0.22 0.09 0.08 0.07 0.06 0.04 0.11 0.62 0.67 0.3 0.16 1.0 0.37 0.19 0.16 0.11 0.16 0.15 0.12 0.05 0.09 0.19 0.1 0.03 0.03
Bra024534 (MRF2)
 0.33 0.31 0.3 0.21 0.55 0.56 0.35 0.35 0.33 0.3 0.31 0.28 0.34 0.54 0.62 0.42 0.38 1.0 0.48 0.36 0.34 0.44 0.61 0.42 0.38 0.24 0.39 0.34 0.38 0.34 0.36
0.11 0.08 0.08 0.03 0.37 0.27 0.11 0.13 0.24 0.2 0.2 0.18 0.29 0.52 0.56 0.23 0.22 1.0 0.47 0.2 0.21 0.22 0.57 0.25 0.26 0.15 0.19 0.25 0.29 0.24 0.31
0.26 0.09 0.21 0.05 0.33 0.31 0.21 0.15 0.31 0.19 0.28 0.18 0.31 0.52 0.49 0.36 0.29 1.0 0.37 0.29 0.28 0.23 0.34 0.45 0.4 0.29 0.28 0.25 0.29 0.26 0.27
Bra026085 (MGT2)
 0.37 0.36 0.34 0.28 0.55 0.6 0.45 0.37 0.38 0.37 0.37 0.33 0.34 0.58 0.64 0.5 0.44 1.0 0.6 0.47 0.37 0.45 0.61 0.48 0.45 0.31 0.36 0.46 0.53 0.39 0.38
Bra026968 (CCS)
 0.1 0.11 0.09 0.09 0.22 0.17 0.1 0.11 0.11 0.09 0.17 0.08 0.25 0.31 0.51 0.19 0.1 1.0 0.25 0.13 0.12 0.1 0.21 0.13 0.13 0.1 0.11 0.1 0.14 0.11 0.17
0.23 0.27 0.24 0.21 0.41 0.33 0.23 0.26 0.21 0.22 0.2 0.18 0.42 0.47 0.5 0.4 0.27 1.0 0.35 0.28 0.29 0.25 0.33 0.23 0.23 0.26 0.23 0.28 0.3 0.22 0.24
Bra028046 (FAB1D)
 0.47 0.38 0.31 0.36 0.59 0.77 0.42 0.34 0.44 0.45 0.41 0.42 0.34 0.78 0.83 0.54 0.51 1.0 0.65 0.49 0.42 0.43 0.56 0.36 0.41 0.41 0.37 0.46 0.5 0.39 0.43
0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.1 0.03 0.04 0.09 0.03 0.14 0.04 0.13 0.43 0.25 0.13 0.13 1.0 0.23 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.17
Bra030419 (JR3)
 0.19 0.2 0.24 0.15 0.54 0.47 0.43 0.28 0.35 0.37 0.32 0.36 0.33 0.57 0.7 0.52 0.46 1.0 0.49 0.37 0.34 0.38 0.66 0.37 0.32 0.29 0.33 0.27 0.32 0.31 0.32
Bra030569 (c-NAD-MDH1)
 0.37 0.34 0.3 0.29 0.4 0.41 0.31 0.3 0.37 0.39 0.39 0.4 0.37 0.52 0.54 0.41 0.39 1.0 0.57 0.36 0.4 0.41 0.36 0.39 0.36 0.35 0.39 0.38 0.34 0.4 0.43
Bra032004 (UGP)
 0.17 0.15 0.11 0.18 0.38 0.4 0.39 0.35 0.28 0.33 0.32 0.31 0.35 0.5 0.56 0.39 0.36 1.0 0.55 0.38 0.37 0.35 0.27 0.32 0.33 0.3 0.34 0.31 0.25 0.24 0.27
Bra032395 (NF-YA7)
 0.04 0.02 0.04 0.04 0.14 0.26 0.1 0.09 0.14 0.08 0.11 0.07 0.08 0.38 0.44 0.18 0.11 1.0 0.41 0.2 0.11 0.13 0.14 0.2 0.15 0.1 0.12 0.13 0.21 0.1 0.1
Bra034941 (RNT1)
 0.03 0.04 0.08 0.03 0.18 0.28 0.25 0.11 0.05 0.12 0.03 0.07 0.12 0.19 0.24 0.24 0.17 1.0 0.23 0.1 0.11 0.12 0.27 0.16 0.13 0.08 0.13 0.09 0.09 0.08 0.05
0.19 0.17 0.15 0.13 0.54 0.47 0.14 0.13 0.34 0.32 0.35 0.26 0.25 0.58 0.63 0.46 0.3 1.0 0.49 0.32 0.25 0.32 0.7 0.28 0.24 0.22 0.24 0.31 0.33 0.26 0.18
0.12 0.08 0.2 0.08 0.08 0.08 0.05 0.05 0.1 0.1 0.1 0.09 0.1 0.22 0.37 0.24 0.13 1.0 0.19 0.14 0.09 0.16 0.37 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.15
Bra037271 (PIRL5)
 0.07 0.11 0.1 0.08 0.24 0.23 0.04 0.04 0.08 0.1 0.08 0.08 0.16 0.26 0.39 0.2 0.15 1.0 0.16 0.14 0.11 0.11 0.23 0.11 0.11 0.12 0.09 0.1 0.1 0.1 0.31
Bra040257 (CC1)
 0.14 0.12 0.1 0.18 0.31 0.28 0.3 0.3 0.2 0.21 0.16 0.22 0.45 0.48 0.44 0.4 0.3 1.0 0.39 0.3 0.24 0.25 0.41 0.24 0.28 0.32 0.22 0.21 0.25 0.24 0.3

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)