1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_57 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000484 (PRS)
 - - - - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - -
Bra000581 (DRTS3)
 - -0.01 - 2.61 - - - - - - - - 3.8 - - - - 2.17 - - - - 2.45 - - - - - - - -
Bra001696 (HON4)
 - 1.76 - - 1.28 - - - - - - - 3.49 - 1.51 - - - - - - - 1.39 - - - - - - 1.51 2.5
Bra002446 (VPS24.1)
 - - - - 2.1 - - - - 2.0 - - 3.85 - - - 2.06 - - - - - - - - - - - 2.05 - -
Bra002461 (cpHsc70-1)
 -26.45 -23.21 -26.19 -13.63 0.79 -12.1 0.96 -1.07 -21.8 -12.07 -2.9 -19.39 4.34 2.48 -20.33 -11.82 -10.97 - - -1.5 -25.86 -29.97 - -1.65 - - - - - -2.69 -27.31
Bra002492 (P2K1)
 - - - - - - - -0.67 -0.09 0.01 -2.02 - 2.91 - -1.45 0.34 -1.86 3.34 0.96 -0.24 - - 2.0 - -0.29 -0.55 - -1.71 - - -
- - - - 0.09 - -0.02 - 1.24 - 0.17 0.51 3.35 0.26 - 1.37 1.25 2.06 - 1.82 - - - - - - - - - - -
Bra003004 (PORA)
 -2.79 -1.81 -0.37 -0.99 - -3.62 1.21 1.57 -0.53 0.12 0.4 -3.52 2.92 -3.3 - -0.79 -0.72 -1.58 - -2.32 -1.07 -2.45 2.03 -0.18 -0.16 0.26 -0.71 -0.87 -2.16 0.29 0.07
Bra003562 (VAS1)
 - - - - - - 0.68 - - - - - 3.94 - - 0.93 - - - - - - 3.08 0.61 - 1.12 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.3 - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - -
Bra004353 (BBX28)
 - - - - - - - - - - - - 4.08 - - - - 3.19 - - - - - - - - - - - - 2.31
- - - - - - - - - - - - 3.68 - - - 2.69 - - - - - 3.55 - - - - - - - -
Bra004846 (GH9B11)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra005354 (SAUR79)
 -0.0 0.77 -0.57 -0.83 -0.77 0.41 -0.59 -0.66 -0.23 -4.23 -2.09 -1.44 1.4 -0.99 -0.34 -1.91 -0.63 1.81 -0.8 -0.68 -0.8 0.45 2.48 -1.28 -0.5 -2.04 -0.26 -1.78 -0.03 -0.74 0.28
Bra005874 (RBE)
 - - - - - - - - - - - - 4.08 - - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - -
-2.72 -1.54 0.41 -0.43 -0.72 - 1.59 1.67 0.1 0.4 0.59 -0.99 2.57 -3.88 -5.59 -0.79 -0.53 0.9 -4.83 -4.73 -3.44 -1.54 0.53 0.09 -1.08 0.36 -0.74 -1.23 -2.37 0.6 -0.9
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra008189 (OTC)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra009129 (DOR)
 - - - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - 3.21 - - 2.15 - - - - - - - 2.31
Bra009286 (ATS3)
 - - - - - - - - - - - - 3.83 1.27 - - - 2.75 - - - - 1.53 2.25 - - - - - - -
- - - - 3.27 - - - - - - - 4.06 - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra009960 (CNI1)
 - - - - - 1.17 2.05 - - - - - 3.68 - - - 1.22 1.41 - - - 1.02 1.15 - - - - - - 1.34 -
Bra010223 (AtFDA19)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra010281 (ENODL12)
 - - - - - - - - - - - - 4.57 - - - - - - - - - 2.87 - - - - - - - -
Bra010465 (AGL72)
 - - 0.67 - - 1.71 - - - - - - 4.14 - 0.97 - - 2.27 - - - - - - - - 0.74 - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra010955 (AGL9)
 -1.37 0.21 0.49 -1.33 1.16 0.96 - -0.3 - 0.31 -1.08 -1.34 3.13 0.06 0.52 -0.85 -0.31 1.4 -2.56 - -1.08 -1.24 1.06 - - -2.74 -2.72 -2.53 - -0.63 0.06
- - - - - - - - 3.43 - - - 3.79 - - - - - - - - - 2.68 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra011731 (PLP1)
 - - - - - - 3.35 - - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8
Bra011837 (HCC2)
 - - - - - - - - - - - - 3.99 - - - 2.86 - - - - - - - - - - - - - 2.98
- - - - - - - - - - - - 3.53 - - 2.01 - - - - - - - - - - - - - - 3.94
- - - 0.64 - - 0.01 - - - 1.17 - 3.65 1.98 2.34 - - 2.2 - - - - - - - - - - - - -
Bra012593 (CLE2)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra013334 (PYL13)
 - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - 3.26 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.57 - - - - - - - - - 2.86 - - - - - - - -
-7.03 - -4.88 -6.0 -5.25 -3.23 -2.46 -0.67 -2.1 -1.67 -1.98 -2.34 3.68 1.15 -0.85 -1.91 -1.48 1.44 -2.63 -2.91 -2.32 -2.54 2.42 -3.91 -3.7 -4.23 -5.27 -6.22 -3.63 -2.13 1.83
- - - - - -1.13 0.21 - -1.28 -1.16 1.51 -0.99 3.37 - - 0.69 - 3.32 - - -0.82 0.64 -0.93 - - - - -0.75 - - -
- - - - - - - - - - - - 4.45 - - - - 3.18 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 0.07 0.14 - - - - 4.04 - - - - 1.07 - - - 1.59 1.81 - - - - - - - 1.92
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra017270 (LOG2)
 - - - - - - 3.05 - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra018318 (CHIQL8)
 - - - - - - 0.98 - - - - - 3.74 1.34 - - - 2.48 - - - - 2.31 - - - - - - - 1.38
Bra019822 (WIP6)
 - - - - - - - - - - - - 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 -
- - - - - - - - - - - - 4.41 - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - -
Bra020762 (GolS9)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.55 - - - - -1.56 - - 2.48 -0.18 1.28 -0.24 - 2.63 - - 1.87 -1.65 3.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.84 - - 4.08 - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.53 - - - 4.17 - 1.86 - 2.71 - - - - - - - - - - - - - -
Bra022595 (FIB2)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra023612 (GAD)
 - - - - - - 0.12 2.33 - - - - 3.91 - - 0.52 0.38 - 1.18 - - 1.83 - - - - - - - - 0.41
- - - - -0.5 - - -0.4 - 0.35 - - 3.7 - - 1.15 0.99 3.28 - - - - -0.68 - - - - -0.44 - - -
Bra023835 (AOX1B)
 - - - - - - - - - - 2.91 2.09 3.84 - 1.27 1.32 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra024463 (JANUS)
 - - - - - - - - - - - - 3.19 - - 2.29 - - - - - - 4.09 - - - - - - - -
Bra024564 (MLP43)
 -3.56 -3.21 -2.92 -3.27 -3.23 -2.09 -1.35 -0.29 -0.73 -1.24 -0.38 -1.01 2.71 0.19 0.42 -0.33 0.04 2.21 -0.33 -0.59 -1.74 -1.0 1.48 -0.92 -1.13 -1.33 -1.16 -4.41 -1.16 -0.66 1.7
Bra025652 (MYB110)
 - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - 3.54 - - - - - - - -
- - -0.29 - - - 0.44 - - - - -0.43 3.7 - - - - 2.32 - - - - 3.05 - - - - - - - 0.88
Bra026337 (ATL61)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra026365 (WES1)
 -3.84 0.05 1.07 1.53 0.65 -1.05 -3.46 -1.72 -3.38 - -0.76 -1.76 1.94 0.52 -0.84 -0.48 -1.67 2.55 -2.16 - -2.15 -1.75 2.69 -2.71 -3.16 -1.83 - - - -2.45 -0.22
Bra026626 (t5ptase9)
 - - - 3.26 - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.3 - 0.89 1.73 - - - 0.98 - 3.47 1.27 - 1.12 1.05 - 1.86 - - - - - - - - - - - -
Bra027116 (AGL55)
 - - - - - - - - - - 3.5 - 4.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra027135 (ATB2)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra027198 (NAI2)
 - - - - -0.66 1.45 1.01 - - - -1.79 - 3.03 -0.36 0.35 - - 1.28 - - - - 2.33 -0.12 -1.71 -0.31 -0.05 0.89 0.52 -0.58 -0.47
- - - - - - - - - - - - 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33
Bra027552 (AtBBE25)
 -1.15 -0.52 -0.21 -4.61 -1.08 -3.02 -0.6 -1.85 0.03 -0.58 -1.11 -0.77 2.72 -0.62 -0.36 0.81 0.69 2.04 0.64 0.41 0.71 0.6 -0.28 -1.95 -1.46 -1.6 -2.27 -2.47 -1.83 -1.59 -1.51
Bra027818 (ANAC087)
 - - 2.26 - - - - - - - 2.35 1.91 3.45 1.78 - - 1.59 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - - -
-2.92 -1.58 -1.2 -1.07 -0.84 -0.37 -1.09 -1.85 -0.43 -0.51 -0.49 -0.92 2.29 -0.72 0.17 0.45 0.37 1.39 -0.57 -0.97 -0.45 -0.55 1.04 0.26 -0.41 -0.48 -0.79 -0.52 -0.31 -0.0 1.36
- - - - - - - - - - - - 3.71 - - - - 3.02 - - - - 3.3 - - - - - - - -
Bra030099 (SND3)
 -0.15 0.29 -0.19 -0.38 0.92 -0.07 0.2 -0.5 -0.6 -1.26 -1.07 0.03 1.89 0.25 0.56 -0.35 0.32 0.63 -0.43 -0.6 -0.95 -2.17 -0.27 -1.08 -0.82 -0.33 -1.38 0.16 0.01 0.41 0.45
Bra030572 (RIC3)
 - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - 3.23 - - - - - - - -
Bra030829 (RLP14)
 - - - - - - - -1.81 - - - - 3.79 0.54 - - -0.66 2.86 - - - - 2.91 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - -
Bra031538 (NRPC7)
 -2.75 0.22 -1.6 - -0.42 -3.1 0.32 -1.16 -0.9 -0.61 -0.11 - 2.64 -2.78 1.22 1.12 -1.46 -0.87 -2.18 - -1.19 -1.66 2.5 -0.83 -0.05 -1.16 1.0 -0.89 -1.35 0.14 -2.02
- - - - - - - - - - - - 4.36 - - - - 1.29 - - - - 3.01 - - - - - - - -
Bra033541 (ATOEP16-2)
 - - 1.74 - - - - - - - - - 3.08 - - - - 1.45 - - 0.44 - 2.9 0.37 - - 2.25 - - - 0.72
Bra034720 (S8H)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04
- - - - - - -0.21 -0.71 - - - - 4.74 - - - 1.49 - - - - - - - - - - - - - -
Bra035618 (RPL6)
 - - - - - - - - - - - - 3.65 - - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - 3.6
Bra036151 (bige1b)
 - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - - 2.38 - - - - 3.21 - - - - - - - -
-0.72 1.0 1.28 -1.11 - - -1.42 -1.13 -1.03 -2.23 - -2.29 2.26 -0.33 -0.97 -2.99 -2.05 2.29 - -2.13 -1.28 -0.46 2.94 -2.27 -1.13 -0.82 -2.0 -1.92 -2.02 0.17 -1.87
- - - - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - 3.19 - - - - - - - - 3.46
Bra037049 (KC1)
 - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - 3.88 - - - - - - - -
Bra037431 (PG45)
 - - - - - - - - - - - - 4.01 - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - -
- - 0.55 - 0.2 - - 0.23 - - - - 3.88 - - - - 1.16 1.16 - - - - - 1.22 - - - - - 2.5
Bra038086 (BIA1)
 - - 3.46 - - - - - - - - - 4.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra038334 (CWC16b)
 - - - - - - - - - - - - 3.64 - 0.96 - - 1.65 - - - - 3.13 1.6 - - - 0.73 - - -
- - - - - - - - - - - - 4.2 - - - - 3.66 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.51 - - 0.54 0.42 - - - 2.73 - - - - - - - - - 4.06 - 0.85 - - - - - 0.75
Bra039989 (DOR)
 - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.69 1.6 - - - - - 2.02 - - - - 4.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.32
1.87 - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - 1.13 - - - - 3.23 - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.