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Heatmap: Cluster_72 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.58 -1.36 -1.34 -1.37 -0.27 0.73 0.06 0.07 0.74 0.52 0.8 0.12 0.46 0.06 0.69 0.51 -0.11 1.21 0.61 0.99 0.5 -0.07 -1.34 -3.2 -1.05 -0.41 -0.42 -0.78 -1.36 -1.88 -1.49
-0.66 -0.97 -1.11 -0.82 0.29 0.33 0.07 -0.55 0.47 0.22 0.2 0.04 -0.92 0.31 0.46 -0.07 -0.28 1.26 0.92 -0.06 -0.06 -0.03 -0.44 -0.18 -0.26 -0.62 -0.29 0.01 0.18 -0.31 -0.15
-1.06 -1.07 -1.27 -1.38 0.14 -0.03 -0.29 -0.21 -0.76 -0.41 -0.09 -0.78 0.76 0.34 0.07 -0.07 -0.19 0.64 0.02 0.43 0.03 -0.22 0.42 0.01 0.32 -0.15 0.26 0.26 0.57 -0.07 0.71
-0.19 -0.57 -0.24 -0.42 0.42 0.59 0.13 -0.49 -0.13 -0.16 -0.26 -0.24 -0.47 0.63 0.45 0.05 -0.03 0.94 0.23 -0.05 -0.38 -0.29 0.02 0.22 -0.22 -0.32 -0.17 0.01 0.22 -0.5 -0.26
Bra004491 (CYP709B2)
 -0.52 -1.01 -2.28 -1.21 -1.25 1.14 -0.1 -1.33 0.32 -0.44 -0.35 -0.53 -0.39 0.45 0.48 0.04 -0.21 0.93 1.09 0.97 0.78 0.56 -0.44 -0.44 -0.35 -0.34 -0.49 -0.91 0.11 -1.05 0.38
Bra005564 (B5 #4)
 -1.69 -1.99 -1.64 -1.48 0.07 0.2 -0.16 -0.3 0.17 0.32 0.38 -1.76 0.16 0.6 0.62 0.07 -0.56 0.98 0.07 0.11 -0.02 0.69 0.8 0.34 0.32 -0.21 -0.07 -0.22 -0.31 -0.59 -0.19
-0.8 -0.84 -1.02 -0.88 0.03 0.26 0.32 0.01 0.01 0.09 -0.02 0.01 0.03 0.29 0.23 0.41 0.42 1.03 0.85 0.23 0.25 0.23 -1.22 -0.24 -0.27 -0.45 -0.15 -0.15 -0.46 -0.53 -0.41
-1.3 -1.48 -1.09 -1.3 0.28 0.13 -0.04 -0.14 -0.06 0.24 -0.08 0.07 0.23 0.06 0.22 0.25 0.52 0.59 0.64 0.24 0.26 0.47 -0.16 0.11 0.18 -0.59 0.14 -0.31 -0.4 -0.25 -0.13
Bra006954 (MDAR1)
 -0.48 -0.52 -0.95 -0.66 -0.08 0.27 0.2 -0.1 -0.07 0.12 -0.0 0.01 -0.0 0.19 0.29 0.07 0.04 0.29 0.33 0.14 0.18 0.21 0.24 -0.03 -0.03 -0.19 -0.01 -0.11 -0.15 -0.22 0.22
-1.39 -1.56 -1.27 -1.86 0.87 0.8 0.62 0.02 -0.1 -0.04 0.15 -0.11 -0.58 0.3 0.61 0.52 0.71 0.9 0.22 0.39 0.38 0.39 -1.46 0.2 -0.41 -0.97 -0.76 -0.48 -0.64 -0.79 -0.36
-2.27 -2.55 -1.9 -1.92 0.02 0.58 0.71 0.17 0.71 0.03 -0.0 -0.14 -0.41 0.3 0.6 0.41 0.35 -0.25 0.23 0.18 -0.01 0.25 -0.78 0.74 0.65 -1.56 0.45 -0.22 -0.05 -0.77 -0.15
Bra009031 (CYCD4;2)
 -1.45 -0.96 -1.63 -1.89 0.27 0.29 0.16 -0.49 -0.15 -0.37 -0.19 -0.27 0.84 -0.23 0.05 0.64 0.07 0.49 0.36 0.42 0.25 0.32 0.91 -0.13 -0.16 -0.3 -0.24 -0.35 0.22 -0.29 0.06
Bra009735 (SIGE)
 -0.24 -0.54 -0.43 -0.53 -0.38 0.87 -0.01 -0.96 0.01 -0.18 -0.01 -0.24 -0.63 0.07 0.43 0.3 0.02 0.67 0.54 0.28 0.09 0.17 -0.58 0.06 0.06 -0.37 -0.09 0.06 0.26 -0.49 0.07
Bra009747 (SS1)
 -0.47 -0.56 -0.4 -0.17 -0.01 -0.06 0.23 0.25 -0.42 -0.08 -0.11 -0.13 -0.04 -0.25 -0.35 0.1 0.24 0.73 0.53 0.22 0.09 -0.05 -0.72 0.2 0.29 0.16 0.3 0.13 -0.28 -0.3 -0.15
-0.09 -0.52 -0.23 -0.4 0.24 0.63 -0.21 -0.28 0.33 -0.24 0.07 0.01 -0.25 0.53 0.54 0.23 -0.07 0.64 0.39 0.29 0.08 -0.12 -0.53 -0.36 -0.14 -0.75 -0.22 -0.34 -0.07 -0.51 -0.06
Bra011284 (CSLC5)
 -1.66 -2.23 -1.32 -0.55 0.35 0.15 0.42 0.36 -0.4 -0.16 -0.23 -0.48 0.09 0.11 0.23 0.35 0.14 1.24 0.14 0.02 -0.04 -0.3 -1.03 0.29 0.36 0.28 0.27 0.05 -0.03 -0.33 -0.03
Bra011902 (AQI)
 -1.43 -1.54 -1.44 -1.77 -0.06 -0.22 -0.13 -0.29 0.39 0.48 0.24 0.54 0.27 0.59 0.58 -0.29 0.54 1.46 0.83 0.43 0.07 0.51 -0.66 -0.66 -0.65 -0.82 -0.58 -0.65 -0.99 -0.37 -0.23
Bra012423 (GALT4)
 -1.92 -1.11 -0.92 -0.76 0.57 -0.32 0.52 0.61 0.22 0.39 0.13 0.39 -0.0 0.45 0.41 0.12 -0.42 -0.06 0.43 0.22 -0.08 -0.33 -0.78 0.15 0.1 -0.6 0.2 0.46 -0.19 -0.36 -0.52
Bra012544 (CRK15)
 -3.47 -1.89 -2.57 -2.79 -1.53 0.95 -0.37 -1.04 0.79 0.61 0.3 0.87 -0.3 0.8 1.44 1.07 0.52 -0.22 0.75 0.76 0.37 0.45 0.61 -0.81 -1.77 -2.49 -1.63 -0.48 -1.13 -1.28 -1.69
Bra013055 (MYB7)
 -1.91 -2.43 -2.27 -2.92 0.28 0.46 0.45 -0.5 0.22 0.33 0.16 0.21 0.02 -0.05 0.07 0.51 0.96 0.2 0.46 0.51 0.43 0.42 -0.25 0.32 0.29 -1.99 0.23 -0.35 -0.39 -0.49 -0.25
Bra013072 (PUP1)
 -0.43 -2.12 -1.45 -1.67 -0.77 0.77 0.05 -0.38 0.54 -0.25 0.52 -0.18 -0.81 0.52 -0.01 0.46 -0.14 1.75 1.57 1.21 0.13 0.61 -1.2 -0.72 -1.05 -1.51 -1.53 -0.66 -0.69 -1.87 -1.64
Bra016735 (AOC4)
 -1.15 -1.02 -1.05 -1.38 -0.25 -0.1 -0.36 -0.38 0.3 -0.03 -0.21 0.44 -0.25 0.32 0.68 0.11 0.39 1.37 0.97 0.11 0.24 0.2 -0.97 -0.22 -0.2 -0.4 -0.07 -0.55 -0.38 -0.1 0.09
Bra016738 (DIS1)
 -1.23 -1.51 -1.5 -1.3 -0.2 0.81 -0.46 -0.61 0.5 -0.37 -0.78 0.19 -0.79 0.48 1.3 0.4 0.72 1.42 0.82 0.27 0.36 0.09 0.24 -0.68 -0.68 -0.83 -0.69 -0.65 -0.34 -0.99 -0.75
-1.38 -1.48 -3.74 -2.56 -0.03 0.85 -0.4 -0.49 0.8 -0.01 0.48 0.54 0.04 0.64 0.86 0.97 0.38 0.12 1.64 0.56 -0.04 1.04 -2.34 -0.82 -0.78 -1.28 -1.48 -2.2 -1.16 -1.62 -0.46
-2.7 -1.12 -1.11 -1.73 -0.51 -0.13 -0.33 -1.19 1.3 0.49 0.49 -0.43 0.54 0.27 1.03 0.65 0.29 0.93 0.22 0.87 0.48 0.83 0.33 -1.42 -1.41 -1.38 -2.23 -1.67 -1.23 -1.37 0.52
Bra019469 (LecRK-I.6)
 -0.95 -0.63 -0.55 -1.47 0.79 1.47 -0.07 -1.19 0.23 0.27 -0.09 0.41 -1.09 0.18 0.74 0.42 0.23 1.09 0.78 -0.11 -0.13 0.53 -0.41 -0.74 -0.76 -1.35 -0.73 -0.65 -0.05 -0.98 -1.76
Bra019815 (DIS1)
 -0.66 -1.09 -1.2 -1.09 0.67 -0.15 0.3 0.07 0.41 0.33 0.24 0.06 0.19 0.56 0.55 -0.34 -0.34 0.16 0.04 0.56 -0.07 -0.46 -0.16 -0.12 -0.02 -0.01 -0.13 0.11 0.03 -0.25 -0.31
Bra020138 (CRR42)
 -0.87 -1.08 -0.83 -1.09 0.11 0.37 -0.41 -0.8 -0.16 -0.06 -0.09 -0.0 0.13 0.37 0.29 0.47 0.17 0.26 0.69 0.11 0.53 0.81 -0.86 0.2 -0.13 -0.34 0.09 -0.02 -0.15 -0.24 0.08
Bra020396 (TRAPPC5)
 -0.75 -0.73 -0.61 -1.02 0.28 0.04 -0.12 0.04 -0.16 0.12 0.02 -0.02 0.41 0.15 0.06 0.1 0.09 0.27 0.29 0.29 0.07 0.07 0.15 0.04 0.01 -0.36 0.03 -0.08 0.09 0.06 0.15
Bra020508 (RD22)
 -2.97 -3.35 -2.6 -1.8 0.19 0.35 -0.4 -0.48 0.12 0.48 0.2 0.5 0.55 1.28 -0.0 0.9 0.53 2.02 1.31 0.2 0.17 0.25 -1.07 -0.89 -0.87 -1.49 -1.39 -1.23 -1.9 -2.89 -4.16
Bra022367 (mTERF11)
 -0.4 -0.57 -0.17 -0.43 0.64 0.76 -0.21 -0.27 0.27 -0.23 -0.52 -0.2 -0.16 0.76 0.63 -0.01 -0.29 1.14 0.85 -0.69 0.05 -0.22 -0.27 -0.47 -0.75 -0.87 -0.67 -0.35 -0.37 -0.28 0.28
Bra022902 (SUM5)
 -2.38 -1.19 -6.38 -1.84 1.22 1.11 0.75 -1.04 0.47 -0.29 0.5 -0.36 -0.12 0.26 0.7 1.11 0.29 -1.08 1.04 0.87 0.75 0.34 -2.85 -0.04 -1.86 -2.16 -0.99 -0.05 -0.01 -1.5 -2.58
Bra023490 (KUP8)
 -0.64 -1.21 -1.35 -1.47 -0.11 0.76 0.31 -0.12 0.23 0.11 0.16 0.05 -0.65 0.33 0.71 0.42 0.37 0.86 0.79 0.23 0.14 0.14 -1.59 -0.27 -0.18 -0.73 -0.14 -0.37 0.01 -0.53 -0.18
Bra024287 (FKP12)
 -0.22 -0.11 -1.36 -0.95 0.73 1.13 -0.94 -0.41 0.25 -0.29 -0.05 -0.2 0.18 0.96 0.88 0.06 0.22 1.45 0.83 -0.0 0.42 0.25 -1.12 -0.95 -1.13 -1.33 -1.12 -1.08 -0.96 -1.23 -1.09
-0.69 -0.96 -0.94 -1.06 -0.12 0.07 -0.3 -0.8 0.43 0.48 0.14 0.33 -0.26 0.65 0.73 0.03 0.29 0.91 0.45 0.13 -0.08 0.18 -0.28 -0.2 -0.24 -0.43 -0.32 -0.14 -0.23 -0.23 -0.02
Bra024497 (STY8)
 -0.11 -0.39 -0.49 -0.27 0.38 0.38 0.06 -0.28 0.49 -0.11 0.21 -0.09 -0.11 0.46 0.61 0.2 0.19 0.63 0.8 0.38 -0.01 -0.07 -1.21 -0.49 -0.4 -0.95 -0.47 -0.3 -0.09 -0.8 -0.41
-1.2 -1.16 -1.49 -0.48 -1.05 -0.09 0.38 -0.0 -0.59 0.02 -0.17 -0.35 0.05 -0.01 0.13 0.47 0.56 1.25 1.11 0.64 0.32 0.19 -1.19 0.12 0.18 -0.0 0.22 -0.53 -0.75 -0.96 -0.18
Bra024569 (HMS)
 -1.22 -1.92 -1.74 -1.71 1.14 1.46 0.85 -0.13 -0.08 -0.09 -0.31 -0.63 -2.11 0.36 0.3 -0.25 -0.2 0.92 0.39 -0.03 0.02 -0.16 -2.56 -0.26 -0.34 -0.78 -0.1 0.35 0.66 0.07 -0.09
-0.27 -0.43 -0.63 -0.14 0.42 0.67 -0.0 -0.29 -0.01 -0.17 -0.11 -0.0 -0.22 0.21 0.28 0.34 -0.05 0.46 0.41 0.13 -0.06 0.1 -0.19 -0.17 -0.16 -0.44 -0.26 0.23 -0.04 -0.38 -0.18
Bra025579 (RS5)
 -3.54 -3.41 -3.87 -4.04 -0.5 0.89 0.8 0.04 0.15 0.16 -0.15 0.23 -0.42 0.1 0.48 0.83 1.02 0.24 0.67 0.26 0.13 0.1 -0.93 0.59 0.49 -1.66 0.32 -0.03 -0.36 -0.94 -0.67
-0.3 -0.34 -0.6 -0.69 -0.33 0.12 0.28 -0.29 0.12 0.22 0.12 0.13 0.06 0.25 0.28 0.09 0.14 0.07 0.49 0.45 0.21 0.44 -0.91 -0.1 -0.09 -0.29 -0.06 -0.19 -0.09 -0.3 0.01
Bra026004 (HBP1)
 -1.6 -1.64 -1.71 -1.74 -0.1 0.21 0.65 0.1 -0.11 0.42 0.07 0.13 -0.09 0.13 0.21 0.24 0.43 0.49 0.63 0.34 -0.03 0.3 0.23 0.1 0.15 -0.49 0.12 -0.29 -0.45 -0.39 -0.01
Bra026520 (NIK2)
 -0.22 -1.08 -1.17 -2.21 0.65 0.84 0.32 -0.39 0.64 0.1 0.41 -0.28 -1.1 0.29 0.85 0.58 0.13 -0.34 0.96 0.62 0.04 0.39 -1.53 -0.23 -0.21 -0.69 -0.45 -0.24 0.15 -1.19 -1.45
-1.13 -0.68 -0.85 -1.04 -1.59 0.6 -0.34 -0.89 1.18 1.37 -1.03 0.93 -0.35 1.45 1.64 1.12 0.51 -0.04 0.88 0.29 0.6 0.66 -1.15 -25.09 -4.92 - -4.39 -4.3 -3.6 -1.28 -19.87
Bra029142 (BAG1)
 -1.56 -1.54 -1.48 -0.9 0.23 0.17 0.31 0.28 -0.1 -0.36 -0.33 -0.28 0.29 0.61 0.33 0.31 -0.01 1.0 0.04 0.07 -0.06 -0.14 -0.55 0.2 0.09 0.02 -0.01 0.33 0.27 -0.17 -0.14
Bra029392 (SQP1)
 -2.75 -3.04 -2.77 -1.88 -1.45 0.78 0.29 1.17 0.52 0.2 0.48 0.41 0.76 -0.07 0.07 0.26 -0.72 1.07 0.99 0.45 0.7 -0.26 -1.2 0.04 -0.19 -0.77 -0.48 -0.36 -0.29 -1.84 -1.03
Bra030259 (PLAT2)
 -1.65 -0.88 -1.93 -1.64 -5.46 -1.13 0.02 0.64 -0.08 0.34 -1.21 -0.26 0.63 -0.47 -0.13 -0.14 0.68 1.93 1.04 0.59 0.53 0.66 -1.38 0.18 0.1 -0.38 0.15 -1.03 -1.13 -0.58 -0.22
-0.5 -0.55 -0.27 -0.76 0.37 0.41 0.48 0.16 0.23 0.07 0.08 0.24 -0.32 -0.03 0.01 0.15 -0.14 0.9 0.72 0.54 0.38 0.18 -0.59 -0.32 -0.28 -0.52 -0.34 -0.41 -0.46 -0.59 -1.11
Bra030911 (NUC)
 -2.29 -2.46 -2.94 -3.13 -0.01 0.31 -0.09 -0.92 0.51 0.8 -0.01 0.46 -0.6 0.6 0.93 -0.1 0.46 1.3 1.31 0.39 0.04 0.2 -0.6 -0.17 -0.31 -0.87 -0.44 -0.8 -0.55 -0.49 -0.5
Bra032354 (GA2OX2)
 -2.98 -5.26 -3.66 -4.53 1.21 1.74 -0.62 -3.38 -0.15 -1.1 -1.52 -1.34 -2.42 1.57 0.74 -0.56 -0.16 1.59 0.96 0.24 0.05 -0.44 -0.17 0.68 -0.27 -2.43 -0.68 0.17 0.69 -0.49 -1.64
Bra033195 (SPSC)
 -0.08 -0.86 -0.92 -0.86 0.55 1.1 0.02 -0.61 0.19 -0.08 0.16 -0.24 -0.79 0.43 0.57 0.32 0.03 0.74 0.73 0.36 0.09 0.25 -3.22 -0.32 -0.37 -0.72 -0.44 0.13 -0.1 -0.75 -0.14
Bra033267 (PYL9)
 -0.9 -1.81 -1.46 -0.83 0.87 0.92 -0.26 -0.8 0.41 -0.25 0.27 -0.08 -0.47 0.59 0.62 0.22 -0.09 1.16 0.43 0.3 0.19 0.05 -0.79 0.03 -0.12 -0.72 -0.4 -0.17 0.29 -1.16 -1.05
Bra033277 (RABA3)
 -2.5 - -2.4 -3.68 0.74 -1.2 0.48 1.55 0.48 -0.12 0.97 0.77 0.25 0.56 0.11 0.2 0.38 0.62 0.43 -0.09 0.23 -0.25 -1.93 0.55 -0.12 -0.96 -0.8 0.07 -0.38 -1.27 -2.91
Bra035120 (KS)
 -0.52 -0.81 -0.6 -1.0 0.02 0.02 -0.68 -0.4 1.15 0.25 0.36 0.57 -0.96 0.69 1.23 0.13 0.43 1.49 0.3 -0.09 -0.06 0.03 -1.09 -0.97 -0.97 -1.24 -1.15 -0.52 -0.56 -0.5 -0.59
Bra035360 (PP2C74)
 -0.18 -0.26 -0.67 -0.39 0.45 0.58 0.47 -0.19 0.07 0.0 0.17 0.08 -0.32 0.14 0.35 0.43 0.31 0.2 0.58 0.31 0.09 0.3 -1.25 -0.2 -0.36 -0.67 -0.37 -0.25 -0.09 -0.59 -0.6
Bra036764 (OXY5)
 -2.76 -2.99 -3.32 -2.05 -0.44 0.16 0.45 -0.07 0.62 0.45 0.37 0.27 -0.03 0.85 1.09 0.55 0.35 1.98 1.34 0.35 -0.03 0.29 -1.9 -1.07 -1.17 -1.28 -1.14 -1.88 -1.84 -2.02 -1.4
Bra037415 (TIP1;3)
 -2.53 -1.85 -3.09 -0.9 -1.18 -0.18 0.86 0.33 -0.63 0.46 -0.13 -0.79 -0.03 -0.54 -1.43 0.37 0.97 1.36 0.94 0.94 0.84 0.47 -0.58 0.29 0.26 -1.26 -0.27 -0.12 -0.3 -1.23 -0.65
Bra037416 (PPa5)
 -1.3 -1.22 -1.89 -1.11 0.76 1.18 0.33 -0.18 -0.01 -0.29 -0.13 -0.5 -0.25 0.92 0.42 0.24 0.23 1.17 1.07 0.39 0.09 0.08 -1.18 -0.32 -0.38 -0.85 -0.52 -0.52 -0.27 -1.39 -0.89
Bra038756 (BGLU47)
 -0.38 -1.59 -2.07 -2.46 1.32 0.53 -1.09 -0.41 0.05 -0.0 0.48 0.19 0.56 1.02 0.64 -0.14 0.55 1.99 0.7 -0.11 -0.04 -0.33 -0.66 -1.8 -1.02 -0.63 -1.63 -1.8 -1.69 -1.63 -0.47
-0.79 -0.71 -0.73 -0.67 -0.46 0.16 0.48 0.41 -0.1 0.18 0.18 -0.02 0.14 -0.04 -0.27 0.28 0.18 0.88 0.49 0.22 -0.04 0.14 -1.07 0.08 0.16 -0.34 0.17 -0.22 -0.22 -0.43 0.08
Bra040326 (SEC61 BETA)
 -1.89 -1.66 -1.75 -1.48 0.26 -0.28 -0.22 -0.53 -0.23 0.07 -0.67 -0.33 -0.03 0.65 0.11 0.31 -0.01 0.8 0.32 0.43 0.09 0.58 0.56 0.32 0.25 -0.0 0.07 0.38 0.16 -0.25 -0.2

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.