1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_105 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.58 -0.57 - -1.34 0.35 -1.37 -0.57 - -0.87 -0.34 0.97 -0.62 1.67 -0.12 1.15 -0.5 -0.61 - 0.18 - -1.28 - -2.34 0.82 0.88 0.43 1.06 1.68 -0.75 1.07 -0.67
Bra001858 (HP59)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
Bra001985 (PUR2)
 - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - 4.3 - - - -
Bra002164 (NSL1)
 - - - - - - - 1.32 0.97 - - - - - - 2.5 1.49 - 1.18 - - - 3.41 - - - 2.38 - - - -
- - - 2.11 - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.34 -
Bra002759 (PHD2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.63 - - - 2.55 2.86 - - - - 3.13 1.57
Bra003099 (TOZ)
 - 2.34 - - 1.61 - - 0.89 - - 0.77 - - 1.44 1.38 0.11 - - 0.98 - 0.13 - - - - 1.13 2.19 - - 1.65 -
- - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - 4.48 - - - -
- - - - - -2.2 -3.46 - -0.1 - -3.38 -3.18 -1.47 -0.25 -2.0 -0.44 - - -3.29 -3.13 - -3.35 - 0.36 2.11 2.25 3.12 0.77 0.72 1.81 0.17
Bra005921 (ST2A)
 1.25 -3.16 0.4 -3.09 0.18 -4.59 -0.7 - 1.27 1.77 -1.3 0.35 - - -3.24 - 1.5 - -4.38 - -3.63 -2.36 -2.96 -1.44 -4.56 -0.54 -1.5 -0.57 -0.13 3.22 1.03
Bra006265 (TOT3)
 -0.12 -0.24 -0.29 -0.32 -0.04 0.13 -0.04 -0.51 -0.08 -0.04 0.02 0.03 0.11 -0.37 0.07 0.16 0.1 0.06 0.35 0.26 0.04 -0.01 -0.02 0.16 0.39 -0.82 0.17 -0.32 -0.2 0.39 0.26
- - - - - 1.34 - - - - - - 0.4 - - - 1.41 2.46 - - - - 0.55 - - - 2.14 - - 3.31 1.69
Bra008457 (TUP5)
 - - - - 0.52 -0.13 -1.29 -1.27 0.27 0.84 -1.31 0.55 - -0.81 0.74 1.37 -1.08 -0.9 - -0.1 0.76 0.75 -1.15 0.36 - -1.12 0.42 0.15 1.67 1.99 0.06
-2.53 -1.46 - -0.06 0.79 0.14 -0.64 - -1.98 -1.83 -1.8 -0.73 0.94 - -0.29 0.86 0.06 -0.07 1.47 0.37 -0.87 -2.84 -2.86 0.99 0.36 -0.12 0.85 -1.01 0.66 1.4 1.31
Bra008918 (BG1)
 -0.41 -1.04 -0.9 -1.09 0.27 -0.22 -0.63 -0.17 -0.2 -0.55 -0.63 -0.3 0.08 -1.23 -0.02 -0.05 -0.71 0.07 0.93 0.59 0.32 -0.34 0.04 0.21 0.48 0.35 0.25 0.17 0.32 0.66 0.7
Bra009448 (GINT1)
 - - - - - - - - - - 0.79 0.84 - - 1.25 - - - - - - - - - - - 3.53 - - 2.68 2.84
Bra010882 (EDE1)
 - - 3.24 - - 0.74 0.61 - - - - - - - - - - - - 1.82 - - - - - - 2.74 2.41 - 0.16 0.83
Bra011798 (CAD6)
 -1.06 -1.54 -1.68 -3.22 -0.24 -0.12 -0.75 -0.72 0.29 -0.34 -0.92 -0.08 0.17 1.06 1.22 0.35 0.4 -0.18 -1.62 -1.76 -1.11 -0.64 0.56 1.15 0.33 -0.73 -0.13 -0.58 -0.16 0.4 1.69
-0.37 -0.44 -0.39 -0.54 0.14 0.11 -0.55 -0.28 0.04 -0.02 -0.61 0.06 -0.1 0.7 0.85 -0.44 -0.24 -0.29 -0.26 -0.21 -0.15 0.03 0.43 0.32 0.03 -0.2 0.07 0.3 0.15 -0.19 0.57
Bra012014 (IMPA-7)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
Bra012120 (FEP2)
 0.39 -0.14 2.1 - 1.12 -0.91 -2.05 -0.64 -0.96 0.09 - 0.83 -0.84 -0.43 - 0.71 0.75 0.09 -1.95 -1.58 - -0.89 -1.7 -0.65 -1.66 - 1.59 - -1.45 1.29 1.88
Bra012208 (FLP)
 - - - - 0.89 - - - 2.06 - - 3.43 1.32 - - 1.16 - - - - - - - - - - - - - 2.5 1.93
- - - - - - 1.73 - - - - - - - - - - - 1.75 - - - - - - - 4.29 - - - 2.26
Bra015442 (CHX23)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - - - - - - - 3.08 3.89
Bra016110 (EPFL7)
 - - -0.25 - 1.03 -1.1 -0.55 -2.8 0.11 -0.42 -0.75 -0.97 -0.55 -0.46 -1.32 -0.43 -0.17 0.55 - - - - -0.1 2.17 0.88 1.54 0.21 0.82 1.07 1.01 0.84
2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.16 0.15 - - 2.92 - 0.41 2.29 3.39
- - - - - - - - - - - - 2.21 2.32 - - - - - - 1.89 - - - - - - - 3.19 3.1 -
Bra017579 (AtDOA13)
 - - - 1.65 1.3 2.23 - - - - - - - - - - - 3.05 - - - - - - - - - - - 3.64 -
- 0.25 2.15 - - - - -0.09 - - - - 0.24 - - - 0.13 1.03 - - - - 2.03 - - 1.5 0.94 2.06 0.11 1.54 1.65
- - 0.71 - - -0.72 - - - - - 1.16 0.68 - -1.65 -2.24 0.58 -0.01 1.21 1.72 - -2.04 -2.91 2.09 - -1.66 -4.11 -0.33 -2.2 2.34 2.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
- 2.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - - - - - - 3.51 2.67 - - -
- - - - - - - - - - - 2.49 - - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - 3.68 -
- - - - - 3.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - - - -
Bra020452 (COQ5)
 - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.34 - - - - - 3.28 2.44 - - -
Bra020649 (IMPA-5)
 - - - - 2.08 - - - - - - - - - - - - 2.98 - - - - - - - - 2.09 - - 3.22 2.41
Bra021308 (PBL41)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
Bra021324 (ChlADR)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
- - -0.05 - -2.69 -0.28 -1.41 -0.45 -0.15 -1.32 -2.93 0.08 -0.68 -1.48 -2.52 0.05 -0.9 - 0.82 -2.55 -2.64 -0.58 1.26 1.71 1.11 0.17 1.95 1.15 -0.36 1.3 0.77
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
1.42 - - - 2.38 - - - - 0.02 - - - - - - 0.12 - 2.15 - - - - 1.49 -0.02 0.97 0.97 - 1.77 2.45 -
Bra021910 (AGL29)
 -1.18 -1.0 -0.39 -3.35 0.17 -0.31 0.15 -0.31 0.29 0.19 -0.8 -0.31 -0.44 0.66 1.02 0.14 -0.22 -0.11 -0.21 0.18 -0.45 0.2 -0.82 0.07 -0.16 0.16 -0.17 -0.53 -0.32 0.64 1.55
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.52 1.83 - 0.68 2.01 1.76 - - 2.76 1.79 - 1.56 1.27
Bra022054 (TET1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
0.73 - -0.15 -1.99 1.56 -0.46 0.53 -0.97 -1.45 -0.44 0.2 -0.42 0.37 -0.31 -0.19 0.77 0.02 0.03 1.04 - - - - -0.94 0.56 1.2 -0.78 0.24 0.92 0.86 0.07
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 - 4.33 -
- - - - 2.04 - - - - 1.9 1.04 - - - 1.17 - 1.02 - - - - 1.82 - - - - - - - 2.68 2.79
0.59 - 0.59 -0.55 -1.1 -2.85 0.33 1.15 -1.72 -1.27 -1.02 - -0.23 - - -2.62 -0.57 - -0.14 - 0.86 -3.73 0.76 0.9 0.81 -0.29 1.94 0.93 0.32 1.02 1.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
Bra024155 (GGT3)
 - - - 1.64 - 1.15 - - - 0.23 - - 1.35 2.73 - - - - - 0.28 - - 1.26 0.21 - 1.18 3.05 - - - -
Bra024252 (ARI3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.72 - - 4.56 2.54
Bra025292 (SMR6)
 -2.03 -2.03 -1.09 0.83 1.34 0.39 -1.12 -0.18 - -0.29 -1.59 -0.24 -1.87 -1.26 1.3 0.28 -0.04 0.32 -0.15 -0.24 -1.11 -0.65 1.07 -1.16 0.1 -0.1 -0.73 0.07 0.02 1.09 1.2
Bra025328 (ABCB22)
 -2.63 0.3 -0.55 -2.29 -0.02 -0.51 -2.57 -2.1 0.27 -0.2 0.09 -0.34 -1.87 -0.14 0.43 0.83 - -1.19 0.58 -0.18 0.05 -0.85 -0.59 0.81 0.42 -1.38 0.49 0.87 1.73 0.99 0.38
- - - 2.49 2.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.37 3.27 -
Bra028207 (CYP96A8)
 - - - - - - - - - - - 1.72 3.48 - - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - -
Bra028693 (GRP17)
 - - - - 1.7 - - - - - - - - - 2.82 - - - - 2.7 - - - - - - - - - - 3.82
1.04 - 0.06 - -1.77 0.05 -0.55 -0.04 -0.48 -1.01 - -0.13 - -0.25 0.31 -0.71 -1.82 - - -0.85 -0.9 -0.94 -1.87 1.66 1.46 0.03 0.18 1.67 -0.74 1.77 1.42
Bra028962 (FLA1)
 - - - - 1.04 0.45 1.4 - - 2.34 - 1.12 -0.32 - - -0.27 1.19 -0.26 0.85 - - - - - - - - -0.3 1.18 3.02 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -16.18 3.18 2.7 2.0 -7.38 -4.33 1.57 2.55 1.35
Bra029316 (PUB52)
 - - - - - - - - - 1.77 0.12 - - - - - 2.72 - - - - 1.82 - - - - - - 1.94 3.5 0.36
- - 3.98 - - - - - -2.93 - - - -21.4 - - - - - - - - - - - - - 3.91 - -9.73 - -
2.1 - - - 0.36 0.19 - - 1.67 - - - - 0.58 0.54 - - - - - - - 2.64 - 1.8 - - - 1.34 2.57 -
Bra030552 (VPS2.3)
 0.56 1.14 1.74 -0.45 - - - - - - - - 1.03 - -0.36 2.4 - -0.62 - - - - 1.48 -0.61 0.57 -0.22 2.59 - - 1.43 -
- - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 -
- - - - 3.33 - - - - - - - - - - - 2.42 - - - - - 2.44 - - - 3.35 - - - -
Bra032589 (GATL5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2 - 0.64 - 3.75 - 0.85 1.7 0.8
- - - - 2.91 - - - - - - 2.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.07 -
Bra033634 (TPPH)
 - 0.58 - - 1.67 - 0.41 -1.39 - - -0.56 - 1.14 -1.27 -1.09 - - - - - - - 0.21 2.86 1.56 1.0 -1.22 1.47 1.11 0.74 -1.1
Bra033927 (CAF)
 - - - - - - 2.08 - - - - - - - - 0.9 - - - - - - - - 1.68 3.25 - - - 3.38 0.85
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
Bra034964 (NRAMP5)
 - - - - 2.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 - - - - 3.49 - - 2.02 -
Bra036014 (CYP705A23)
 -3.2 - - - 0.18 -2.52 - -4.67 -0.19 1.39 0.28 -1.43 - -2.62 - - 1.25 - -4.38 -3.47 -4.49 -4.61 0.74 0.63 0.64 -0.25 0.66 0.31 0.99 3.34 0.19
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.77 3.16 3.06 - -
Bra036553 (TNY)
 - 1.81 - -0.02 0.55 2.48 - - - - -2.82 - - 0.73 - - - -3.43 - 1.63 1.15 - 1.42 2.27 - - 2.0 - - - -0.4
Bra036779 (SPT16)
 - - - - - -0.72 -0.79 - 0.49 -0.83 - 1.83 - - 0.41 - - - 2.34 - - 2.09 - -0.11 0.53 - 1.01 -0.3 1.68 2.39 -
Bra036898 (IQD19)
 - - -0.11 - -0.14 - 1.22 - 1.31 - - 0.27 0.11 - - - - 1.14 - 1.53 0.8 - - - - - 1.88 - 1.68 2.01 2.12
0.99 0.31 0.12 -0.33 0.84 -0.62 -2.66 -0.18 -0.07 1.43 0.84 0.29 -4.32 - -4.23 -1.98 -1.35 -2.44 -1.29 -0.65 -4.6 -0.36 - -0.73 -0.04 -0.31 -1.5 0.6 1.01 2.37 0.61
Bra037142 (ASL1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 -
Bra037434 (AGL73)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.88 - 1.84 2.82 0.2 2.0 2.38 2.67 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - - - 4.13 -
Bra038494 (IRE1)
 - - - 0.17 1.37 - - - 1.93 - 1.22 - - - - - - - - - - - 0.83 0.83 1.86 - 2.14 - - 2.47 2.01
Bra039036 (MYB110)
 - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - - - -
Bra040076 (SPH8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - - - - 3.89 -
0.97 -0.58 -1.2 - - -1.07 -0.19 -1.09 -0.24 0.52 - 0.29 1.11 1.02 1.14 0.09 1.1 - - -1.05 -1.03 -1.16 -1.1 - -0.78 0.47 0.99 0.76 - 1.06 1.76
- - - - - 1.73 - - - - 1.66 1.7 1.97 - - - - - - - - - - 1.7 - - - 2.87 - 1.75 1.77
Bra040455 (LCL1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
- - 3.32 - - 2.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - 3.66 - - - -
- - - - - 1.34 - - - - - - 0.4 - - - 1.41 2.46 - - - - 0.55 - - - 2.14 - - 3.31 1.69
Bra040890 (PAH1)
 - - - - 3.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 - - - -
- - - - - - - - - - - - 0.69 - - - - 1.41 - - - - - 2.82 - - 3.27 2.31 2.33 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.