1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_49 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - 0.68 0.81 -1.98 1.34 - 1.42 1.14 0.86 0.06 - 0.74 0.48 -1.6 0.66 0.43 - - - -1.69 2.32 - -0.36 -1.74 -1.38 -1.53 0.68 1.05
Bra001322 (BSK9)
 - 0.63 1.57 - 0.32 1.81 - - 1.7 0.26 - - 2.77 - - - - 0.49 0.16 - 2.72 - - - - - - - - - 0.39
Bra001967 (PMT1)
 - - - - - - - - - - 0.68 3.45 - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - - -
Bra002526 (GASA10)
 - - 2.1 0.98 -0.69 - -0.94 0.11 - - - - 0.47 - - 0.43 - - - 0.42 2.35 - 0.41 2.1 - 2.25 - - - -0.84 1.26
Bra002704 (ILL3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.02 - 3.56 - 1.21 - - - - - - 1.07 2.73
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
Bra003189 (EXT16)
 1.69 - - - 2.27 1.26 - - - - - - 1.38 - - - - - - - 3.13 - - - - 3.2 - - - - -
Bra005044 (EXO70H2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
- - -0.38 - -0.1 -0.27 -0.35 - - -0.34 -0.33 -0.16 1.6 - -0.01 -0.03 -0.04 - - 0.85 1.72 - -0.25 - -0.18 - -0.07 -0.13 - 2.09 2.65
- - - - - - - - - - - - 2.68 2.02 2.58 - 1.11 0.15 - - 2.14 - -0.1 - - - 1.47 - - - 1.65
- - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - - - 3.8 3.24 - - - - - 1.83 -
Bra008618 (IRX8)
 - - - - 1.08 0.93 - - - - 0.87 - - 2.45 - - 0.93 - - - - - 3.54 2.62 - - - - - - -
Bra009256 (GRP18)
 - - - - - - - 0.59 - 1.77 - - - - - - - - - 1.86 - - - 3.21 0.81 2.58 - - - 1.81 0.97
- - - - - - 2.43 3.09 - - - - - - - - 2.83 - - - 3.32 - - - - - - - - - -
Bra011197 (TPR1)
 - - - - - 1.18 - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - - 3.87 - - - 1.54 - - 2.26
Bra011336 (RZ-1c)
 - - -0.52 - - -0.31 - -0.35 - - - 0.92 - 0.06 2.73 0.9 - - - - 2.48 - - 2.93 1.7 - -0.31 - - - -
- - - - - - 2.27 - - - - - - - 2.82 - - - - - - - - 3.7 1.5 - - - - - 1.72
Bra011658 (bHLH11)
 - - - - - - 0.06 - - - - 1.5 1.72 - 1.7 - - 2.83 - - 3.16 - 1.67 - - - - - 0.48 - -
- - 1.92 - - - - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - 3.46 - - - - -2.22 - 3.32
Bra012308 (AGL104)
 - - - - - - - 3.93 - - - - - - - - - - - - 3.97 - - - - - - - - - -
Bra012488 (UMAMIT24)
 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 2.78 2.99 - - 0.51 0.34 1.43
Bra012577 (NRAMP5)
 - - - - - - - - - - - - -0.01 - - - -1.73 - 0.6 -1.71 -0.73 - -0.76 2.69 2.52 0.42 0.19 1.13 0.99 2.06 1.88
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.73 4.06 - 2.94 1.74 - - - -
-0.85 0.08 0.44 0.55 -0.3 -0.03 -0.34 0.01 0.31 0.09 -0.21 -1.21 -0.11 -0.92 0.54 -0.77 -0.18 -1.25 -0.33 -0.19 0.26 -0.56 0.32 0.37 -0.37 0.04 -0.71 0.38 0.55 0.7 0.75
Bra014077 (TBL4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - - 0.48 - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 2.95 - 0.68 0.9 0.8 2.72 0.62 0.63
Bra014217 (AGL84)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - - - - - - - 3.09 -
- - - - - - - - - - - - 1.63 - - - - - - - - - 3.02 4.31 - - - - - - -
Bra014736 (LecRK-S.4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - -0.08 0.84 - 0.14 1.75 - 2.08 1.22 1.61 -0.94 -0.99 - -0.34 -0.47 0.07 0.74 - 1.68 0.75 -2.03 0.56 - -1.08 -1.93 -0.28 - -0.36 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- 0.73 - 0.36 0.51 - -1.24 0.67 - 0.47 -0.21 -0.75 -0.91 - 0.78 - - 0.42 2.23 0.55 -1.17 - 1.25 1.34 0.86 0.47 -0.11 -0.86 -1.03 - 0.62
- - - - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - - - -
Bra017283 (CPK25)
 - - - - - - - - - - - - - 0.81 0.99 - - 0.94 0.47 - 1.75 - - 4.36 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 1.93 - - - 3.12 - - 3.08 - - - - - - - 1.82 2.7 -
- - - - - - 0.35 - 2.08 - 2.57 0.27 0.64 - - 2.7 0.36 - - 0.59 2.91 - - - - - - - - - -
Bra019402 (AtFDB6)
 - - - - - 2.58 0.86 0.24 0.88 - - - - - - - - - - - - 1.05 0.1 2.89 - 2.38 - - - 0.14 1.74
Bra019436 (DPBF2)
 - - - - - - - - - - 1.59 - - - - - 2.82 - - - 3.67 - - - - - - - - - 3.04
- - - - - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - - - - - - -
Bra021003 (DSEL)
 -0.97 -0.76 0.75 0.94 0.88 0.16 0.74 -0.97 -0.42 0.52 -1.16 -0.3 0.43 -1.64 0.28 -0.07 0.3 -1.42 -1.41 -0.18 -0.95 -1.97 0.34 0.93 -0.8 -0.26 -0.16 -0.39 -0.28 0.4 0.9
Bra021301 (UMAMIT4)
 - -0.11 - - - - 1.16 1.67 - - 0.31 0.44 - 0.53 -0.29 -0.33 -0.46 - 1.87 0.49 1.46 0.35 - 2.08 - 1.02 -0.42 - - 1.11 -
- - - - - - - - - - - - - 3.0 2.06 - - - - - 3.92 1.87 - - - - - - - - -
Bra021567 (SYN3)
 - - - - - 0.34 2.15 - - - - - - 1.78 - - - - - - - - - 3.81 - - - - - 1.38 2.39
Bra022295 (LPP4)
 - 1.47 1.81 2.08 2.44 - - - - - -0.12 - - - - - - -0.01 - - - - - 3.09 - - - 0.3 - 1.77 -
Bra022844 (CPK24)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.39 - - - - - - 2.42 2.29 - - - - - 3.23 - - - 2.62 - - -
-0.09 -0.18 0.43 0.35 0.27 -0.21 0.09 -0.05 0.37 0.45 -0.27 0.06 -0.2 -0.75 -0.49 0.92 0.35 0.09 -0.42 -0.55 -0.53 -0.61 -0.58 -0.06 0.32 -0.52 -0.46 -0.87 -0.13 0.59 0.54
-0.58 -0.28 0.02 -0.36 0.63 0.68 -0.6 0.24 -0.37 -1.63 -2.42 -1.01 0.9 -1.29 0.26 -1.03 -0.06 -0.13 -2.29 -3.14 0.62 -0.62 1.19 -0.08 0.03 0.48 -0.42 -2.03 -0.79 0.51 1.99
- - - - - 1.61 - - - - - 1.48 - - - - 1.65 2.53 - - 1.49 - 1.67 - - - - - - 2.75 1.81
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
Bra027361 (NOT1)
 - - - - 1.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.86 2.48 - 2.13 1.07 1.19 - -
Bra027365 (CMR1)
 - - - - - - 3.07 3.56 - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - - - - - - -
Bra027551 (AtBBE26)
 - - - - - - -0.63 0.81 - - - - -1.19 - -1.17 -1.0 - 1.47 -1.32 0.17 - - - 1.44 - 2.41 -0.48 2.48 1.95 2.12 -1.35
-0.32 -1.36 -1.87 0.7 -0.52 -0.04 -1.9 -1.84 -1.43 -0.57 -0.86 -1.83 -1.17 0.61 0.14 1.07 -1.63 -1.83 -0.99 0.96 -1.03 0.13 0.57 1.91 -0.18 -0.36 - 0.63 0.92 0.49 1.17
-0.4 1.61 -0.83 0.61 1.22 1.79 - - - 1.18 1.94 1.16 - - - - - - - 1.29 1.92 0.69 -0.76 - - - - - -0.56 -0.73 0.33
Bra031051 (MIF3)
 - - 1.23 - - - - - - - - - 3.4 - 2.02 - - - - - 2.77 - 1.87 - 1.82 - - - - - -
Bra031610 (NRT2)
 - - - - - - - - - - - - 1.49 - - - - - - - 2.08 - 1.73 3.57 -0.26 0.07 2.01 0.93 - - -0.09
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 4.01 - - - - - - - - -
- -0.18 0.76 0.15 -3.1 -0.01 1.3 1.71 -0.38 0.72 -0.31 0.38 -2.91 - 0.09 - 0.14 - -0.09 -0.76 0.65 0.59 -1.09 0.94 -0.28 0.66 0.51 -0.67 -1.48 0.06 -0.36
Bra031941 (KOR)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
Bra032111 (LRL1)
 - - - - -0.48 -0.9 -0.95 - 0.85 -0.34 -3.27 - -0.96 0.26 -1.97 0.6 0.05 2.11 -3.25 -1.49 1.61 0.34 0.65 1.03 0.4 - 0.55 -1.95 0.05 1.77 0.86
Bra032500 (AtDOB16)
 - -25.49 - - - 0.7 - - 2.83 - - - 1.81 - - 1.99 - - - 1.77 3.5 - - - - - - - - - -
- - - - -1.53 - - - - -0.0 0.6 - 2.39 -1.28 - - 1.65 - - - - -0.76 0.4 1.72 1.86 1.75 1.42 0.62 -1.34 0.83 -0.4
- - - 0.11 - - -1.56 - - 0.21 - - -1.05 -1.18 - - -1.1 0.64 - - -1.38 0.15 -1.25 2.27 - 1.99 1.69 1.8 -1.07 1.39 2.31
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
Bra033903 (FMA)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.46 - - - - - 4.67 - - - - - - -
Bra034143 (EDA41)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
- 0.8 1.82 -0.76 0.53 -0.19 1.16 - -0.06 -0.23 - -0.79 1.65 0.17 1.46 -0.98 0.54 -1.23 -1.01 - - - 2.04 1.28 0.82 - - - - - -
- - - - 1.31 - - - - - - - - - - - - - 2.7 - - - - - - - 2.33 - - 2.45 3.53
- - - - - - - 1.05 - - - - - - - 1.38 - - 2.96 - 2.68 - 2.18 - - - - - - - 2.93
- 0.1 - - 1.35 0.6 - - - - 1.14 0.03 -0.14 0.98 0.1 -0.16 -0.3 - - - - 1.19 -0.36 2.32 - - 1.21 -0.09 -0.13 -0.15 1.95
Bra035757 (FRA1)
 -1.0 - - 0.75 0.81 -0.05 - -0.05 -1.68 - -1.7 - 0.59 0.31 0.35 - 0.07 - - 0.45 - - -1.47 2.11 2.24 - 1.99 - 0.1 -0.53 1.57
Bra035969 (ATX5)
 - - - - 0.01 - -0.19 - 1.8 1.25 -1.18 - 0.71 - 2.04 1.17 0.99 -1.14 0.44 - 0.56 - - -0.21 1.23 1.88 - - 0.7 -0.92 -0.96
Bra036397 (SPPL1)
 - - - - - -1.19 -0.92 -1.43 -1.91 0.65 1.13 0.36 -0.06 0.05 0.23 0.15 -0.55 1.45 -4.13 -2.86 0.08 1.06 - 1.26 -0.76 0.74 0.26 1.22 1.85 -0.29 -0.49
Bra037802 (RABH1a)
 - - - - 0.8 0.8 - - - - - - 1.04 - - 3.07 - 1.08 - - - - - 3.51 1.82 - - - - - -
Bra037843 (APK4)
 - - - - - 0.78 1.33 -1.25 0.92 -0.19 0.65 -1.05 2.42 1.85 1.49 0.1 -0.08 1.69 - -1.05 1.85 -1.24 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - - 3.92 - - - - - - -
Bra038134 (CSLC8)
 - - - - -4.73 -7.16 -1.15 -6.28 -1.26 -0.53 -1.93 -0.86 -4.52 -0.28 2.17 -1.88 -1.97 -2.37 -2.59 -1.98 4.22 0.52 -1.49 -3.09 -1.71 -2.14 -2.93 -2.8 -1.9 -2.43 -2.43
Bra038184 (PNET5)
 - - - - - - - - - - - 0.82 - - - - 2.68 - - - - - - 3.42 0.91 - - - - 3.35 -
Bra038200 (FBH4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.54 - - 2.95 - - - -
Bra038228 (IKU2)
 - - - - -0.03 -0.19 - - - - - - -1.02 - - - - 1.72 - 0.87 -1.32 - 1.11 2.76 0.1 2.9 0.77 1.04 0.53 - -1.04
Bra038701 (RABA4D)
 - - - - - 1.62 - - - - - - 1.87 - - - - 2.55 - - 3.12 - 1.71 - - - - - - 2.68 -
Bra038841 (PATL4)
 - - - - 2.68 1.5 -0.56 - - -0.53 -1.63 -1.56 -1.16 2.47 0.11 0.31 - 0.31 -0.45 -1.18 2.26 - - -0.3 -0.23 - - - 1.35 - -
0.07 0.0 - - 0.33 0.21 - -0.11 - - 0.09 - - - 2.02 -1.11 - 1.02 1.28 0.68 - -1.36 -0.35 1.09 -1.32 -0.39 -0.39 0.53 0.41 1.9 1.15
Bra039602 (AGC1-9)
 - - - - -0.45 0.95 -0.93 - 1.23 0.33 -0.56 - - - 2.06 -0.46 - -0.42 - - 1.67 -2.3 1.16 1.81 - 2.54 - -0.33 - 0.51 -0.46
Bra039632 (PM-ANT)
 1.26 - - 0.32 - - 1.77 1.83 - 2.62 - 0.04 0.27 - - 0.23 0.07 - - 1.06 2.51 -0.13 - - - - 0.15 - - - -
-1.16 -0.82 1.27 0.16 0.29 0.26 -0.27 0.28 -0.76 0.29 0.29 0.71 -0.38 -0.16 -0.11 -0.34 0.49 -0.66 -0.37 0.32 0.62 1.19 -1.27 -0.36 -0.7 -0.5 -0.2 -0.16 -1.24 -0.39 -0.77
Bra039894 (WUS)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
Bra040180 (TPS5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.32 - - - - 3.46 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -
- 0.16 -1.41 -0.85 -1.08 -1.23 -0.41 - - - -1.34 -1.21 0.59 - - -0.99 0.41 - -1.46 - - 0.62 0.81 2.1 2.26 0.32 1.11 -1.01 -0.12 1.17 1.73

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.