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Heatmap: Cluster_95 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000129 (JAL22)
 -6.64 - - - -5.7 -7.63 -7.06 -6.39 -2.3 -4.64 -7.68 -7.56 0.49 - -1.05 -6.76 -3.52 4.66 - -7.5 -5.76 -4.58 1.34 -3.45 -2.69 -3.32 -1.3 -4.75 -6.78 - -6.39
- - - - - 2.03 - - - - - - - - - - - 4.75 - - - - - - - - - - - - -
- - - - -6.22 - - - -5.44 - - - 1.18 - -3.76 - -6.21 4.52 - -6.22 - - 2.47 - -4.41 - - - - - -4.73
Bra003519 (NPL41)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra003551 (HP6)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra004565 (LEA27)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.82 - - - - - - - - - - - 1.43 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra005033 (UMAMIT14)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - - - 2.39 - - - - - - - -
Bra005155 (PHT1;9)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra005261 (LOS2)
 -1.97 -1.97 -2.21 -2.22 -1.39 -1.4 -0.45 0.1 -0.89 -0.12 -0.18 -1.34 0.41 0.09 0.47 0.67 -0.15 2.79 0.53 -0.29 -0.46 -0.63 1.27 -0.19 -0.14 -0.48 -0.19 -0.79 -1.08 -1.09 -0.62
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.0 - - - - 4.3 - - - - 0.81 - 1.81 - - - - - 0.99
Bra008494 (AtEPFL8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra009261 (MRSA2)
 - - - - - -2.85 -3.02 -1.79 -1.13 -4.8 -2.68 -4.91 1.82 -1.48 -2.06 -1.55 - 3.63 -1.44 -4.73 -4.89 -1.99 2.16 1.38 0.96 -1.73 -0.15 -4.5 -3.66 0.11 -0.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra010598 (CYP81F4)
 - - - - - - -5.19 -4.95 -2.93 -1.63 - -7.11 -2.2 - -4.92 -6.94 -4.16 4.84 - - - - 0.51 - - - -7.14 - - - -6.97
Bra011039 (CASP)
 - - - - - - 1.53 - - - - - - - - - - 4.6 - - - - 1.94 - - - - - - - -
Bra011131 (MYB22)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra011379 (SON1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.83 - - - - 4.39 - - - - 1.57 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 2.05 - 4.54 - - - - 1.85 - - - - - - - -
Bra013000 (ATR1)
 -5.05 - - -5.37 - - - - -4.56 -3.77 - - 2.08 -4.06 - - -2.29 4.32 -2.98 - -5.34 - 2.49 -5.38 -1.53 -4.02 -5.41 - - - -4.25
Bra014970 (ORG3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra015950 (CLE13)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra016605 (XBAT32)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra018969 (BGL1)
 -8.75 -10.12 -11.28 -9.81 -11.99 -10.2 -5.89 -6.98 -3.71 -6.23 -6.55 -7.08 -1.94 -10.84 -3.83 -6.76 -5.19 4.78 -10.07 -7.39 -6.71 -6.74 0.89 -4.28 -4.29 -4.66 -1.9 -7.68 -5.32 -4.26 -0.46
Bra018970 (TSA1)
 -6.56 -6.9 -6.71 - -4.16 -3.78 -6.4 -6.13 -2.64 -2.71 -5.21 -4.57 0.13 -4.89 -2.61 -3.64 -3.36 4.22 -4.95 -3.98 -4.64 -2.68 2.3 0.16 0.11 -0.79 -0.03 -2.55 -1.52 -3.19 -0.47
Bra020756 (MEE32)
 -2.33 -2.71 -3.63 -3.98 0.17 -3.26 -1.26 -2.75 -0.84 -3.39 -4.03 -3.68 0.7 -1.8 -1.79 -1.58 -2.19 4.33 -3.72 -4.86 -4.32 -3.71 -0.01 -3.38 -3.68 -2.37 -2.56 -0.54 0.02 -1.19 0.17
Bra022161 (JR1)
 -5.02 -5.93 -5.34 -6.64 -2.56 -5.18 -5.51 -3.93 -2.65 -3.78 -4.27 -4.55 0.25 -4.81 -1.73 -4.04 -4.51 4.54 -4.38 -6.68 -4.51 -5.04 1.57 -2.85 -3.61 -4.2 -1.99 -4.92 -3.68 -3.01 0.58
Bra022535 (LOX2)
 - - - - -1.82 - -7.94 -8.01 - -8.45 - -9.59 -0.2 - -3.33 - -7.76 4.79 - - - - -0.64 -5.76 -5.31 -8.28 -4.34 -2.6 -2.35 -2.65 -0.28
- - - - - - - - - - - - 3.6 - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - -
Bra026942 (DRN)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra027486 (PHT6)
 - - - - - - - - - - - - 1.73 - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - 1.62 -
Bra027488 (PHT3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra027490 (PT1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra027491 (APT1)
 - - - - - -1.24 - - - - - - - - -0.89 0.07 - 4.83 - - - - - - - -0.82 - - - - -
Bra027492 (PHT3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - -2.77 - - -
Bra027680 (PAM71)
 - - - - - - - - - - - - 3.38 - - - - 4.36 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.38 0.44 - - - - - - 2.13 - - - 0.68 3.96 - - - - 2.76 - - - - - - - -
Bra028787 (GINT1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra030386 (BGL1)
 -5.85 -5.51 -6.9 -7.06 -4.27 -4.08 -3.15 -3.52 -1.8 -2.88 -3.61 -2.89 1.61 -3.82 -2.16 -1.65 -2.11 4.21 -4.24 -4.07 -3.51 -3.46 2.13 -1.01 -1.31 -1.57 -1.28 -3.03 -2.02 -2.4 -0.48
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra033626 (CYP96A2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra033632 (GGT2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra034426 (PHT5;2)
 - - - - - - - - -2.25 - - -2.97 - - -0.76 - - 4.88 - - - -1.83 - -2.44 - -3.33 - -3.12 - - -
Bra036446 (WOX11)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - -
Bra038102 (PER1)
 - - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - 4.58 1.24 - - - - - - - - - - - -
Bra039344 (MYB10)
 - - - - - -0.3 -0.46 - 0.74 -2.28 - - -2.14 - 0.82 -2.12 0.6 4.16 0.5 -1.26 - - -0.32 -1.31 -1.01 - -0.74 - -2.14 - 0.67
- - - - - - -2.48 - - - - - 1.2 - -1.38 - - 4.46 - - - - 2.43 - - - -1.45 - - -1.71 -3.26

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.