1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_239 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.97 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra000696 (STK)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.06 0.0 0.0 0.3 0.18 0.06 0.07 0.0 0.0 0.67 0.27 0.24 0.19 0.0 0.24 0.0 0.13 0.06 0.0 1.0 0.34 0.0 0.34 0.35 0.99
0.0 0.0 0.37 0.2 0.8 0.81 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.64 0.85 0.55 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.53 0.17 0.18 0.99 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.77 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.49 0.22 0.0
0.16 0.0 0.34 0.34 0.28 0.4 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.15 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.46 0.42 0.14 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.47 0.0 0.0 0.9 0.44 0.52 0.0 0.0 0.0
Bra002988 (MEE4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.86 0.28 0.16 0.0 0.0 0.37
0.23 0.18 0.15 0.23 0.09 0.13 0.11 0.14 0.14 0.08 0.15 0.09 0.17 0.15 0.06 0.12 0.06 0.42 0.14 0.13 0.05 0.08 0.6 0.39 0.58 1.0 0.49 0.33 0.36 0.45 0.18
0.0 0.0 0.0 0.0 0.52 0.52 0.16 0.1 0.0 0.0 0.09 0.0 0.33 0.59 0.68 1.0 0.2 0.29 0.21 0.3 0.0 0.44 0.27 0.0 0.51 0.7 0.0 0.17 0.0 0.08 0.36
Bra008268 (CML39)
 0.0 0.0 0.0 0.16 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.52 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.66
Bra011080 (LecRK-V.9)
 0.0 1.0 0.0 0.0 0.69 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.83 0.0 0.0 0.0
Bra011806 (AGP3)
 0.0 0.22 0.0 0.08 0.2 0.0 0.05 0.0 0.41 0.0 0.0 0.0 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.45 0.0 0.27 0.61 0.07 0.14 0.0 0.0 0.0
Bra013781 (KOR3)
 0.0 0.13 0.0 0.0 0.12 0.0 0.05 0.28 0.03 0.0 0.0 0.19 0.0 0.04 0.0 0.0 0.19 0.19 0.06 0.03 0.03 0.06 0.71 0.36 0.88 1.0 0.66 0.4 0.28 0.23 0.31
0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.0 1.0 0.0 0.0 0.35
Bra014398 (PRP3)
 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.56 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra014758 (RPL23A2)
 0.0 0.27 0.0 0.0 0.2 0.0 0.19 0.34 0.12 0.07 0.19 0.21 0.72 0.0 0.5 0.08 0.44 0.4 0.08 0.15 0.07 0.74 1.0 0.0 0.42 0.42 0.0 0.55 0.15 0.14 0.38
0.0 0.11 0.52 0.11 0.45 0.6 0.33 0.19 0.67 0.18 0.23 0.67 0.0 0.24 1.0 0.24 0.41 0.61 0.88 0.3 0.46 0.26 0.46 0.7 0.0 0.9 0.56 0.29 0.28 0.18 0.57
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.19 0.26 0.0 0.0 0.13 0.13 0.28 0.06 0.0 0.44 0.05 0.06 0.0 0.0 0.75 0.11 0.13 1.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0
Bra016930 (PRX25)
 0.0 0.05 0.0 0.02 0.16 0.11 0.08 0.15 0.02 0.05 0.1 0.02 0.74 0.2 0.09 0.08 0.12 0.7 0.02 0.11 0.02 0.03 0.92 0.15 0.01 1.0 0.16 0.21 0.07 0.08 0.18
1.0 0.7 0.33 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.85 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0
Bra017777 (NCH1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.09 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1
0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.96 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.97 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.22 0.23 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.51 0.0 0.0 0.98 0.4 0.0 1.0 0.18 0.2 0.16 0.0 0.0 0.16 0.35 0.17 0.17 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.19
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.52 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0
0.0 0.0 0.07 0.5 0.07 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.42 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.14 0.15 1.0 0.0 0.89 1.0 0.33 0.59
Bra022397 (LLR4)
 0.62 0.0 0.0 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.3 0.99 0.48 0.0 0.0 0.0 0.27
0.02 0.05 0.0 0.45 0.02 0.04 0.08 0.02 0.0 0.0 0.04 0.02 0.24 0.0 0.03 0.02 0.11 0.1 0.0 0.0 0.0 0.04 0.1 0.02 0.05 1.0 0.04 0.07 0.13 0.06 0.21
Bra023944 (PBL23)
 0.42 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.2 0.35 0.0 0.0 0.0 0.52 0.0 0.0 0.68 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra024826 (AFA1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.91 0.0 0.0 0.91 0.0 0.89 0.0 0.0 0.0
Bra025238 (CDG1)
 0.09 0.0 0.0 0.0 0.14 0.25 0.14 0.16 0.06 0.42 0.36 0.14 0.9 0.45 0.24 0.26 0.14 1.0 0.09 0.14 0.1 0.27 0.69 0.06 0.25 0.59 0.32 0.31 0.18 0.49 0.26
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.96 0.16 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.13 0.07 0.0 0.4 0.18 0.11 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.18 0.41 0.0 0.0 0.0 0.51 0.17 0.13 0.0 0.29 0.0 1.0 0.69 0.0 0.76 0.0 0.06 0.0 0.16 0.18
0.0 0.0 0.0 0.14 0.29 0.49 0.0 0.0 0.0 0.29 0.0 0.57 0.11 0.0 0.0 0.46 0.43 0.0 0.19 0.1 0.0 0.0 1.0 0.0 0.25 0.71 0.0 0.12 0.0 0.0 0.6
Bra026102 (NRB4)
 0.8 0.0 0.17 0.11 0.0 0.0 0.05 0.0 0.1 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.4 0.0 0.47 0.0 0.0 1.0 0.17 0.0 0.34 0.17 0.0 0.13 0.12 0.5
Bra026448 (AGP13)
 0.09 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.04 0.1 0.0 0.0 0.02 0.0 0.43 0.01 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0
Bra027855 (bZIP4)
 0.78 0.2 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.2 0.36 0.0 0.51
Bra028488 (ELT4)
 0.0 0.0 0.09 0.0 0.21 0.43 0.07 0.09 0.0 0.0 0.0 0.09 0.48 0.0 0.08 0.09 0.07 0.68 0.0 0.37 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.08 0.0 0.0 0.09
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 1.0 0.2 0.0 0.44 0.0 0.71
Bra030709 (GATA11)
 0.08 0.16 0.28 0.42 0.14 0.07 0.04 0.11 0.26 0.26 0.29 0.24 0.2 0.15 0.24 0.21 0.22 0.65 0.33 0.16 0.12 0.06 0.6 0.36 0.32 1.0 0.38 0.24 0.15 0.41 0.22
1.0 0.46 0.11 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.31 0.11 0.0 0.0 0.32 0.0 0.12 0.49 0.12 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.7 0.19 0.0 0.21 0.22 0.0 0.0 0.0 0.92 0.45 0.0 0.27 0.26 1.0
Bra032270 (GH9C1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.46 0.0 0.68 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21
Bra032514 (ATL1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.11 0.0 0.78 0.0 0.0 0.19 0.0 1.0 0.17 0.11 0.36 0.0 0.11 0.0 0.2 0.73
Bra032900 (ERF11)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.98 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra033078 (MYB110)
 1.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.07 0.19 0.34 0.08 0.0 0.07 0.09 0.17 0.0 0.35 0.24 0.0 0.42 0.31 0.0 0.27 0.07 0.07 0.0 0.0 0.43 0.0 0.08 0.08 0.0 0.0
0.02 0.0 0.02 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.03 0.0 0.0 0.09 0.0 0.94 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.09 0.13 0.0
Bra034709 (SRF4)
 0.0 0.0 0.52 0.52 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra035648 (AGR)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.84 0.0 0.0 0.0 0.0 0.8 0.83 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.33 0.63 0.0 0.0 0.13 0.0 0.22 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0
Bra040418 (LCR18)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.61 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.78 0.6 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040481 (NMT1)
 0.0 0.64 0.0 0.12 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)