Heatmap: Cluster_65 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 0.22 - - - 2.76 0.27 2.82 0.44 0.33 0.68 0.47 - - - - 0.27 2.47 0.25 - - - - - - - 0.35
Bra003386 (LECRK1)
- - - - - - - - - - - - - - - 2.42 - - - - - 4.68 - - - - - - - - -
Bra006160 (WSD7)
- - - - - 2.46 2.2 - - 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra006183 (EXO70C1)
- -0.54 -0.47 -1.5 1.07 -0.99 1.05 -0.0 -0.97 1.47 - 0.64 0.23 -1.61 0.64 1.07 1.5 - -1.17 -1.86 0.11 2.48 0.4 - - - -1.96 - -1.72 - 0.57
Bra006228 (EXO70C2)
- - - - - - - - - 2.48 - 1.92 1.68 - - - 1.75 2.47 - - - - 1.61 - - - - - - - 2.7
Bra007285 (SIP2)
1.58 - 1.14 - 0.39 - 0.07 - - 1.78 1.97 1.43 -0.48 - -0.52 - -0.66 - - - - - 0.9 1.51 - - 0.85 0.45 -0.56 - 1.47
Bra007287 (PRL2)
- - - 3.12 - - - - - - - - - 2.84 - - - 3.05 - - - 2.78 - - - - - - - - -
Bra007315 (PR2)
-3.42 -0.15 -1.43 -1.99 -0.02 0.07 -2.17 -1.82 0.91 -0.09 -0.39 1.98 -1.08 -2.27 -0.31 0.58 1.61 1.56 -0.75 -1.35 -3.85 2.34 0.96 -1.03 -1.74 -1.92 -0.73 -2.79 -3.26 -1.69 -4.09
- - 1.57 2.13 - - - 1.81 - 1.9 - 2.24 2.17 - - - - - - - - - - - - 1.89 - - - 1.8 -
Bra008764 (MYB40)
- - - - - 2.9 - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - - -
Bra008796 (XTH5)
- - - - - - - - 0.19 2.33 - - -0.48 0.69 - 2.38 2.25 1.09 0.13 - 0.27 0.37 - - - 0.38 - - - 2.05 0.49
Bra009024 (RRL)
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.14 - - - - 4.47 - - - - - - - - -
- - - - - 0.77 - 1.31 -0.13 - - - - 1.86 1.98 - - 2.28 - - - 3.1 0.09 - - - - 1.52 - -0.08 -
Bra009333 (scpl35)
-2.98 -1.15 -2.07 -3.37 0.39 0.18 -1.35 -5.12 -1.28 2.4 -0.4 0.43 -1.86 -0.57 0.41 0.01 0.29 0.42 -0.04 -0.39 -1.03 2.46 1.4 -1.5 -1.81 -1.35 -0.39 -2.81 -2.15 -0.3 -1.96
- 1.2 - 0.68 - - -0.69 0.05 -2.18 1.5 - 1.34 1.63 - - 1.54 0.7 -0.19 1.45 - 2.02 2.19 - - - - - - - - -
- - - - - 2.45 -0.15 - - 2.03 - 1.03 1.35 - 0.33 - - - - 1.2 - 1.15 2.14 - 0.17 - - - 0.26 0.18 1.21
- - 2.13 - 1.12 - - - - 2.55 - 2.65 - - - 2.29 - - - - - 2.9 - - - - - - - - -
Bra010338 (PAP2)
-2.55 -2.51 - -2.54 -2.81 0.93 - 0.78 -1.28 0.11 -2.83 0.11 -0.85 0.41 1.78 0.72 -1.59 2.35 -1.03 - - 2.19 1.01 0.21 -1.66 -2.74 0.64 -2.62 -1.69 -0.48 -2.71
- - 2.25 - - - - - - 1.7 - - - - - 0.94 - 3.18 - - - 3.35 - - - - - - - 0.85 -
Bra011380 (ALA5)
- - 1.88 - 1.66 1.59 - - - 3.09 2.4 - - 1.91 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85
Bra012142 (CKA1)
- - - - - - - - - - - -0.39 1.14 1.23 - - - - - 1.07 0.44 3.0 1.72 - - - - 1.27 0.28 - 2.88
Bra012262 (ACT)
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra012326 (DMS5)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra013070 (DCF)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra013130 (GPS1)
- - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - 4.31 - - - - - - - - -
- - - - - 0.84 -1.61 -0.11 - 1.77 - 1.35 - 0.49 0.73 -0.25 0.31 -0.46 0.58 1.3 1.24 -0.27 1.79 -0.42 1.15 - - - 0.17 -0.53 -0.43
Bra014013 (SAUR58)
- - - 1.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.79 - - - 3.82 - - - - -
- - - - -0.4 - - - 1.38 3.32 1.43 - -0.26 0.75 0.73 - -0.35 2.26 0.3 -0.39 - - 1.19 - - - - -0.11 - - -
Bra014693 (WRKY55)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
-0.23 0.08 0.05 0.04 1.05 0.41 -1.16 -2.38 -0.17 0.75 0.62 0.52 0.05 -1.15 -0.14 1.35 0.83 1.63 -1.46 -1.67 -0.72 1.79 -0.44 -3.6 -2.51 -3.02 -0.71 -2.38 -3.42 -1.54 -0.96
Bra015338 (FLIP)
-0.47 -0.46 -0.18 2.01 1.03 0.49 1.03 -1.89 -0.16 1.14 0.47 -0.12 0.19 -2.14 -1.17 -0.27 -1.34 0.89 -2.49 1.25 1.32 1.37 - -1.24 -2.16 - -3.49 -3.21 - - -3.31
-1.96 1.51 -0.47 0.8 0.93 1.25 -2.01 -2.72 -2.37 1.7 -2.0 0.8 -1.81 -0.78 -0.74 0.56 0.4 0.49 -1.22 -1.02 -1.4 1.89 1.61 -1.95 -2.08 -1.19 -3.51 -3.1 -3.33 -1.51 -6.19
Bra016091 (A/N-InvF)
- 0.74 1.8 - -0.07 0.29 -0.36 - -1.59 2.33 - 0.26 0.08 - 1.86 1.38 -1.48 1.41 0.35 - -0.65 1.48 -0.7 - - - -0.52 - - - -
Bra016235 (LecRK-V.1)
-0.52 0.44 - 0.56 0.1 0.01 0.36 0.39 1.55 0.7 0.35 -1.17 - 1.33 -0.95 0.7 -0.51 -1.89 - 0.25 0.8 1.45 -0.14 - - -1.62 0.75 -0.36 -0.5 -1.28 -1.16
- - - - - - - 2.9 - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra016639 (CHX1)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - - - - - 2.62 - - 2.6
Bra016670 (FLA19)
- -0.22 1.16 - 2.38 0.36 - 0.37 - 1.02 0.2 -0.54 2.79 0.74 - -0.4 -0.41 0.35 -0.66 -0.51 0.45 - -0.51 - - - - -0.31 -0.52 - -
Bra016946 (BHLH100)
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra017289 (UBP9)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra017308 (ECS2)
- - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 -
Bra017882 (UGT2)
-1.01 -1.87 -0.04 -0.35 0.45 -0.02 - - 1.25 0.96 1.75 -0.02 -2.21 - -1.06 0.91 -0.57 -2.43 -0.02 -1.26 0.5 0.96 -1.33 0.14 0.49 1.91 -0.6 - -0.63 0.37 -
- - - - 0.66 - 0.21 - 0.26 - - - - - 0.78 - 0.39 2.27 1.7 - - 2.19 3.06 - - - - - - 1.62 -
- - - - - - - - - - - - - 2.54 - - - - - - - 3.4 3.24 - - - - 2.38 - - -
Bra018398 (HAI3)
1.49 -0.9 -1.9 -0.01 -2.81 -1.61 0.98 -1.33 -1.47 3.04 -1.67 -1.93 -3.67 -0.14 -1.31 1.16 -2.69 -1.15 -1.39 1.37 -3.84 -0.56 2.62 - - - - -2.65 - -2.81 -
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra019103 (LRE)
- - - - 2.71 1.6 - - - - - - - 1.96 - - - 2.56 - - 1.65 3.08 - - - - - - - - -
Bra019163 (AGL72)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra019314 (CRK21)
- 1.24 1.45 1.36 -1.58 0.88 -1.8 -0.44 -0.95 0.39 -1.68 0.12 -0.77 0.06 0.24 1.3 -0.76 0.28 0.28 -0.9 -2.65 1.64 1.57 - - 0.08 -0.79 - - -2.35 -
- - -0.2 - 1.03 - - - 0.18 - 0.1 2.6 1.32 - 0.58 - - 1.0 - 2.17 - 1.61 0.17 - - 2.04 - - - 0.05 -
Bra020204 (HDA3)
- - - - - 1.01 - - - 4.42 - - - - - - - 2.93 - - - - - - - - - - - - -
Bra020799 (AtHMP24)
- - - - 0.51 - - -1.07 - 2.85 -0.13 0.34 1.21 0.69 0.3 2.68 - 1.22 1.62 - - -1.1 - - - 0.33 - - 0.03 - -
- - - - 0.46 -0.76 -2.15 - -1.09 1.76 0.84 -0.44 - -0.68 -0.56 0.97 - 2.34 0.65 -1.9 -2.02 2.44 1.51 0.96 -0.14 - - - - -0.81 -1.63
Bra020887 (CAT1)
- - - - - - - 3.15 - 3.4 - - - - - - - - - - - - 1.87 - - - - - - 2.98 -
-0.63 0.37 0.62 1.54 1.51 -0.08 -1.12 0.87 -2.18 1.47 -0.99 -0.32 -0.87 -0.72 -1.85 0.74 -1.85 -0.54 0.84 1.33 -0.41 -0.2 - - 0.31 - - -1.81 - -0.97 1.15
- - - 3.88 - - - - 1.79 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
- - - - - - - -1.24 - 1.31 - - 2.19 - -1.99 -2.01 - 1.81 1.1 0.2 -2.16 2.37 1.3 - -1.19 1.96 -0.63 -1.06 0.24 -0.22 -0.16
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra022740 (MEE54)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
- - - - - - 0.58 1.94 - - 1.64 2.26 - - - - - 2.69 0.69 - 1.8 2.63 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - -
Bra023681 (7TM1)
- - 2.43 - 1.94 - 2.09 - -2.04 3.06 - - - 1.31 - - - - - - - -17.48 - -23.58 2.54 - - -0.67 - - -
-1.85 1.04 -0.77 2.14 0.53 0.02 -2.34 -0.91 -0.71 -1.09 0.67 1.55 -0.3 1.34 0.7 0.86 0.34 1.68 0.55 0.63 -1.91 -1.57 - - - - - - - - -
Bra024360 (TPR14)
- - - - 0.46 1.49 - - - 2.6 - 2.87 - 0.82 - 2.07 - - - - 1.85 1.66 -0.44 - - - - - - - -
Bra025144 (bZIP48)
-1.04 0.25 -0.29 0.52 -2.49 -2.85 -0.83 -0.74 -0.13 1.28 0.44 0.89 0.61 -2.33 0.04 1.05 -0.79 1.74 0.58 0.85 0.24 0.32 -0.07 -0.26 -0.49 -2.54 -0.7 -3.0 -3.07 -0.77 -1.08
- - - - 1.83 - - -0.48 -0.57 -0.56 -0.66 - 3.14 - 1.1 0.77 - -0.19 - - -0.39 1.83 0.55 - 0.55 0.56 1.31 - - - -
Bra026166 (IAA34)
- - - - - - - - 1.1 - - - 2.21 2.12 - - - 2.83 0.78 - - 3.47 - - - - - - - - -
- - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.34 - - - - - - - - -
Bra027098 (GES)
-4.52 -4.46 -1.49 -1.75 0.59 -1.39 0.69 -0.27 -0.0 2.25 -0.41 0.62 -0.98 0.23 0.07 1.49 0.84 0.83 -0.98 -1.41 - 0.22 0.02 0.37 -0.41 -1.86 -0.13 -0.48 -0.64 -1.07 -0.6
Bra027099 (GES)
- - - -2.01 -0.21 - 0.49 -2.47 -0.12 2.48 0.52 0.82 -0.48 -2.17 - 1.67 1.97 1.09 0.4 -2.21 -2.34 - -0.25 - 1.69 - -1.13 -1.16 0.14 -2.33 -1.15
Bra027101 (NAC25)
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - - 3.1 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.87 - - 3.53 - - - 1.56 - - - - 3.2 - - - - - - - - -
Bra027586 (PP2-A6)
- 1.49 0.85 1.98 2.68 0.56 -0.53 -0.46 - 2.28 - - -0.29 1.46 -0.15 - 1.61 - - - -0.4 - - - - - - - - - -
Bra027643 (FH1)
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - -2.1 - 0.86 1.2 0.68 -1.19 2.23 -0.84 -1.59 -0.37 -0.97 -0.13 0.36 -0.37 0.66 1.59 -1.65 0.94 -1.11 0.41 -1.05 -0.78 -0.41 -1.0 0.07 -0.27 -0.18 0.1
- - - - - - - - - 4.6 - - - - - - - - - - - - 2.75 - - - - - - - -
Bra028894 (BPP3)
- - -0.31 - -0.22 - -1.25 - 1.71 3.53 -1.36 0.54 -0.0 0.92 - -0.93 1.25 -0.09 0.17 0.85 0.29 - 0.44 - - - - - - - -
- -1.95 - -6.93 -5.94 -5.95 -0.06 0.79 -1.59 1.58 -2.5 1.97 1.46 1.64 -0.86 0.81 0.62 0.65 -1.62 2.05 1.44 0.86 -5.93 - - - - - - - -1.54
Bra029211 (FLS3)
-2.44 -2.17 -2.27 -2.7 0.73 -0.38 0.12 -1.41 -0.37 0.36 -0.31 0.49 0.32 1.6 0.07 1.15 0.1 -0.36 -1.29 0.78 0.09 1.19 -1.28 0.1 0.15 -1.78 -0.32 0.25 0.32 -2.65 -0.1
-0.9 1.42 - - 1.22 -0.32 0.6 - - 1.47 - -0.36 -1.15 -0.98 1.08 -0.11 0.46 -1.41 - -0.29 - 2.93 1.87 - - - - - - -0.21 -0.18
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - 3.53 - - - -
- - - 1.68 - - - - - 2.85 - - - - - - - - - - - - 2.0 - - - - - 3.48 - 2.44
Bra030493 (Hflx)
- - - - - - - - - 3.84 - - 1.99 - - - - - - - 3.67 - - - - - - - - - -
Bra030954 (ALKBH10B)
- 2.95 - - - 3.58 - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra031105 (HXK2)
- - 2.06 - 0.71 0.6 - - - 2.06 2.67 -0.46 - - - -0.19 2.05 - 0.77 - - -0.31 - 0.55 - -0.04 0.77 - -0.38 - -
- - - - 1.48 1.04 -2.24 - -0.7 -1.08 -0.09 -1.23 0.09 1.74 0.79 0.16 1.32 -0.59 -0.75 0.98 -0.1 0.81 -2.08 -2.2 0.92 0.46 - -0.78 0.46 0.04 0.15
Bra031974 (p23-2)
- - - - 1.21 1.04 1.72 - - 2.73 - - -0.3 2.04 - 0.73 - - 0.86 - - - 2.17 - - -0.54 - 1.25 - -0.49 -
Bra032250 (RAE1)
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.07 - - - - - 1.67 - - - - 3.47 0.01 -0.06 0.07 1.58 1.0 - 1.76 1.71 -
Bra032373 (CCT101)
- - - 3.63 - - - 2.27 - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra032428 (AtHMP02)
0.87 1.45 -1.27 0.21 1.72 -0.46 -1.12 -1.79 -1.13 0.01 -0.11 -0.08 2.02 - -1.69 -1.78 0.42 1.96 -0.23 0.08 -0.03 1.79 - - -2.02 -2.0 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.13 - - - 3.75 - - - - - - - - -
0.7 -0.51 -0.67 -1.54 -2.02 -1.97 0.44 0.44 - 2.47 -1.09 1.4 1.18 -0.76 0.82 -0.71 -0.22 0.53 1.28 0.64 1.84 -2.13 -1.95 -1.98 - - - - - - -
Bra033068 (EXP15)
- - - - - - 3.83 - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra033521 (GFG1)
- - - - - - - - 0.15 3.11 - 1.93 1.55 - 1.57 2.11 0.37 2.24 - - - 0.33 - - - - - - - - -
Bra033960 (EAP1)
- - - - 2.92 - - - - - - 2.97 3.11 - - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - -
Bra034114 (SGO1)
-1.96 0.34 1.17 0.36 0.65 0.44 0.31 -0.75 -0.8 0.84 -0.83 -0.26 0.89 -0.03 0.76 -0.22 0.13 1.7 -0.31 0.48 -0.34 0.19 -0.48 -0.45 -1.85 -2.67 -1.52 -1.66 -1.64 -1.72 -1.36
Bra034665 (ARO1)
- - - - -1.7 -1.14 0.89 0.14 -2.79 0.28 -0.17 1.0 -0.47 - -1.3 -0.13 1.06 - 1.59 1.19 0.38 2.15 -1.68 - -0.07 -0.38 1.27 -0.72 0.08 0.66 -2.38
- - - - - - 0.69 -0.36 0.91 2.38 0.24 2.19 -3.21 -0.89 2.31 - 1.76 -0.56 1.23 - 0.56 1.19 - - - - - - - - -
Bra035814 (CYP705A20)
- -0.6 0.47 2.44 1.64 -0.04 2.27 - - 3.54 - -0.97 - - - 0.86 - - - - - - - - - -0.62 - - - - -
Bra036806 (CKA1)
- - - - - 3.65 - - - - - - - 2.78 - - - - - - - 3.53 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra037066 (SNL6)
- - - - - - 2.74 - - 3.33 - - - - - - - - - - - - 1.81 - - - 2.81 - - 1.89 -
Bra037176 (PRX72)
- - - - - -0.26 - - - 2.83 - 0.75 - - - 1.57 - 1.98 - - - 3.29 -0.28 - - - - - - 0.91 1.01
- -0.01 - - 0.71 -0.42 0.38 1.12 -0.22 2.44 - 1.02 0.07 -0.14 0.3 -0.17 1.48 -0.17 -0.65 0.23 - 1.48 1.79 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.34 1.49 - -1.45 1.5 - -0.42 - - -0.99 - - - -1.08 0.45 -0.23 - 4.18 - - - - -0.35 - -1.18 - -1.17
Bra038095 (PFU3)
- - - - -1.62 0.3 1.25 0.83 -1.87 1.44 1.73 1.1 -0.51 1.04 1.25 0.51 -0.61 1.13 -0.93 1.18 1.9 -0.77 - - - - - - - -1.62 -
Bra038931 (SPIK)
- - - - - - - - - 4.06 - - - - - - - - 2.48 - - - - - - - - - - - 3.13
Bra039404 (AGL45)
- - - -2.31 0.34 -1.52 -2.93 -3.19 1.5 0.66 0.7 0.42 0.77 0.83 -0.56 1.31 0.06 -3.22 0.78 0.51 -0.34 -0.09 - -0.12 -1.37 0.57 -1.34 0.69 1.37 -0.75 -0.11
-0.53 0.26 -0.08 1.32 -4.41 -3.41 0.16 0.67 -2.29 3.03 -2.06 -0.21 1.15 -5.63 -2.58 0.1 -1.22 -0.23 -5.19 -3.3 -4.91 0.11 2.77 - -4.92 -4.13 -2.48 - -4.22 -5.87 -2.63
- - - - - - - - - 2.47 - - 1.32 - - - 2.76 - - - - - 1.04 - - - 2.68 - - - 2.95
Bra040690 (UGT73D1)
- - - - -0.01 - -1.12 0.6 1.43 3.21 -0.08 0.04 -0.77 - - 2.74 - - - - - 2.78 - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.