1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_103 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 - - - - - - - 4.05
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.15 - - - - - - - - 4.47 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra003536 (MEE64)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.06 - - - 2.79 2.9
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - 4.02
Bra004560 (SLD2)
 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - 0.58 - 1.49 - - - - 2.73 - - 2.35 - 0.75 2.57 1.59 1.68
Bra004825 (VQ18)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra006510 (GEF10)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 4.14 - - - - -
Bra007452 (FRK4)
 - - - - 2.9 - 0.8 - - - - - - - - - - - - - - - 0.87 - - 3.24 1.04 - - 2.64 1.15
Bra007880 (KICP-02)
 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.46 - - - - - 1.36 - - 4.08 - - - - 2.6
Bra008198 (RPT4b)
 - - - - - - 0.26 - 0.39 - - - - - - - - - - - - 2.36 1.59 - - 3.47 2.08 2.33 - - -
- - 0.68 - 1.79 - - - - - - - 0.98 - - - - 2.07 - 0.9 - - 1.81 0.83 - 3.19 1.81 - - - -
- - - - - - 3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - -
Bra009892 (STP8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - 3.54 - - - - 3.38
- - - - - - - - - - - - 2.2 - - - - - - - - - 4.23 - - - - - - - 2.92
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra013036 (MSL8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.22 - - - - - - - 4.44
- - - - - - - - 1.9 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.77 - - - - -
- - - - -3.17 -0.81 -2.2 -2.88 -0.71 -3.12 - 0.57 1.75 -2.69 - -0.07 - -0.04 -2.81 -2.08 -0.08 0.29 2.81 -0.0 0.99 -1.16 -0.76 0.32 0.78 1.33 1.69
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra017297 (INT3)
 0.3 - - - -1.75 - - - - - - - 1.77 - - - -0.51 - - - - - 3.09 - -0.42 0.59 -0.74 - - 2.36 3.15
Bra017728 (CHI)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra019060 (WES1)
 -0.15 -0.34 0.7 1.25 -0.81 -1.84 -2.53 -2.22 -0.71 -0.4 -1.06 -0.22 -0.71 -0.54 0.91 0.52 0.25 0.94 -0.73 -0.2 0.05 0.01 0.72 0.4 -0.82 1.76 -0.58 -2.98 -0.19 -0.36 -0.41
Bra019135 (PGP2)
 - - - - - - - - - - 1.48 - 1.77 - - - - - - - - - - - - 2.95 - - 1.73 - 3.78
Bra019287 (HTB7)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - 1.77 2.74 - - 2.59 - 3.0
- -1.22 -1.71 -1.27 -0.72 -1.8 - -1.7 - -0.26 - - 2.51 0.48 -1.21 -2.58 - 0.0 -0.17 - 0.78 - 3.42 -0.32 - - -2.62 -0.25 0.31 -0.19 0.89
Bra020473 (EST4)
 - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 - - 4.45 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra021851 (CRD1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - 3.26
- - - 2.14 - - - - - - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - 4.37 - - - - -
- - - - 2.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - -
Bra023070 (HRD)
 0.76 - - 0.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - - -
Bra023073 (PEG5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra023535 (GLIP7)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra024466 (SDH1-2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
- - 2.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.53 - - - - -
Bra025002 (RTN21)
 - - - - - - - - - - - 1.02 1.17 - - - 1.04 2.79 - - 1.02 - 1.05 1.83 - 3.33 - - - - -
2.27 - - - - 0.87 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.56 - - - - - - 3.02 3.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.3 - - - - - - - 3.5
Bra029055 (ENODL1)
 0.44 - - 0.03 2.14 - 0.8 0.04 - - - - 0.32 - - - - 3.38 - - - - - - - 3.29 - - - - -
Bra029276 (CXE20)
 - - - - 1.59 - - - - - - - - 1.84 1.81 - - - - - - - 3.54 - - - 1.5 - - - 2.69
Bra029357 (TET12)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.0 - - - - - - - 2.47 1.14 0.17 2.41 - - 1.95 - 3.16
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - -
Bra032294 (AtDOA1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - 3.6
Bra032776 (TCX7)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.51 - 3.03 - - -
Bra033341 (ATG13a)
 - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.32 - - - - 1.24
Bra033571 (BGAL14)
 - 0.12 0.06 0.16 -0.11 2.0 - -0.29 -0.46 0.7 - -0.27 - - - - - - - 0.79 - -0.43 3.31 - - -0.25 -0.3 - -0.05 - 1.93
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - 3.93
Bra035196 (RALFL24)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.23 - 2.0 2.03 - 0.26 2.43 3.54
Bra035766 (NDR1)
 - - - 0.14 - - - - - - - - 1.35 - - - - - - 0.22 0.21 - 2.18 0.03 - 2.11 - - 1.89 1.24 3.18
Bra036613 (uL18m)
 0.13 -0.18 0.28 -0.96 -0.4 0.14 -1.34 -2.99 - -0.63 -1.93 -1.39 -0.13 -0.1 -0.51 -0.22 -0.4 0.16 -0.84 -2.65 -1.4 -1.67 2.3 0.37 0.33 -0.14 0.8 0.49 -0.21 0.17 1.79
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - - - - 3.87
Bra036842 (PRX36)
 - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - - - 4.75 - - - - -
- - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - 3.71
Bra040393 (DAN1)
 - - - - - - - 1.67 - - - - - - - - - - - - - - 3.3 - 3.27 3.06 - - - - -
Bra041022 (AGL80)
 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.85 - - 4.18 0.77 0.03 -0.08 - -0.07

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.