1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_162 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000283 (SRL2)
 0.18 0.38 0.64 0.73 0.66 0.03 -0.91 -0.94 -0.83 -1.5 -0.5 0.19 -0.56 0.38 0.07 -1.56 -1.68 -0.45 0.22 -0.7 0.01 -1.22 -0.39 0.37 0.22 0.03 0.23 0.43 0.96 0.63 0.04
Bra000307 (NLP8)
 -1.67 -0.29 -0.84 -0.03 1.28 0.23 -0.88 0.37 -2.12 -1.56 -1.12 0.12 0.23 -0.43 -0.4 -2.51 -1.23 0.64 -0.73 -1.58 -0.83 -1.27 -0.51 0.3 0.59 0.61 0.69 0.98 0.93 0.76 0.9
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.86 - - - - 4.57 -19.17 - -18.91
- 2.0 - - - - - - - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - 3.21 - - 2.87 1.76 - -
Bra001712 (ENODL5)
 - - - - - - - - - - - - 3.42 - - - - - - - - - - - - - - 4.34 - - -
Bra001737 (IPT8)
 - - - - -1.18 1.29 -0.4 -0.18 - - 0.23 0.31 -1.07 0.08 0.54 - 0.44 -0.16 - 0.41 1.54 -1.4 1.63 -1.34 1.53 -0.23 1.67 0.95 - - 0.9
Bra002013 (CRP1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - -
2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.87 - 0.82 1.74 3.67
Bra003478 (NST2)
 - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - - - - - - - - - - 1.96 2.15 1.23 3.48 - 1.26
Bra004410 (PAC)
 - - - - - 2.61 - - - - - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - 2.97 - 3.19
Bra004873 (ERF13)
 - - - - - - - - - - - - 3.26 - - - - 2.0 - - - - 4.12 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.93 - - 2.91 - - - 3.04 - - - -
- - - - 3.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - 3.14 - 2.28
Bra005886 (DPA4)
 -1.82 -2.48 - -4.1 0.66 -2.21 -1.74 -2.23 0.12 -0.81 -0.63 -0.7 0.84 1.35 0.55 -1.98 -2.38 1.65 -0.17 -0.85 -0.89 -1.5 1.48 -1.1 -1.26 -1.16 -1.08 2.28 0.92 0.87 -1.51
Bra006093 (BURNOUT1)
 - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - - - - - - - 1.97 - - - 3.48 - - - 3.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.82 - - - 2.95 4.02 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.04 - - - 3.75 - - - 3.22
Bra006948 (PAP20)
 - - - - 1.09 - - - 1.55 - - 0.29 -0.41 - - - - - -0.68 - - - 0.39 -0.69 -0.56 2.7 - 1.97 3.02 0.52 -0.4
- - - - 2.9 - - - - - - - 3.42 - 1.64 - - - - - - - 1.52 - - - - 2.78 - - -
Bra007674 (WRKY68)
 - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - -
Bra008398 (BGLC1)
 1.69 2.34 - - 2.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.45 0.82 1.52 - - 2.6 -0.45 1.1 -
- - - - - 1.47 - 1.77 - - - - - - - - - - - - - - - 2.53 - - - - 3.96 - 1.79
- - - - - - - - - - - - - - - - -0.54 -0.3 - - - - -0.58 -0.58 1.02 2.38 1.57 2.45 2.18 2.26 1.66
- - - - - - 2.64 - - - - - - - - - - - 3.29 - - - - - - - - 2.96 2.85 - -
- - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - -
- - - 3.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.31 - - -
- 0.91 1.51 - 0.03 -0.09 0.79 0.19 - -1.04 - - - - 0.43 0.19 - 0.97 - - - - 1.59 -0.13 0.74 1.13 - 1.98 1.43 -0.01 0.12
Bra011594 (PRP38)
 - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - 3.39 - - - - - - - 3.52 - - -
Bra012184 (JMT)
 -3.54 -7.48 - - 2.52 -0.25 -0.58 -4.29 -2.53 -4.52 -1.96 -2.43 -1.44 -2.0 -2.14 0.2 0.07 0.46 -3.79 -2.43 -2.03 -2.83 2.09 0.68 0.67 -0.07 -0.24 1.13 2.24 -0.63 0.11
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 0.71 2.12 - - 2.06 3.04 - 1.97
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.58 3.45 - - 3.02 - - - -
Bra012806 (SYP122)
 0.49 -0.54 -1.31 - 1.97 0.08 -1.37 -1.53 0.36 -0.11 -2.2 0.04 -0.66 0.65 0.43 -1.25 -0.99 -0.69 0.07 0.21 -1.73 -0.76 0.93 0.25 -0.23 -2.01 -0.7 0.22 1.08 0.63 0.6
Bra013081 (FAE1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 3.94 -
Bra013455 (ROW1)
 - -0.47 - 1.67 - - -0.79 -0.4 - - -0.9 - - - - 1.46 - - - - - - 1.36 0.6 1.22 1.49 - 3.26 1.72 -1.28 -
-0.4 -0.2 0.07 0.16 0.43 -0.19 -0.78 -0.41 0.18 -0.21 -0.14 -0.26 0.1 0.1 0.42 -0.39 -0.6 0.48 -0.14 -0.45 -0.38 -0.3 -0.42 0.05 -0.06 0.61 -0.11 0.61 0.27 0.53 0.03
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.14 3.08 2.11 - - - 3.79 - -
Bra014333 (SYP71)
 - - - - - 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.94
Bra014737 (DVL8)
 - - - - - - - - - - - 0.88 3.3 - - - - - - - 2.39 - 2.91 - - 1.38 - 0.06 - -0.13 0.98
-6.57 -3.23 -5.22 - -4.62 -4.43 -7.27 - - -5.99 -0.19 0.29 -3.88 2.07 - - -5.89 -5.92 - - -5.96 -7.17 1.23 - 2.13 1.47 - 2.47 0.95 1.74 2.0
- - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - - - - 3.51 - - - 2.95 - - - -
Bra016228 (RTP1)
 -1.32 -6.4 -7.15 -5.73 -0.19 0.82 -3.06 -3.79 0.11 -2.5 -0.97 -2.89 1.77 -6.14 -1.74 -0.82 -3.16 1.84 -2.67 -3.02 0.41 -3.16 -0.25 -0.6 -0.79 -0.83 -1.63 3.31 1.65 -3.43 -5.89
Bra016995 (PMEI15)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - 3.11 - - 3.29 - - 2.08 -
Bra017143 (AtNCER2)
 -0.34 0.17 0.06 0.28 -0.18 -0.6 -0.12 -0.22 -0.23 0.04 -0.32 -0.02 -0.34 0.18 0.22 -0.0 0.17 0.1 -0.03 -0.23 -0.33 -0.21 0.61 0.01 0.13 0.08 0.05 0.04 0.16 0.38 -0.14
- 0.57 0.44 - -0.09 -0.03 - - 1.4 - 0.34 - -0.7 -0.82 0.27 1.27 0.61 - -0.84 -0.75 - - 0.19 0.15 - 0.91 2.58 0.78 1.6 - -
Bra020453 (P3B)
 0.25 0.53 0.68 - - 1.09 0.84 - - - - - 0.26 - 0.53 1.31 - - - - - - 2.67 -0.02 0.96 0.95 - 2.15 - - 1.06
Bra020676 (PTS)
 - - - - - - - - 2.53 - - - - - - - 2.77 1.03 - - - 0.97 - - - 2.44 2.24 - 1.16 1.03 -
Bra020817 (SP1L5)
 - - - - 3.39 - - 1.47 - - - - - - - - - 2.04 - - - - - - - - - 3.42 - 1.57 -
Bra020889 (PLL19)
 - 1.57 - - 1.26 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.12 1.65 0.46 2.07 1.96
- 1.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.61 - 2.65 3.45 - 0.91 0.79 0.9
- - - - - 2.25 - - - - 1.12 - - - - - - - - - - - 2.96 - - - 3.47 - - 2.39 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - 3.17 3.13 - 2.16
Bra021602 (TBL45)
 -1.72 -0.84 -0.85 -0.68 0.83 -0.63 -1.18 -0.29 -0.47 -1.52 -0.9 -2.31 0.19 0.89 0.34 -0.35 -0.18 0.7 -0.13 -1.48 -0.32 0.28 0.41 -0.53 0.01 0.54 -1.03 2.21 1.15 -1.34 -1.29
Bra021624 (DMS4)
 - - - - - - - - - - - - 2.77 - - - - - - - - - 3.6 - - - - 3.59 - - -
Bra021787 (NOT1)
 - - - - - - - - 1.07 - - - 2.7 0.32 1.67 0.39 0.32 - - - 0.25 0.22 3.05 - 1.77 - - - - - 0.46
- - 2.75 - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.68 - - - -
- - - - - - 2.49 - - - - - - - - - - - 1.56 2.71 2.61 - - - - - 1.77 - 2.67 - -
Bra025215 (ARO4)
 0.57 - - 1.57 - - - - - - - 0.4 - 1.87 - 2.21 - - 0.7 - - - - 0.49 - - - 2.15 3.24 - -
Bra025648 (GAF1)
 0.78 - - - -0.16 - - -0.71 0.72 -0.51 - - -0.89 0.2 -0.14 0.36 -1.07 - 1.09 - -2.11 -0.1 0.67 -1.2 0.7 2.57 0.47 1.95 0.43 -2.15 0.45
Bra025981 (SAUR77)
 - - - - - - 0.52 - 1.66 - 2.29 - - - - - 2.49 - - - 1.86 - - - 0.78 2.74 - 1.94 - - -
Bra026546 (UGT73B3)
 - - - - - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - -
- - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - - - - 2.86 - 2.99
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - - - 4.0 2.91 - -
- 1.41 - - 1.68 2.46 - - - - - - - 0.51 0.46 - - - - - - 1.64 - 2.28 1.34 - 2.35 - - 0.27 -
Bra028086 (RPS9M)
 - - - - 1.7 1.85 - - - 0.66 0.55 - - - - - - - - - - - 3.13 - - - 3.63 - - - -
- - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - -
Bra029294 (FER3)
 - - - - - - - - - - - - - - 1.98 - - - - - 2.66 - - - - 2.0 2.8 2.74 1.62 - -
Bra029995 (SDN1)
 -0.26 -0.98 -2.63 0.96 -2.78 -0.13 -0.31 -0.09 0.7 1.38 0.04 -0.21 0.06 -0.29 -1.74 -1.71 -0.46 -2.01 0.03 -0.28 - - - 1.08 0.55 0.15 1.61 0.31 1.24 0.47 -0.7
Bra030193 (ATR)
 -1.37 -2.24 0.18 -0.71 -0.97 -1.68 -1.24 -1.83 -2.81 -1.71 -0.63 -2.65 -0.15 - -0.63 0.37 -1.57 0.29 - - -2.63 -1.23 1.38 1.91 -0.01 1.56 1.22 -0.09 2.11 0.03 0.99
Bra030257 (RLP52)
 - - 1.08 0.98 2.58 0.01 - -0.55 - - - - - - - - - 1.37 - - - - 1.36 -3.49 - 2.55 -3.39 1.96 -0.38 -0.41 1.42
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78 - - - - - 4.11 - - -
Bra031530 (TDT)
 - - - - 2.67 2.56 - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - 1.72 - - - 3.29 - - 1.52 -
Bra031877 (SDH2-3)
 - - - - 1.23 0.32 - - 0.92 - - - -1.8 - -0.53 - - 2.59 0.44 0.68 - - -1.0 -0.98 0.59 1.84 -0.3 2.85 0.52 - -
Bra032057 (DIA)
 - - - - - - - - 1.32 - - - - - -0.61 0.16 -0.02 - - - - - 1.25 1.67 -0.12 2.9 2.02 1.41 1.37 1.31 -
Bra032158 (MES19)
 - 1.91 -0.19 0.4 1.11 - -0.13 - - - - - - - - - 2.38 - - 1.03 - - -0.03 0.8 - 2.78 1.02 - - 1.03 0.09
- 2.34 - - 3.13 - - 1.83 1.8 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - -
Bra034441 (STT3B)
 - - - - - - - - - - - 2.38 - - - 1.04 - - - - - - - - 2.09 - 1.95 2.62 3.25 - -
Bra034831 (CASP2)
 - - - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - - -
2.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.51 3.12 - - - 2.39
Bra034979 (AAE16)
 - -0.01 -0.07 - -0.42 -0.38 - - - - 2.75 - - - - - - - - - - 1.13 -0.31 1.11 - - 2.87 1.97 2.16 - -
Bra035962 (MEE45)
 - - - - - - - 2.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.06 2.94 2.99 -
1.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - 1.46 - 3.29 - 1.14 2.2
- - - - - - 1.46 0.55 - - - 0.98 - - - - - - - - - - 1.62 2.2 3.1 - 2.8 - - - 0.71
-2.58 0.08 -1.6 -0.24 1.45 1.01 -1.06 -1.49 -3.33 -1.15 0.56 -0.78 -1.05 0.31 0.85 0.23 -0.97 -0.96 -0.78 -3.8 -1.57 -2.97 0.56 0.46 0.9 0.49 0.32 0.48 0.41 0.45 1.07
Bra037084 (PAC2)
 - - - - - - 1.55 2.68 - 0.04 - 1.49 - - 1.41 0.3 - - - - - - - - - 2.06 - 2.33 2.23 - -
Bra037949 (ProRS-Cyt)
 - - - - - - - - - - - 1.19 - -22.27 - - - - - - - - - 1.74 - 3.16 2.88 2.76 0.3 0.17 -
Bra038158 (SMP2)
 - - - - - 3.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.46 - - - 3.39
-0.8 -2.43 -1.03 -2.01 0.5 0.87 -0.96 -1.04 -2.81 -0.22 0.06 -1.44 -0.42 1.01 0.26 -0.21 -0.78 -0.45 -1.38 -0.16 0.29 -0.48 1.16 0.85 1.03 0.24 0.39 0.56 0.51 -0.25 0.24
Bra039008 (TET2)
 - -1.54 -3.72 -1.67 1.58 0.77 -0.78 - - -1.27 0.54 0.47 -0.56 0.09 0.63 -0.2 -0.69 -0.26 -2.72 - - - 1.09 0.62 1.27 1.56 -0.11 1.01 0.63 0.51 0.09
Bra039180 (BUL1)
 -0.32 -0.22 0.27 0.13 -0.41 -1.85 -0.77 -0.37 -0.06 0.54 -0.28 0.44 0.16 0.48 -0.18 -0.13 -0.16 -0.03 -0.74 -0.74 -0.3 -0.41 0.16 -0.34 -0.24 0.74 0.0 0.41 0.59 0.97 -0.21
Bra039796 (DET1)
 - 0.77 - 2.05 1.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.04 0.45 - -0.89 3.27 0.72 1.92 1.47 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - -
Bra040355 (SGT)
 -0.27 -1.62 -1.1 0.51 0.67 0.13 -0.96 -1.04 0.25 -1.06 -0.56 -0.31 0.02 0.28 0.48 -0.47 -0.81 0.87 -0.1 -0.0 -0.85 -0.48 -0.42 0.14 0.17 0.53 0.19 0.86 0.75 0.23 -0.1

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.