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Heatmap: Cluster_270 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000395 (TCP9)
 -2.11 -1.74 -2.31 -2.79 0.66 1.7 0.11 -2.76 -1.09 -0.75 -1.12 -1.94 -1.27 1.76 2.05 0.42 -0.2 -0.66 -0.04 0.17 -0.43 -0.47 0.3 0.49 0.3 -0.88 -0.1 -0.15 0.16 -1.87 -1.8
Bra001736 (ICK4)
 -2.13 -2.27 -3.1 -2.54 1.12 1.86 -0.73 -1.46 -0.27 -0.54 -0.55 -1.14 -1.29 1.55 2.11 -0.92 -0.39 1.05 0.8 -0.74 -0.38 -0.47 0.56 -0.26 -0.76 -2.1 -1.07 -0.28 -0.01 -1.74 -1.9
Bra001927 (PHL2)
 -0.16 0.11 0.23 -0.1 0.45 0.55 -0.2 -0.25 -0.03 -0.45 -0.14 -0.4 -0.18 0.84 1.03 -0.08 -0.16 0.14 0.11 -0.09 -0.06 -0.34 0.02 -0.21 -0.33 -0.56 -0.35 -0.14 -0.08 -0.44 -0.21
-1.57 -2.98 -2.45 -2.96 1.13 1.61 -1.39 -1.55 -0.18 -2.42 -1.08 -1.12 -2.01 2.49 2.53 -0.46 -1.84 0.7 -0.28 -0.57 -1.13 -0.69 1.75 -1.77 -2.15 -3.4 -2.6 -1.78 -1.12 -2.42 -1.46
-1.19 -2.51 -2.82 -2.16 1.59 1.88 -1.59 -2.2 -0.51 -1.1 -1.45 -1.33 -1.63 1.72 2.06 -0.38 -1.12 -1.09 -1.3 -0.75 -1.04 -1.27 0.82 -0.44 -0.96 -1.39 -0.99 0.77 0.92 0.31 -0.45
Bra003037 (MLO11)
 -2.01 -3.38 -3.31 -1.79 1.06 1.14 -0.61 -1.17 1.0 -0.07 -0.01 -0.41 -0.19 1.45 1.51 0.45 0.2 -2.09 -0.54 0.18 -0.32 -0.01 -0.09 0.2 -0.38 -0.42 -0.51 0.41 0.07 -1.19 -2.28
-1.45 -1.5 -1.13 -2.1 1.07 0.91 -0.53 -0.74 -0.11 -0.41 -0.43 -0.43 -0.61 1.3 1.77 0.3 -0.05 0.6 0.03 -0.18 -0.55 -0.49 0.99 -0.38 -0.31 -0.73 -0.36 -0.46 -0.14 -0.92 -0.96
-0.02 -0.17 -0.34 -0.58 0.85 0.63 -0.62 -0.65 0.11 -0.18 -0.09 -0.3 -0.28 0.68 0.9 -0.01 -0.16 -0.3 0.13 -0.1 -0.27 -0.24 0.18 -0.17 -0.13 -0.33 -0.14 -0.0 0.16 -0.0 -0.19
-2.11 -2.02 -2.1 -2.62 0.74 1.46 -0.39 -0.88 -0.05 -0.56 -0.53 -0.49 -0.7 1.18 1.57 0.19 0.22 0.67 0.34 0.14 -0.1 -0.15 -0.01 0.05 -0.07 -1.01 -0.31 -0.16 0.04 -0.98 -0.57
Bra005682 (AIRP2)
 -0.78 -1.03 -1.25 -1.86 0.47 0.91 -0.32 -0.13 0.12 -0.34 -0.04 -0.44 -0.07 1.45 1.56 0.16 0.04 0.81 -0.35 0.1 -0.38 -0.25 0.29 -0.5 -0.62 -1.02 -0.95 -0.02 -0.2 -1.26 -0.35
Bra005961 (DGK1)
 -0.74 -2.12 -2.82 -2.25 1.29 2.38 -1.26 -2.08 0.74 -0.53 -0.13 -1.47 -0.43 1.94 1.93 0.43 -0.74 -3.27 -2.94 -0.49 -0.18 -0.82 -0.61 -0.39 -0.45 -0.95 -0.72 -0.3 -0.58 -2.39 -2.44
Bra006215 (PPH)
 -0.48 -0.67 -0.88 -1.09 1.06 1.01 -0.46 -0.61 0.42 -0.38 -0.53 -0.56 -0.53 1.52 1.36 -0.07 -0.24 -0.09 0.18 -0.05 -0.35 -0.18 -0.09 -0.54 -0.64 -0.93 -0.79 -0.08 0.44 -0.49 -0.6
Bra007627 (NTP8)
 0.04 -0.22 -0.24 -0.32 0.53 0.52 -0.04 -0.14 0.21 -0.1 -0.1 -0.14 -0.29 0.61 0.73 0.09 -0.13 -0.01 0.14 -0.03 -0.15 -0.18 -0.28 -0.23 -0.28 -0.39 -0.29 -0.0 0.1 -0.15 -0.16
Bra008702 (SPX4)
 -0.24 -0.48 -0.86 -0.62 1.06 1.13 -0.68 -0.41 0.07 -0.61 -0.49 -0.59 -0.1 1.21 1.07 0.11 -0.16 -0.42 -0.43 -0.18 -0.0 -0.34 0.21 -0.21 -0.19 -0.66 -0.28 -0.1 0.37 -0.62 -0.33
Bra009002 (ASG2)
 -0.9 -0.85 -0.92 -1.17 0.79 1.33 -0.43 -0.51 0.13 -0.36 -0.31 -0.3 -0.73 1.47 1.34 0.2 -0.12 -0.51 0.07 -0.02 -0.31 0.29 0.75 -0.58 -0.69 -1.05 -0.66 -0.55 -0.3 -0.46 -0.47
-2.32 -2.22 -2.71 -3.5 0.6 1.69 -0.9 -1.33 0.01 -1.02 -1.19 -1.04 -0.31 1.88 1.96 -0.34 -0.91 0.91 -0.11 -0.28 -0.33 -0.3 0.99 -0.47 -0.9 -1.56 -0.92 0.25 0.1 -1.17 -0.96
Bra010559 (PUB5)
 -0.3 -0.13 -0.09 -0.67 0.88 1.13 -0.41 -0.68 -0.1 -0.38 -0.38 -0.5 -0.92 0.99 0.93 -0.17 -0.23 -0.26 0.13 0.03 -0.15 -0.05 0.37 -0.03 -0.24 -1.16 -0.27 -0.16 0.22 -0.06 -0.46
Bra011805 (CCI2)
 -0.67 -0.41 -0.22 0.08 0.72 1.41 -0.65 -1.21 -0.24 -0.97 -0.78 -1.05 -0.93 1.89 1.9 -0.57 -0.55 0.56 -0.39 -0.58 -0.38 -0.58 0.71 -0.81 -0.76 -1.46 -1.18 -0.61 -0.18 -1.31 -0.53
Bra014385 (mTERF27)
 -0.11 -0.77 -0.68 -0.61 0.98 0.82 -0.5 -0.64 0.22 -0.2 0.0 -0.6 -0.0 1.25 1.11 -0.0 -0.06 -0.25 0.07 -0.13 -0.18 -0.2 -0.37 0.14 -0.24 -0.94 -0.53 -0.22 0.04 -0.34 -0.39
Bra014632 (INO80)
 0.0 -0.02 0.16 -0.51 0.86 0.85 -0.28 -0.3 0.17 -0.03 0.06 -0.12 -0.51 0.86 0.95 0.04 -0.2 -0.43 0.02 -0.05 -0.35 -0.04 -0.81 -0.57 -0.39 -0.69 -0.48 -0.16 0.11 -0.39 -0.06
Bra015576 (SR45a)
 -2.13 -1.12 -2.04 -2.21 0.53 0.95 -0.19 -0.84 -0.19 -0.19 0.0 -0.45 0.21 1.34 1.43 0.36 0.19 0.03 -0.14 -0.11 -0.83 -0.11 0.62 -0.11 -0.11 -0.62 -0.24 -1.2 -0.17 -0.6 0.62
-0.41 -0.25 -0.21 -0.63 1.06 0.89 -0.74 -0.97 0.25 -0.27 -0.28 -0.1 -0.79 0.69 1.14 -0.05 -0.24 -0.57 0.08 -0.32 -0.37 -0.27 0.28 -0.25 -0.3 -0.53 -0.42 0.36 0.38 0.1 -0.4
Bra016304 (SAB1)
 -0.76 -1.08 -0.73 -1.28 1.02 1.4 -0.39 -0.32 -0.59 -1.05 -0.37 -1.38 0.16 1.32 1.51 -0.09 -0.51 0.44 -0.27 -0.6 -0.38 -0.52 0.44 0.07 -0.11 -0.65 -0.48 -0.23 -0.07 -0.68 -0.23
Bra017718 (MLH3)
 -1.88 -2.2 -2.37 -1.51 1.24 1.15 -0.07 -0.48 0.28 -0.29 -0.41 -0.68 0.1 0.66 1.56 0.04 -0.43 0.05 0.25 0.02 -0.04 -0.24 1.2 0.02 -0.31 -0.56 -1.0 0.07 -0.25 -1.62 -1.44
Bra017782 (BEH2)
 -1.68 -2.59 -2.53 -2.72 0.52 1.21 -1.56 -2.89 -0.09 -0.44 -0.53 -0.89 -1.19 1.61 1.67 0.34 0.1 0.43 0.76 -0.21 0.03 0.05 0.83 -0.02 -0.05 0.09 -0.39 -0.28 -0.03 -1.91 -1.15
Bra017877 (OXR1)
 -0.07 -0.09 -0.09 -0.8 0.66 0.93 -0.22 -0.39 -0.22 -0.24 -0.36 -0.1 -0.58 0.86 0.95 -0.03 -0.15 -0.08 -0.33 -0.08 -0.29 0.08 0.29 0.06 -0.03 -0.5 -0.27 -0.26 -0.08 -0.26 -0.32
Bra019285 (BTI1)
 -1.73 -2.49 -2.38 -1.56 1.2 1.28 -0.35 -0.4 0.26 -0.5 -0.3 -0.73 -0.37 1.43 1.59 0.26 -0.43 -1.19 -0.66 0.06 -0.49 -0.3 0.57 -0.12 -0.22 -0.7 -0.72 0.54 0.58 -1.02 -1.19
Bra019889 (ASK1)
 -0.01 0.04 -0.01 -0.22 0.56 0.68 -0.19 -0.37 -0.17 -0.16 -0.07 -0.21 -0.34 0.68 0.55 -0.1 -0.21 0.1 -0.18 -0.08 -0.07 0.07 0.26 -0.22 -0.19 -0.41 -0.23 -0.06 0.18 -0.29 -0.36
Bra020105 (XIK)
 -0.33 -0.58 -0.4 -0.28 1.01 1.15 -0.4 -0.94 -0.19 -0.06 -0.24 -0.49 -0.35 1.12 1.04 0.2 -0.1 -0.21 -0.06 -0.15 -0.11 -0.21 0.15 -0.32 -0.39 -0.31 -0.4 -0.24 -0.08 -0.57 -0.48
Bra021142 (TPR4)
 -0.51 -0.9 -0.99 -0.78 0.8 1.26 -0.23 -0.8 -0.05 -0.49 -0.32 -0.63 -0.46 1.06 1.12 -0.09 -0.35 0.21 0.0 -0.19 -0.3 -0.37 0.37 -0.07 -0.3 -0.28 -0.39 0.04 0.37 -0.39 -0.12
-0.96 -0.95 -0.66 -2.15 1.2 0.95 -1.18 -1.65 0.07 -0.51 -0.22 -0.22 -1.05 1.42 2.03 -0.17 -1.37 1.04 0.43 -0.84 -0.76 -0.37 1.2 -0.53 -1.07 -2.43 -1.34 -0.45 -0.46 -0.83 -0.4
Bra022188 (CAMTA6)
 -0.37 -0.17 0.05 -0.63 0.81 0.93 -0.57 -1.06 0.12 -0.28 -0.35 -0.43 -0.74 0.85 1.18 0.3 -0.1 -0.27 0.1 -0.13 -0.5 -0.2 0.21 -0.18 -0.11 -0.14 -0.29 -0.12 0.1 -0.32 -0.5
-3.08 -3.62 -3.8 -4.0 1.27 1.73 -0.4 -1.51 -0.55 -0.5 -1.03 -1.46 -0.31 1.58 1.83 0.44 0.11 0.45 0.24 -0.03 -0.12 -0.29 0.34 -0.21 -0.47 -1.97 -0.82 -0.71 -0.33 -0.82 -0.16
Bra022817 (SWAP70)
 -2.7 -1.34 -1.12 -3.4 0.89 1.28 -1.2 -1.97 -0.01 -0.89 -0.47 -1.54 -0.57 1.55 1.8 0.23 -0.32 -0.15 -0.27 -0.62 -1.24 -0.88 0.86 0.2 -0.21 -0.87 0.02 -0.71 0.49 -0.1 0.66
Bra023777 (PKS7)
 -0.81 -1.57 -1.41 -1.15 0.4 1.14 -0.27 -0.47 0.28 -0.43 -0.02 -0.03 -0.68 1.66 1.65 -0.37 -0.58 0.56 0.06 0.11 0.08 0.06 -0.51 -0.32 -0.45 -1.76 -0.43 -0.32 0.01 -0.86 -0.87
-1.06 -0.44 -0.66 -1.86 0.43 1.21 -0.78 -1.45 -0.1 -0.25 -0.51 -0.47 -0.3 1.1 1.21 0.28 -0.36 0.1 0.48 -0.3 0.01 0.39 1.04 -0.16 -0.16 -1.49 -0.26 -0.68 0.28 -0.79 -0.41
-1.14 -1.0 -1.47 -1.82 0.8 1.41 -0.64 -0.8 -0.39 -0.76 -0.81 -0.83 -0.15 1.22 1.68 -0.39 -0.41 -0.24 0.09 -0.08 -0.58 -0.34 1.24 0.16 -0.14 -0.94 -0.2 -0.16 -0.01 -0.75 -0.36
Bra026307 (ACBP2)
 -0.86 -1.1 -1.05 -1.2 0.61 0.98 0.08 -1.2 -0.11 -0.61 -0.38 -0.77 -0.7 0.96 1.4 0.25 -0.14 0.23 0.17 0.1 -0.11 -0.01 0.45 0.28 0.08 -0.49 -0.03 -0.23 0.04 -0.64 -0.5
Bra027868 (NAT2)
 0.03 0.07 0.04 -0.36 0.48 1.09 -0.61 -0.59 -0.18 -0.71 -0.59 -0.45 -0.49 1.58 1.7 0.07 -0.36 0.14 -0.19 -0.57 -0.56 -0.68 0.31 -0.55 -0.68 -0.81 -0.83 -0.53 -0.2 -0.83 -0.24
-0.54 -0.65 -0.9 -1.52 0.5 1.11 -0.2 -0.45 0.11 -0.24 -0.08 -0.04 -0.49 0.98 1.17 -0.06 -0.17 0.12 0.06 -0.08 -0.25 0.1 0.83 -0.27 -0.42 -0.71 -0.44 -0.38 0.04 -0.43 -0.4
Bra028453 (ATL46)
 -0.26 -0.31 -0.53 -1.05 0.94 1.17 -0.56 -0.85 -0.14 -0.66 -0.53 -0.78 -0.57 0.98 1.11 -0.19 0.17 0.76 -0.34 -0.13 -0.22 -0.16 0.02 0.11 -0.1 -1.0 -0.44 -0.17 0.28 -0.57 -0.04
Bra028869 (HTA12)
 -0.24 -0.32 -0.48 -0.67 0.56 1.19 -1.0 -0.97 0.05 -0.21 -0.19 -0.4 -0.79 1.21 1.33 -0.12 -0.25 0.29 0.28 0.06 -0.27 -0.13 0.1 -0.28 -0.48 -0.71 -0.58 -0.38 0.07 -0.37 -0.27
Bra028955 (D6PK)
 -0.16 -0.57 -0.44 -0.51 1.06 0.92 -0.56 -1.23 -0.06 -0.02 -0.27 -0.34 -0.31 1.19 1.14 0.2 0.26 -0.1 -0.03 -0.07 -0.31 -0.19 -0.32 -0.63 -0.41 -0.05 -0.43 -0.5 0.05 -0.37 -0.43
-0.47 -0.61 -0.96 -1.25 1.44 1.18 -0.69 -1.23 0.15 -0.41 -0.4 -0.26 -0.61 1.62 1.5 -0.57 -0.42 0.12 0.14 -0.42 -0.6 -0.56 -0.71 -0.58 -1.3 -1.11 -0.84 -0.32 0.43 0.23 -0.09
-1.39 -1.5 -0.89 -2.56 1.16 1.17 -0.52 -1.36 -0.05 -0.4 -0.06 -0.56 -0.49 1.28 1.43 0.1 -0.11 -0.33 0.05 -0.28 -0.26 -0.07 0.93 -0.31 -0.26 -0.82 -0.37 -0.41 0.31 -0.36 -0.53
Bra034328 (TTN7)
 -0.22 -0.43 -0.49 -0.5 0.51 0.65 -0.43 -0.37 0.07 0.01 -0.07 -0.09 -0.2 0.74 0.83 -0.03 -0.17 0.03 -0.04 0.09 -0.23 0.11 0.11 -0.15 -0.2 -0.31 -0.39 0.07 0.19 -0.31 -0.12
-0.03 -0.3 -0.09 -0.5 0.88 0.52 -0.56 -0.71 0.24 0.08 0.18 -0.1 -0.04 0.92 0.87 -0.02 -0.12 -0.45 0.17 -0.1 -0.1 -0.1 -0.73 -0.31 -0.44 -0.58 -0.38 -0.11 -0.06 -0.08 0.03
- -3.0 - - 1.55 1.27 -1.07 -0.96 -0.33 -1.0 -1.41 -1.51 -0.37 2.16 1.85 0.48 -0.27 -1.26 0.49 0.46 -0.44 -0.23 -1.19 0.17 -0.53 -0.89 -0.64 0.22 0.07 -0.96 -1.0
Bra036787 (ZIK1)
 -0.51 -0.3 -0.06 -0.53 0.77 1.05 -0.31 -0.53 -0.02 -0.18 -0.3 -0.15 -0.37 0.93 0.89 0.32 -0.02 -0.01 -0.12 0.15 -0.33 -0.03 -0.04 -0.25 -0.3 -0.75 -0.33 -0.22 0.03 -0.3 -0.5
-0.31 -0.09 -0.05 -0.23 0.91 1.4 -0.33 -0.74 0.29 -0.47 0.01 0.0 -1.02 0.99 1.09 0.5 0.03 -0.88 0.11 0.0 -0.19 0.13 -0.69 -0.5 -0.45 -1.29 -0.56 -0.56 0.03 -0.22 -2.2
-0.99 -1.43 -1.15 -1.66 1.22 0.69 -0.48 -1.5 -0.03 -0.17 -0.38 -0.64 -0.4 1.34 1.32 0.33 -0.16 0.22 0.62 -0.2 -0.25 -0.01 -0.38 -0.32 -0.54 -0.83 -0.46 -0.79 -0.21 0.09 0.74
Bra037737 (SPPL3)
 -3.28 -1.12 -2.84 -2.46 1.61 1.88 -0.78 -1.19 -1.02 -1.58 -0.89 -0.57 -0.15 1.81 1.63 -0.46 -1.1 -0.21 -0.06 -0.95 -0.98 -1.08 0.28 -0.26 0.19 -1.01 -0.81 0.51 0.34 -0.11 -1.19
Bra040815 (AGO2)
 -1.99 -0.72 -1.93 -3.11 0.49 1.27 -1.13 -1.24 -0.68 -0.51 -1.14 -0.99 -0.76 1.24 1.66 0.15 0.31 0.42 -0.51 -0.47 -0.47 -0.93 1.03 0.19 0.07 -0.15 -0.16 0.03 0.74 -0.23 -0.4

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.