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Heatmap: Cluster_249 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000465 (mTERF7)
 -1.72 -0.98 -1.2 -0.88 -1.38 -0.8 0.98 1.84 -1.16 -0.48 -0.56 -0.37 1.28 -0.47 -0.52 0.8 1.09 0.6 0.05 0.14 0.41 -0.01 1.22 -0.64 -0.76 -1.5 -0.69 -1.27 -1.63 -1.48 -0.35
-1.41 -2.12 -1.85 -0.92 0.04 0.21 0.88 0.95 -0.31 0.32 -0.08 -0.07 0.81 -0.43 -0.46 0.37 0.48 0.14 -0.08 0.57 0.31 0.32 -0.61 -0.06 -0.14 -0.61 -0.17 -0.14 -0.53 -0.37 0.4
Bra001970 (gamma2-COP)
 -0.04 0.13 0.06 -0.06 -0.06 -0.29 0.0 0.37 -0.57 0.05 -0.18 -0.24 0.61 0.01 -0.12 0.35 0.29 0.43 -0.1 -0.12 -0.12 -0.1 0.44 -0.17 -0.08 -0.0 -0.11 -0.28 -0.6 -0.19 -0.08
Bra002035 (CGL20A)
 -1.1 -0.83 -0.56 -0.99 -0.76 -0.82 0.54 1.0 -1.73 -0.39 -0.97 -0.85 1.02 -0.79 -0.7 0.57 0.9 0.85 -0.14 0.04 0.2 0.04 1.14 0.06 0.15 -0.27 0.36 -0.99 -1.31 -0.47 0.55
Bra002752 (CIA2)
 -1.12 -1.03 -1.29 -1.9 -0.85 0.04 0.58 0.96 -0.91 -0.9 -0.8 -0.72 0.38 0.02 0.49 0.57 0.58 0.66 -0.27 -0.1 -0.27 -0.25 1.08 0.37 0.21 -1.05 0.17 -0.11 -0.26 -0.11 0.6
-1.36 -0.72 -0.73 -0.44 -0.51 -0.46 0.59 0.58 -1.13 -0.09 -0.48 -0.49 0.59 -1.05 -0.78 0.56 0.77 0.12 -0.1 0.46 0.49 0.29 0.59 0.33 0.37 -0.05 0.46 -0.57 -0.65 -0.43 0.27
-4.65 -3.68 -4.38 -0.49 -2.46 -2.12 0.72 0.41 -1.73 -0.06 -0.08 -1.76 2.32 -0.19 0.44 0.7 -0.07 0.96 -0.49 -0.09 -0.48 0.2 1.71 -0.37 -0.34 -0.08 -0.24 -0.61 -1.82 -1.18 -0.05
Bra006857 (SAT5)
 -0.7 -0.2 -0.28 -0.63 -0.45 -0.32 0.31 0.32 -0.5 0.01 0.01 -0.13 0.31 -0.16 0.01 0.62 0.42 0.03 -0.06 0.21 0.3 0.15 -0.09 0.21 0.23 -0.41 0.47 -0.72 -0.6 -0.23 0.45
Bra006963 (PrxIIE)
 -1.98 -1.44 -1.38 -0.78 -1.18 -0.96 0.4 0.54 -0.94 0.3 -0.09 0.11 0.98 -0.79 -0.57 0.44 0.61 0.72 0.08 0.33 0.25 0.14 0.24 0.27 0.27 0.1 0.45 -0.54 -1.0 -0.31 0.62
-2.06 -1.59 -0.49 -0.7 -1.29 -1.64 0.75 1.24 -2.04 -0.35 -1.06 -2.26 1.97 -1.39 -1.18 0.9 0.38 1.24 -0.58 -1.61 -0.74 -1.17 2.04 -0.07 0.17 -0.18 0.14 -0.05 -1.73 -1.76 -0.75
Bra009656 (CGL20A)
 -0.83 -0.56 -0.79 -0.78 -0.6 -0.41 0.58 1.01 -1.32 -0.14 -0.76 -0.48 0.87 -0.33 -0.28 0.56 0.69 0.36 -0.54 0.36 0.24 0.04 0.66 0.07 0.13 0.07 0.25 -0.81 -0.93 -0.6 0.41
Bra009668 (PFD5)
 -0.22 0.12 0.21 0.03 -0.05 -0.35 -0.12 0.42 -0.69 -0.13 -0.33 -0.43 0.83 -0.03 0.21 0.08 0.37 0.74 -0.34 -0.05 -0.06 -0.03 0.53 -0.21 -0.04 -0.28 -0.28 -0.28 -0.33 -0.44 -0.17
Bra009723 (MIND)
 -0.63 -0.22 0.16 0.11 -0.28 -0.33 0.36 0.68 -1.0 -0.11 -0.63 -0.33 0.78 -0.09 -0.38 0.25 0.54 0.05 -0.54 -0.19 -0.24 -0.29 0.88 -0.23 0.05 0.13 0.11 -0.37 -0.62 -0.06 0.42
-2.46 -2.0 -1.42 -1.43 -1.61 -1.83 0.41 0.71 -0.62 -0.11 -0.28 -0.37 1.94 -0.81 -0.66 0.5 0.64 1.27 -0.63 -0.04 -0.49 -0.61 0.92 0.01 0.28 0.06 0.18 -0.76 -0.63 -0.61 0.57
Bra010667 (MIC60)
 -0.3 -0.16 -0.43 -0.52 0.03 -0.27 0.25 0.41 -0.43 -0.04 -0.3 -0.06 0.62 -0.26 -0.04 0.41 0.3 0.43 -0.13 -0.04 -0.02 -0.06 0.72 -0.13 -0.11 -0.2 0.03 -0.4 -0.48 -0.23 0.27
0.13 0.38 0.46 -0.19 0.01 -0.52 -0.56 -0.07 -0.84 -0.48 -0.61 -0.72 1.59 -0.69 -0.85 0.32 0.09 0.82 -0.72 -0.63 -0.68 -0.48 0.56 0.18 -0.07 0.05 -0.09 -0.33 -0.55 -0.15 0.79
Bra011450 (HMA6)
 -0.51 -0.37 0.03 -0.37 -0.08 0.02 0.51 0.65 -0.91 -0.33 -0.47 -0.44 0.59 -0.24 -0.19 0.52 0.62 0.08 -0.23 0.04 -0.06 -0.17 0.36 -0.11 -0.06 0.1 0.11 -0.28 -0.4 -0.35 0.41
Bra011451 (KUP5)
 -0.7 -0.32 -0.4 -0.26 -0.09 -0.33 0.25 0.48 -0.57 -0.04 -0.22 -0.07 0.35 0.1 0.08 0.44 0.4 0.39 -0.09 0.08 0.01 -0.04 0.14 -0.16 0.06 -0.12 0.1 -0.6 -0.34 0.11 0.37
Bra012044 (SCAB1)
 -0.5 -0.62 -0.54 -0.51 -0.06 -0.07 0.45 0.49 -0.25 -0.02 -0.19 -0.11 0.38 -0.12 -0.02 0.33 0.31 0.19 0.02 0.18 0.01 0.0 0.6 -0.09 -0.11 0.27 -0.19 -0.23 -0.14 -0.35 -0.08
-0.54 -0.41 -0.17 -0.13 -0.63 -0.19 0.03 0.6 -0.4 -0.16 -0.11 -0.26 0.5 0.3 0.22 0.13 0.29 -0.08 -0.5 -0.25 -0.04 0.02 0.52 -0.09 -0.08 0.2 0.19 -0.18 -0.07 -0.09 0.36
Bra013345 (SNC2)
 -2.78 -2.97 -1.85 -1.64 -0.79 -0.62 0.08 0.75 -0.44 0.12 -0.3 -0.12 1.4 -0.03 0.0 0.75 0.69 0.38 -0.34 -0.11 -0.06 -0.05 1.11 0.01 0.26 -0.12 0.1 -0.66 -0.23 -0.51 0.25
-1.07 -0.99 -1.02 -0.21 -0.45 -0.18 0.56 0.53 -0.55 0.13 -0.1 -0.17 0.54 -0.6 -0.13 0.31 0.47 0.04 -0.37 0.33 0.31 0.11 0.49 0.01 -0.1 -0.16 0.05 -0.26 -0.55 -0.22 0.88
Bra014158 (EMB1144)
 -0.76 -0.69 -0.51 -0.55 -0.41 -0.06 0.92 0.98 -0.9 -0.24 -0.47 -0.7 0.63 -0.05 -0.02 0.58 0.53 0.53 -0.19 0.22 0.14 -0.08 0.54 -0.14 -0.1 -0.11 -0.11 -0.46 -0.62 -0.58 -0.09
Bra014923 (IDT1)
 -0.82 -0.72 -0.91 -0.67 -0.37 -0.08 0.91 1.28 -0.57 -0.1 -0.05 -0.02 1.07 -0.48 -0.5 0.48 0.33 -0.08 -0.19 0.1 0.21 0.24 -0.22 -0.19 -0.16 -0.87 -0.17 -0.33 -0.59 -0.17 0.31
Bra015241 (OTP51)
 -0.41 -1.06 -1.06 -0.36 -0.78 -0.32 0.37 1.03 -0.67 -0.32 -0.43 -0.61 0.97 0.08 0.06 0.44 0.83 0.0 -0.47 -0.02 0.12 -0.11 0.16 -0.28 -0.13 0.39 -0.06 -0.53 -0.33 -0.39 0.76
Bra017008 (BPG3)
 -1.95 -2.04 -1.34 -0.48 -2.9 -1.48 1.18 0.84 -2.09 -0.29 -0.81 -0.59 0.89 -1.98 -2.69 1.19 0.74 0.95 0.32 0.45 -0.14 0.35 -0.01 0.35 0.67 0.08 0.73 -1.03 -1.49 -0.64 0.61
Bra017294 (scpl28)
 -2.01 -0.39 -1.45 - - -3.35 1.86 1.74 -1.21 0.66 -2.4 - 1.64 -2.03 -1.31 1.74 1.27 0.82 - -1.26 -0.63 0.35 1.9 - -0.78 -2.38 -3.38 -0.11 -2.22 -0.94 -1.1
Bra017524 (BOU)
 -1.62 -2.52 -1.95 -1.36 -1.44 -0.61 0.78 1.43 -0.38 0.03 0.13 -0.22 1.24 -0.15 -0.22 0.97 0.73 -0.46 -0.13 0.54 0.48 0.26 -0.81 -0.2 -0.18 0.04 -0.32 -0.03 -0.45 -0.92 -0.26
Bra017644 (SWIB3)
 -0.75 -0.81 -0.71 -0.08 -0.58 -0.3 0.48 0.58 -1.28 -0.11 -0.37 -0.15 0.71 -0.44 -0.34 0.47 0.56 0.22 -0.32 0.25 0.45 0.15 0.47 0.23 0.21 0.18 0.35 -0.62 -1.05 -0.78 0.48
Bra018137 (MDH)
 -1.73 -1.87 -1.65 -1.36 -1.22 -1.25 0.19 0.8 -1.23 -0.37 -0.68 -0.63 1.42 -0.63 -0.12 0.52 0.49 1.04 -0.29 -0.22 -0.25 -0.13 0.99 0.35 0.42 0.35 0.51 -0.52 -0.99 -0.23 0.67
Bra018986 (CSE)
 -0.99 -0.44 -0.21 -0.58 -0.58 -0.34 0.84 1.0 -0.87 -0.28 -0.71 -0.5 0.92 0.2 0.38 0.52 0.43 0.19 -0.36 -0.11 -0.4 -0.17 1.07 -0.2 -0.15 -0.62 -0.31 -0.65 -0.44 -0.29 0.2
-0.98 -1.46 -0.53 -0.63 -0.13 -0.59 0.22 0.91 -0.47 -0.53 -0.36 -0.13 1.05 -0.15 0.51 0.64 0.2 0.39 -0.13 -0.18 0.06 -0.14 0.65 -0.14 -0.34 0.2 -0.11 -0.21 -0.47 -0.22 0.14
-0.47 0.03 0.04 -0.08 -0.22 -0.32 0.4 0.66 -0.65 -0.14 -0.39 -0.79 0.9 -0.7 -0.56 0.45 0.57 0.74 -0.34 -0.09 0.1 0.07 0.52 -0.06 0.21 -0.06 0.0 -0.64 -1.52 -0.82 0.3
Bra020686 (CYCLINC1-2)
 -0.35 -0.37 0.0 -0.1 -0.01 0.32 0.31 0.19 -0.74 -0.35 -0.36 -0.51 0.63 0.06 -0.09 0.5 0.32 -0.03 -0.02 0.21 0.19 0.22 0.24 0.05 0.26 -0.03 0.13 -0.44 -0.49 -0.97 -0.05
-0.31 -0.13 -0.25 -0.18 -0.22 0.01 0.29 0.63 -0.83 -0.23 -0.37 -0.35 0.6 -0.08 0.17 0.61 0.53 0.27 -0.2 -0.05 0.25 0.11 -0.0 -0.07 -0.06 -0.13 0.05 -0.46 -0.77 -0.49 0.25
Bra022396 (CYO1)
 -0.55 -0.23 -0.25 -0.83 -0.19 -0.22 0.7 0.87 -0.51 -0.22 -0.32 -0.16 0.66 -0.04 -0.04 0.27 0.64 -0.11 -0.3 0.28 0.21 0.01 0.14 -0.0 -0.29 -0.08 0.05 -0.42 -0.47 -0.46 0.19
Bra023577 (TIC40)
 -0.27 -0.19 -0.36 0.05 -0.22 -0.07 0.26 0.35 -0.94 -0.08 -0.54 -0.06 0.52 -0.37 0.13 0.27 0.61 0.19 -0.31 -0.11 -0.06 -0.22 0.16 0.05 0.23 0.02 0.16 -0.28 -0.4 -0.3 0.6
-0.52 -0.37 -0.47 -0.28 -0.33 -0.2 0.11 0.48 -0.67 -0.21 -0.28 -0.14 0.4 0.49 0.17 0.18 0.35 0.26 -0.14 -0.15 -0.04 0.05 0.66 -0.19 0.02 0.0 0.13 -0.2 -0.41 -0.17 0.36
Bra025642 (PTST)
 -1.43 -1.7 -2.11 -0.64 -0.53 -0.26 1.0 0.71 -0.47 0.1 -0.06 -0.16 0.59 -0.87 -0.61 0.49 0.75 -0.07 -0.23 0.23 0.15 0.38 0.28 0.17 0.02 0.02 0.37 -0.55 -0.39 -0.11 0.51
-0.84 -1.12 -0.89 -0.64 -0.06 -0.02 0.37 0.72 -0.26 0.02 -0.23 -0.1 0.89 0.08 -0.02 0.35 0.55 0.15 -0.01 0.04 -0.04 -0.07 -0.08 -0.07 -0.1 -0.29 0.05 -0.33 -0.28 -0.4 0.62
Bra026120 (CYCA2;3)
 -0.83 -1.3 -0.81 -1.47 -0.12 -0.45 -0.06 -0.03 -0.37 -0.23 -0.25 -0.14 1.55 0.03 -0.1 0.42 0.31 0.73 -0.16 -0.06 -0.59 -0.17 0.6 0.24 0.07 -0.38 0.11 -0.27 -0.36 0.06 0.46
-1.14 -1.27 -1.17 -0.73 -0.37 -0.36 0.5 1.22 -0.49 0.04 -0.09 -0.16 0.8 0.08 -0.04 0.71 0.41 0.23 0.03 0.24 0.02 0.03 0.1 -0.13 -0.19 -0.66 0.04 -0.65 -0.47 -0.21 0.42
Bra026275 (EMB1923)
 -0.32 -0.49 -0.09 -0.32 -0.19 -0.11 0.13 0.43 -0.76 -0.25 -0.44 -0.44 0.97 0.05 0.01 0.36 0.33 0.22 -0.34 -0.06 -0.23 -0.46 0.32 -0.13 -0.13 0.07 -0.01 -0.03 -0.27 -0.17 0.8
Bra028189 (THA8)
 -0.57 -0.38 -0.29 0.1 -0.1 -0.18 0.4 0.71 -1.08 -0.04 -0.46 -0.26 0.72 -0.27 -0.33 0.12 0.25 0.15 -0.46 0.06 0.23 0.17 0.64 -0.03 0.03 -0.03 0.3 -0.19 -0.71 -0.42 0.2
Bra028338 (Tic22-III)
 -1.27 -0.74 -1.29 -0.71 -0.5 -0.29 0.55 1.07 -0.82 -0.32 -0.47 -0.49 0.78 0.03 0.54 0.53 0.5 0.26 -0.21 0.08 0.19 -0.39 0.58 -0.02 0.01 -0.05 0.08 -0.51 -0.66 -0.7 0.64
-0.35 -0.64 -0.0 -0.42 0.22 -0.55 -0.1 0.36 -0.98 -0.14 -0.5 -0.21 0.82 0.16 0.14 0.54 0.52 0.83 -0.09 -0.26 0.02 -0.23 0.97 0.02 0.1 -0.22 0.06 -0.88 -1.03 -0.66 -0.21
-0.55 -0.7 -0.77 -0.29 -0.11 -0.31 0.18 0.83 -0.47 -0.34 -0.38 -0.46 0.97 0.02 0.06 0.41 0.3 0.52 -0.48 -0.05 -0.37 -0.05 0.72 -0.34 -0.02 0.45 0.06 -0.63 -0.94 -0.02 0.3
Bra031423 (ARP2)
 -0.81 0.02 0.1 -0.26 -0.36 -0.02 0.14 0.4 -1.49 -0.6 -0.57 -0.5 2.05 -0.54 0.56 0.67 0.38 0.41 -0.86 -0.3 -0.01 -0.17 0.32 -0.16 0.02 -0.19 -0.05 -0.78 -1.79 -1.34 -0.13
Bra032350 (PFD6)
 -0.46 -0.29 -0.1 -0.08 -0.56 -0.63 0.4 0.59 -0.88 -0.15 -0.35 -0.23 1.0 -0.32 -0.27 0.34 0.36 -0.03 -0.27 -0.13 -0.06 -0.08 0.59 0.05 0.12 -0.16 0.2 -0.17 -0.5 -0.05 0.38
-0.45 -0.56 -0.34 -0.15 -0.01 0.03 -0.17 0.32 -0.36 0.02 -0.12 0.06 0.55 0.05 0.13 0.2 0.28 0.14 -0.1 0.1 0.17 0.04 0.26 -0.06 -0.03 -0.09 0.14 -0.47 -0.69 -0.31 0.57
0.33 -0.49 0.48 -0.22 -0.68 -1.46 -0.13 0.31 -0.48 -0.56 -0.58 -0.55 2.06 -0.59 -1.3 0.4 -0.39 0.49 -1.38 -0.5 -1.26 -0.85 0.22 0.26 -0.6 0.6 -0.21 0.08 -0.52 0.35 0.73
-1.11 -0.87 -0.97 -0.61 -0.2 -0.11 0.87 1.36 -0.89 -0.0 -0.56 -0.19 0.33 -0.37 -0.52 0.81 0.41 0.09 0.22 0.37 0.32 0.35 -0.64 -0.28 -0.03 -0.31 0.04 -0.45 -0.56 -0.09 0.08
Bra036782 (PATL6)
 -0.56 -0.63 0.25 -0.8 -0.04 -1.09 -0.04 0.54 -0.86 -0.26 -0.55 -0.8 1.51 -0.51 -0.35 0.25 0.26 0.83 -0.33 -0.68 -0.79 -0.81 0.95 -0.33 -0.26 -0.19 -0.08 -0.33 -0.82 0.41 1.19
-0.49 -0.79 -0.5 -0.55 -0.57 -0.3 0.37 1.13 -1.11 -0.48 -1.05 -1.3 1.09 -0.06 0.2 0.44 0.76 1.07 -0.3 0.02 -0.22 -0.11 1.32 -0.46 -0.49 -0.98 -0.33 -1.15 -1.47 -0.36 0.54
-0.5 -0.54 -0.61 -0.52 0.01 0.03 0.13 0.4 -0.6 0.15 -0.37 0.0 0.4 0.32 0.11 0.29 0.34 0.32 0.04 0.18 -0.03 -0.05 -0.05 0.04 0.05 -0.11 0.1 -0.19 -0.27 -0.06 0.12
Bra037264 (PSAT2)
 -1.39 -1.65 -1.03 -1.15 -0.57 -1.25 0.04 0.59 -1.02 -0.67 0.09 -0.82 1.53 -0.32 -0.15 0.6 0.15 1.27 -0.21 -0.39 -0.47 -0.26 1.23 0.01 0.42 0.26 0.06 0.16 -0.61 -0.55 -0.38
Bra037383 (ADNT1)
 -0.64 -0.76 -0.48 -0.42 -0.4 -0.11 0.7 0.77 -0.94 -0.22 -0.66 -0.42 0.94 -0.51 0.08 0.92 0.91 0.33 -0.22 0.27 -0.15 0.04 0.57 -0.26 0.01 -0.46 -0.04 -1.1 -1.41 -0.45 0.31
-0.39 -0.26 -0.42 -0.07 -0.13 -0.64 0.19 0.63 -1.03 -0.09 -0.69 -0.46 0.79 -0.14 -0.02 0.36 0.51 0.81 -0.1 0.01 0.01 -0.01 0.46 -0.15 -0.1 -0.11 0.14 -0.33 -0.84 -0.24 0.28
Bra038589 (ARP2)
 -2.12 -1.42 -0.86 -1.23 -1.56 -0.69 0.05 0.51 -1.56 -0.93 -0.27 -0.95 2.1 -0.8 0.5 0.49 0.3 0.64 -0.84 -0.27 -0.06 0.35 1.15 0.25 0.29 -0.07 0.29 0.01 -1.36 -1.0 -0.01
-0.57 -0.74 -0.38 -0.48 -0.04 -0.03 0.75 1.03 -0.3 0.09 -0.18 -0.21 0.35 0.04 -0.49 0.38 0.46 0.15 -0.03 0.44 0.36 0.26 -0.72 -0.05 -0.15 -0.55 -0.17 -0.16 -0.31 -0.72 -0.06
-0.75 -0.68 -0.68 -0.71 -0.18 -0.25 0.34 0.56 -0.67 -0.07 -0.19 -0.35 0.71 -0.09 0.12 0.42 0.49 0.17 -0.23 0.11 0.09 -0.04 0.81 0.05 0.12 -0.29 0.17 -0.23 -0.38 -0.39 0.18
Bra040945 (ELP2)
 -0.2 -0.86 -2.15 -1.78 -0.9 -0.01 1.01 1.55 -0.79 -0.1 -0.18 -0.52 0.39 -0.72 -1.18 1.02 0.54 -0.2 -0.15 1.02 0.19 -0.26 -0.56 0.17 -0.88 -1.61 0.06 -0.54 0.04 -0.1 0.6

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.