1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_66 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
1.66 1.83 - - - 1.52 - - - - - - - 1.79 - - - - 1.38 - - 1.6 2.51 - - - - - - 2.49
1.81 2.01 1.33 1.62 1.34 - -2.48 - -4.09 -0.58 -0.74 -1.7 -1.98 0.37 -3.58 - - - - 0.49 0.94 - -0.2 - -2.17 - 0.78 2.01 -1.18 -1.71
2.07 -0.6 1.63 -0.99 -1.02 - -0.91 0.93 -0.79 - - 0.23 - 0.29 - - -0.79 - 0.73 1.12 2.07 -0.77 - 0.84 -0.89 -0.98 0.16 -0.5 0.28 -0.8
2.44 - 0.05 0.68 0.76 - 0.01 - 0.21 -0.66 - -0.88 - 0.79 0.13 - 1.96 - -0.08 - - -1.05 0.12 - 1.02 -0.91 -0.98 0.35 -0.83 1.46
- 2.45 - - 2.08 - - - - - - - - 1.09 - - - - - - - - 2.25 - - 2.96 - 2.5 - -
2.17 1.49 0.17 1.03 - -0.18 - - - -0.93 1.47 0.51 - - - 1.97 -0.89 -0.13 - - - - - 1.06 - - - 1.66 -0.73 1.42
- 3.1 - - 2.83 - - - - - 2.88 - - - - - - - - - - - - - 0.48 - - - 2.47 -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.01 - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.76 - - - - 2.55 - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - -
1.35 2.47 - - - - 2.62 - - 1.26 0.31 0.23 - 0.3 - 1.44 1.22 - 0.23 - - - - - - 0.19 - - 1.24 -
1.1 1.96 0.68 - - - - - - - - - - - - - - 3.45 - 2.13 - - 0.67 - 0.78 - - 0.89 0.93 -
2.11 1.98 - 1.9 0.75 0.78 - 1.69 - 2.15 0.06 - - 0.87 - - 0.02 - - - -0.05 - - - - - 1.08 - - -
3.35 - 3.54 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.28 - - - - - - -
1.84 1.93 0.51 0.23 0.02 -0.1 -0.58 -0.09 - - -0.39 - -1.4 - 0.36 -1.57 - 0.57 - -1.71 0.73 - -0.14 0.53 1.15 -0.53 0.66 1.41 -1.36 -1.5
4.05 - - - - - - - 2.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.21
- 2.74 - - 1.48 2.06 - - - - - - - 0.17 - - - - 2.17 3.42 - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.71 - 2.18 - - - - - - - - - -
1.82 3.27 - - - - - 2.42 - - 1.71 - - - - - - - - - - - 1.37 - - - - - - 2.48
2.27 1.33 -1.04 0.04 0.23 -0.59 0.42 -0.1 - - -1.0 - 0.17 0.21 0.22 0.95 -0.42 - - - 0.96 -1.14 - - - - 0.48 0.85 1.66 0.72
- 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 - - - - - - -
2.04 2.93 - - -0.98 0.6 - - - - - - - 1.86 - - - 2.88 - 2.12 - - - - - - - -0.18 - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.39 0.79 1.59 -0.05 -1.09 - - 0.9 - -0.57 -0.78 0.34 0.46 0.76 -0.16 -1.48 -2.74 - 0.78 -1.05 -0.07 -1.77 1.22 0.46 0.63 0.24 -0.66 1.28 -0.56 -
3.03 2.95 1.89 - - - - - 0.73 - - - - - - 2.49 - - - 0.68 - 0.57 - - - - - - - -
3.32 4.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.34 - - - - - 0.4 0.66 - - - 0.82 - 0.5 1.64 - - - - - - - - 0.64 - - - 3.19 -
3.91 2.12 - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.25 3.08 - - 2.37 - - - - - - - - - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - -
3.63 - - - - - - - - 3.6 - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - -
1.76 1.69 - 1.32 - 2.66 2.15 0.67 - - - 0.75 - - - - - - -2.12 - - - - - - 2.73 - - - -
- 3.28 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 3.61 - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.09
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.77 3.01 - 1.6 - 0.94 2.06 - - - - - - 1.23 - - - 0.9 - - - 2.63 - - - - - - -0.53 -
1.46 1.57 -0.7 -21.43 - - 0.75 - - -1.1 - - 0.29 2.27 - -0.07 - 0.9 0.19 -20.45 1.86 -0.8 1.19 - - 2.11 - - -0.46 -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.8 1.91 -0.99 -0.97 -0.09 -1.29 -0.89 0.06 1.18 0.54 0.59 - - 0.57 0.41 1.3 0.7 -0.24 - 0.38 - 0.27 - - 0.89 - - - 0.07 -1.22
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.51 - - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - 3.07 - - - - - - - - - -
0.49 1.87 0.07 - 1.63 0.06 -0.02 0.28 1.17 0.2 - 0.07 0.24 1.18 - - - - - 0.89 1.15 -0.08 - - -0.01 0.21 - - 1.31 -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr1.04355 (AtGLYI6)
 - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.14 - - - 3.46 - - - - - - -
- 2.27 - 2.42 2.29 - - 2.18 - - - - - 2.4 - - - - - - - - - - - - - 2.35 - -
0.28 0.11 0.03 0.05 -1.65 0.39 0.43 -0.47 -0.24 -0.55 -0.13 -1.66 -0.92 0.14 -1.09 0.83 0.02 -1.77 0.94 -0.79 0.01 0.15 1.47 -1.1 -0.57 -0.14 -0.59 0.42 - 1.35
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.08 - 0.9 - 1.19 - - - - - - 0.9 - -0.25 0.83 - - - 1.96 2.38 -0.42 - 1.59 0.82 2.28 -0.09 - - -
1.23 0.62 -0.76 0.16 1.05 -2.03 -0.67 -1.19 -2.98 -0.23 - 0.36 0.4 - -0.4 0.2 -1.3 1.81 -0.56 - -1.88 -0.12 0.75 0.91 -1.29 -3.13 0.32 1.32 -0.47 0.27
2.63 0.77 - 1.16 - - -0.12 - - - - - - - 1.91 - 1.76 -0.19 - - - - - -0.14 - - -0.19 2.19 - 2.2
2.89 - - - 1.54 - - - - - - - - - - - 2.53 - - 2.34 - - 2.62 - - - 1.44 - - -
0.32 0.26 0.27 0.32 -0.1 -0.59 -0.16 0.05 0.42 -0.06 -0.0 -0.2 0.19 -0.86 -0.38 -0.17 -0.15 0.01 -0.07 -0.14 0.06 -0.14 -0.45 -0.25 -0.38 -0.26 0.39 0.46 0.26 0.37
2.36 2.47 - - - 0.8 - - - - 2.09 - - 0.92 - - - - - - - - - - - 2.14 - - - 2.81
- 3.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - 3.21
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.95 - - - - 2.91 - - - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - 3.03 - - - -
2.01 -0.03 - 1.42 - -0.45 -0.48 - 1.42 - 0.04 -0.01 - - 1.41 0.03 - - 0.52 -0.71 - - - - - -0.4 1.65 1.65 - 1.77
1.2 2.27 - 2.14 - - 1.25 - - - - - - - - - - - - - 2.61 - 1.2 1.22 - 2.43 - - - -
2.32 2.26 - - - - - 2.0 - - - - - - - - - - - - 3.1 - - - - 1.86 - - - 2.01
2.83 - - 2.63 - - - - - - - - - 2.39 - - - - - 2.19 - - - - - - - 2.79 - -
- 3.12 - 2.69 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - -
- 4.05 - - - - - - - - - - - - - - - 2.68 - - - - - - - - - - 2.82 -
0.7 1.31 0.73 1.12 -0.47 -2.83 -0.95 0.29 0.35 -0.82 0.1 -2.69 0.81 -2.61 -0.18 -0.61 - - 0.54 -1.24 -0.48 0.09 -0.17 -0.9 -1.26 -0.97 0.58 1.27 0.37 0.8
4.2 - - - - - - 2.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.83 - - - 0.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.04 - - - - - - - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.81 2.01 1.33 1.62 1.34 - -2.48 - -4.09 -0.58 -0.74 -1.7 -1.98 0.37 -3.58 - - - - 0.49 0.94 - -0.2 - -2.17 - 0.78 2.01 -1.18 -1.71
3.37 1.63 1.62 - - 1.32 - 2.57 1.34 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - -
3.4 3.46 - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - - - - - - -
4.25 - - - - - - - - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - 2.47 - -
2.29 3.19 1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.87 2.06 - 2.19 -
- 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.5 - - - - - - -
- - 1.81 - - 0.55 - - - 0.85 - - - - - - - - 2.87 - - - 2.23 - 0.74 0.52 1.86 - - 2.16
4.12 - - - - 0.72 - - - - - - - 2.48 - 0.95 - - - - - - - - 0.67 - - - 0.89 -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.28 - - - - 2.05 - - - - - - 1.95 - - - - - - - - 2.89 - - - - - 2.28 -
1.8 -0.11 0.42 1.5 -1.78 0.35 - - - - - -0.27 -1.66 -0.05 - 1.9 -1.67 0.02 - -2.03 1.52 -0.92 1.45 - 0.9 0.5 -0.83 0.39 -0.75 -0.78
- 4.03 - - 3.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.11 - - 2.84 - - - - - - - - 1.91 - - - - - - - - 2.83 1.74 - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.96 - - - 2.21 - - - - - - - 2.46 - - - - 2.1 - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - - -
0.53 1.42 - - 1.2 - - - - - - - - 1.09 - - 1.27 1.02 -0.08 - 2.43 -0.06 1.03 - - 1.82 - 2.07 - -
4.06 - - - - - - - - - 2.92 - - - - - - 2.53 - - - - - - - - - - - -
3.74 2.17 2.05 - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - 1.81
- 3.77 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.71 - - - - 1.7 - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - - - 1.62 1.84 - - - -
-0.77 2.74 -2.95 0.05 -0.4 -1.63 0.72 0.38 -0.85 -4.62 -3.97 -0.88 -3.66 -2.27 -2.2 -0.45 -3.15 -0.41 -3.9 -2.98 -1.72 -2.98 -1.32 -1.19 -1.31 -1.36 -2.61 -0.05 2.88 1.81
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.11
0.25 -0.02 0.0 0.15 -0.08 -0.18 -0.08 0.16 0.1 -0.01 0.06 -0.08 -0.05 -0.19 -0.23 -0.07 -0.23 -0.02 0.08 -0.12 -0.15 0.05 0.19 -0.09 -0.02 0.06 0.23 0.2 -0.08 -0.0
2.27 - - - - 0.21 - - - - - - - 1.44 - - 0.53 1.26 - 2.75 0.41 1.78 - - - - - 2.57 - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.16 - - - - - - 3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr4.00539 (mTERF22)
 2.79 1.34 - - 0.2 0.06 -0.8 -0.6 -1.55 -1.3 - - 1.0 - -0.61 -1.21 0.08 1.42 0.33 - -0.02 0.78 0.22 - 0.86 - - -1.14 0.03 0.23
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.21 - 1.73 - - 2.12 - - - -5.57 - - -9.68 - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - -
2.97 3.21 - - 0.64 - - - - - - 0.71 - - - - - - - - - - - 0.56 - - 1.54 2.41 - -
4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - - -
0.92 1.58 -0.44 -1.46 1.01 -0.68 - 1.31 -1.67 - - 0.68 -0.56 2.0 -1.67 -1.37 0.85 -0.14 - -0.68 -1.58 0.21 -1.62 - -0.01 0.02 - 0.73 -1.51 1.28
- 4.05 - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.56 - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.94 - - - - - - - - - - - - - 2.82 - - - - - 2.91 - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.56 - - - 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.98 - - 1.96 - - - - - - - - - - - 2.45 - - - - 2.27 - - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.94 - - - - - - - - - 2.18 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 -
1.43 2.31 1.22 1.25 - - - - - 1.15 - 1.0 - - - - - - - 0.83 - - 1.26 - - 1.01 2.2 1.4 - -
4.44 - - - 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.14 2.52 - - 1.99 0.86 - -0.07 - 0.12 0.08 0.05 - - -0.08 1.12 1.77 - - - - - - - - -0.22 0.85 - 1.1 0.95
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.69 - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.63 3.39
4.4 - 2.45 - 1.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr5.03786 (CYP78A7)
 - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.12 2.58 -0.3 -0.07 -0.17 - - 1.82 - - - - - - -0.28 - 0.91 - -0.45 - 0.8 - - 1.0 -0.35 - - 0.08 0.88 1.4
1.91 2.49 - -0.82 - - - - - - 0.72 - - 1.51 - - 0.68 - 0.83 - - - 0.64 - 0.61 - 2.96 - - 0.4
0.77 3.49 0.73 - - - -0.55 - - 1.07 - - - - - - - 2.77 - - - - - - - 2.54 - - - -
2.33 - - 1.1 - - 0.83 - 1.27 - 1.02 - - - 0.88 1.22 1.14 0.84 - - - 0.8 - - - - 0.86 2.3 - -
4.15 - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.47 0.64 0.32 -0.62 0.02 0.12 -0.17 0.23 -0.48 -0.18 -0.16 0.11 -0.34 0.96 -0.22 -0.64 -0.2 0.05 -0.44 -0.15 -0.48 0.29 0.2 -0.24 0.1 0.28 -0.25 -0.3 -0.43 0.02
3.29 - - - - - - - - - - - - - 1.82 - - - - - - - 4.06 - - - - - - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.85 2.91 - - - - - - - 1.78 - - - 1.8 - - - 1.48 - - - - 3.2 - - - - - - -
1.69 2.26 - 1.35 2.31 - 1.85 1.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 - 1.52 - -
0.59 -0.21 0.52 1.33 -0.2 -1.05 -1.64 1.07 -0.28 -0.55 0.58 -1.09 -0.28 -0.9 -1.36 0.04 -1.45 0.18 -4.56 -1.0 -3.26 0.42 0.95 -0.45 0.45 0.12 0.9 0.52 -0.08 -0.3
- 3.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.29 - - - - - - -
0.75 0.81 -0.83 - 0.52 1.56 -0.36 0.65 0.6 -3.44 0.69 - -0.54 - - 0.75 - - 1.59 0.2 2.44 - - - - 1.4 -0.55 -0.41 - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.88 1.88 0.76 - -0.23 0.64 -0.43 0.82 - - 1.91 -0.33 - - - - - 0.57 - - 0.73 -0.48 -0.41 - - 2.47 0.42 - - -
3.09 - - - 1.12 - - 2.88 - 1.14 - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - 2.46 - -
4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.96 3.16 - - 0.16 - - - - - - - 0.49 1.89 - - - 2.12 1.23 - - 0.11 - - - - - 0.24 1.03 -
- 3.53 - - - - - - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2
Spov3_S08.00049 (PRP40A)
 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.19 2.92 - - 2.05 - - - 1.68 - - - - - - - - 0.4 - - - - - 2.05 - 2.24 - - - 2.0
- 4.42 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.03 2.95 1.89 - - - - - 0.73 - - - - - - 2.49 - - - 0.68 - 0.57 - - - - - - - -
Spov3_S14.00057 (PHT4;5)
 - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.